n-Meier曲线中，上 述标记物形成了高表达情况和低表达情况相互显著区分的曲线。这意味着在该标记物高表 达和低表达的情况之间，中间复发率或中间生存率，和以此为基础的累积复发率或累积生 存率存在显著的差异，并且意味着因此，该标记物的表达模式可以是显示患者复发可能性 或生存可能性的指数。
[0139] 从上述表4可以确定，在复发、总生存和无病生存的所有方面，上述标记物显示出 小于0.05的p值，这是所希望的低。当p值变得更低时，统计学显著性变得更高。因此，低p值 意味着通过该标记物对肝癌预后的评估是高度精确的。
[0140] 实施例5:另外的标记物的发现
[0141] 按照与实施例1至实施例3相同的方式进行了实验，不同之处在于以取自369位肝 癌患者的癌症组织和相邻的正常组织进行实验，从而利用下述23个基因作为标记物获得了 Kap lan-Me i er 曲线和p 值：
[0142] AIFM1(凋亡诱导因子，线粒体;NCBI GI:22202627;SEQ ID N0:82);
[0143] AKTl(RAC-a丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶;NCBI GI:62241010;SEQ ID N0:83);
[0144] ATG3(自噬相关蛋白3;NCBI GI:34147490;SEQ ID N0:84);
[0145] ATG5(自噬相关蛋白5;NCBI GI:92859692;SEQ ID N0:85);
[0146] ATG7(自噬相关蛋白7;NCBI GI:222144225;SEQ ID N0:86);
[0147] ATG12(自噬相关蛋白 12;NCBI GI:38261968;SEQ ID N0:87);
[0148] BAX(凋亡调节因子BAX;NCBI GI:34335114;SEQ ID N0:88);
[0149] BCL2(凋亡调节因子Bcl-2;NCBI GI:72198188;SEQ ID N0:89);
[0150] BCL2L1(凋亡调节因子Bcl-X;NCBI GI:20336333;SEQ ID N0:90);
[0151] BNIP3(BCL2/腺病毒E1B 19kD蛋白-相互作用蛋白3;NCBI GI:7669480;SEQ ID N0:91)；
[0152] CASP8(半胱天冬酶8;NCBI GI:122056470;SEQ ID N0:92);
[0153] CSElL(Exportin-2；NCBI GI:29029558；SEQ ID N0:93)；
[0154] DIABL0(Diablo同源物，线粒体;NCBI GI:218505810;SEQ ID N0:94);
[0155] DRAM(损伤调节自噬调控蛋白；NCBI GI:110825977;SEQ ID N0:95);
[0156] E2F1(转录因子E2F1;NCBI GI:168480109;SEQ ID N0:96);
[0157] FAS(肿瘤坏死因子受体超家族成员6;NCBI GI:23510419;SEQ ID N0:97);
[0158] FRAP1(FKBP12-雷怕霉素复合物相关蛋白；NCBI GI:206725550;SEQ ID N0:98);
[0159] LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋白 1;NCBI GI :112380627;SEQ ID NO:99);
[0160] LC3[MAP1LC3A](微管结合蛋白 1A/1B轻链3A;NCBI GI:31563519;SEQ ID NO: 100);
[0161] PRKAA1 (5'-AMP激活的蛋白激酶催化亚基a-l;NCBI GI :94557300 ; SEQ ID NO: 101);
[0162] PTEN(磷脂酰肌醇-3，4，5-三磷酸3-磷酸酶和双特异性的蛋白磷酸酶PTEN; NCBI 61:110224474；SEQ ID NO:102)；
[0163] ULK1(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ULK1;NCBI GI:225637564;SEQ ID N0:103);和
[0164] XIAP(含杆状病毒IAP重复序列的蛋白4;NCBI GI:32528298;SEQ ID N0:104)。
[0165] 下面的表5显示了所使用的引物和探针，图3至图10显示了Kaplan-Meier曲线；下 面的表6显示了对于各标记物所计算出的p值，下面的表7至表9显示了对于任意两种标记物 的组合所计算出的P值。
[0166] 表5
[0167]
[0168] 表6
[0169]
[0170] 表7
[0171]
[0172] 表8
[0173]
[0174] 表9
[0175]
[0176] 由图3至图10能够确定，在对于复发、总生存和无病生存完成的Kaplan-Meier曲线 中，各标记物形成了高表达情况和低表达情况相互显著区分的曲线。这意味着在各标记物 表现为高表达和低表达的情况之间，中间复发率或中间生存率，和以此为基础的累积复发 率或累积生存率存在明显的差异，并且因此，各标记物的表达模式可以是显示患者复发可 能性或生存可能性的指数。
[0177] 从上述表6至表9可以确定，每种标记物或所有的两种标记物的组合显示了足够低 的P值，以至于能够认为其在复发、总生存和无病生存方面具有显著性。当P值变得更低时， 统计学显著性变得更高。因此，低P值意味着通过每种标记物或它们的组合进行的肝癌预后 的评估是准确的。特别是，绝大多数各标记物或所有的两种标记物组合均显示出小于0.05 的P值，这是所希望的低P值。
[0178] 所有的三种以上标记物的组合的p值均小于0.05。下面的表10给出了显示出最低p 值的单一标记物或两种以上的标记物的组合以及相应的P值。
[0179] 表 1〇
[0180] [复发]
[0186] 通过以上表10可以看出，可以发现随着组合的本发明的标记物越多，p值就越低。 这意味着组合越多的本发明标记物，久显示出越低的P值(P值越低意味着显著性越高），从 而表明基于标记物组合的预后评估中实现了进一步改善的准确性。
[0187] 实施例6:交叉验证
[0188] 对在实施例5中具有统计学显著性的标记物的组合进行了交叉验证。
[0189] 将369位肝癌患者随机分为两组（阳性组：185位患者;测试组：184位患者）。对于阳 性组，根据与实施例3中相同的方法通过实验建立了被认为统计学上显著的基准，并进行了 高表达和低表达的分类。通过将这样建立的基准固定，对于测试组，计算出在P〈〇. 〇5或？〈 0.001时对复发、总生存和无病生存的评估的准确性水平。
[0190] 下面是对复发、总生存和无病生存的预后显示优异精确性的代表性实例：
[0191] 复发:厶正]?1_厶10'1_1^：3(77.3%，？〈0.05的水平）
[0192] 总生存:厶了65_01?舰_卩厶5_父1厶？(87.3%4〈0.001的水平）
【主权项】
1. 一种评估肝癌预后的试剂盒，所述试剂盒用于： 步骤1，用用于评估肝癌预后的组合物处理取自被试肝癌患者的肝癌组织样本，所述组 合物包含用于特异性检测LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋白1;NCBI GI :112380627 ;SEQ ID NO: 99)的表达水平的物质，所述LAMP1为肝癌预后标记物;和 步骤2,检测如此处理的肝癌组织样本中LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋白1;NCBI GI: 112380627;SEQ ID NO:99)的表达水平； 步骤3,通过将所述被试肝癌患者划分为下述组群而评估肝癌的预后:肝癌复发的高风 险组群、肝癌的总生存和/或肝癌的无病生存和肝癌复发的低风险组群、肝癌的总生存和/ 或肝癌的无病生存，其中将在如此处理的肝癌组织样本中检测的LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋 白1;NCBI GI:112380627;SEQ ID N0:99)的表达水平低于基准的患者划分为所述高风险组 群，将在如此处理的肝癌组织样本中检测的LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋白1;NCBI GI: 112380627;SEQ ID N0:99)的表达水平高于基准的患者划分为所述低风险组群。2. -种评估肝癌预后的试剂盒，所述试剂盒用于： 步骤1，用用于评估肝癌预后的组合物处理取自肝癌患者的肝癌组织样本，所述组合物 包含用于特异性检测由LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋白1;NCBI GI:112380627;SEQ ID N0:99) 所编码的蛋白的表达水平的物质，所述LAMP1为肝癌预后标记物;和 步骤2,检测如此处理的肝癌组织样本中由LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋白1;NCBI GI: 112380627;SEQ ID N0:99)所编码的蛋白的表达水平； 步骤3,通过将所述被试肝癌患者划分为下述组群而评估肝癌的预后:肝癌复发的高风 险组群、肝癌的总生存和/或肝癌的无病生存和肝癌复发的低风险组群、肝癌的总生存和/ 或肝癌的无病生存，其中将在如此处理的肝癌组织样本中检测的由LAMP1(溶酶体相关膜糖 蛋白1;NCBI GI:112380627;SEQ ID N0:99)所编码的蛋白的表达水平低于基准的患者划分 为所述高风险组群，将在如此处理的肝癌组织样本中检测的由LAMP1(溶酶体相关膜糖蛋白 1;NCBI GI:112380627;SEQ ID N0:99)所编码的蛋白的表达水平高于基准的患者划分为所 述低风险组群。
【专利摘要】本发明涉及一种评估肝癌预后的试剂盒，所述试剂盒用于：步骤1，用用于评估肝癌预后的组合物处理取自被试肝癌患者的肝癌组织样本，所述组合物包含用于特异性检测LAMP1的表达水平的物质；和步骤2，检测如此处理的肝癌组织样本中LAMP1的表达水平；步骤3，通过将所述被试肝癌患者划分为下述组群而评估肝癌的预后：肝癌复发的高风险组群、肝癌的总生存和/或肝癌的无病生存和肝癌复发的低风险组群、肝癌的总生存和/或肝癌的无病生存，其中将肝癌组织样本中检测的LAMP1的表达水平低于基准的患者划分为所述高风险组群，将肝癌组织样本中检测的LAMP1的表达水平高于基准的患者划分为所述低风险组群。
【IPC分类】C12Q1/68, G01N33/68, G01N33/574
【公开号】CN105648058
【申请号】
【发明人】朴真永, 洪锡珠, 金种旻
【申请人】Cbs生物科学有限公司, 沈瑛泽
【公开日】2016年6月8日
【申请日】2010年4月16日