5A, R0R3, CREBBP, EP300, LIFR, HSPG2, ATR, RBBP8, C EP152, NIN, CEP63, CENPJ, ADAMTS17, FBN1, LTBP2, ADAMTS10, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAB18, FO XG1, MECP2, LRP2, NKX2-1, F⑶ 1，KCNJ2, SBDS, L1CAM, AAAS, TWIST1, NBAS, SEMA3E, PQBP1, SPG 20, G6PC3, HYLS1, NBN, IGF2, UBR1, OCRL, CHD7, GLA, CD96, LMNA, PHF6, HRAS, IFT140, SRCAP, C TCI, OTX2, ASXL1, FTO, ANKRD11, HSD17B4, MED12, KIF7, DHCR7, CTDP1, MYH8, DDX11, POR, KAT6 B, ALDH3A2, TP63, SDHA, ALPL, MLL, WRN, MAP2K1, NSDHL, FAM20C, NSD1, H19, RECQL4, TRIM37, Z EB2, FOXE1, KANSL1, BANF1, BLM, VPS13B, RAB23, TBX1, HPRT1, SLC16A2, SMARCA2, COX4I2, MAP 2K2, NOTCH2, CRLF1, WFS1, ZBTB16, ARX, DLX5, MGP, FGFR2, TAZ, PITX2, ACTB, PLOD2, SLC34A1, MBTPS2, TMEM237, TBCE，MKS1，GPC6, RIPK4, FLNA，GJB6, ERCC3, MPV17, ATPAF2 和 AQP2。2.权利要求1的试剂盒，其特征在于，所述探针能够特异性识别以下438个基因的 外显子区域：AAAS、ABCB11、ACADS、ACAN、ACP5、ACTB、ADA、ADAMTS10、ADAMTS17、ADAMTS2、 ADAMTSL2、AGA、AGL、AGPS、AKT3、ALDH18A1、ALDH3A2、ALD0A、ALMS1、ALPL、FAM12 3B、ANKRD11、 AP4B1、AP4E1、AP4S1、AQP2、ARSB、ARSE、ARX、ASPM、ASXL1、ATM、ATP6V0A2、ATP7A、ATP8B1、 ATPAF2、ATR、ATRX、AVPR2、B3GALTL、B3GAT3、B4GALT7、BANF1、BCOR、BLM、BMP1、BMPR1B、 BRAF、BTK、BUB1B、CA2、CANTl、CASK、CASP8、CASR、CCBE1、CCDC8、CD96、CDC6、CDSN、CDT1、 CENPJ、CEP152、CEP57、CEP63、CHD7、CHMP1A、CHRNA1、CHRND、CHRNG、CHST3、CLCN5、C0L10A1、 ⑶L11A1、COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL3A1、COL5A1、COL5A2、COL6A2、COL9A1、COL9A2、 COL9A3、COLEC11、COMP、COX4I2、CREBBP、CRLF1、CRTAP、CTC1、CTDP1、CTNS、CTSA、CTSK、 CUL4B、CUL7、CYP11B1、CYP27B1、CYP2R1、DDR2、DDX11、DHCR7、DHODH、DKC1、DLL3、DLX5、 DUOX2、DUOXA2、DYM、DYNC2H1、EBP、EFNB1、EFTUD2、EIF2AK3、ENPP1、EP300、ERCC2、ERCC3、 ERCC6、ERCC8、ESC02、EVC、EVC2、EXOSC3、EXT1、EXT2、FAM20C、FANCA、FANCC、FANCD2、FANCE、 FANCF、FANCG、FBN1、FGD1、FGF23、FGFR1、FGFR2、FKBP10、FLNA、FLNB、FOXE1、FOXG1、FOXI1、 FTO、FUCA1、G6PC、G6PC3、GALNS、GATA1、GBA、GCM2、⑶F5、⑶F6、GH1、GHR、GHRHR、GHSR、GJB6、 GK、GLA、GLB1、GLI2、GNAS、GNPAT、GNPTAB、GNPTG、GORAB、GPC6、GPD1、GRM1、GTF2H5、⑶SB、 GYS2、H19、HBA1、HBA2、HBB、HCCS、HCFC1、HDAC4、HDAC8、HES7、HESX1、HGD、HOXD13、HPRT1、 HRAS、HSD11B2、HSD17B4、HSPG2、HYAL1、HYLS1、IDS、IDUA、IFITM5、IFT140、IFT43、IGBP1、 IGF1、IGF1R、IGF2、IHH、IKBKAP、IKBKG、頂PAD1、INSR、ITCH、IYD、KANSL1、KAT6B、KCNJ1、 KCNJ10、KCNJ2、KDM5C、KDM6A、KIF1A、KIF22、KIF7、KLF1、MLL、MLL2、KRAS、L1CAM、LAMTOR2、 LARGE、LEPRE1、LHX3、LHX4、LIFR、LMNA、LMX1B、LRBA、LRP2、LRP5、LTBP2、LTBP3、LTBP4、 MAN2B1、MAP2K1、MAP2K2、MASP1、MATN3、MBTPS2、MCPH1、MECP2、MED12、MGAT2、MGP、MIR17HG、 MKS1、MLYCD、MMP13、MMP2、MMP9、MPO、MPV17、MVK、MYCN、MYH3、MYH8、NAA10、NBAS、NBN、 NDE1、NDN、NEK1、NF1、NIN、NIPBL、NKX2-1、NKX2-5、NOG、NOTCH2、NPR2、NSD1、NSDHL、NSUN2、 OCRL、OFD1、ORC1、0RC4、ORC6、OTX2、PAPSS2、PAX8、PCCB、PCNT、PDE4D、PEX7、PFKM、PGAM2、 PHEX、PHF6、PHGDH、PHKA1、PHKA2、PHKB、PIGO、PIK3R2、PITX2、PLEC、PLOD2、PLOD3、POC1A、 POR、PORCN、POU1F1、PPIB、PQBP1、PRKAR1A、PROP1、PTH1R、PTHLH、PTPN11、PYCR1、RAB23、 RAB3GAP1、RAB3GAP2、RAB40AL、RAD21、RAD51C、RAF1、RAPSN、RARA、RBBP8、RBM8A、RECQL4、 RIN2、RIPK4、RMRP、RNU4ATAC、R0R2、RPS19、RPS6KA3、RTTN、SBDS、SDHA、SEC23A、SECISBP2、 SEMA3E、SEPN1、SEPT9、SERPINF1、SERPINH1、SF3B4、SH3BP2、SHH、SHR00M4、SIL1、SLC12A1、 SLC16A2、SLC17A5、SLC19A2、SLC26A2、SLC26A4、SLC29A3、SLC34A1、SLC34A3、SLC35C1、 SLC35D1、SLC37A4、SLC39A13、SLC39A4、SLC5A5、SLC6A19、SLC6A8、SLC9A6、SLX4、SMAD4、 SMARCA2、SMARCAL1、SMC1A、SMC3、SM0C1、SMPD1、SMS、SNRPN、S0S1、SOST、S0X2、S0X3、S0X9、 SP7、SPG20、SRCAP、STRA6、SUMF1、TAZ、TBCE、TBX1、TBX15、TBX3、TCTN3、TERT、TFAP2A、TG、 THRA、THRB、TINF2、TMCOl、TMEM165、TMEM237、TNFRSF11B、TNNI2、TNNT3、TP63、TPM2、TPO、 TRAPPC2、TRH、TRHR、TR頂37、TRIP11、TRPS1、TRPV4、TSHB、TSHR、TWIST1、UBR1、UROC1、UROS、 USB1、VDR、VLDLR、VPS13B、WDR19、WDR35、WFS1、WISP3、WNT5A、WNT7A、WRN、ZBTB16、ZEB2、 ZMPSTE24 和 ZNF592。3. 权利要求1或2的试剂盒，其特征在于，所述探针还能够特异性识别其能特异性识别 的各个基因的外显子区域的上下游各30bp的内含子区域。4. 权利要求1或2的试剂盒在检测矮小相关基因中的用途。5. -种检测矮小相关基因的方法，其特征在于，包括： (1) 获取受检者的核酸，所述核酸为基因组核酸和/或游离核酸片段； (2) 捕获所述核酸，获得矮小相关基因区域； (3) 对所述矮小相关基因区域进行序列测定，获得序列信息； (4) 基于所述序列信息检测所述矮小相关基因； 其中，（2)是利用权利要求1-3任一试剂盒进行的。6. 权利要求5的方法，其特征在于，（4)包括基于所述序列信息同时检测所述矮小相关 基因的SNP和微缺失微重复变异。7. 权利要求6的方法，其特征在于，同时检测所述矮小相关基因的SNP和微缺失微重复 变异，包括： 将所述序列信息与参考序列进行第一比对，获得第一比对结果； 将所述第一比对结果与所述参考序列的一部分进行第二比对，获得第二比对结果； 基于所述第一比对结果和所述第二比对结果，同时检测所述矮小相关基因的SNP和微 缺失微重复变异。8. 权利要求7的方法，其特征在于，所述第一比对为全局比对，所述第二比对为局部比 对。9. 权利要求7的方法，其特征在于，所述参考序列为hgl9。10. 权利要求7的方法，其特征在于，所述参考序列的一部分包括与所述矮小相关基因 区域对应的所述参考序列中的每个已知微缺失微重复位点，以及所述每个已知微缺失微重 复位点上下游各l〇〇〇bp的参考序列。11. 权利要求7的方法，其特征在于，利用GATK UnifiedGenotyper软件同时检测所述矮 小相关基因的SNP和微缺失微重复变异。12. -种检测矮小相关基因的装置，其特征在于，包括： A.核酸获取单元，用于获取受检者的核酸，所述核酸为基因组核酸和/或游离核酸片 段； B. 捕获单元，与A单元相连，用于捕获来自A单元中的核酸，以获得矮小相关基因区 域； C. 序列测定单元，与B单元相连，用于对来自B单元的矮小相关基因区域进行序列测 定，以获得序列信息； D. 检测单元，与C单元相连，用于基于来自C单元的序列信息检测所述矮小相关基因； 其中，B单元中的捕获是利用权利要求1-3任一试剂盒进行的。
【专利摘要】本发明提供了一种试剂盒、试剂盒在检测矮小症基因中的用途，一种检测矮小相关基因的方法以及一种检测矮小相关基因的装置。利用本发明试剂盒、方法和/或装置，能够一次性的全面的捕获矮小相关基因区域，检测矮小相关基因的变异情况。
【IPC分类】C12Q1/68, C12M1/34
【公开号】CN105648043
【申请号】
【发明人】张洁, 阿叁, 祝亚萍, 曹飞, 朱惠娟, 潘惠, 杨玲, 易鑫
【申请人】天津华大基因科技有限公司, 深圳华大基因科技有限公司
【公开日】2016年6月8日
【申请日】2014年11月13日