试剂盒及其在检测矮小相关基因中的用图
【技术领域】
[0001] 本发明涉及基因检测领域，特别地，涉及试剂盒及其在检测矮小相关基因中的用 途，更特别地，本发明涉及一种试剂盒，试剂盒在检测矮小相关基因中的用途，检测矮小相 关基因的方法以及一种检测矮小相关基因的装置。
【背景技术】
[0002] 身材矮小（矮小）是指在相似生活环境下，身高较同种族、同性别、同年龄健康儿 童身高均值低2个标准差（-2SD)以上或处于第3百分位数以下。矮小是儿科常见的临床 主诉表征之一，人群中总体发生率为3%左右，其导致因素包括生理性原因和病理性原因。 其中,病理性矮小症（矮小症）约占矮小总体的30% -40%，其病因包括慢性疾病、染色体 异常、综合征、骨骼发育不良、生长激素缺乏和受体不敏感等等[Kant SG，Wit JM，Breuning ΜΗ. Genetic analysis of short stature. Horm Res. 2003 ;60(4) :157-65]。遗传缺陷 (包括单基因突变）是引起矮小症的一个重要的因素。传统的矮小症基因检测方法依靠 精确的临床诊断以及Sanger验证的方法[Seaver LH1, Irons M ;American College of Medical Genetics(ACMG)Professional Practice and Guidelines Committee. Genet Med. 2009Jun ; 11 (6) :465-70]，由于矮小症具有高度的临床和遗传异质性，多种综合征的临 床表征重叠，传统的矮小症基因检测方法需要消耗大量的时间与成本。因此，开发高效、快 捷、经济、可同时对多个已知矮小致病基因进行突变检测的方法对矮小症的研究发展和临 床诊断非常重要。
【发明内容】
[0003] 依据本发明的一方面，提供一种试剂盒，其包括芯片，所述芯片由探针固定在固相 基质上构成，所述探针能够特异性识别以下25个基因的外显子区域：FMR1，BRCC3, WDR81，S ATB2, VRK2, LSM14A, H0XD3, LHX1, RIMS1, MBP, HMX2, GJA8, MBD5, ELN, CHRM3, RPS7P5, FMN2, US P9Y, SRY, UTY, CHL1, LBR, RAI1, FGFR3和RUNX2。这25个基因可作为染色体微缺失微重复的 标识来标记17种由染色体的微缺失微重复导致的矮小症。
[0004] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下53个基因 的外显子区域：PHEX, ENPP1, FGF23, CLCN5, SLC34A3, VDR, CYP2R1, CYP27B1, SLC37A4, AGL, PF KM, PHKA1, PHKB, PHKA2, ALD0A, PGAM2, G6PC, GALNS, IDUA, IDS, ARSB, HYAL1,⑶SB, GLB1, GNPT G, GNPTAB, MAN2B1, MGAT2, SLC35C1, TMEM165, GPD1，GBA，SMPD1，MLYCD, CTSA, UR0C1, FUCA1, PIG0, AGA, GK, CTNS, PHGDH, HGD, ATP7A, SLC17A5, ΜΡ0, MVK, ADA, PCCB, PL0D3, SLC6A19, ACADS 和SUMF1。这53个基因的单核苷酸变异可导致53种与矮小症相关的代谢系统疾病。
[0005] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下44个基因 的外显子区域：S0X3, GHSR, GHRHR, GHR, BTK, GH1 ;SHH, SLC29A3, NDN, CEP57, ALMS 1，SNRPN, N KX2-5, TSHB, THRA, PAX8, TSHR, IYD, ΤΡ0, TG, DU0XA2, DU0X2, SLC26A4, SLC5A5, GCM2, SECISBP 2, THRB, TRHR, TRH, PR0P1, 0TX2, P0U1F1, HESX1, LHX4, LHX3, PCNT, RNU4ATAC, IGF1R, GNAS, HS D11B2, B3GALTL，INSR，CYP11B1和CASR。这44个基因变异可导致47种与矮小症相关的内 分泌系统疾病。
[0006] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下113个基因 的外显子区域：TRIP11, C0L2A1, ARSE, PTH1R,頂PAD1, EBP，GNPAT, PEX7, AGPS，BMPR1B, RMRP ，EXT1, PDE4D, PRKAR1A,⑶F5, NPR2, R0R2, NOG, PTHLH, H0XD13, IHH, BMPR1B，HDAC4, S0X9, NE Kl, WDR35, DYNC2H1, PIK3R2, AKT3, C0L9A3, C0L9A2, C0L9A1, COMP, MATN3, SLC26A2, MMP13, CO L10A1, MMP9, SERPINH1, CRTAP, BMP1, FKBP10, LEPRE1, IFITM5, SERPINF1, PPIB, C0L1A1, SP7, MMP13, PAPSS2, MATN3, TRAPPC2, KIF22, ACP5, DDR2, ACAN, C0L2A1, CHST3, HES7, DLL3, MCPH1 ,ASPM, MYH3, TPM2, TNNT3, IFT43, SOST, C0L11A1, SEC23A, MMP2, ESC02, RIN2, LMX1B, GHR, SLC 35D1, EFNB1, DYM, LIFR, GORAB, SH3BP2, FGFR1, TBX15, CANT1, TFAP2A, TMC01, CHRNA1, CTSK, FLNB, EVC, FBN1, B3GAT3, EFTUD2, EIF2AK3, EVC2, CHRNG, CHRND, SMAD4, P0C1A, TBX3, WNT7A, ERCC6, ERCC2, FBN1, ADAMTSL2, EXT2, TRPV4, SF3B4, CA2, WDR19,⑶F6, FAM123B, TNFRSF11B 和TNNI2。这113个基因变异以及前述的微缺失微重复会致矮小症的FGFR3和RUNX2基因， 可导致124种与矮小症相关的骨骼系统疾病。
[0007] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下5个基因的 外显子区域：ATP8B1，ABCB11，BUB1B，CASP8和CCBE1。这5个基因可导致5种与矮小症相关 的消化系统疾病。
[0008] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下17个基因 的外显子区域：ATP6V0A2, LTBP4, PYCR1, ALDH18A1, DKC1, TERT, TINF2, ERCC3, GTF2H5, EXT1, TRPS1, PLEC1, P0RCN, SLC39A4, C16orf57, IKBKG 和 ZMPSTE24。这 17 个基因任一单核苷酸变 异可导致与矮小症相关的皮肤疾病。
[0009] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下36个基因 的外显子区域：SLC9A6, SMS, HCFC1, NSUN2, RAB40AL, CASK, KDM5C, RPS6KA3, CUL4B, CHMP1A, E X0SC3, AP4S1, AP4E1, AP4B1, GRM1, ZNF592, SEPN1, LARGE, SEPT9, RAPSN, C0L6A2, RTTN, S0X3, NAA10, NF1, LRP5, ATM, SHR00M4, SIL1, SLC6A8, IGBP1, SHH, NDE1, IKBKAP, KIF1A 和 VLDLR。这 36个基因可导致36种与矮小症相关的神经肌肉系统疾病。
[0010] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下11个基 因的外显子区域：BC0R，STRA6, 0TX2, SM0C1, HCCS, S0X2, F0XI1, KCNJ10, SLC26A4, LTBP3 和 CLCN5。这11个基因可导致11种与矮小症相关的耳、鼻、喉五官系统疾病。
[0011] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下18个基因 的外显子区域：FANCE, FANCC, FANCA, FANCG, FANCF, RAD51C, FANCD2, SLX4, HBB, HBA1, SLC19A 2, RPS19，KLF1, GATA1, RARA, ATRX, RBM8A和UR0S。这18个基因加上前述的发生微缺失微重 复会导致矮小症的LBR基因的变异可导致19种与矮小症相关的血液系统疾病。
[0012] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下6个基因的 外显子区域：LAMT0R2, LRBA, BTK, WISP3, ITCH和SMARCAL1。这6个基因的异常可导致6种 与矮小症相关的免疫系统疾病。
[0013] 任选地，试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下145个基因 的外显子区域：CUL7, CCDC8, KCNJ1, SLC12A2, ERCC8, ERCC6, SMC1A, NIPBL, SMC3, HDAC8, RAD2 1, ADAMTS2, SLC39A13, C0L1A2, B4GALT7, C0L3A1, C0L1A1, C0L5A2, C0L5A1, MYCN, MIR17HG, OR C6, 0RC1, CDT1, CDC6, 0RC4, KRAS, RAF1, BRAF, SOS1, PTPN11, OFD1, TCTN3, WNT5A, ROR3, CREBB P, EP300, LIFR, HSPG2, ATR, RBBP8, CEP152, NIN, CEP63, CENPJ, ADAMTS17, FBN1, LTBP2, ADAMT S10, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAB18, FOXG1, MECP2, LRP2, NKX2-1, FGD1, KCNJ2, SBDS, L1CAM, AAA S, TWIST1, NBAS, SEMA3E, PQBP1, SPG20, G6PC3, HYLS1, NBN, IGF2, UBR1, OCRL, CHD7, GLA, CD96 ,LMNA, PHF6, HRAS, IFT140, SRCAP, CTC1, OTX2, ASXL1, FTO, ANKRD11, HSD17B4, MED12, KIF7, D HCR7, CTDP1, MYH8, DDX11, POR, KAT6B, ALDH3A2, TP63, SDHA, A