基于GATK重比对模型，进行重比对。即，在上一比对结果的基础 上，对INDEL附近的所有reads进行局部重新比对，以消除比对的错误，提高变异检测的准 确率。
[0069] 4. 6 检测 SNV INDEL :使用在 GATK UnifiedGenotyper 基础上开发的基于 Hadoop 平台的并行化变异检测模块，同时进行SNP和Indel的检测。比对完成后利用更完备的错 误模型计算基因型似然值，考虑了 PCR、碱基质量（Base Quality)和比对质量（Mapping Quality)等多种因素。UnifiedGenotyper是集合多种变异检测方法而成的一种变异识别软 件（Variants Caller), UnifiedGenotyper使用贝叶斯最大似然模型，同时估计基因型和基 因频率，最后对每一个样本的每一个变异位点和基因型都会给出一个精确的后验概率。该 软件能将输入bam文件中的样本进行变异检测，最后生成一个vcf文件，vcf文件中会包含 所有样本的变异位点和基因型信息。从 vcf文件得到的结果是最原始的、没有经过任何过 滤和校正的Variants集合。这一步产生的变异位点会有很高的假阳性,尤其是indel,因 此，我们在前面进行重比对以尽量减少该突变检测中的假阳性结果。
[0070] 4. 7注释：使用人类基因组数据库NCBI 104,频率数据库dbSNP135、1000human、 ESP6500,以及BGI内部频率数据库进行注释；使用HGVS对变异进行标准命名，同时使用 0M頂、HGMD疾病数据库，C⑶临床基因组数据库进行突变及疾病注释，确定突变位点发生的 基因、坐标、氨基酸改变等。生成与矮小症基因相关的突变数据列表。
[0071] 5.结果分析
[0072] 表3是测序数据统计结果，表4显示目标区域覆盖度统计信息，表5显示检测结 果。
[0073] 表 3
[0074]
[0076] 表 4
[0077]
[0080] 如表5所示，本次基因检测在与软骨发育不良（Achondroplasia，ACH;(mM: 100800)相关的FGFR3基因编码区检测到一个杂合已知致病突变c. 1138G>A (p. Gly380Arg)。FGFR3基因编码区的杂合错义突变c. 1138G>A(p. Gly380Arg)为最常见的软骨 发育不良的致病突变，99%的软骨发育不良患者都是由FGFR3基因的突变所导致。Bellus 等1995年对193例软骨发育不良患者的研究中发现187例患者是由突变c. 1138G>A导 致，占患者的96.9%，5例患者是由该位置的另一突变(：.11386>(：导致，占患者的2.6% [Bellus, G. A.,Hefferon,et al. Achondroplasia is defined by recurrent G380R mutations of FGFR3. Am. J. Hum. Genet. 1995 (56): p.368-373]。软骨发育不良为常染色体 显性遗传病，杂合突变即可致病。因此，c. 1138G>A(p.Gly380Arg)应是受检者骨骼异常相 关病症的原因。
[0081 ] 另外，限于篇幅，列出本次检测出的部分其它变异的信息，如表6所示，表6中的变 异都是数据库中频率< 5%，且可能影响蛋白功能和mRNA剪接的变异类型（包括非同义突 变、蛋白编码区的插入、缺失突变及剪接±l〇bp以内的变异）。
[0082] 表 6
[0083]
[0084]
[0085] *hom/het:hom表示此突变位点为纯合突变，het表示此突变位点为杂合突变。
[0086] *Fr. 1 :dbSNP数据库中收录的关于此SNP的频率信息。
[0087] *Fr. 2 :千人计划中全部测序样本中关于此SNP在亚裔人种中的频率信息。
[0088] *Fr. 3 :ESP6500数据库中收录的关于此SNP的频率信息。
[0089] *Fr. 4 :本地数据库中关于此SNP的频率信息。
[0090] *Condel :Condel数据库预测结果。
【主权项】
1. 一种试剂盒，其包括芯片，所述芯片由探针固定在固相基质上构成，所述探针能够特 异性识别以下 25 个基因的外显子区域：FMR1, BRCC3, WDR81, SATB2, VRK2, LSM14A, H0XD3, LH XI, RIMS1, MBP, HMX2, GJA8, MBD5, ELN, CHRM3, RPS7P5, FMN2, USP9Y, SRY, UTY, CHL1, LBR, RAI1 ,FGFR3 和 RUNX2 ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下53个基因的外显子区域：PHEX，ENPP1，FGF23, C LCN5, SLC34A3, VDR, CYP2R1, CYP27B1, SLC37A4, AGL, PFKM, PHKA1, PHKB, PHKA2, ALDOA, PGAM2 ，G6PC, GALNS, IDUA, IDS, ARSB, HYAL1,⑶SB, GLB1, GNPTG, GNPTAB, MAN2B1, MGAT2, SLC35C1, T MEM165, GPD1，GBA，SMPD1，MLYCD，CTSA，UR0C1，FUCA1，PIGO, AGA，GK，CTNS，PHGDH，HGD，ATP7A ，SLC17A5, MPO, MVK，ADA, PCCB，PL0D3, SLC6A19, ACADS 和 SUMF1 ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下44个基因的外显子区域： S0X3, GHSR, GHRHR, GHR, BTK, GH1 ；SHH, SLC29A3, NDN, CEP57, ALMS1, SNRPN, NKX2-5, TSHB, THR A, PAX8, TSHR, I YD, TPO, TG, DU0XA2, DU0X2, SLC26A4, SLC5A5, GCM2, SECISBP2, THRB, TRHR, TR H, PR0P1, 0TX2, P0U1F1, HESX1, LHX4, LHX3, PCNT, RNU4ATAC, IGF1R, GNAS, HSD11B2, B3GALTL, INSR, CYP11B1和 CASR ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下113个基因的外显子区域：TRIP11, C0L2A1, AR SE, PTH1R,頂PAD1, EBP，GNPAT, PEX7, AGPS，BMPR1B, RMRP, EXT1, PDE4D, PRKAR1A,⑶F5, NPR2 ,R0R2, NOG, PTHLH, H0XD13, IHH, BMPR1B, HDAC4, S0X9, NEK1, WDR35, DYNC2H1, PIK3R2, AKT3, C0L9A3, C0L9A2, C0L9A1, COMP, MATN3, SLC26A2, MMP13, C0L10A1, MMP9, SERPINH1, CRTAP, BMP I, FKBP10, LEPRE1, IFITM5, SERPINF1, PPIB, C0L1A1, SP7, MMP13, PAPSS2, MATN3, TRAPPC2, KI F22, ACP5, DDR2, ACAN, C0L2A1, CHST3, HES7, DLL3, MCPH1, ASPM, MYH3, TPM2, TNNT3, IFT43, SO ST, C0L11A1, SEC23A, MMP2, ESC02, RIN2, LMX1B, GHR, SLC35D1, EFNB1, DYM, LIFR, GORAB, SH3B P2, FGFR1, TBX15, CANT1, TFAP2A, TMC01, CHRNA1, CTSK, FLNB, EVC, FBN1, B3GAT3, EFTUD2, EIF 2AK3, EVC2, CHRNG, CHRND, SMAD4, P0C1A, TBX3, WNT7A, ERCC6, ERCC2, FBN1, ADAMTSL2, EXT2, TRPV4, SF3B4, CA2, WDR19,⑶F6, FAM123B，TNFRSF11B 和 TNNI2 ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下5个基因的外显子区域： ATP8B1, ABCB11, BUB1B, CASP8 和 CCBE1 ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下17个基因的外显子区域：ATP6V0A2, LTBP4, PYC Rl, ALDH18A1, DKC1, TERT, TINF2, ERCC3, GTF2H5, EXT1, TRPS1, PLEC1, PORCN, SLC39A4, C16or f57,IKBKG 和 ZMPSTE24 ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下36个基因的外显子区域：SLC9A6, SMS, HCFC1, N SUN2, RAB40AL, CASK, KDM5C, RPS6KA3, CUL4B, CHMP1A, EX0SC3, AP4S1, AP4E1, AP4B1, GRM1, ZN F592, SEPN1, LARGE, SEPT9, RAPSN, C0L6A2, RTTN, S0X3, NAA10, NF1, LRP5, ATM, SHR00M4, SIL1 ,SLC6A8, IGBP1, SHH, NDE1, IKBKAP, KIF1A 和 VLDLR ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下11个基因的外显子区域：BC0R, STRA6, 0TX2, SM 0C1, HCCS, S0X2, F0XI1, KCNJ10, SLC26A4, LTBP3 和 CLCN5 ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下18个基因的外显子区域：FANCE， FANCC,FANCA, FANCG,FANCF,RAD51C,FANCD2,SLX4,HBB,HBA1,SLC19A2,RPS19, KLF1, GATA1, RARA, ATRX, RBM8A 和 UR0S ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下6个基因的外显子区域： LAMT0R2, LRBA, BTK, WISP3, ITCH 和 SMARCAL1 ; 任选地，所述探针能够特异性识别以下145个基因的外显子区域：⑶L7, (XDC8, KCNJ1， SLC12A2, ERCC8, ERCC6, SMC1A, NIPBL, SMC3, HDAC8, RAD21, ADAMTS2, SLC39A13, C0L1A2, B4GA LT7, C0L3A1, C0L1A1, C0L5A2, C0L5A1, MYCN, MIR17HG, 0RC6, 0RC1, CDT1, CDC6, 0RC4, KRAS, RA FI, BRAF, S0S1, PTPN11, 0FD1, TCTN3, WNT