一种检测甘薯羽状斑驳病毒的rt-lamp试剂盒及其专用引物的利记博彩app_2

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具体实施方式】
[0034] 下面结合【具体实施方式】对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐 明本发明,而不是为了限制本发明的范围。
[0035] 下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。
[0036] 下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
[0037] 下述实施例中甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus, SPFMV)、甘薯 G 病毒(Sweet potato virus G,SPVG)和甘薯卷叶病毒(Sweet potato leaf curl virus,SPLCV)记载在如下文献中:乔奇,张振臣,张德胜等.中国甘薯病毒种类的血 清学和分子检测[J].植物病理学报,2012, 42(1) :10-16.,公众可从北京市植物保护站(即 申请人处)获得上述材料。
[0038] 甘薯 C 病毒(Sweet potato virus C,SPVC)和甘薯病毒 2 号(Sweet potato virUS2,SPV2)记载在如下文献中:包改丽,左瑞娟,饶维力等.云南甘薯病毒的检测及主要 病毒的多样性分析[J].微生物学通报,2013, 40(2) :236-248.,公众可从北京市植物保护 站(即申请人处)获得上述材料。
[0039] 甘薯无症病毒 I (Sweetpotato symptomless virus 1,SPSMV-1)记载在如下 文南犬中:Mbanzibwa, D. R.,Tairo,F.,Gwandu, C.,Kullaya, A.,2011. First report of sweetpotato symptomless virus land sweetpotato virus A in sweetpotatoes in Tanzania. Plant Dis. 95 :224.,公众可从北京市植物保护站(即申请人处)获得上述材料。
[0040] 下述实施例中感染甘薯羽状斑驳病毒的甘薯叶片和未感染甘薯羽状斑驳病毒的 健康甘薯叶片,公众可从北京市植物保护站(即申请人处)获得。
[0041] 1丐黄绿素焚光染料为向IOOmg钙黄绿素 (Thermo fisher公司产品,产品目录号为 S-34854)中加入IOOrnl生理盐水得到的染料。
[0042] 荧光试剂为向1 μ I SYBR Green I核酸染料(Thermo fisher公司产品,产品目录 号为S-7563)中加入49 μ 1去离子水得到的试剂。
[0043] 10Χ反应缓冲液为New England Biolabs公司产品,产品目录号为B9004S ; Bst DNA聚合酶为New England Biolabs公司产品,产品目录号为M0537S;M-MLV反转录 酶为Takara公司产品,产品目录号为2641Q ;甜菜碱为Sigma公司产品,产品目录号为 61962-50G ;MgS04S Sigma 公司产品,产品目录号为 746452-500G ;dNTP 为 Takara 公司产 品,产品目录号为4030Q。
[0044] 实施例1、检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP成套引物的制备
[0045] 本实施例的检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP成套引物由引物SPFMV-F3、引物 SPFMV-B3、引物 SPFMV-FIP、引物 SPFMV-BIP、引物 SPFMV-LF 和引物 SPFMV-LB 组成,各条引 物均为单链DNA分子,它们的核苷酸序列依次如序列表中的序列1、序列2、序列3、序列4、 序列5和序列6所示。
[0046] 制备引物 SPFMV-F3、引物 SPFMV-B3、引物 SPFMV-FIP、引物 SPFMV-BIP、引物 SPFMV-LF 和引物 SPFMV-LB。
[0047] 实施例2、利用检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP试剂盒检测待测样品
[0048] -、检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP试剂盒的制备
[0049] 制备检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP试剂盒,包括试剂盒C或试剂盒D :
[0050] 试剂盒C为将反应试剂C、空白对照和阴性对照组装在一起得到的产品;
[0051] 试剂盒D为将反应试剂D、空白对照和阴性对照组装在一起得到的产品。
[0052] 其中,所述反应试剂C,包括2. 5μ I IOX反应缓冲液、8U Bst DNA聚合酶、200U 1-]\0^反转录酶、25以111〇1甜菜碱、荧光试剂1以1、0.15以111〇1]\%304、0.04以111〇1(1犯1\引物 SPFMV-F3 和引物 SPFMV-B3 各 5pmol、引物 SPFMV-FIP 和引物 SPFMV-BIP 各 40pmol、引物 SPFMV-LF和引物SPFMV-LB各20pmol,用去离子水补至24 μ 1。
[0053] 所述反应试剂D,包括2. 5μ1 IOX反应缓冲液、8U Bst DNA聚合酶、200U M-MLV 反转录酶、25 μ mol甜菜碱、|丐黄绿素焚光染料5pmol、0. 15 μ mol MgSOzp0.0 4 μ mol dNTP、 引物 SPFMV-F3 和引物 SPFMV-B3 各 5pmol、引物 SPFMV-FIP 和引物 SPFMV-BIP 各 40pmol、引 物SPFMV-LF和引物SPFMV-LB各20pmol,用去离子水补至24 μ 1。
[0054] 所述阴性对照为未感染甘薯羽状斑驳病毒的健康甘薯叶片的总RNA,使用时加入 1 μ 1〇
[0055] 所述空白对照为灭菌超纯水,使用时加入1 μ 1。
[0056] 二、利用步骤一制备的试剂盒D检测待测样品
[0057] 1、用 TaKaRa MiniBEST Plant RNA Extraction Kit (购自北京六合通经贸有限公 司)分别提取感染甘薯羽状斑驳病毒的甘薯叶片总RNA和未感染甘薯羽状斑驳病毒的健康 甘薯叶片的总RNA,RNA的浓度均为Ing/ μ 1。
[0058] 2、RT-LAMP
[0059] 具体的检测方法如下:
[0060] (1)向试管中加入24 μ 1反应试剂D和1 μ 1步骤1提取的感染甘薯羽状斑驳病毒 的甘薯叶片的总RNA得到反应液,然后将反应液于63°C反应60分钟。反应结束后,观察反 应液的颜色变化。
[0061] 按照上述方法,将感染甘薯羽状斑驳病毒的甘薯叶片的总RNA分别替换为步骤1 提取的未感染甘薯羽状斑驳病毒的健康甘薯叶片的总RNA和灭菌超纯水,其它步骤均不 变。反应结束后,观察反应液的颜色变化。
[0062] (2)结果观察和判定:如果反应液的目测颜色为绿色、则待测样品中含有或疑似 含有甘薯羽状斑驳病毒;如果反应液的目测颜色为橙色、则所述待测样品中不含有或疑似 不含有甘薯羽状斑驳病毒。
[0063] 实验结果表明:加入感染甘薯羽状斑驳病毒的甘薯叶片的总RNA的试管进行 RT-LAMP后,反应液目测颜色为绿色;而加入未感染甘薯羽状斑驳病毒的健康甘薯叶片的 总RNA或灭菌超纯水的试管进行RT-LAMP后,反应液目测颜色为橙色。结果表明,本发明提 供的检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP试剂盒可准确的检测甘薯羽状斑驳病毒。
[0064] 实施例3、实施例2的检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP试剂盒的特异性
[0065] -、以实施例2的检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP试剂盒C进行特异性实验,实 验重复三次,每次重复的步骤如下:
[0066] 1、用 TaKaRa MiniBEST Plant RNA Extraction Kit (北京六合通经贸有限公司产 品)分别提取SPFMV的总RNA、SPVC的总RNA、SPVG的总RNA、SPLCV的总RNA、SPSMV-I的 总RNA和SPV2的总RNA,RNA的浓度均为Ing/ μ 1。
[0067] 2、RT-LAMP
[0068] (1)向试管中加入24 μ 1反应试剂C和1 μ 1步骤1提取的SPFMV的总RNA得到反 应液,然后将反应液于63°C反应60分钟。以循环数为横坐标,PCR产物的量为纵坐标,得到 荧光检测系统绘制的扩增曲线。设置2个试管作为重复。
[0069] 按照上述方法,将SPFMV的总RNA分别替换为SPVC的总RNA、SPVG的总RNA、SPLCV 的总RNA、SPSMV-I的总RNA、SPV2的总RNA和灭菌超纯水,其它步骤均不变,得到相应的扩 增曲线。
[0070] (2)结果观察和判定:如果扩增曲线呈现典型的"S型"、则待测样品中含有或疑似 含有甘薯羽状斑驳病毒;如果扩增曲线呈现为水平直线、则所述待测样品不含有或疑似不 含有甘薯羽状斑驳病毒。
[0071] RT-LAMP结果见图1中A,只有加入SPFMV的总RNA的试管进行RT-LAMP得到典型 的"S型"扩增曲线。
[0072] 二、以实施例2的检测甘薯羽状斑驳病毒的RT-LAMP试剂盒D进行特异性实验,实 验重复三次,每次重复的步骤如下:
[0073] 1、用 TaKaRa MiniBEST Plant RNA Extraction Kit (北京六合通经贸有限公司 产品)分别提取 SPFMV 总 RNA、SPVC 总 RNA、SPVG 总 RNA、SPLCV 总 RNA、SPSMV-I 总 RNA 和 SPV2总RNA,RNA的浓度均为Ing/ μ 1。
[0074] 2、RT-LAMP
[0075] (1)向EP管中加入24 μ 1反应试剂D和1 μ 1步骤
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