NO.6所示;
[0122] DYF404S1 引物对:
[0123] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.7所示,
[0124] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.8所示;
[0125] DYS449 引物对:
[0126] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.9所示,
[0127] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 10所示;
[0128] DYS518 引物对:
[0129] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.11所示,
[0130] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 12所示;
[0131] DYS526b 引物对:
[0132] 上游引物F的序列如SEQ ID NO. 13所示,
[0133] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 14所示;
[0134] DYS547 引物对:
[0135] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.15所示,
[0136] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 16所示;
[0137] DYS570 引物对:
[0138] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.17所示,
[0139] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 18所示;
[0140] DYS576 引物对:
[0141] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.19所示,
[0142] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.20所示;
[0143] DYS612 引物对:
[0144] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.21所示,
[0145] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.22所示;
[0146] DYS626 引物对:
[0147] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.23所示,
[0148] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.24所示;
[0149] DYS627 引物对:
[0150] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.25所示,
[0151] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.26所示。
[0152] 所述13个基因座引物分别用6-FAM、VIC、NED或PET四种荧光素标记;采用蓝色6-FAM 荧光素标记 DYS612、DYF387S1 和 DYF403Sla/b,绿色 VIC 荧光素标记 DYS576、DYF399S1、 DYS627和DYS526b,黄色NED荧光素标记DYF404S1、DYS626和DYS547,红色PET荧光素标记 DYS570、DYS518和DYS449。
[0153] 如图1所示,所述荧光复合扩增体系中各基因座的长度范围分别是:0¥5612:158_ 194bp,DYF387Sl:228-268bp,DYF403Sla:305-357bp,DYF403Slb :422-482bp,DYS576:154-182bp,DYF399Sl:233-286bp,DYS627:321-353bp,DYS526b :415-455bp,DYF404Sl:178-202bp,DYS626:267-303bp,DYS547:336-388bp,DYS570:131-171bp,DYS518:250-294bp, DYS449:331-383bp〇
[0154] 各基因座扩增产物的片段长度由核心重复区的长度和侧翼序列的长度决定。由于 核心重复区需保证完整扩增,故可以通过设计上下游引物的位置调整扩增产物的长度,从 而能使各基因座的扩增产物长度区分开来。
[0155] 本申请实施例设计好的引物通过Primer 3软件测定,使各个基因座的退火温度尽 可能接近,从而在同样条件下扩增时都达到良好效果。为避免引物与引物之间可能出现的 相互作用,使用AutoDimer vl.O软件进行引物二聚体的检测,检测无二聚体产生则为可用。 此外,为检测扩增产物的特异性,用BLAST软件查询是否存在目的序列之外的可被扩增的序 列。
[0156] 本申请实施例基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的使用方法,包括如下 步骤:
[0157] 1.按照上述SEQ ID N0.1-26所示的引物序列合成引物,并在一条引物上分别标记 6-FAM、VIC、NED或PET四种荧光染料,将引物粉末溶解,并将上、下游引物配成工作液;
[0158] 2.将每对引物按照一定浓度的比例混合,配成引物混合物;
[0159] 3.提取基因组DNA;
[0160] 4.DNA 扩增;
[0161 ] 5.对扩增产物进行毛细管电泳分离。
[0162] 实施例1:本申请实施例1荧光复合扩增体系使用的引物序列和浓度具体见下表1:
[0163] 表1
[0164]
[0165]
[0166] 本申请实施例1基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体糸的使用方法,包括如下 步骤:
[0167] 1.按照上述表1中引物序列合成引物,并在一条引物上分别标记6_FAM、VIC、NED或 PET荧光染料。将引物粉末用lml去离子水溶解,并将上、下游引物配成5μΜ的工作液;
[0168] 2.将每对引物按照表1中所述浓度的比例混合,配成引物混合物;
[0169] 3.用Chelex-100法提取基因组DNA;
[0170] 4.在ABI 2720扩增仪上进行DNA扩增;
[0171] 5.使用ABI 3130型遗传分析仪对扩增产物进行毛细管电泳分离。由Data Collection Software 3.1收集数据,并用GeneMapper ID ν3·2软件进行片段长度分析。
[0172] 所述DNA扩增体系包括PCR缓冲液、引物混合物、模板DNA及双蒸水,具体见下表2: [0173]表2:扩增反应体系
[0174]
[0175] 60 'C延伸30min,然后4'C保存
[0176] 本申请实施例1列出的13个基因座引物经检验,满足复合扩增的条件,扩增效果良 好。本申请实施例基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系可应用于同一家族中的个体 识别,例如图2a和图2b所示的本发明实施例复合扩增体系在一例父-子样本中使用的识别 结果图。图2a为父亲的分型,图2b为儿子的分型。图中可见在DYF403Sla和DYF399S1两个基 因座上发生了突变,导致父子分型不一致。这种不一致有助于区分两个来自同一家系的个 体。
[0177] 上述本申请实施例中的技术方案,至少具有如下的技术效果或优点:(1)本申请实 施例荧光复合扩增体系将13个新的快速突变Y-STR基因座复合在一个反应体系中,使13个 基因座同时扩增和检验,引物设计和浓度的扩增效果较好,稳定性强,灵敏度高,实验过程 简便,分型结果清晰,可用于法医学实际案例应用,尤其是可应用于男性个体识别,尤其是 来自同一家系的男性个体识别。(2)根据前期的人群频率调查,发明人得出了各个基因座的 等位基因大致范围,即确定了各基因座核心重复区的变化范围。在此基础上设计引物,适当 调整各基因座的侧翼序列长度,使相邻基因座之间留有不少于20bp的间隔,以保证未被发 现的等位基因不会跨越到相邻基因座的范围导致分型困难。(3)本发明根据各基因座片段 长度的差异,重新设计引物,使13个基因座能够通过分组、排序融合在一个复合体系中,既 保证每个基因座能够有良好的扩增效果,又避免了不同基因座之间的相互影响。
[0178]尽管已描述了本发明的优选实施例,但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造 性概念,则可对这些实施例作出另外的变更和修改。所以,所附权利要求意欲解释为包括优 选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。显然,本领域的技术人员可以对本发明 进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样,倘若本发明的这些修改和变型 属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内,则本发明也意图包含这些改动和变型在 内。
【主权项】
1. 一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系,其特征在于:包含13个基因座,具 体如下:DYF387Sl、DYF399Sl、DYF403Sla/b、DYF404Sl、DYS449、DYS518、DYS526b、DYS547、 DYS570、DYS576、DYS612、DYS626 和 DYS627;其中扩增引物对分别为: DYF387S1引物对: 上游引物F的序列如SEQ ID NO. 1所示, 下游引物R的序列如SEQ ID NO.2所示; DYF399S1引物对: 上游引物F的序列如SEQ ID NO.3所示, 下游引物R的序列如SEQ ID NO.4所示; DYF403Sla/b 引物对: 上游引物F的序列如SEQ ID N