一种基于快速突变y-str基因座的复合扩增体系、方法及应用_2

文档序号:9882375阅读:来源:国知局
cattatgtattctgtttgttttcagc-37 ,
[0071] R:57-gtttgggttacttcgccaga-37 ;
[0072] DYS547 引物对:
[0073] F:57-NED-tttccttcatcccttccttctt-37 ,
[0074] R:57-gagtgacagagcataaacgtgtc-37 ;
[0075] DYS570 引物对:
[0076] F:57-gaaatcctggctgtgtcctc-37 ,
[0077] R:57-PET-caactggtggcaacctaagc-37 ;
[0078] DYS576 引物对:
[0079] F:57-VIC-ctcagccaagcaacatagca-37 ,
[0080] R:57-gttcctggagatgaaggagga-37 ;
[0081 ] DYS612 引物对:
[0082] F:57-FAM-cagcatgaagtttcacacagg-37 ,
[0083] R:57-gtgagggaaggcaaaagaaaa-37 ;
[0084] DYS626 引物对:
[0085] F:57-gcaagaccccatagcaaaag-37 ,
[0086] R:57-NED-tcctgagatgtcattatttatgtcg-37 ;
[0087] DYS627 引物对:
[0088] F:57-VIC-ctaggtgacagcgcaggatt-37 ,
[0089] R:57-ggataatgagcaaatggcaag-37 〇
[0090] 作为进一步的优选,荧光复合扩增体系中各基因座的长度范围分别是:DYS612: 158-194bp,DYF387S1:228-268bp,DYF403Sla:305-357bp,DYF403Slb:422-482bp,DYS576: 154-182bp,DYF399S1:233-286bp,DYS627:32h353bp,DYS526b:415-455bp,DYF404Sl:178-202bp,DYS626:267-303bp,DYS547:336-388bp,DYS570:131-171bp,DYS518:250-294bp, DYS449:331-383bp〇
[0091] 作为进一步的优选,所述各引物对在扩增体系中的终浓度分别是:DYF387S1引物 对:0 · 04μΜ; DYF399S1 引物对:0 · 04μΜ;DYF403Sla/b引物对:0 · ΙΟμΜ;DYF404S1 引物对:0 · 04μ M;DYS449引物对:0.15yM;DYS518引物对:0.08yM;DYS526b 引物对:0.30yM;DYS547引物对: 0 · 30μΜ; DYS570 引物对:0 · 04μΜ; DYS576 引物对:0 · 02μΜ; DYS612 引物对:0 · 03μΜ; DYS626 引物 对:0.04μΜ; DYS627 引物对:0.20μΜ。
[0092] 上述基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的使用方法,包括如下步骤:
[0093] 1)按照SEQ ID Ν0.1-26所示引物序列合成引物,并在上游引物或下游引物上分别 标记6-FAM、VIC、NED或PET荧光染料。将荧光标记后的引物粉末用去离子水溶解,并将上、下 游引物配成5μΜ的工作液;
[0094] 2)将每对引物按照各自浓度的比例混合,配成引物混合物;
[0095] 3)用 Chelex-100 法提取基因组 DNA;
[0096] 4)在ABI 2720扩增仪上进行DNA扩增;
[0097] 5)对扩增产物进行毛细管电泳分离。
[0098] 作为进一步的优选,步骤2)中,所述各引物对在引物混合物中的终浓度分别是 DYF387S1 引物对:0 · 04μΜ;DYF399S1 引物对:0 · 04μΜ; DYF403Sla/b引物对:0. ΙΟμΜ; DYF404S1 引物对:0.04μΜ; DYS449 引物对:0.15μΜ; DYS518 引物对:0.08μΜ; DYS526b 引物对:0.30μΜ; DYS547 引物对:0 · 30μΜ; DYS570 引物对:0 · 04μΜ; DYS576 引物对:0 · 02μΜ; DYS612 引物对:0 · 03 μΜ; DYS626 引物对:0 · 04μΜ; DYS627 引物对:0 · 20μΜ。
[0099] 作为进一步的优选,步骤4)中,DNA扩增时反应条件如下:步骤1、95°C预变性2min, 步骤2、95°C变性30s,步骤3、60°C复性90s,步骤4、72°C延伸60s,重复2至4步骤30次,然后60 。(:延伸 30min,4°C 保存。
[0100] 作为进一步的优选。步骤4)中,所述DNA扩增体系包括PCR缓冲液、引物混合物、模 板DNA及双蒸水,例如,以总体积20μ1计,所述DNA扩增体系包括2 X Platinum?. Mul tipi ex PCR Master Mix ΙΟμΙ、引物混合物5.52μ1、模板DNAlyl,余量为双蒸水。
[0101] 作为进一步的优选,步骤5)中,使用ABI 3130型遗传分析仪对扩增产物进行毛细 管电泳分离,由Data Collection Software 3.1 收集数据,并用GeneMapper ID ν3·2软件 进行片段长度分析。
[0102] 上述基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系在男性个体识别中的应用,尤其 是来自同一家系的男性个体识别中的应用。
[0103] -种试剂盒,包括上述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系中的扩增引 物对的混合物。
[0104] 本发明的有益效果是:(1)本申请荧光复合扩增体系将13个新的快速突变Y-STR基 因座复合在一个反应体系中,使13个基因座同时扩增和检验,引物设计和浓度的扩增效果 较好,稳定性强,灵敏度高,实验过程简便,分型结果清晰,可应用于法医学实际案例中,尤 其是可应用于来自同一家系的男性个体识别。(2)根据前期的人群频率调查,发明人得出了 各个基因座的等位基因大致范围,即确定了各基因座核心重复区的变化范围。在此基础上 设计引物,适当调整各基因座的侧翼序列长度,使相邻基因座之间留有不少于20bp的间隔, 以保证未被发现的等位基因不会跨越到相邻基因座的范围导致分型困难。(3)本发明根据 各基因座片段长度的差异,重新设计引物,使13个基因座能够通过分组、排序融合在一个复 合体系中,既保证每个基因座能够有良好的扩增效果,又避免不同基因座之间的相互影响。
【附图说明】
[0105] 图1为本发明实施例所构建的荧光复合扩增体系组合图。
[0106] 图2a、b为一例父-子样本使用本发明实施例复合扩增体系检测的结果图。
[0107] 其中:
[0108] 图2a为该父亲样本经本发明实施例复合扩增体系检测后的电泳图谱。
[0109] 图2b为该儿子样本经本发明实施例复合扩增体系检测后的电泳图谱。
【具体实施方式】
[0110] 本发明通过提供一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系、方法及应用,针 对这13个快速突变Y-STR基因座,在群体频率调查的基础上重新设计引物,并按照特定的组 合和引物浓度将这13个基因座融合在一个复合反应体系中,使13个基因座同时扩增和检 验,使检验过程更方便快捷,并能保证所有基因座检验的正确性和稳定性。
[0111] 为了更好的理解上述技术方案,下面将结合说明书附图以及具体的实施方式对上 述技术方案做详细的说明。
[0112] -种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系,包含13个基因座,具体如下: DYF387Sl、DYF399Sl、DYF403Sla/b、DYF404Sl、DYS449、DYS518、DYS526b、DYS547、DYS570、 DYS576、DYS612、DYS626、DYS627;其中扩增引物对分别为:
[0113] DYF387S1 引物对:
[0114] 上游引物F的序列如SEQ ID NO. 1所示,
[0115] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.2所示;
[0116] DYF399S1 引物对:
[0117] 上游引物F的序列如SEQ ID NO.3所示,
[0118] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.4所示;
[0119] DYF403Sla/b 引物对:
[0120] 上游引物F的序列如SEQ ID NO.5所示,
[0121] 下游引物R的序列如SEQ ID
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