Egfr生物标志物用于利用抗egfr试剂治疗胃癌的用图
【专利说明】EGFR生物标志物用于利用抗EGFR试剂治疗胃癌的用途
[0001] 相关申请的交叉引用
[0002] 本申请要求2013年3月14日提交的国际专利申请号PCT/CN2013/072638的权益， 所述国际专利申请出于所有目的通过引用整体并入本文。 发明领域
[0003] 本申请总体上设及用于治疗胃肿瘤，具体地治疗先前已被确定具有特定表皮生长 因子受体巧GFR)生物标志物的患者的方法。
[0004] 发明背景
[0005] 胃癌（GC)是最常见和最致命的癌症之一，每年全世界有约100万例诊断和约70 万例死亡1，在东亚具有高发病率 2。然而，对于大多数GC患者，除了手术W外，可用的有效治 疗选项非常少。曲妥珠单抗(HerceptinK), -种祀向肥R2的单克隆抗体，是唯一被批准的 祀向疗法，但限制于小部分具有较高肥R2巧GFR2)基因表达3和扩增的GC患者。可在GC中 显示显著益处的最近批准的药物可特别期望满足此迫切需要。EGFR，也称为ERBBl/肥R1，属 于肥R2的相同家族，并且是在上皮癌，包括结肠直肠癌（CRC)、GC和非小细胞肺癌（NS^C) 等中表达的受体酪氨酸激酶（RTK)。西妥昔单抗是结合EGFR并且阻断其配体诱导的下游信 号转导，从而抑制细胞增殖的单克隆抗体。西妥昔单抗已被美国食品与药品管理局（抑A) 批准用于治疗不激活密码子12/13处的KRAS突变4的表达EGFR的转移性CRC(mCRC)，和 头颈鱗状细胞癌（SCCHN)s，但西妥昔单抗尚未被批准用于治疗GC。存在几个关于西妥昔单 抗/化疗治疗剂用于晚期GC的联合治疗的II期临床试验，但研究尚未显示超过当前护理 标准（SOC)的显著更好的临床益处6S。由MerckSerona资助的随机对照III期试验最近 已被报导不能满足其主要终点（NCT00678535 :Rrbi1:uxinCombinationWithXelodaand CisplatininAdvancedEsophago-gastricCancer，或EXPAND)。
[0006] 从而迫切需要新的有效祀向疗法。本发明提供该有利方面和其它有利方面。
[0007] 发明概述
[0008] 本发明的一个方面提供用于治疗胃肿瘤的方法，其包括向需要此种治疗的患者施 用有效量的药物。在一些实施方案中，所述药物针对表皮生长因子受体巧GFR)。在一些实施 方案中，所述药物针对EGFR的信号转导途径的下游。在一些实施方案中，所述药物是EGFR 的配体的括抗剂或抗体，例如表皮生长因子巧GF)、转化生长因子aaGFa)、皿-EGF、双调 蛋白、P-细胞素、epigen和/或表皮调节素的括抗剂或抗体。在一些实施方案中，所述药 物是小分子。在一些实施方案中，所述药物针对由EGFR与化bB受体家族的另一个成员形 成的异二聚体诸如时bB2/Her2/neu。在一些实施方案中，所述药物针对由EGFR形成的同二 聚体。在一些实施方案中，所述药物是针对EGH?的抗体或抗体样治疗性实体（抗EGH?抗体 治疗），例如西妥昔单抗。在一些实施方案中，患者已被确定含有EGFR生物标志物。在所述 方法的一个实施方案中，胃肿瘤是胃腺癌。在所述方法的另一个实施方案中，抗EGFR试剂 是抗EGH?抗体。在另一个实施方案中，抗EGHU式剂是西妥昔单抗、帕尼单抗、尼妥珠单抗、 抗体806、Sym004或MM-151。在某些实施方案中，抗EGFR试剂是2种或更多种抗EGFR试剂 的组合。在另一个实施方案中，所述方法还包括施用与胃肿瘤的标准治疗组合的抗EGFR试 剂。在一个实施方案中，所述方法还包括施用与化学疗法或放射疗法组合的抗EGFR试剂。 在其它实施方案中，所述方法包括施用与顺销和卡培他滨、5-氣尿喀晚、奥沙利销、伊立替 康、多西他赛、紫杉醇、多柔比星、丝裂霉素C、依托泊巧、吉西他滨或卡销的一种或多种组合 的抗EGFR试剂。如在本文中进一步概述的，在一个实施方案中，EGFR生物标志物是EGFR基 因扩增或EGFR过表达。在运一点上，EGFR基因扩增可包含比预定数目多的EGFR基因拷贝 数。EGFR过表达可包含比预定水平高的水平的EGFRRNA、蛋白质或活性。在所述方法的某 些实施方案中，患者已被确定含有EGFR生物标志物但不含肥R2生物标志物。因此，在一个 实施方案中，向患者施用抗EGFR试剂而不施用抗肥R2试剂。
[0009]本发明的另一个方面提供用于确定患者是否适合抗EGFR治疗的方法，其包括检 测患者的样本中EGFR生物标志物的存在或不存在，其中EGFR生物标志物的存在指示患者 适合于抗EGFR治疗。在一些实施方案中，所述治疗包括一种或多种针对EGFR的药物、针对 EGFR的信号转导途径下游的药物、针对EGFR的配体的药物、针对由EGFR形成的同二聚体或 由EGFR与化bB受体家族的另一个成员形成的异二聚体的药物。在一些实施方案中，所述 药物是抗EGFR试剂。在一些实施方案中，抗EGFR试剂包括抗EGFR抗体。在一些实施方案 中，抗EGFR抗体包括西妥昔单抗。
[0010] 本发明的其它方面提供用于提供实验室服务的方法，其包括接收具有胃肿瘤的患 者的样本，进行测试W检测样本中EGFR生物标志物的存在或不存化和向患者的保健提供 者提供测试结果。
[0011]本发明的另一个方面提供一种试剂盒，其包含适合用于EGFR生物标志物的检测 的试剂和按照本文中描述的方法使用EGFR生物标志物治疗胃肿瘤的说明书。
[0012]在另一个实施方案中，本发明提供了为预测、测定、评价或监测利用抗EGFR药物， 例如利用西妥昔单抗的胃肿瘤治疗或其治疗功效提供有用信息的方法。所述方法包括确定 患者是否具有EGFR生物标志物。
[0013]在另一个实施方案中，本发明提供用于监测患有胃肿瘤的受试者的抗EGFR治疗 的反应或功效的方法。在一些实施方案中，所述方法包括检测受试者的生物样本中EGFR生 物标志物的存在或不存在。在一些实施方案中，EGFR生物标志物是相较于预定的标准水平 的EGFR基因扩增和/或EGFR过表达。在一些实施方案中，EGFR生物标志物的存在指示患 者是治疗的反应者，并且抗EGFR治疗在患者中可具有功效，然而EGFR生物标志物的不存在 指示患者不是治疗的反应者，并且抗EGFR治疗在患者中可能不具有功效。
[0014]在另一个实施方案中，本发明提供用于确定治疗患有胃肿瘤的受试者的治疗方案 的方法。在一些实施方案中，所述方法包括检测受试者的生物样本中EGFR生物标志物的存 在或不存在。在一些实施方案中，EGFR生物标志物是相较于预定标准水平的EGFR基因扩 增和/或EGFR过表达。在一些实施方案中，基于生物样本中EGFR生物标志物的存在或不 存在确定治疗方案。
[0015]在另一个实施方案中，本发明提供用于预测对于患有胃肿瘤的受试者的治疗功效 的方法。在一些实施方案中，所述方法包括检测受试者的生物样本中EGFR生物标志物的存 在或不存在。在一些实施方案中，EGFR生物标志物是相较于预定标准水平的EGFR基因扩 增和/或EGFR过表达。在一些实施方案中，EGFR生物标志物的存在指示积极治疗功效。
[0016] 在另一个实施方案中，本发明提供用于提供数据的方法。在一些实施方案中，所述 方法包括检测患有胃肿瘤的受试者的生物样本中EGFR生物标志物的存在或不存在。在一 些实施方案中，所述方法还包括为保健提供者提供关于EGFR生物标志物的存在或不存在 的信息W供诊断或治疗受试者。在一些实施方案中，所述方法还包括在检测步骤之前从保 健提供者接收生物样本。
[0017] 在另一个实施方案中，本发明提供为监测、预测或测定抗EGFR治疗的治疗功效提 供有用信息的方法。在一些实施方案中，所述方法包括检测患有胃肿瘤的受试者的生物样 本中EGFR生物标志物相较于预定标准水平的存在或不存在。在一些实施方案中，所述方法 还包括为提供治疗功效的预测或测定的实体提供关于EGFR生物标志物的存在或不存在的 信息。
[0018] 对于本文中描述的所有方法，在一些实施方案中，在抗EGFR治疗之前检测患者中 的EGFR活性的基线水平。EGFR活性的此类基线水平包括，但不限于EGFR基因拷贝数、转 录物丰度、转录物稳定性、转录速率、翻译速率、翻译后修饰、蛋白质丰度、蛋白质稳定性和/ 或蛋白质酶促活性等。在一些实施方案中，当与预定标准水平相比较时患者中的EGFR活性 的基线水平的升高指示EGFR生物标志物的存在。
[0019] 对于本文中描述的所有方法，在一些实施方案中，生物样本选自血液、皮肤、毛发、 毛囊、唾液、口腔粘液、阴道粘液、汗液、泪液、上皮组织、尿液、精子、精液、精浆、前列腺液、 射精前液体（考巧液）、排泄物、活检、腹水、脑脊液、淋己液W及组织提取物样本或活检样 本。
[0020] 附图简述
[0021] 结合W下与附图结合获得的详细描述，可更全面地理解本发明，其中：
[002引图1.GC-ADC:曲!的ime發模型对西妥昔单抗起反应：图A(图1A):通过西妥昔单 抗产生的反应者（上面3个模型）和非反应者（下面=排8个模型）的代表性肿瘤生长抑 审IJ。图B(图1B):模型GA0022的药效分析。在0、6、24和72小时时间点西妥昔单抗治疗后 模型GA0022肿瘤的祀服-I肥分析。显示了I肥图像和评分。图C(图1C):通过肿瘤对西 妥昔单抗值T/DC)的反应分选PDX-GC模型。右边部分的反应者展示较高的EGFRmRNA水 平和I肥染色强度，和仅有的两例（GA0075和GAO152,CN> 5)基因扩增。
[002引图2.抗肿瘤活性与EGFR基因扩增和过表达的相关性。（加框的项表示具有EGFR基因扩增的模型）。图A(图2A) =GC-ADC肿瘤肿瘤对西妥昔单抗反应的瀑布图；图B(图 2B):使用AffymetrixSNP6忍片分析进行的GC模型的EGFR基因拷贝数分析。图C(图2C): 如AffymetixGeneChipHG-U219测量的相对mRNA水平。D如通过pPCR测量的EGFRmRNA 表达。
[0024]图3.将LobodaRAS途径标签评分对比随时间推移的肿瘤尺寸绘图。发现Loboda RAS途径标签评分与肿瘤反应几乎没有相关性。
[00巧]图4.具有EGFR过表达/基因扩增的GC-ADCHuPrirae愈模型不具有肥R2过表 达/基因扩增。图A:EGFR和肥R2表达水平；图B:EGFR和肥R2基因拷贝数。
[0026]图5.反应者和非反应者的代表性图像。反应者GA0152和GA0075展示I肥评分 3+，和基因扩增（GA0075,CN= 5. 8 ;GA0152,CN> 15)，然而非反应者 640119和640139具 有I肥低表达并且无基因扩增。左边：反应者和非反应者的代表性肿瘤生长曲线。中间：月中 瘤模型的I肥分析；右边：胃癌的双色FI甜测定。
[0027] 发明详述
[0028] 本发明总体上设及用于利用抗EGFR试剂治疗胃肿瘤，具体地治疗先前已被确定 具有特定EGFR生物标志物的患者的方法。本发明允许通过向患者施用治疗剂即抗EGFR抗 体来治疗对所述治疗较大可能起反应的患者，所述患者经发现具有扩增的编码EGFR蛋白 的基因或EGFR过表达（如通过mRNA表达、蛋白质表达或活性水平测量的。本发明部分基 于如下发现：EGFR基因扩增（例如如通过巧光原位杂交（FISH),通过微阵列分析，或通过 本领域中已知的其它方法检测的）或EGFR过表达提供了选择用于治疗的患者的基础，因为 EGFR基因扩增或EGFR过表达使反应与治疗关联。
[0029] 在一个方面，本发明提供用于确定患者是否适合于抗EGFR治疗的方法，其包括检 测患者的样本中EGFR生物标志物的存在或不存在，其中EGFR生物标志物的存在指示患者 适合于抗EGFR治疗。
[0030] 所述药物可W是针对表皮生长因子受体巧GFR)的任何药物。如本文中所用，针对 EGFR的药物是指可改变EGFR的活性的组合物，诸如可增加、减小、消除、增强、延迟、减弱或 阻断EGFR的活性的组合物。在一些实施方案中，所述组合物在转录水平、翻译水平、翻译 后水平和/或蛋白质水平上针对EGFR。所述组合物可特异性祀向EGFR或祀向至少EGFR。 在一些实施方案中，所述组合物可引起EGFR的基因抑制和/或基因沉默，例如敲低或敲除 EGFR。在一些实施方案中，所述组合物可改变EGFR蛋白活性，诸如改变EGFR与其配体的结 合活性和/或其诱导下游信号转导途径的能力。在一些实施方案中，所述药物是EGFR的配 体的括抗剂或抗体，例如，表皮生长因子巧GF)、转化生长因子aaGFa)、皿-EGF、双调蛋 白、P-细胞素、epigen和/或表皮调节素的括抗剂或抗体。在一些实施方案中，所述药物 可祀向EGFR和/或配体并且阻断配体-受体结合。在一些实施方案中，所述药物可引起受 体和/或配体的构象变化W及减弱或灭活EGFR介导的细胞信号转导。
[0031] 在一些实施方案中，所述药物针对由EGFR与化bB受体家族的另一个成员形成的 异二聚体诸如时bB2/Her2/neu，或由两个EGFR分子形成的同二聚体。
[003引在一些实施方案中，所述药物针对EGFR的信号转导途径下游。如本文中所用，术 语"针对EGFR的信号转导途径下游的药物"是指包含可改变EGFR的信号转导途径下游诸如 EGFR的一个或多个下游祀标的活性的试剂的组合物。EGFR信号转导途径在Sechacharyulu 等人(TargetingtheEGFRsignalingpathwayincancertherapy，ExpertOpin HierTargets, 2012年I月；16(1) :15-31.),Oda等人（Acomprehensivepathwaymap ofepidermalgrowthfactorreceptorsignaling，MolecularSystemsBiologyI： 2005.0010)中W及发育EGFR信号转导途径在巧athwayMaps,IliomsonReuters, 2012)中 进行了描述，所述每一篇文献出于所有目的整体并入本文。
[0033] 在一些实施方案中，所述药物包括小分子。如本文中所用，术语"小分子"是指具 有小于500MW的分子量的分子，其中所述药物是非肤基或肤试剂。在一些实施方案中，所述 药物包括蛋白质或多肤。在一些实施方案中，所述药物包括杂交分子。在一些实施方案中， 所述药物为抗体。在一些实施方案中，所述药物为抗EGFR抗体。在一些实施方案中，所述 药物为抗EGFR配体抗体。在一些实施方案中，所述药物为人源化抗EGFR配体抗体。在一 些实施方案中，所述抗体为单克隆抗体。
[0034] 在一些实施方案中，所述药物为抗EGFR抗体。在一些实施方案中，所述药物为 西妥昔单抗或其功能性变体或衍生物。抗EGFR抗体的非限制性实例已在PCT公开号 W0/2011/140151、W0/2007/058823、W0/2011/080209、W0/2010/080463、W0/2012/020059、 W0/2011/080209、W0/2011/059762、W0/2011/152525、W0/2011/140254、W0/2010/034441、 W0/2011/156617、W0/2005/090407、W0/2013/006547、W0/2008/140493、W0/2011/156617、 美国专利号5942602、6129915、7723484、7618631、7598350和美国专利申请公开号 20100166755、20080274114、20130142812、20110158987、20120107234、20110117110、 20110287002、20120149879、20120282633、20100009390、20050238640、20060154334、 20120231021和20130149299中进行了描述，所述每个申请、专利和专利申请出于所有目的 通过引用整体并入。
[0035] 如本文中所用，术语"表皮生长因子受体EGFR")是指编码结合表皮生长 因子巧GF)并从而被其激活的膜多肤的基因。EGFR在文献中也被称为ERBB、ERBB1和肥Rl。 示例性EGFR是人表皮生长因子受体（参见叫Irich等人（1984)化化re309 :418-425 ; Genbank登录号NP-005219. 2 ;完整编码序列AY588246. 1)。EGF配体的结合激活EGFR(例 如导致细胞内促有丝分裂信号转导的活化，EGFR的自憐酸化）。本领域普通技术人员将理 解，除了EGFW外，其它配体也可结合于EGFR并使其激活。此类配体的实例包括，但不限于， 双调蛋白、表皮调节素、TGF-Q、0-细胞素和发夹结合EGF(皿-EGF)。人EGFR的细胞内结 构域包含包含从邻近跨膜结构域的氨基酸直至EGFR的COOH-末端的多肤序列。细胞内结 构域，除其它W外，包含酪氨酸激酶结构域。
[0036] 如本文中所用，"EGFR基因"是指编码EGFR基因产物的核酸，所述EGFR基因产 物例如，EGFRmRNA、EGFR多肤等。
[0037] 如本文中所用，"抗EGFR试剂"是指能够直接或间接结合于EGFR并且抑制EGFR 的激活，或调节EGFR的信号转导途径下游的活性的任何试剂。抗EGFR试剂包括结合于EGFR 并且抑制EGFR的激活的抗体，W及抑制EGFR激活的小分子酪氨酸激酶抑制剂或"激酶抑 制剂"。针对EGFR的抗体包括IgG;IgM;IgA;保留EGFR结合能力的抗体片段，例如，Fv、 Fab、F(ab)2、单链抗体等；嵌合抗体等。EGFR的小分子酪氨酸激酶抑制剂包括EGFR-选择 性酪氨酸激酶抑制剂。EGFR的小分子酪氨酸激酶抑制剂可具有在约50化至约10, 000化的 范围内的分子量。
[003引根据本发明，"抗EGFR试剂"或"EGFR抑制剂"可W是抑制（阻断、降低、括抗、 减少、逆转）表皮生长因子受体巧GFR)，包括任何EGFR的表达和/或生物活性的任何试剂。 因此，抗EGFR试剂可包括，但不限于药品/化合物/肤设计或选择、抗体或其抗原结合片 段、蛋白质、肤、核酸（包括核酶、反义核酸、RNAi和适体）或抑制EGFR的表达和/或生物 活性的任何其它试剂。例如，已知的EGFR的抑制剂包括药物吉非替尼狂D1839,Iressa吸， AstraZeneca,UK)和埃罗替尼（0SI774,Tarceva篡',Genentech,USA)W及单克隆抗体、西 妥昔单抗（EtbituX⑥Imclone,Bristol-MyersSquibb)。然而，本发明不限于运些特定的 试剂，并且可包括此类试剂或具有与运些试剂大体上相似的生物活性的试剂的激动剂。蛋 白质诸如EGFR的生物活性或生物作用是指通过如在体内（即，在所述蛋白质的天然生理环 境中）或体外（即，在实验室条件下）测量的或观察到的由所述蛋白质的天然存在的形式 展示或表现的任何功能。EGFR的生物活性包括，但不限于，与EGF的结合、受体同或异二聚 化、酪氨酸激酶活性和与细胞自动调节和发育相关的下游活性。
[0039] 酪氨酸激酶抑制剂代表祀向细胞诸如肿瘤细胞中的受体和/或非受体酪氨酸激 酶的一类治疗剂或药物。在某些情况下，酪氨酸激酶抑制剂是祀向疗法的基于抗体（例 如，抗酪氨酸激酶单克隆抗体等）或基于多核巧酸（例如，酪氨酸激酶反义寡核巧酸、小 干