用于设计、开发和共享测定法的系统和方法

用于设计、开发和共享测定法的系统和方法
【技术领域】
[0001] 本发明总体上涉及实验测定法（assays)的设计、开发、执行、分析和共享。更具体 地说，本文描述的本发明技术提供一种系统，借助所述系统，科学家和工程师可以使用能够 使用图形用户界面进行开发、执行和分析的软件平台来产生测定法。可以使用软件来共享 文件从而允许合作、文档编制和改善的生产力。
【背景技术】
[0002] 许多实验室和医疗保健人员目前使用纸质笔记本和一般办公软件来进行测定法 (实验）。然而，当前采用的系统并不能够带来设计、开发、评估、执行、优化、分析和共享测 定法的统一系统。
[0003] 许多科学家使用多种方法的组合来存储他们的协议，并严重依赖于纸质文档来产 生协议和共享结果。这在笔记本丢失、文件遗失以及笔记被他人误解的情况下带来若干问 题。此外，严格的规章准则要求审计，此时可能难以（如果并非不可能）确定特定协议的位 置，因为对于手写的文档来说没有搜索能力。
[0004] 在科学家设计和开发他们的测定法时，他们经常通过本地库和万维网来搜索可用 的文献。他们必须经常阅读大量的协议，来尝试建立他们自己的测定法协议。此过程是耗 时的，并且在开发出测定法后，简单的数学误差也会导致不可靠的数据。此外，测定法变化 可能来源于未对所有需要的参数进行文档编制。

【发明内容】

[0005] 本文公开的技术允许用户在完全服从于用户定制化的统一平台上快速地设计和 开发测定法，还提供一种允许所有协议、程序和组件的统一和可靠文档编制的系统。一种由 元素和操作的库构成的系统，所述库可以通过图形用户界面（GUI)来显示并通过添加各种 性质、参数和定制插件来定制。元素、操作和插件可以从与软件一起提供或由用户创建的组 件库得到。这些库组件也可由其他用户或技术提供者提供，来允许用户容易地实施他们的 测定法协议或将组件集成到用户的新协议中。此外，可以经由拖放界面将先前使用的 组件添加到新测定法设计，其中在不需要重复性文档编制的情况下更新性质。这为用户带 来极大的效率。
[0006] 公开的主题包括一种计算机化方法，用于以电子方式定义并证实测定法，因此所 述测定法可容易地在一组用户之间共享。所述计算机化方法包括通过计算装置在数据库中 存储：（1)用户可选元素数据对象的集合，每一元素数据对象定义可在一个或多个测定法 中使用的物理组件；（2)用户可选操作数据对象的集合，每一操作数据对象定义可针对来 自用于所述一个或多个测定法的所述元素数据对象集合的一个或多个元素数据对象执行 的动作；以及（3)用于所述一个或多个测定法的证实规则的集合，所述证实规则可用来针 对所述一个或多个测定法中的每一测定法确定来自所述元素数据对象集合的相关联元素 数据对象集合和来自所述操作数据对象集合的相关联操作数据对象集合是否定义有效的 测定法。所述计算机化方法包括通过所述计算装置接收指示针对候选测定法规范选择以下 各项的数据：（1)来自所述元素数据对象集合的第一元素数据对象集合；以及（2)来自所述 操作数据对象集合的第一操作数据对象集合，来自所述第一操作数据对象集合的每一操作 数据对象定义将对来自所述第一元素数据对象集合的所述元素数据对象中的一个或多个 执行的动作。所述计算机化方法包括通过所述计算装置基于所述所接收数据而产生所述候 选测定法规范，所述候选测定法规范包括所述第一元素数据对象集合和所述第一操作数据 对象集合。所述计算机化方法包括通过所述计算装置证实用于所述候选测定法规范的所述 第一元素数据对象集合和所述第一操作数据对象集合以确定所述候选测定法规范是有效 的。所述计算机化方法包括通过所述计算装置产生包括所述第一元素数据对象集合和所述 第一操作数据对象集合的用于所述候选测定法规范的测定法数据文件，使得所述测定法数 据文件可在一组用户之间共享。
[0007] 在一些实施方案中，所述计算机化方法包括产生用于所述候选测定法规范的逐步 执行指令，每一步骤列出来自所述第一元素数据对象集合的一个或多个物理组件和来自所 述操作数据对象集合的将对所述一个或多个物理组件执行的一个或多个动作。所述计算机 化方法包括：显示来自所述逐步执行指令的第一步骤；接收指示所述第一步骤的完成的数 据；以及记录所述第一步骤的完成时戳。
[0008] 在一些实施方案中，产生所述测定法数据文件包括接收指示仅共享所述候选测定 法规范的子集的请求的数据。所述计算机化方法包括产生包括以下各项的简短测定法数据 文件：来自所述第一元素数据对象集合的元素数据对象子集，所述元素数据对象子集与所 述候选测定法规范的所述子集相关联；以及来自所述第一操作数据对象集合的操作数据对 象子集，所述操作数据对象子集与所述候选测定法规范的所述子集相关联。
[0009] 在一些实施方案中，产生所述测定法数据文件包括：接收指示基于一个或多个用 户配置文件属性共享所述测定法数据文件的请求的数据；基于所述一个或多个用户配置文 件属性产生合作群组；与所述合作群组共享所述测定法数据文件；以及存储所述合作群组 中的一个或多个群组成员对所述测定法数据文件的查看次数。
[0010] 在一些实施方案中，接收指示购买由元素数据对象定义的物理组件的请求的数 据，其中所述元素数据对象包括指示所述物理组件的厂商的数据，并且将针对所述物理组 件的订购请求传输到所述厂商。
[0011] 在一些实施方案中，产生所述候选测定法规范包括将所述选择的第一元素数据对 象集合和所述第一操作数据对象集合的图形表示转换为基于文本的测定法数据文件。
[0012] 在一些实施方案中，接收指示加载第二测定法数据文件的请求的数据，并且产生 所述第二测定法数据文件的图形表示。
[0013] 在一些实施方案中，本文描述的技术允许快速文档编制，其中链接的元素、操作和 插件性质是由用户更新并经由事务日志文件产生完整细节报告。
[0014] 在一些实施方案中，本文描述的技术允许用户即时地创建所执行程序、所使用组 件的完整测定法事务文件，并附加相关数据。为了保持遵守法规或知识产权（IP)保护的目 的，还可以启用数字签名和证人签名。
[0015] 此外，此事务文件允许用户或管理员基于查询参数而搜索所有测定法。举例来说， 如果发现某一试剂被污染，那么简单的查询可以检索可能已经受影响的所有测定法。所述 查询可提供所涉及用户的名字、执行时间、位置以及额外的特定信息。这些潜在益处可用来 识别和解决潜在不准确的数据。
[0016] 举例来说，如果全球小组的成员正在经历反常结果，那么可使用搜索模块来确定 这些用户是否正在使用共同组件，从而隔离潜在的根本原因。
[0017] 另外，在一些实施方案中，本文描述的技术允许用户经由网络共享完整测定法设 计、协议、数据和结果，其中其他群组成员可下载协议并且出于他们自己的目的而重复所述 协议或修改所述协议。所述网络可以在公司内联网上，或在万维网上从而与用户全球地共 享。
[0018] 用户可选择他/她希望共享测定法的哪些组件，使得仅与他人共享需要的部分。 在一些情况下，可能需要监督者或管理员的批准来进行共享。
[0019] 用户和技术提供者可有效地合作并创建定制库组件，从而允许他们共享新协议、 试剂以及还有用于可通过使用插件和API模块的软件来操作的新实验室设备的装置驱动 器。
[0020] 在一些实施方案中，本文描述的技术可在包括桌上型计算机、膝上型计算机、服务 器、移动和平板装置的多种装置上使用。这允许用户在桌上设计他们的测定法，并在实验室 中从（例如）平板装置完成他们的测定法。这防止了由于当前实验室笔记从办公室到实验 室再回到办公室而带来污染机会所导致的交叉污染。
[0021] 通常，软件通过创建用于测定法设计、开发、执行、数据管理、存储和共享的通用工 具可以为科学家、工程师、技术人员和医疗保健提供者创建生态系统和社交合作网。这使3 种主要类型的用户受益：用户、组织（本地社区），和全球社区。
[0022] 软件将测定法定义为包括元素、操作、插件和/或数据。软件将元素定义为事物 (例如，瓶、孔、装置、消耗品等等），并将操作定义为在这些元素上执行（例如，分配、吸出、 培养等等）。注释/观测值、中间结果和最终结果构成数据。此外，所有元素和操作都具有 可以由用户预定义或更新并定制的性质。插件包括可能需要额外参数的定制化对象，并且 也可作为模板（例如，微板模板）而存储。元素、操作和插件的组合允许数据的创建。
【附图说明】
[0023] 图1是某些实施方案的用于设计测定法的实例性网络架构的示例性框图；
[0024] 图2是某些实施方案的用于设计测定法的应用程序软件的示例性架构框图；
[0025] 图3是某些实施方案的库模块的示例性架构框图；
[0026] 图4是某些实施方案的测定法设计模块的示例性架构框图；
[0027] 图5是某些实施方案的测定法插件模块的示例性架构框图；
[0028] 图6是某些实施方案的向导模块的示例性架构框图；
[0029] 图7是某些实施方案的元素模块的示例性架构框图；
[0030]图8是某些实施方案的操作模块的示例性架构框图；
[0031] 图9是某些实施方案的数据模块的示例性架构框图；
[0032] 图10是某些实施方案的搜索模块的示例性架构框图；
[0033] 图11是某些实施方案的事务日志模块的示例性架构框图；
[0034] 图12是某些实施方案的测定法播放器模块的示例性架构框图；
[0035] 图13是某些实施方案的帐户模块的示例性架构框图；
[0036] 图14是某些实施方案的数据分析模块的示例性架构框图；
[0037] 图15是某些实施方案的电子商务模块的示例性架构框图；
[0038] 图16A图解说明某些实施方案的用于创建新测定法并与小组或全球社区共享新 测定法的示例性过程；
[0039] 图16B图解说明某些实施方案的用于创建新测定法并与小组或全球社区共享新 测定法的示例性过程；
[0040] 图17A图解说明某些实施方案的用于基于现有测定法创建新测定法并与小组或 全球社区共享新测定法的示例性过程；
[0041] 图17B图解说明某些实施方案的用于基于现有测定法创建新测定法并与小组或 全球社区共享新测定法的示例性过程；
[0042] 图18A图解说明某些实施方案的用于在给定时间设计测定法、在较晚时间将数据 添加到测定法项目并与小组或全球社区共享测定法的示例性过程；
[0043] 图18B图解说明某些实施方案的用于在给定时间设计测定法、在较晚时间将数据 添加到测定法项目并与小组或全球社区共享测定法的示例性过程；
[0044] 图19A图解说明某些实施方案的用于设计和共享测定法并为其他用户创建下载 测定法项目、模板或组件和基于所下载测定法进行建构的机会的示例性过程；
[0045] 图19B图解说明某些实施方案的用于设计和共享测定法并为其他用户创建下载 测定法项目、模板或组件和基于所下载测定法进行建构的机会的示例性过程；
[0046] 图20图解说明某些实施方案的用于将测定法存储为项目和包括元素、操作和插 件的组件以及它们的相关联性质并且实现基于任何查询参数来搜索测定法、用户和组件的 示例性过程；
[0047] 图21A图解说明某些实施方案的一个示例性过程，通过所述过程基于样本细胞的 测定法工作流程需要多种步骤；
[0048] 图21B图解说明某些实施方案的一个示例性过程，通过所述过程基于样本细胞的 测定法工作流程需要多种步骤；
[0049] 图22A图解说明某些实施方案的使用图21A和21B中描述的实例性测定法的示例 性过程和测定法工作流程；
[0050] 图22B图解说明某些实施方案的使用图21A和21B中描述的实例性测定法的示例 性过程和测定法工作流程；
[0051] 图22C图解说明某些实施方案的使用图21A和21B中描述的实例性测定法的示例 性过程和测定法工作流程；
[0052] 图22D图解说明某些实施方案的使用图21A和21B中描述的实例性测定法的示例 性过程和测定法工作流程；
[0053] 图23图解说明某些实施方案的用于产生测定法的示例性图形用户界面；
[0054] 图24图解说明某些实施方案的用于产生测定法的示例性图形用户界面，它包括 性质界面；
[0055] 图25A图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0056] 图25B图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0057] 图25C图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0058] 图2?图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0059] 图25E图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0060] 图25F图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0061] 图25G图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0062] 图25H图解说明某些实施方案的示例性事务日志文件的一部分；
[0063] 图26图解说明某些实施方案的用于产生测定法的示例性图形用户界面，它包括 用于插件的软件插件界面；
[0064] 图27A图解说明某些实施方案的示例性逻辑测定法工作流程；
[0065] 图27B图解说明某些实施方案的示例性逻辑测定法工作流程；
[0066] 图27C图解说明某些实施方案的示例性逻辑测定法工作流程；以及
[0067] 图27D图解说明某些实施方案的示例性逻辑测定法工作流程。
【具体实施方式】
[0068] 图1是作为本文描述的当前技术的概览的可提供设计、开发、评估、执行、优化、分 析和/或共享测定法的能力的实例性网络架构的框图。系统包括通过广域网和局域网进行 交互的应用程序软件（110)、库服务器内联网（120)、主库服务器外联网（130)、用户（140)、 管理员（150)、验证服务器（160)和厂商（170)。应用程序软件（110)对用户（140)给予设 计、评估、执行、分析和共享测定法和数据的能力。管理员（150)能够管理用户（140)，设定 许可、规则，并审阅由用户（140)产生的测定法。验证（16