一组用于鉴别猪种的snp标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明设及SNP标记的技术领域，尤其设及一组用于鉴别猪种的SNP标记及其应 用。
【背景技术】
[0002] 中国是世界上养猪最早的国家之一，历史达几千年之久，猪在中国被誉为六畜之 首。由于自然环境、经济条件和民俗文化的影响，中国的地方猪种资源丰富且各具特色，是 世界猪种基因库中的宝贵资源。但迄今为止，用于品种鉴定的SNP标记组合W及个体识别的 SNP标记组合还较少。
[0003] 随着猪高密度SNP忍片的应用、全基因组测序技术的普及和发展，及基因分型、测 序成本的不断下降，建立基于DNA标记或全基因组序列的个体追踪溯源技术和品种鉴定 技术成为可能。有鉴于此，本发明人研究和设计了一组用于鉴别猪种的SNP标记及其应用， 本案由此产生。
【发明内容】
[0004] 本发明的目的在于提供一组用于鉴别猪种的SNP标记及其应用，W纯种大白 化arge White)、长白化aiKlrace)为研究对象，利用Illumina 60K SNP忍片对长白、大白 进行全基因组基因分型，分析并筛选出尽可能少的能够用于长白和大白品种鉴定的SNP 标记组合。
[000引为了实现上述目的，本发明解决其技术问题所采取的技术方案是： 一组用于鉴别猪种的SNP标记，其特征在于：包含16个SNP标记，分别为猪全基因组 ALGA0010391 位置的 G或 A、ASGA0106427位置的 A或G、MARC0074457位置的 G或 A、ALGA0035291 位置的G或A、ASGA0092666位置的G或A、MARC0097281位置的G或A、ALGA0036113位置的G或A、 ALGA0046197 位置的 G或 A、ASGA0094206位置的 G或A、ASGA0051087位置的 C或 A、ALGA0063798 位置的G或A、CASI0006417位置的G或A、MARC0070175位置的C或A、H3GA0043987位置的C或A、 DBMA0000205位置的G或A及ALGA0093437位置的G或A。
[0006] 作为实施例的优选方式，所述SNP标记从猪全基因组60K中进行SNP基因型检测及 全基因组关联分析得到，所述SNP基因型检测包括采用标准酪氯仿法提取基因组DNA，将DNA 溶解于TE缓冲液中；对提取出来的DNA进行质量检测和浓度测定，A260/280比值在1.8- 2.0 ,A260/230比值在1.7-1.9判定为合格。
[0007] 作为实施例的优选方式，所述SNP基因型检测还包括将所述合格的DNA样品统一稀 释成50ng/]iL，利用Illumina Infinium SNP分型平台，采用化rcine SNP60DNA Analysis Kit忍片，根据I Ilumina Infinium的使用说明和标准流程进行忍片杂交与结果扫描，通过 GenomeStudio软件读取基因型数据；用化INK Vl .07对获得的基因型数据进行质量控制，易Ij 除检出率<99.7%、次等位基因频率<0.01或偏离哈代溫伯格平衡P含1〇-6的SNP标记，排除检 出率<90%、家系孟德尔错误率高于0.1的个体，得到48165个SNP和200个个体用于数据分析。
[0008] 作为实施例的优选方式，所述全基因组关联分析使用化INK软件对长白和大白开 展化se-Con化〇1分析，长白为化Se，大白为Control;采用Bonferroni法确定在长白、大白 猪种存在显著差异的SNP位点，基因组水平显著阔值为0.05除W有效SNP位点数量。
[0009] -组用于鉴别猪种的SNP标记的应用，用于长白猪和大白猪的鉴别。
[0010] 本发明人采用60K SNP忍片对长白、大白进行全基因组基因分型，利用长白、大白 的全基因组60K信息，经过全基因组关联分析、筛选最后挑选出16个可用于长白、大白品种 鉴别的SNP位点组合。
【附图说明】
[001 U 图巧本发明对长白和大白进行主成分分析图：其中，pel:主成分1 ;pc2:主成分2。
【具体实施方式】
[0012] W下结合附图和【具体实施方式】W对本发明作进一步说明。
[001引实验猪群:本发明使用的材料来自100头长白个体、100头大白个体。
[0014] 猪全基因组60K SNP基因型检测:从上述群体中的每个个体采集一小块耳组织样， W标准酪氯仿方法提取基因组DNA，将DNA溶解于TE缓冲液中。用Nano化OP-1000核酸蛋白分 析仪对提取出来的DNA进行质量检测和浓度测定，A260/280比值在1.8-2.0，A260/230比值 在1.7-1.9判定为合格。合格的DNA样品统一稀释成SOngAiL,利用Illumina Infinium SNP 分型平台，订购Porcine SNP60DNA Analysis Kit忍片，根据Illumina Infinium的使用说 明和标准流程进行忍片杂交与结果扫描，通过GenomeStudio软件读取基因型数据。用化INK vl .07对获得的基因型数据进行质量控制，剔除检出率<99.7%、次等位基因频率(minor allele frequency，MAF)<0 . Ol或偏离哈代溫伯格平衡（化rdy-Weinberg Equilibrium, 册E)P^〇-s的SNP标记，排除检出率<90%、家系孟德尔错误率高于0.1的个体，最后有48165 个SNP和200个个体用于数据分析。
[001引全基因组关联(GWAS)分析，使用pi ink软件对长白和大白开展Case-Control分析， 长白为化Se，大白为Contro 1。义用Bonferroni法确定在长白、大白猪种存在显著差异的 SNP位点，基因组水平显著阔值为0.05除W有效SNP位点数量，即0.05/48165=1.04e-s; GWAS 结果显示，top20的SNP位点分别位于：SSC(染色体）1、6、8、9、11、14、15、17上，从10920的 SNP位点中，最终挑选了 16个SNP位点用于长白猪和大白猪的鉴别。16个SNP位点在长白和 大白猪的基因型分布如表1所示。Y开头的代表大白猪，L开头的代表长白猪。WSNP位点： ASGA0094206为例，在大白个体中GG的比例很高，而在长白群体中AA的比例最高。每个SNP位 点在长白和大白的主要基因型都不一样，因此通过16个点的组合，便可W达到区分长白猪 和大白猪的目的。
[0016] 表1 16个SNP在长白、大白中基因型情况
验证试验： 验证群体:长白300头、大白500头。
[0017]验证方式:采用主成分分析方法： 为了检验该16个SNP位点鉴别长白、大白猪的准确性，采用运16个SNP位点在300个长白 和500个大白个体中进行了验证。主要使用R软对长白和大白进行主成分分析如图1所示， 由图可知：16个SNP位点可W将长白大白分开来。其中横坐标大于0.02的点为长白群体，横 坐标小于0.02的点为大白群体。验证结果表明鉴别到的16个SNP位点可用于长白猪和大白 猪的鉴别。本领域的普通技术人员能从本发明公开内容直接导出或联想到的所有变形，均 应认为是本发明的保护范围。
【主权项】
1. 一组用于鉴别猪种的SNP标记，其特征在于：包含16个SNP标记，分别为猪全基因组 ALGA0010391 位置的 G或 A、ASGA0106427位置的 A或G、MARC0074457位置的 G或 A、ALGA0035291 位置的G或A、ASGA0092666位置的G或A、MARC0097281位置的G或A、ALGA0036113位置的G或A、 ALGA0046197 位置的 G或 A、ASGA0094206位置的 G或A、ASGA0051087位置的 C或 A、ALGA0063798 位置的G或A、CASI0006417位置的G或A、MARC0070175位置的C或A、H3GA0043987位置的C或A、 DBMA0000205位置的G或A及ALGA0093437位置的G或A。2. 如权利要求1所述的一组用于鉴别猪种的SNP标记，其特征在于:所述SNP标记从猪全 基因组60K中进行SNP基因型检测及全基因组关联分析得到，所述SNP基因型检测包括采用 标准酚氯仿法提取基因组DNA，将DNA溶解于TE缓冲液中；对提取出来的DNA进行质量检测和 浓度测定，A260/280比值在1.8-2.0，A260/230比值在1.7-1.9判定为合格。3. 如权利要求2所述的一组用于鉴别猪种的SNP标记，其特征在于:所述SNP基因型检测 还包括将所述合格的DNA样品统一稀释成50ng/yL，利用Illumina Infinium SNP分型平台， 米用Porcine SNP60DNA Analysis Kit芯片，根据Illumina Infinium的使用说明和标准流 程进行芯片杂交与结果扫描，通过GenomeStudio软件读取基因型数据;用PLINK vl.07对获 得的基因型数据进行质量控制，剔除检出率〈99.7%、次等位基因频率〈0.01或偏离哈代温伯 格平衡P < 10_6的SNP标记，排除检出率〈90%、家系孟德尔错误率高于0.1的个体，得到48165 个SNP和200个个体用于数据分析。4. 如权利要求2所述的一组用于鉴别猪种的SNP标记，其特征在于:所述全基因组关联 分析使用PLINK软件对长白和大白开展Case-Control分析，长白为Case，大白为Control; 采用Bonferroni法确定在长白、大白猪种存在显著差异的SNP位点，基因组水平显著阈值为 〇. 05除以有效SNP位点数量。5. 如权利要求1所述的一组用于鉴别猪种的SNP标记的应用，用于长白猪和大白猪的鉴 别。
【专利摘要】本发明公开了一组用于鉴别猪种的SNP标记，主要利用纯种的大白、长白共200个个体作为研究对象，对上述2个品种的全部样本进行全基因组SNP？60K芯片扫描判型；对所有数据按要求进行质控后，筛选出可以用于鉴别长白、大白的SNP标记位点，通过全基因组关联分析筛选出16个SNP位点用于长白和大白猪的鉴别；另外通过主成分分析和聚类分析在另外500个个体中进行验证，16个SNP位点的准确率达到了99%，表明本发明的16个SNP位点可以用于大白和长白的鉴别。
【IPC分类】C12Q1/68, C12N15/11
【公开号】CN105603089
【申请号】CN201610075499
【发明人】龙毅, 温庆琪, 肖俊峰, 吴德, 丁能水
【申请人】漳州傲农现代农业开发有限公司
【公开日】2016年5月25日
【申请日】2016年2月3日