限定的糖蛋白产品以及相关方法

专利名称：：限定的糖蛋白产品以及相关方法限定的糖蛋白产品以及相关方法本申请要求于2007年4月16日提交的60/912，102的优先权，该申请通过引用结合在此。本发明涉及糖蛋白产品以及相关方法，例如制造参考糖蛋白产品的方法以及设计过程来制造具有所限定的物理和功能特性的糖蛋白产品的方法。背景目前所使用的许多药物是"小分子药物"。这些药物作为简单的化学结构物(它们由合成而衍生)而存在。活性成分通常作为一种同质的产物而存在。这些小分子药物以及其制品在化学方面可进行表征，并且通常通过相对简单的化学合成容易得以制造。就复杂性而言，典型的糖蛋白产品基本上不同于典型的小分子药物。这些附连至糖蛋白的氨基酸主链上的糖结构在结构上能够以多种方式(包括序列、分支、含糖量、以及异质性)进行变化。因此，这些糖蛋白产品可以是许多结构上多样的分子的复合而又非均匀性混合物，这些分子其本身具有复合聚糖的结构。糖基化作用不仅添加了这种分子的结构复杂性，还影响或限定了糖蛋白的多种生物学属性和临床属性中的一些属性。迄今为止，由于难以理解并合成这些复合的化学结构以及包含它们的混合物，所以创造具有所限定的特性的糖蛋白药物，不论是试图生产一种现有药物的一个属类形式、或生产一个第二代产品或具有已改进的或所希望的特性的其他糖蛋白，在科学方面都具有挑战性。有关生产属类产品的情况指示着在制造具有所限定的特性的糖蛋白药物方面所面对的问题。尽管针对多种药物产品的属类形式已实施了縮短的调节性程序，但生物技术和制药工业中的很多人都认为生物性产品的复杂性使其不适宜于这些类似的方法。概述制造糖蛋白的方法在此披露的这些方法允许生产具有所限定的聚糖结构和/或所限定的聚糖介导的功能特性的糖蛋白。一些方法依靠数据库的使用，这些数据库包括生产参数与所希望的聚糖特定之间的相关性。这种数据库可以提供用于结合至生产方案中的多个生产参数。这些方法考虑到生产所设计的糖蛋白或通常具有所限定的聚糖特性的糖蛋白。因此，在一方面，本发明的特征为用于制造一种糖蛋白产品的一种方法，该方法包括以下步骤i)提供一个数据库，该数据库关联于、限定、认定、涉及、或提供多种聚糖特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数；ii)认定一种目标的聚糖特性，例如一种主要糖蛋白产品的一种聚糖特性；iii)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合；并且iv)将所选择的生产参数或生产参数的组合应用在一个制造该糖蛋白产品的过程中，由此制造糖蛋白产品。如此处的其他地方所详细讨论，在此披露的这些方法、数据库、以及系统可包括或使用多个生产参数与它们所限定的这些聚糖特性之间的不同类型的相关性。这些是指相关函数。这些糖蛋白类的生产是一个复杂的过程，并且在这些数据库中所提供的关联可以反映这一点。示例性的相关函数包括非线性的相关函数。非线性的相关性可以反映出生产参数与聚糖特性之间的关系，其中对一个聚糖特性共同起作用的两个(或多个)生产参数的效果并不同于以下组合的情况，即对该聚糖特性发挥作用的一个第一生产参数(单独发挥起作用)与对该聚糖特性发挥作用的一个第二生产参数(单独发挥作用)在一起的组合。在此出所使用的注释中，这可以被表示为XI—Yl;X2—Y2;Xl+X2#—Y1+Y2,例如X1+X2—Y3。在此处所说明的这些方法、数据库、以及系统中有用的其他类型的相关函数包括受约束的、多效的、以及可调的相关函数。简言之，受约束的相关函数反映了糖蛋白合成的复杂性，并且能够表示多种关系，这些关系的特征为不协调的、或不希望的组合或生产参数或聚糖特性。例如，生产参数的组合可以受到约束，这是因为它导致了一种不希望的聚糖特性。多效的相关函数可以反映一个或多个生产参数对多种不同的聚糖特征的改变的作用。可调的函数是指可允许多个输入(例如，不同幅值的输入)以及多个输出(例如，不同幅值的输出)的函数。它能允许通过调节一个生产参数来对一种聚糖特性进行调整。以下对这些和其他的相关函数进行更为详细地讨论。因此，在一个实施方案中，这种数据库包括十种或更多种(例如20、25、50、100、150、200、300、350、400、500、600、700、800、900或更多)、可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性。在一个实施方案中，所选择的生产参数与一种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性相联系。在一个实施方案中，一个第一生产参数Xl是由在生产参数Xl与一种聚糖特性Y1以及一种聚糖特性Y2之间的一种相关函数进行选择的，并且对一个第二生产参数X2进行选择以修饰Xl对Y2的作用。在另一方面，本发明的特征为用于制造一种糖蛋白产品的一种方法。该方法包括a)可任选地提供一个选择的生产参数b)提供一种生产系统(例如，一种细胞培养株系统)，它结合了一个选择的生产参数；并且c)维持所述系统在允许产生这种糖蛋白产品的条件之下，由此制造糖蛋白产品，其中所选择的生产参数是通过在此说明的一种方法来进行认定的，例如通过i)提供一个数据库，该数据库关联于、限定、认定、涉及或提供聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数)；ii)识别一种目标的聚糖特性(例如，一种主要糖蛋白产品的一种聚糖特性；并且iii)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合。在一个实施方案中，所选择的生产参数已经或正在通过以下各项进行认定选择一种主要糖蛋白，提供一种聚糖模式，该模式表示一种参比糖蛋白(例如，一种主要糖蛋白)上的聚糖结构，例如通过将这些聚糖从这种参比糖蛋白中释放，例如通过酶的消化，并且可任选地通过分离这些已释放的聚糖，(例如)以便产生表示一种或多种聚糖特性的部分或峰，选择一种聚糖特性，从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合。在一个实施方案中，提供一种选择的生产参数包括接受来自另一个实体的参数的身份。在一个实施方案中，一个第一实体进行a)、b)、以及C)的一个或多个，并且一个第二实体进行步骤i)、ii)、以及iii)的一个或多个，并且将所选择的参数的身份传送至该第一实体。因此，如在此处说明的其他的方法中，一个单一的实体可进行所有步骤，或可接受或对其配备由一个或多个第二实体进行实践所需要的信息或选择。在一个实施方案中，这种数据库包括十种或更多种(例如，20、25、50、100、150、200、300、350、400、500、600、700、800、900、或更多)可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性。在一个实施方案中，选择的生产参数与一种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性相联系。在另一方面，本发明的特性在于生产具有一种或多种目标的聚糖特性的一个糖蛋白产品的一种方法，包括a)识别一种或多种目标的聚糖特性(例如，一种主要糖蛋白产品的一种聚糖特性)；并且b)通过一种生产方法生产具有一种或多种目标的聚糖特性的所述糖蛋白产品，其中所述生产方法已经/正如以下进行选择9i)可任选地对一种主要糖蛋白产品进行表征，以便认定该主要糖蛋白产品的一种或多种聚糖特性(例如，聚糖特征)；ii)可任选地提供了一个数据库，该数据库关联于、限定、认定、涉及、或提供聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数；并且iii)选择在该生产方法中使用l个、2个、3个、或更多个生产参数、或者生产参数的组合，与所述的一种或多种目标的聚糖特性的发生率呈正性关联，例如，基于由所述数据库提供的这些相关性对一个或多个生产参数或生产参数的组合进行选择。在一个实施方案中，这种数据库包括十种或更多种(例如，20、25、50、100、150、200、300、350、400、500、600、700、800、900、或更多)的可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性。在一个实施方案中，选择的生产参数与一种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性相联系。在一个实施方案中，该方法进一步包括下列步骤中的一个或多个iv)在使用所述选择的一种或多个参数的过程中表达一个氨基酸序列(优选所述主要糖蛋白产品的氨基酸序列)，并且确定是否将这种目标的聚糖特性(例如，与所述选择的一种或多个参数相关的一种聚糖特征)给予了所述氨基酸序列；v)从所述数据库选择一种额外的生产参数；vi)在使用所述额外的所选择的参数的一个过程中表达一个氨基酸序列(优选所述主要糖蛋白产品的氨基酸序列)，并且测定这种聚糖特性(例如，与所述额外的所选择的参数相关的聚糖特征)是否包括在所述氨基酸序列上；并且vii)可任选地重复步骤v和vil次、2次、3次或更多次。在另一方面，本发明的特征为用于制造一种糖蛋白产品的一种方法，包括通过由以下各项所选择的一个过程来制造这种糖蛋白i)认定一种或多种所要求的聚糖特性(例如，所述糖蛋白产品的聚糖特征)；ii)认定一种或多种生产参数，它们会提供所述一种或多种所要求的聚糖特性；并且iii)对至少2、3、4、或5个生产参数进行顺序选择以提供所要求的聚糖特性或特征，其中所述生产参数可以是选自下组，其构成为细胞的身份、细胞培养条件、发酵条件、分离条件、以及配置条件、以及它们的组合。在此处所说明的这些方法中，实施方案可由计算机执行。在其他的实施方案中，这种方法并非由计算机执行，例如，所依赖的数据库并不是由计算机实施的。这些实施方案可包括显示、输出、或记忆一种选择的生产参数或聚糖特征。设计生产方案的方法在此所披露的方法允许针对制造糖蛋白而设计方案或对条件进行选择。这些方法允许对生产参数进行选择，这些生产参数在结合至用于制造糖蛋白的方案时，提供了结合至预先选择的聚糖结构和/或介导功能特性的聚糖的的糖蛋白。在另一方面，本发明的特征为一种方法(例如，一种由计算机执行的方法)，包括选择一个生产参数；认定一种糖蛋白特性(例如，一种糖蛋白特征)，它与所述生产参数相联系；并且可任选地显示、输出、或记忆所述认定的糖蛋白特性。在另一方面，本发明的特征为一种方法(例如，一种由计算机执行的方法)，包括选择一种糖蛋白特性(例如，一种糖蛋白特征)；认定一个生产参数，它与所述糖蛋白特性相联系；并且可任选地显示、输出、或记忆所述认定的生产参数。在另一方面，本发明的特征为一种方法，该方法用于设计一个过程来生产一种糖蛋白产品，或选择用于制造一种糖蛋白产品的一个过程的一个要素，该方法包括以下步骤a)提供一个数据库，该数据库关联于、限定、认定、涉及、或提供聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数；b)识别一种目标的聚糖特性(例如，一种主要糖蛋白产品的一种聚糖特性)；C)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关的一个或多个生产参数或生产参数的组合；并且由此设计生产糖蛋白产品的过程。在另一方面，本发明的特征为一种方法，该方法用于设计一个过程来制造或选择用于制造一种糖蛋白产品的一个过程的一个要素，该方法包括a)识别一种或多种目标的聚糖特性(例如，一种主要糖蛋白产品的一种聚糖特性)；并且b)可任选地对该主要糖蛋白产品进行表征以便认定所述主要糖蛋白产品的一种或多种聚糖特性(例如，聚糖特征)；c)提供一个数据库，该数据库关联于、限定、认定、涉及、或提供聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的力日入AAi^丄丄门7氺L^D纟且合的一rt^H大凼安乂；升±1d)选择在该生产方法中使用l、2、3、或更多个生产参数、或生产参数的组合，与所述的一种或多种目标的聚糖特性呈正性关联，例如，基于由所述数据库所提供的相关性对一种或多个生产参数或生产参数的组合进行选择。由此设计用于制造糖蛋白产品的过程，或选择用于制造糖蛋白产品的过程的一个要素。在另一方面，本发明的特征为一种方法，该方法用于设计制造一种糖蛋白产品的过程，或选择用于制造一种糖蛋白产品的过程的一个要素，该方法包括i)认定所述糖蛋白产品的一种或多种所要求的聚糖特性；ii)认定一种或多种生产参数，它们将提供所述一种或多种所要求的聚糖特性；并且iii)对至少2、3、4、或5个生产参数进行顺序选择以提供这些所要求的聚糖特性或特征，其中所述生产参数可以是选自下组，其构成为细胞的身份、细胞培养条件、发酵条件、分离条件、以及配置条件、以及它们的组合。在此处说明的这些方法的一个实施方案中，这种数据库可包括一个或多种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性。在一个实施方案中，选择的生产参数与一种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性相联系。在此处说明的这些方法中，实施方案能够由计算机执行。在其他的实施方案中，这种方法并非由计算机进行(例如，数据库并非依赖计算机执行)。实施方案可以包括显示、输出、或记忆一种选择的生产参数或聚糖特征。控制并监测糖蛋白产品在此说明的这些方法、数据库、以及系统可被用于多种应用中，包括质量控制或生产监控的方法。例如，在此披露的这些方法可用于监测由一种限定的过程所制造的一种糖蛋白。例如，如果对这种糖蛋白进行分析并发现不具有一种所要求的聚糖特性，在此说明的这些方法可用于对该生产过程中的改变进行选择以调节或改变该过程，这样它产生了一种具有所要求的聚糖特性的糖蛋白。因此，本发明的特征为监测和/或控制一种糖蛋白的生产的一种方法。该方法包括a)提供来自由一种预先确定的生产过程所制造的一种糖蛋白的一种所观察到的聚糖特征；b)提供所观察的聚糖特征与一个参考值的比较；c)如果观察到的值与该参考值相差超过一种l竭水平，则通过在此说明的一种方法(例如，通过使用在此说明的一个数据库)选择用于一个生产参数的值；并且d)可任选地在所述预先确定的生产过程中改变生产参数X的值来提供一个改变的生产过程，由此监测和/或控制糖蛋白的生产。在一个实施方案中，这种方法进一步包括以下步骤提供了来自由该改变的生产过程所制造的一种糖蛋白的一种观察到的聚糖特征，并且如在此所说明对它进行评价。在实施方案中，针对由这种改变的生产过程所制造的一种糖蛋白，将步骤b)、c)、以及d)重复。在一个实施方案中，将这种该方法(例如，以预先确定的间隔)重复。在一个实施方案中，选择生产参数的值包括i)提供一个数据库，该数据库关联于、定义、认定、涉及、或提供聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数；ii)可任选地认定目标的聚糖特性；并且iii)从该数据库选择一个或多个生产参数或生产参数的组合，它们在该参比的聚糖特性方向上将这种观察到的聚糖特性进行微调。在一个实施方案中，这种所观察到的聚糖特性已经或正通过以下各项进行确定提供一种聚糖模式，该模式表示在由这种预先选择的生产过程所制造的糖蛋白上的聚糖结构，例如通过将这些聚糖从该糖蛋白中释放，例如通过酶的消化，以及可任选地通过分离这些已释放的聚糖，(例如)以产生表示一种或多种聚糖特性的部分或峰。在一个实施方案中，这种参比的聚糖特性已经或正通过以下各项进行确定提供一种聚糖模式，该模式表示在由这种预先选择的生产过程所制造的糖蛋白上的聚糖结构，例如通过该预先选择的过程的一种不同的、较早的运行、或通过一种不同的生产过程，例如一个改变的生产过程、例如通过将聚糖从该糖蛋白中释放，例如通过酶的消化，以及可任选地通过分离这些已释放的聚糖，(例如)以产生表示一种或多种聚糖特征的部分或峰。在一个实施方案中，这种数据库包括至少一种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性中的一个或多个。在一个实施方案中，选择的生产参数与一种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性相联系。数据库本节说明了本发明的数据库的多个方面和要素。这些能够可任选地与在此说明的这些方法和系统相结合。因此，在另一方面，本发明的特征为在此说明的一个数据库(例如，用于在此处说明的系统的一个方法中的数据库)。在一个实施方案中，这个数据库是放置在实质性介质上；放置在一个单一单位的实质性介质上(例如，在单一的计算机上、或在单一的纸质文献中)；提供在多于一个单元的实质性介质上(例如，在超过一台计算机上、在超过单一的纸质文献中、部分在纸质文献并部分在计算机可读的介质上)；放置在计算机可读的介质上；放置在传统的介质上(例如，报纸)，它可由人进行阅读，无需使用计算机例如一种打印的文件、图表、表格或卡片式目录。在一个实施方案中这种数据库的每个要素并非贮存于相同的地点、计算机、记忆或位置中；将这种数据库配置为允许计算机化的存取。在一个实施方案中，这种数据库包括多项记录，其中一项记录包括，用于一个生产参数或多个生产参数的一种组合的一个识别器，用于一种聚糖特性(例如，由一种聚糖所限定的一个功能特性、或一种聚糖特征(即，一个结构特征))的一个识别器，以及在该生产参数(或组合)以及该聚糖特性之间的一种相关函数，例如它将一个联系至、限定、认定、关联至、或提供至另一个。在一个实施方案中，这种相关性是一种正性或负性关联；已经或能够通过经验性测试或通过预测而建立；是定性的(例如，正性、负性、或无关联性)；是定量的(例如，正性关联性可被表达为一系列得分越来越高的相关性；在绝对意义上或者相对于一个标准值进行表达(例如，与另一种方法相比，是更多或更少、相差多少、在一种蛋白上给予一种特定的聚糖特征的可能性是更多或更少)。系统本节说明了在此说明的可用于执行的这些方法和数据库的多个方面和要素。因此，在另一方面，本发明的特征为一种系统，该系统包括基于一个输入的糖蛋白特性来选择一个生产参数或基于一个输入的生产参数来选择一种糖蛋白特性的一个选择器。在一个实施方案中，该系统包括在此说明的一个数据库，例如一个数据库，该数据库关联于、限定、认定、涉及、或提供聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数；用于输入查询的一个用户界面；用于产生查询结果的一个处理器。在个实施方案中，将这种系统配置为允许对一个过程进行设计来产生具有一个预先选择的聚糖特性的一个目标的糖蛋白产品，(例如)来选择在生产具有一种预先选择的聚糖特性的一个糖蛋白的方法中所使用的一个生产参数。在一个实施方案中，所述查询是基于一种选择的聚糖特性的(例如，一个目标的糖蛋白产品的聚糖特性)，并且所述査询结果包括来自该数据库的与所选择的聚糖特性相关联的一种或多个生产参数或生产参数的组合。在一个实施方案中，所述查询是基于来自该数据库的与一种选择的聚糖特性相关联的一种或多个生产参数，并且所述查询结果是基于与所述的一个或多个生产参数相关联的一种聚糖特性。在一个实施方案中，将所述用户界面配置为允许输入一种所希望的聚糖特性，并且对所述处理器进行构建以允许输出基于一个相关联的生产参数的一项査询结果。在一个实施方案中，将所述用户界面配置为允许输入一种所希望的聚糖特性，并且对所述处理器进行装配以允许输入基于一种相关联的聚糖特性的一项查询结果。在一个实施方案中，将所述系统配置为允许输入X的一个或多个值并输出Y的一个或多个值(例如，一项査询结果)，其中所述数据库中的一种相关函数将X与Y相关联，其中X是针对涉及一个生产参数的一个元素的一个值，并且Y是针对涉及该聚糖特性的一个元素的一个值，并且对所述系统进行配置用于调整X的值以选择或认定Y的值。在一个实施方案中，将所述系统配置为允许输入Y的一个或多个值并输出X的一个或多个值，其中所述数据库中的一种相关函数将X与Y相关联，其中X是针对涉及一个生产参数的一个元素的一个值，并且Y16是针对涉及该聚糖特性的一个元素的一个值，并且对该系统进行配置用于调整Y的值以选择或认定X的值。在一个实施方案中，生产参数l对于一项输入设置(或值)Xl是可调的，并且针对—Y—l的输出或设置(或值)会随着X1的设置(或值)而发生变化，生产参数2对于一项输入设置(或值)X2是可调的，并且针对Y2的输出或设置(或值)会随着X2的设置(或值)而发生变化。在一个实施方案中，针对X1和X2、或Y1和Y2的值或设定的一些组合是不相容的，并且这种解答空间、或者针对可以使用的Y1和Y2的组合的可能性的总数，小于针对Y1的可能性的数目与针对Y2的可能性的数目的乘积(或针对X1X2的类似情况)。在一个实施方案中，在解答空间上的约束是由在X1和X2的组合上的不相容性所强加的，例如它们可以是添加剂或多种添加剂的组合的浓度，以及由于一个原因或另一个原因而不能结合的细胞。在一个实施方案中，在解答空间上的限制被强加是因为Y1和Y2的组合在合成或结构上是不可能的、或者导致了针对该细胞培养株或在一种糖蛋白中的一种不需要的特性的毒性。在一个实施方案中，相关函数产生了一种无效的输出或对应于一种无法得到的组合的信号。在一个实施方案中，对所述系统配置一个过滤器，该过滤器认定X1X2或Y1Y2的受限制或无法得到的组合，并且对它们进行标记或将它们从输出项中去除。在一个实施方案中，针对参数X2的值的选择将至少部分地基于针对X1所选择的值而完成。在一个实施方案中，这种系统是由计算机执行的。在一个实施方案中，这种系统不是由计算机执行的。在一个实施方案中，这种系统包括一种相关函数，该相关函数是一种可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性。相关函数在此说明的这些方法、系统、以及数据库中有一些其特征为相关函数。以下部分针对相关函数提供了额外的细节、具体的实施方案、以及替代物。这些不非是限制性的，而是示例性的。它们能够可任选地被结合至在此说明的方法、数据库、或系统中。可调的相关函数可调的功能能够允许多种输入(例如，不同幅值的输入)以及多种输出(例如，不同幅值的输出)。它能够考虑到通过调整一个生产参数而对一种聚糖特性进行调整。因此，在一个实施方案中，相关函数是一种可调的函数。作为举例，相关函数将X与Y相关联，其中X是针对涉及一个生产参数的一个要素的值，并且Y是针对涉及该聚糖特性的一个要素的值，并且允许对X的值进行调整来选择或认定Y的值，或者对Y的值进行调整来选择或认定X的值。作为举例，X可以是针对一个添加剂的浓度的值、一种副产品的值、一种物理参数的值、时间的值、细胞类型的值、基因表达水平的复制数目的值中的任何一个，并且在那些情况中的一个或多个中，Y是在糖蛋白上的聚糖结构的量值。在一个实施方案中，生产参数l对于一项输入设置(或值)Xl是可调的，并且Y1的输出或设置(或值)将随着X1的设置(或值)而发生变化，生产参数2对于一项输入设置(或值)X2是可调的，并且Y2的输出或设置(或值)将随着X2的设置(或值)而发生变化。在一些实施方案中，针对X1和X2、或Y1和Y2的值或设置的一些组合不是相容的，并且这种解答空间或针对可以使用的Y1和Y2的组合的可能性的总数目小于针对Y1的可能性的数目与针对Y2的可能性的数目的乘积(或针于X1X2的类似情况)。在一些实施方案中，在解答空间上的限制是由在X1和X2的组合上的不相容性所强加的，例如它们可以是添加剂或添加剂组合的浓度，以及由于一个原因或另一个原因不能被结合的细胞。在一些实施方案中，在解答空间上的限制被强加是因为Y1和Y2的组合在合成或结构上是不可能的、或者导致了针对这种细胞培养株或在一种糖蛋白中的一种不需要的特性的毒性。在一些实施方案中，相关函数生产了一种无效的输出或对应于一种无法得到的组合的信号。非线性的相关函数非线性的相关性能够反映生产参数与聚糖特性之间的关系，其中对一个聚糖特性共同起作用的两个(或多个)生产参数的效果并不同于以下组合的情况，即对该聚糖特性发挥作用的第一生产参数(单独发挥起作用)与对该聚糖特性发挥作用的第二生产参数(单独发挥作用)在一起的组合。在此处所使用的注释中，这可以被表示为"X1,X2-Y1#X1-Y1+X2陽Y1。在某些实施方案中，相关函数将针对生产参数的超过一种的值(例如X1、X2、等等)涉及至一种或多种聚糖特性(例如，Y)，并且其中该组合(例如，X1和X2的组合)对Y的作用是非线性的。当多个生产参数共同(例如，生产参数X1和X2共同发挥作用)对一种或多种聚糖特性(例如，Y)的作用不同于以下的组合(即X1(单独发挥作用)对Y的作用连同X2(单独发挥作用)对Y的作用的组合)时，这种相关性是非线性的。作为举例，葡糖胺(XI)的加入导致了半乳糖基化作用(Yl)方面的减少，岩藻糖基化作用(Y2)方面的减少，高甘露糖结构(Y3)方面的增加、以及杂合结构(Y4)方面的增加。尿嘧啶核苷(X2)的加入给予了高甘露糖结构(Y3)的减少，但是其他聚糖特性(Yl、Y2、以及Y4)没有发生变化。如果葡糖胺(XI)与尿嘧啶核苷(X2)相结合，则所有四个参数(Yl、Y2、Y3、以及Y4)就会发生变化。因此，在X1、X2与Y1之间的相关函数是非线性的。类似地，在X1、X2、与Y2之间的相关函数是非线性的，并且在X1、X2、与Y4之间的相关函数是非线性的。在一些实施方案中，单一的X相关性(在一起采用时它是非线性的)还逐一被认为是非线性的。例如，在该实例中仅给予葡糖胺(XI)与半乳糖基化作用(Yl)的相关性，葡糖胺(XI)与岩藻糖基化作用(Y2)的相关性、以及葡糖胺(XI)与杂合结构(Y4)的相关性都是非线性的。类似地，在一些实施方案中，在尿嘧啶核苷(X2)与半乳糖基化作用(Yl)之间的相关性、尿嘧啶核苷(X2)与岩藻糖基化作用(Y2)的相关性、以及尿嘧啶核苷(X2)与杂合结构(Y4)的相关性都被认为是非线性的相关。受约束的相关函数受约束的相关函数反映了糖蛋白类合成的复杂性，并且能够表示多种关系，这些关系的特征为不协调的或不希望的组合或生产参数或聚糖特性。例如，生产参数的组合可受到抑制，这是因为它导致了一种不希望的聚糖特性。在一些实施方案中，相关函数将针对一个第一生产参数X1与针对一个第一聚糖特性Y1的值相关联，而且还认定以下二者之一或全部一种添加的(例如，第二)聚糖特性Y2(它通过X1发生改变)；以及一个添加的(例如，第二)生产参数X2(它能与该第一生产参数一起使用)，(例如)以调整(例如，最小化)对一个第二聚糖的特性Y2的全面的作用。这种相关性是指一个受约束的生产参数，因为使用X1可要求使用X2以避免一种针对聚糖的特性Y2的不需要的作用。在实施方案中，选择一个第一生产参数可对一个第二生产参数的选择进行约束，并且使一个特定的第二生产参数的选择或多或少是有利的，例如，是因为若该第二参数与(或不与)该第一参数相结合，则对在该蛋白上所给与的聚糖特性的一种正面或负面作用。作为举例，葡糖胺(XI)的加入与半乳糖基化作用的减少相关联。Xl还与高甘露糖的增加相关联。尿嘧啶核苷(X2)的加入使高甘露糖的增加最小化而没有消除由X1所介导的半乳糖基化作用的减少。如果半乳糖的减少是所希望的但是高甘露糖的增加不是所希望的，那么X1就受到约束。这种X1-Y1的相关性或X1-Y1、Y2的相关性可以将X2认定为有待思考或与X1结合时有待变化的一种额外的生产参数。多效的相关函数多效的相关函数能够反映一个或多个生产参数对不同的聚糖特征的改变的作用。在一些实施方案中，相关函数将X与多种聚糖特性相关联，并且这种关系是多效的。例如，其中X是针对涉及一个生产参数的一个要素的值，而Y1和Y2(并且可任选地Y3、Y4、Y5、等等)是涉及这些聚糖特性的要素的每一个值，生产参数X给予了对至少两种聚糖特性的不同作用(在一个实施方案中，这些作用处于不同的方向上，例如，一个是增加的，而另一个减少；与之相反，一个进行变化(例如，增加或减少)，而另一个不变化)。作为举例，生产参数X，将葡糖胺加至培养基中，与半乳糖基化作用(例如，Yl)的减少、岩藻糖基化作用(例如，Y2)的减少、高甘露糖(例如，Y3)的增加、以及杂合结构类(例如，Y4)的增加相关联。糖蛋白分析额外的实施方案在此说明的这些方法、系统、以及数据库中的一些包括或涉及额外的步骤，例如，在其中对一种糖蛋白类产品进行进一步分析的步骤。这些方法、系统、以及数据库的一些特定的优选实施方案提供如下。在一个实施方案中，一种方法进一步包括分析在所述选择的生产参数的组合的条件下所生产的一个氨基酸序列(例如，主要糖蛋白产品的氨基酸序列)，并且将它与一种预先选择的指标(例如，一种预先选择的聚糖特性(例如，聚糖特征)的存在、缺失、或水平)进行比较。例如，若这种氨基酸序列与这种指标具有一种预先选择的关系(例如，它满足或未满足所述指标)，选择该组合。在一个实施方案中，一种方法进一步包括基于该糖蛋白是否显示出这种预先选择的关系，改变所选择的组合的条件(例如，通过改变生长培养基)。在一个实施方案中，一种方法进一步包括分析在一种选择的组合的条件下所生产的糖蛋白，并且把它与一种预先选择的指标(例如，具有一种预先选择的聚糖特性(例如，一种聚糖结构))进行比较。如果(例如)这种糖蛋白与所述预先选择的指标具有一种预定关系(例如，它满足或未满足所述指标)，则这种方法包括选择该组合或由该组合所生产的糖蛋白用于进一步分析(例如，另一个参数的改变(例如，改变生长培养基))。在一个实施方案中，一种方法进一步包括对由这种生产方法所制造的糖蛋白产品进行测试以了解它是否具有一种预先选择的化学的、生物学的、或药物代谢动力学的特性。例如，这种方法可以包括比较由具有一种预先选择的标准的生产过程所制造的糖蛋白的一种预先选择的化学的、生物学的、或药物代谢动力学的或药效学的特性，并且如果所述糖蛋白产品的值与这种预先选择的标准具有一种预先选择的关系，则选择所述糖蛋白产品。在一个实施方案中，将一种糖蛋白产品的一种特性与一种主要糖蛋白产品的一种特性进行比较。在此说明的这些方法的实施方案包括针对聚糖特性(例如，聚糖特征)对一种糖蛋白产品(例如，一种主要糖蛋白产品)进行分析。这种分析能被作为一种指导用于对生产参数进行选择或者用于生产一种糖蛋白中。这种分析可以基于通过将从聚糖结构从这种糖蛋白中释放所产生的信息。在这种背景下，释放是指从这种糖蛋白的氨基酸部分的全部或至少一些中释放出来。作为举例，这种方法可以使用完全的或部分的酶的消化来将聚糖结构(例如，作为单一的糖类或较大的片段)从一种糖蛋白上释放。可对这种已释放的聚糖结构进行分析，例如通过提供一种聚糖模式并将它与一种预先确定的标准(例如、一种参比的聚糖模式)进行比较。如在此所使用，一种聚糖模式是一种或多种聚糖特性的存在(或缺失)的表示。在实施方案中，这种聚糖模式提供了一种或多种聚糖特性的定量确定。这种定量确定能够以绝对形式、或作为一个标准值的函数(例如，一个外源性的标准值)、或在这种模式中作为另一种聚糖特性的一个函数进行表达。作为举例，聚糖模式的要素可以是来自由一种糖蛋白所衍生的一种聚糖结构(例如，来自一种酶的消化)的峰或其他部分(表示一个或多个种类)。可以对这些要素进行说明，例如，在限定结构的方面，例如，通过化学名称、或通过一种功能特性或物理特性(例如，通过分子量)或通过一种涉及纯化或分离的参数(例如，在柱子或其他分离装置上的保留时间)。在此说明的方法可被用于制造具有所希望的聚糖特性的一种糖蛋白。这包括对制造这种糖蛋白或其生产的过程进行设计。这种分析可被用于确定一种糖蛋白是否具有选择的糖蛋白特性或对此进行确认。作为举例，在此说明的方法可被用于监测生产过程并且用于选择生产参数以细化一个过程，该过程生产未满足一个标准值(例如，不具有一种选择的聚糖特性)的产品。在一个实施方案中，一种方法进一步包括选择所述糖蛋白产品，用于分类、接受或放弃、发货或扣留、加工成药物产品、运送、被移至新的位置、配置、标记、包装、进入商业、供销售、或用于出售、或将有关糖蛋白产品的信息提交至第三方用于评论或批准，取决于是否满足这种预先选择的指标。在一个实施方案中，在设计或使用这种生产方法的时候，设计师或用户已检索了(例如，通过查阅政府或商业性的专利目录)美国专利的存在，这项专利覆盖了这种参比糖蛋白产品、或制造或使用这种参比糖蛋白产品的方法。22在一个实施方案中，一种方法进一步包括分析一个目标的糖蛋白产品以认定一种目标的聚糖特性的一个步骤(例如，在此处的一种方法的步骤ii之前)。在一个实施方案中，一种方法进一步包括在所述选择的一种或多种条件下对所述主要糖蛋白产品的氨基酸序列进行表达，并且确定这种选择的一种或多种条件是否与这种糖蛋白中的目标的由聚糖限定的特性呈正性相关。在此说明的这些方法中的任何一种可以包括下列步骤中的一个或多个评估这种糖蛋白产品，例如，评估这种糖蛋白产品的生理化学参数(例如，测量这种糖蛋白产品的质量(例如，使用SDS-PAGE或尺寸排阻色谱法)、pl、碳水化合物含量、肽的图谱、蛋白质浓度、生物活性)；记录这种糖蛋白产品的一个或多个参数的评估，例如，提供针对这种糖蛋白产品的分析的证书；评价这种糖蛋白或其细胞培养株的过程污染物，例如包括但不局限于内毒素含量、无菌试验、支原体含量、沥滤液、宿主(例如CHO)细胞DNA或蛋白质污染物；记录这种糖蛋白或其细胞培养株的过程污染物；测量这种糖蛋白细胞培养株的参数，包括但不局限于这种生产的pH、细胞活力、生产、滴度、产量、倍增时间、DO、以及温度；记录这种细胞培养株的过程参数；评价并记录这种过程介质要素，包括原料来源以及材料的批号；测量这种糖蛋白纯化的过程参数，包括但不局限于流速、pH、温度、产量、过程污染物、柱容积、或洗脱体积；记录这种纯化的过程参数；并且记录从在此说明的一个过程所分批制造的一种糖蛋白的批号。选择生产参数和聚糖特性额外的实施方案在此说明的这些方法、系统、以及数据库中的一些包括或涉及一种聚糖的特性或一个生产参数的选择或使用。这些方法、系统、以及数据库的一些特定的实施方案被提供如下。在一个实施方案中(例如，在此除的一种方法的步骤iii中)，对生产参数或其组合进行顺序选择。在一个实施方案中(例如，在此处的一种方法的步骤ii中)，这种方法包括认定至少2、3、4、5种目标的聚糖特性。在一个实施方案中(例如，在此处的一种方法的步骤iii中)，这种方法包括对生产参数的组合进行选择，这种组合与一种目标的聚糖特性相关联。在一个实施方案中，例如在至少1个或2个主要生产参数的组合、或至少1个或2个次要生产参数的组合、或至少一个主要和一个第二参数的组合中进行选择。在一个实施方案中，对一个生产参数进行选择以给予一种目标的聚糖特性(例如，一种功能特性)，它不同于一种主要糖蛋白产品所对应的聚糖特性。在一个实施方案中，一种聚糖特性是一种糖蛋白的一种功能特性，例如，血清半衰期、受体结合亲和力、或免疫原性(在不是免疫原性的一个实施方案中)。在一个实施方案中，一种聚糖特性是一种聚糖特征，即一种结构特性。示例性的聚糖特征包括一个化学单元的存在、缺失、或量值;一个化学单元的一个组分(例如，一个硫酸根、磷酸根、乙酸根)的存在、缺失、或量值；在一个潜在的糖基化位点上或贯穿整个蛋白的异质性或微异质性(例如，一种蛋白质的潜在的糖基化作用位点的占据程度(例如，在一种糖蛋白产品中在两个或更多的特定的蛋白主链之间的相同的潜在糖基化作用位点的占据程度、以及相对于在一种蛋白主链上的一种不同的潜在糖基化作用位点，在相同的蛋白主链上的一个潜在的糖基化作用位点的占据程度)；一个分支(例如，二等分的GlcNAc磷酸甘露糖结构的存在、缺失、或量值)或无分支的聚糖的核心结构；一种聚糖结构(例如，一种复合物(例如，双触角的、三触角的、四触角的(tetrantennary)、等等)、一种高甘露糖、或一种杂合聚糖结构)的存在、缺失、或量值；在一种聚糖内的一个化学单元的相对位置(例如，一个末端或次末端的化学单元的存在、缺失或量值)；以及多个化学单位之间的关系(例如，多个化学单位、异构体、以及分支点之间的连接)。在一个实施方案中，一种目标的聚糖特性是选自下组，其构成为半乳糖基化作用、岩藻糖基化作用、高甘露糖、唾液酸化作用、以及它们的组合。在一个实施方案中，对至少l、2、3、4、或更多个生产参数进行顺序选择，例如，基于在一个单一的生产参数与一种聚糖特征之间的一种相关性对各个参数进行选择。在一个实施方案中，在一个第一生产参数的选择与一个第二生产参数的选择之间，针对在一个氨基酸序列上(例如，这种主要糖蛋白产品的氨基酸序列)给予一种选择的聚糖特性(例如，通过该数据库与该第一生产参数相关联的一种聚糖特征)的能力，对该第一生产参数进行了测试。在优选的实施方案中，在一个第二生产参数的选择与一个第三生产参数的选择之间，针对在一个氨基酸序列上(例如，这种主要糖蛋白产品的氨基酸序列)给予一种选择的聚糖特性(例如，通过该数据库与该第二生产参数相关联的一种聚糖特征)的能力，对该第二生产参数进行了测试。在一个实施方案中，对2、3、4或更多个生产参数同时进行选择，例如，基于在生产参数的组合与一种聚糖特性之间的一种相关性对生产参数的组合进行选择。在一个实施方案中，一种方法包括(例如，在步骤iii中)以一种顺序的方式进行选择，i)来自所述数据库的一个第一生产参数(例如，一种主要生产参数(例如，涉及一个细胞系、一个过程或生物反应器变量(例如，分批、补料分批、或灌注)，一个纯化过程、或一种配制品的一个参数)，所述数据库包括在所述第一生产参数与在由包括所述第一生产参数的一个过程中所制造的一种蛋白上所给予的一种选择的聚糖特性(例如，一种聚糖特征)之间的一种相关性；并且ii)来自所述数据库的一个第二生产参数，例如一个次要生产参数，所述数据库包括在所述次要生产参数与在由包括所述第二生产参数的一个过程中所制造的一种蛋白上所给予的一种选择的聚糖特性(例如，一种聚糖特征)之间的一种相关性。在一个实施方案中，一种方法包括将l、2、3、或更多个主要生产参数的选择散布于i、2、3、或更多个次要生产参数中或跟随着对这些参数进行选择。在一个实施方案中，在这种生产方法中的一个步骤是通过选择来自一个数据库的与具有所述预先选择的聚糖特性(例如，一种聚糖特征)的糖蛋白的生产相关联的一个生产参数而进行确定。在一个实施方案中，在这种生产方法中的一个步骤是通过选择来自一个数据库的一个生产参数而进行测定，在该数据库中多个生产参数或生产参数的组合(例如，至少2、5、10、20、30、40或更多个参数或参数的组合中的每一种与具有所述预先选择的聚糖特性(例如，一种聚糖特征)的糖蛋白的生产相关联，当所述参数或参数的组合被结合至用于制造这种糖蛋白产品的一种方法中时。在一个实施方案中，对一个生产参数进行选择以给予一种目标的聚糖特性(例如，一种功能特性)，该特性与所述主要糖蛋白产品的相对应的聚糖特性相同或与其相似。在一个实施方案中，这种生产方法不同于用于制造所述主要糖蛋白产品的一种公开的方法。在一个实施方案中，对一个生产参数进行选择，该生产参数是与将一种聚糖特征(是在这种糖蛋白产品上发现的)给予到一个氨基酸序列上相关联的、或与一种聚糖特征相关联，它是一个中间体，并且它与在所表达的糖蛋白产品上(最终)存在的一种选择的聚糖特征是正相关的。在一个实施方案中，对一个生产参数进行选择以给予一种目标的聚糖特性(例如，一种功能特性)，它不同于所述主要糖蛋白产品的相对应的聚糖特性。在一个实施方案中，一种方法包括选择由这种糖蛋白产品所要求的聚糖特性，并接着选择这些生产参数(例如，在此处说明的一种方法的d)中所选择的那些)来提供所要求的聚糖特性。在一个实施方案中，一种方法包括选择生产参数的组合，这种组合与一种目标的聚糖特性相关联。示例性的糖蛋白和特性在此说明的这些方法、系统、以及数据库中的一些包括或涉及一种改进的糖蛋白产品，选择制造一种改进的糖蛋白产品的方法，或制造一种改进的糖蛋白产品的方法。这些方法、系统、以及数据库的一些特定的优选实施方案被提供如下。在一个实施方案中，这种糖蛋白产品是具有一种预先选择的聚糖的特性的一种已改变的(或下一代)糖蛋白产品，并且其中步骤b)包括选择一种或多种聚糖特性作为所述目标聚糖的一种或多种特性，并且其中所述目标聚糖的一种或多种特性不同于所述主要糖蛋白产品的相对应的一种或多种特性，例如它们在针对一种受体的亲和力或附连在预先选择的位点上的聚糖结构的非均质程度而有所不同。在一个实施方案中，这种生产方法导致了具有与所述主要糖蛋白靶相比一种不同的聚糖特征或多种不同的聚糖特征。在一个实施方案中，这种目标的聚糖特性是血清半衰期，它比这种主要糖蛋白产品的血清半衰期更长或更短。在一个实施方案中，一种目标的聚糖特性是血清半衰期，它与这种主要糖蛋白产品的血清半衰期更长或更短。在此说明的这些方法、系统、以及数据库中的一些包括或涉及一种主要糖蛋白产品的分析。这些方法、系统、以及数据库的一些特定的优选实施方案被提供如下。在一个实施方案中，一种方法包括提供了以下信息，这种信息由将这种主要糖蛋白产品经受在此说明的一种或多种分析方法以提供一种聚糖特性(例如，一种聚糖特征)所引起的。这种分析方法可以被施用至这种主要糖蛋白产品(例如，可商购的主要糖蛋白产品)的一个或多个样品上。这种分析方法可以被施用至这种主要糖蛋白产品(例如，可商购的主要糖蛋白产品)的一个或多个生产批号上。在一个实施方案中，这种主要糖蛋白产品和这种糖蛋白产品具有完全相同的氨基酸序列。在一个实施方案中，这种主要糖蛋白产品和这种糖蛋白产品相差高达l、2、3、4、5、10、或20个氨基酸残基。在一个实施方案中，这种主要糖蛋白产品选自表I。数据库额外的实施方案在此对数据库、以及包括使用数据库的方法和系统进行说明。这些数据库中的一些特定的优选实施方案被提供如下。在优选的实施方案中，一个数据库具有最少5、10、20、30、40、50、100、150、200、250项相关性记录。在一个实施方案中，一个数据库提供在一个第一生产参数(或生产参数的组合)与在由包括所述第一参数的一个过程中所制造的一种蛋白上所给予的一种选择的聚糖特性(例如，聚糖特征)之间的一种相关性；在一个第二生产参数(或生产参数的组合)与在由包括所述第二参数的一个过程中所制造的一种蛋白上所给予的所述选择的聚糖特性(例如，聚糖特征)之间的一种相关性；以及对这种数据库进行配置以便允许在该第一与第二参数之间进行选择。在一个实施方案中，一个数据库提供在用于制造所述糖蛋白产品的过程中一个第一和第二生产参数(或各自的组合)的组合的使用与在由所述组合过程所制造的一种蛋白上所给予的所述选择的聚糖特征之间的一种相关性；并且就将一种选择的聚糖特性(例如，聚糖特征)加至一种蛋白质中而言，允许提供有关对加入该第一或第二生产参数(或各自的组合)对其他生产参数(或各自的组合)的作用的信息。在一个实施方案中，对一个数据库进行配置以便允许作出以下决定在一种糖蛋白产品的生产中是否包括该第一、第二、或这两个生产参数。在一个实施方案中，将一个数据库配置为允许理解对一个第一生产参数进行选择约束了一个第二生产参数的选择，并且使一种特定的第二生产参数的选择或多或少是有利的，例如，是因为若该第二参数与该第一参数相组合，则在该蛋白上所给予的聚糖特性的一种正面或负面作用。在一个实施方案中，这种数据库包括一种、两种、三种、或所有可调的、非线性的、多效的、或受约束的相关性。在一个实施方案中，一个数据库包括i)在一个第一和第二生产参数与在一种蛋白上所给予的一个第一选择的聚糖特征之间的一种相关性，该蛋白是由包括所述第一和第二(而不是一个第三)生产参数的一种方法所制造的ii)在所述第一和第三生产参数与在一种蛋白上所给予的所述第一选择的聚糖特征之间的一种相关性，该蛋白是由包括所述第一和第三(而不是所述第二)生产参数的一种方法所制造的；并且允许将(1)在由包括该第一和第二(而不是所述第三)生产参数的一种方法所制造的一种蛋白上的一个第一选择的聚糖特征的存在与(2)在由包括该第一和第三而不是第二生产参数的一种方法所制造的一种蛋白上的一个第一选择的聚糖特征的存在进行比较，并且并且根据所述第一选择的聚糖特征的存在的最佳化进一步允许在i的组合与ii的组合之间的一种选择。在一个实施方案中，一个数据库包括将一个第一属类的生产参数的多个种类中的每一个(例如，一种细胞类型的变体(例如，多个CHO细胞，这些细胞具有不同的插入部位、插入物的拷贝数、或涉及到糖基化作用(glycoslyation)的基因)与在由包括使用该种类的一种方法所制造的一种蛋白上所给予的一种聚糖特性(例如，聚糖特性)相关联；以及将一个第二属类的生产参数的多个种类中的每一个(例如，发酵变体(例如，多种发酵条件如细胞密度、分批处理、灌注处理、连续处理)与在由包括使用该种类的一种方法所制造的一种蛋白上所给予的一种聚糖特性(例如，一种聚糖特征)相关联。在一个实施方案中，一个数据库包括在一个第一生产参数的一个第一种类与一个第二生产参数的一个第一种类的组合与在由包括组合的一种方法所制造的一种蛋白上所给予的一种聚糖特性(例如，一种聚糖特征)之间的一种相关性；在一个第一生产参数的一个第二种类与一个第二生产参数的第一或一个第二种类的组合与在由包括组合的一种方法所制造的一种蛋白上所给予的一种聚糖特性(例如，一种聚糖特征)之间的一种相关性;并且允许在(1)一个第一属类的生产参数的第一种类(例如，一种CHO细胞，在一个第一位点上具有插入物)与一个第二属类的生产参数的一个第一种类(例如，分批处理进行发酵)的组合与(2)该第一属类的生产参数的一种不同物种(例如，一种CHO细胞，在一个第二位点上具有插入物)与该所述第二属类的生产参数的一种物种(例如，连续处理的发酵)的组合之间进行比较(并选择)。在一个实施方案中，一个数据库包括在生产参数的组合与在由包括所述生产参数的组合的过程中所制造的一个蛋白上所给予的一种选择的聚糖特性(例如，一种聚糖特征)之间的一种相关性，例如其中生产参数的组合包括一种细胞和培养基。在一个实施方案中，一个数据库包括在处于多种培养条件中的每一种之下所培养的一种细胞(例如，在一个第一、第二、以及第三培养基的每一种中所培养的所述细胞)与在由包括处于所述培养条件之一之下所培养的所述细胞的过程中所制造一种蛋白上所给予的一种选择的聚糖特性(例如，一种聚糖特征)之间的相关性，例如其中一种选择的细胞类型(例如，CHO细胞)可以培养在多种培养基中，并且每种细胞/条件组合与相同或不同的聚糖特性(例如，一种聚糖特征)的发生率相关联。在一个实施方案中，一个数据库包括在处于多种条件下所培养的多种细胞的每一种(例如，在一个第一、第二、以及第三培养基中所培养的一个第一细胞类型、在该第一、第二、以及第三培养基中所培养的一个第二细胞类型、以及在该第一、第二、以及第三培养基中所培养的一个第三细胞类型)与在由包括一种细胞/条件组合的过程中所制造的一种蛋白上所给予的一种选择的聚糖特性(例如，聚糖特征)之间的相关性，。在一个实施方案中，一个数据库包括在多种培养基(细胞/条件的组合)中所培养的几种选择的细胞类型(例如，不同株或基因型的CHO细胞)的每一种与一种聚糖特性(例如，一种聚糖特征)的发生率之30间的相关性。示例性的糖蛋白产品在另一方面，本发明的特征为由在此说明的一个过程(例如，制造一种糖蛋白的过程或选择用于制造一种糖蛋白的一种方法的步骤的过程)所制造的一种糖蛋白产品或一种糖蛋白产品的制备品(例如，一种药物制剂)。在一个实施方案中，这种糖蛋白产品具有来自表I的一种蛋白的氨基酸序列，或者与来自表I的蛋白仅仅相差l、2、3、4、或5个氨基酸残基。在一个实施方案中，这种糖蛋白产品与来自表I的蛋白相差至少一种聚糖特征。在另一方面、本发明的特征为一种糖蛋白产品或一种糖蛋白产品的制备品(例如，一种药物制剂)，具有来自表I的蛋白的氨基酸序列，或与来自表I的蛋白仅仅相差l、2、3、4、或5个氨基酸残基，其中所述糖蛋白产品与在表II中所列的来自所述蛋白的商业制备品相差一种或多种聚糖特征。在一个实施方案中，这种糖蛋白产品或一种糖蛋白产品的制备品(例如，一种药物制品剂)与来自表I的相对应的蛋白相比，具有一种或多种或多或少的岩藻糖基化作用、或多或少的半乳糖基化作用、或多或少的高甘露糖结构、或多或少的杂合结构、或多或少的唾液酸化作用。在另一方面，本发明的特征为生产一种蛋白的一种方法，该蛋白具有通过调整来自表n的一个生产参数而选自表n的一种调整量的一种聚糖特征，包括选择所述聚糖特征的一种参比水平，例如在一种预先选择的糖蛋白(例如，一种目标的糖蛋白)上发现的水平；针对来自表II的一个参数选择一个值以提供所述聚糖特征(例如，如与该参比水平迸行比较)的一种调整的水平；并且将选择的参数施用至用于制造具有一种调整量的所述聚糖特征的蛋白的过程中。在另一方面，本发明的特征为生产一种蛋白的一种方法，该蛋白具有一种预先选择的水平的通过调整来自表II的一个生产参数的来自表III的一种功能或生物学特性，包括选择一种参比水平的所述生物学特性，例如在一种预先选择的糖蛋白上发现的水平；针对来自表II的一个参数选择一个值以提供一种经调整的水平的所述聚糖特征，它调整了生物特性。将选择的参数施用至用于制造带有一个调节量的所述功能或生物特性的蛋白的过程中额外的实施方案在另一方面，本发明的特征为在一种信息载体上实体体现的一种计算机程序产品，并且包括在通过一个处理器进行在此说明的一种方法时所运行的指令。在此说明的这些方法、数据库、以及系统能够与多种的糖蛋白(包括糖肽)一起使用。这些包括自然发生的以及非自然发生的糖蛋白。代表性的糖蛋白包括抗体(例如，IgG、IgM)、人的、人源化的、移植的、以及嵌合体的抗体、以及它们的片段；融合蛋白(例如，包括人(或其他)抗体结构域(例如，FC或恒定区结构域)的融合；生长因子；激素；以及由在表I所列的一种蛋白所代表的蛋白的任何类别。如在此所使用，术语"数据库"涉及大量的数据。典型地，对它进行组织这样它的含量能够很容易进行存取、管理、并更新。在优选的实施方案中，对这种该数据库进行配置或管理以确保其完整性和质量，以便将超过在此说明的记录的含量最小化，并且以便允许受控的存取。将这种数据库展现或存储在一种媒介上。这种媒介可以是，例如一种传统的纸质媒介或其他媒介，它展示了打印的或手写的符号，这些符号可由人类直接进行使用(例如，无需计算机的帮助)。这种数据库可以存在一套打印的表格、或一种卡片式目录，它们(例如)显示了生产参数与聚糖特征的关系。这种数据库还可以展现或存储在电子性或其他的计算机可读的形式中。这些实施方案可在从简单的空白表格程序至更为复杂的实施方案的范围内。这种数据库不需要储存在200880016853.7个单一的表格或书中，或在一个单一的计算机或网络上)。一个数据库(例如)可以将如以上所述的一种传统媒介与一种计算机可读的媒介相结合。典型地，这种数据库将包含大量的记录，其中每项记录通过一种相关函数将一个生产参数与一种聚糖特性相关联。可以按照多种方式对这种数据库进行组织，例如作为一种关系性数据库。典型地，这种数据库处于一种格式中，可以通过对每个数据库而言特异的技术针对特异的信息或记录对其进行搜索。一种计算机数据库典型地是储存在一台或多台计算机上的大量结构化的记录，这样一个程序可以査阅它来回答査询。关系性数据库连同用于查询的界面以及查询结果是特别优选的。对关系性数据库的本体论进行映射制图允许构建在此说明的方法中有用的相关性。虽然一些实施方案可检索来自可公开访问的信息，在此类实施方案中所使用的数据库通常还将包括至少l、2、5、10、20、或50种相关性，这些相关性不存在于可公开访问的信息中或者这些相关性并非从可公开访问的信息中进行检索，例如在此类实施方案中这种数据库可包括至少l、2、5、10、20、50或更多种非线性的、多效的(plietr叩ic)、或受约束的相关性。可公开访问的信息可包括来自一种可公开访问的数据库(如PubMed)的信息。在一个实施方案中，在此说明的一个数据库包括至少l、2、5、10、20、或50种相关性，这些相关性不是在可公开访问的信息中，例如不是在已公开的文件中。确定一种相关性是否是可公开访问的(例如，在一种已公开的文件或数据库中)是由一种非临时申请(从该申请中本专利所要求的优先权)的最早的美国申请曰来完成的。在这个文件所使用的标题是为了容易进行阅读并且应当不用来限制所说明的这些实施方案。附图的简要说明现在对这些附图进行说明。图l是计算装置和系统的框图。图2是来自在CH0细胞中所产生的人类IgG的聚糖模式的一种代表性的色谱图的描述。人类IgG是从CHO细胞中产生的，在用NP-HPLC进行解析之前对其进行分离、释放聚糖、分离、并且进行荧光标记。图3是来自在独特的处理条件下在CHO细胞中产生的人类IgG的聚糖模式的描述。人类IgG是由在升高的尿嘧啶核苷、葡糖胺、或二者皆存在的条件下所培养的CHO细胞产生的。在用NP-HPLC进行解析之前，对这种IgG进行分离，释放聚糖、分离、并且迸行荧光标记。对于在升高的尿嘧啶核苷、葡糖胺、或二者皆存在的条件下所产生的IgG的正常化数据的总结如所示进行显示。这些数据是复本决定簇的代表并且被表达为总峰面积的百分数(％)。本发明的其他特征与优点从以下详细说明、以及权利要求中应当很清楚。详细说明聚糖的特征在此说明的这些方法包括选择一种或多种生产参数来生产具有一种或多种预先选择的聚糖特性的糖蛋白。如在此所使用，一种聚糖特性涉及(1)由在一种蛋白上的一种聚糖结构所给予或限定的一种功能特性或者(2)—种结构特性(在此指一种"聚糖特征")。一种预先选择的功能活性可以与一种或多种聚糖特征相关联，并且基于这种相关性，考虑到生产参数或生产参数的组合导致了具有这种预先选择的聚糖特征以及由此的功能活性的一种糖蛋白，可以做出一个决定。可以进行选择的活性包括但是不局限于血清半衰期、清除率、活体外或体内的稳定性(保质期)、结合亲和性、组织分布以及靶向性、毒性、免疫原性、吸收率、清除率、三维结构、代谢、以及生物利用率。作为在此使用的一种"聚糖特征"包括一个化学单元的存在、缺失、或量值；一个化学单元的一个组分(例如，硫酸根、磷酸根、醋酸根、羟乙酰基、丙基、以及任何其他的垸基基团修饰)的存在、缺失、或量值；在一个潜在的糖基化作用位点上或贯穿整个蛋白质中的异质性或微异质性，例如蛋白质的潜在糖基化作用位点的占据程度(例如，在一种糖蛋白产品中的两个或更多特定的蛋白主链之间的相同的潜在糖基化作用位点的占据程度、以及相对于在一个蛋白主链上的一种不同的潜在糖基化作用位点在相同的蛋白主链上的一种潜在糖基化作用位点的占据程度)；一种分支的(例如，二等分的GlcNAc或磷酸甘露糖结构的存在、缺失、或量值)或无分支的聚糖结构；一种聚糖结构(例如，一种复合物(例如双触角、三触角、四触角(tetrantennary)、等等)、一种高甘露糖、或一种杂合聚糖结构)的存在、缺失、或量值;在一种聚糖之内的一个化学单元的相对位置(例如，一个末端或次末端的化学单元的存在、缺失、或量值)；这种聚糖的化学组成(例如，在一种特定的聚糖中这些岩藻糖组分的量值以及比率)；以及多个化学单位之间的关系(例如，在多个化学单位、异构体、以及分支点之间的连接)。在实施方案中，作为举例，一种聚糖特征可以是来自衍生于一种糖蛋白的聚糖结构(例如，来自一种酶的消化)的峰或其他部分(表示一个或多个种类)。对一种聚糖特征可以进行说明，例如在限定结构的方面，例如通过化学名称、或通过一种功能特性或物理特性(例如，通过分子量)或通过一种涉及纯化或分离的参数(例如，在柱子或其他分离装置上的峰的保留时间)。如在此所使用的一种"化学单位"是碳、氢、氧的一种化合物，其中后两种元素的原子是处于2:1的比率例。一个化学单元可以是(例如)一种多元醇的醛或酮的衍生物，特别是五元(pantahydric)醇以及六元醇。化学单位的实例包括单糖(如半乳糖、岩藻糖、唾液酸、甘露糖、葡萄糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)以及核糖、连同它们的衍生物以及类似物。不同的单糖的衍生物是己知的。例如，唾液酸涵盖了超过三十种带有形成的核心结构的N-乙酰神经氨酸以及N-羟乙酰神经氨酸的衍生物。合成的神经节苷脂衍生物说明于美国专利号5,567,684中；二价的唾液酸基衍生的糖类说明于美国专利号5,559，103中。2-脱氧-2，3-二脱氢-N-乙酰基神经氨糖酸的衍生物和类似物说明于美国专利号5,360,817中。唾液酸类似物的实例包括在功能上模拟唾液酸，但是不被内源的宿主细胞唾液酸酶所识别的那些唾液酸类似物。参与唾液酸代谢的唾液酸转移酶和其他酶类经常识另U"非自然的"或"经修饰的"单糖的底物(Kosaetal.，Biochem.Biophys.Res.Commun.,190,914，1993;FitzandWong,J.,Org.Chem"59,8279,1994;Shamesetal.,Glycobiology，1,187,1991;Sparksetal.，Tetrahedron,49,1，1993;Linetal.，J.Am.Chem,Soc.,114，10138,1992)。单糖类似物的其他实例包括但是不局限于N-levulinoyl甘露糖胺(ManLev)、Neu5Aca-甲基糖苷、Neu5AcP-甲基糖苷、Neu5Aca-节基糖苷、Neu5AcP-节基糖苷、Neu5Aca-甲基糖苷甲酯、Neu5Acot-甲酯、9-0-乙酰-N-乙酰神经氨酸、9-0-乳酰-N-乙酰神经氨酸、N-叠氮乙酰甘露糖胺以及它的O-乙酰化的变体、以及Neu5Aca-乙基硫糖苷。此外，唾液酸类似物的实例和可用于产生此种类似物的方法传授于美国专利号5，759,823和美国专利号5,712,254中。其他单糖的衍生物或类似物的实例包括单糖的脒、氨基腙以及偕胺肟的衍生物(美国专利号5,663，355)、1,3,4，6-四-0-乙酰-N-酰基甘露糖胺或其衍生物、在糖基环中具有5个或6个碳原子的糖类或氨基糖的类似物或衍生物(包括醛糖、脱氧阿洛糖、以及酮类，不考虑这些不对称碳的键的方向或构型。这包括多种化学单位，如核糖、阿拉伯糖、木糖、来苏糖、阿洛糖、阿卓糖、葡萄糖、艾杜糖、半乳糖、塔罗糖、核酮糖、木酮糖、阿洛酮糖、N-乙酰葡糖胺、N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰甘露糖胺、N-乙酰神经氨酸、果糖、山梨糖、塔格糖、鼠李糖、以及岩藻糖。示例性的单糖的类似物和衍生物衍生于葡萄糖、N-乙酰葡糖胺、半乳糖、N-乙酰半乳糖胺、甘露糖、岩藻糖、以及唾液酸，如(例如)在美国专利号5,759，823中所传授。一种聚糖特征可以包括一个化学单元的不同的衍生物或类似物的存在、缺失、或量值。例如，这种聚糖特征可以是N-乙酰基神经氨糖酸的缺失、存在、或量。如在此所使用的一种"聚糖结构"涉及至少两个彼此相连的化学单位。包括了任何一种连接(包括共价的和非共价的连接)。一种聚糖特征可以进一步是进行以下比较分别相对于另一个化学单元，一个化学单元的另一个组分或另一种聚糖结构的存在、缺失、或量值的一个化学单元、或一个化学单元的组分或一种聚糖结构的存在、缺失、或量值。例如，可对相对于岩藻糖的存在、缺失、或量值的唾液酸的存在、缺失、或量进行确定值。在其他实例中，可将一种唾液酸(如N-乙酰神经氨酸)的存在、缺失、或量值与(例如)一种唾液酸衍生物(如N-羟乙酰神经氨酸)的缺失、存在、或量值进行比较。如在此所使用的一种相关函数提供了一种函数，该函数定义了(例如，在一个数据库中)一个或多个生产参数与一种或多种聚糖特性之间的关系。在一个实施方案中，一个生产参数与一种聚糖特性相关联。这种相关函数能够体现一个常数值，例如在一个生产参数的存在或使用与在一种糖蛋白上所给予的一种聚糖特性之间呈正性相关的情况下的一个正性常数值。实施方案还包括那些，其中多种种类的生产参数(例如，一种指明的添加剂的不同浓度)各自被指定一个不同的相关常数，这些相关常数每个均具有一个不同的常数值。例如，在一个生产参数(如葡糖胺，可将它加至处于不同浓度下的培养条件中)以及具有岩藻糖残基的聚糖特性的情况下，这种数据库可包括浓度l与聚糖水平1之间、浓度2与聚糖水平2之间、等等的相关性。这种相关函数还可以是"可调的"，例如它(或其输出)可以(例如)根据一种函数以一种线性的或非线性的方式在输入值的范围内发生变化。例如，这种相关函数能够体现一种函数，该函数将X与Y相关联，其中X是涉及一个生产参数的一些要素的值，而Y是涉及该聚糖特性的一些要素的值(在一些实施方案中，X是输入项，而Y是输出项，在其他实施方案中，Y是输入项，而X是输出项)。例如，在这种生产参数是在培养基中存在一种添加剂(例如，葡糖胺)的情况下，X是被加至该培养基中的葡糖胺的浓度的值。Y可以是被加至一种蛋白的岩藻糖的量的值，该蛋白在使用浓度为X的葡糖胺的一种方法中得以制造。在这个实施方案中，这种相关函数将葡糖胺的浓度的值(例如，一个输入值)涉及至在该糖蛋白上的岩藻糖基部分的量的值(例如，一个输出值)。当X的值增加时，Y的值会根据将X与Y进行关联的相关函数而发生变化，并且在增加葡糖胺的情况下，该输出值会降低。因此，当葡糖胺的量增加时，这种相关函数指示较低的量的岩藻糖基化作用。在可改变X的值并观察对Y的影响的意义上，此类相关函数是可调的。这允许对该生产参数进行调整以获得一种所希望的聚糖特性。这种方法还允许对Y进行改变以观察对X的影响。可以对涉及X和Y的函数进行确定，例如通过经验性试验。例如，在葡糖胺浓度与岩藻糖基化作用的量的情况下，可以通过在不同的葡糖胺浓度下进行一系列试验、用葡糖胺浓度针对所观察到的岩藻糖基化作用的水平进行绘图、并且得出说明这些标绘值的曲线的等式，而得出一种函数。在一个实施方案在中，对于一项输入设置(或值)Xl而言生产参数l是可调的，并且针对Y1的输出或设置(或值)将随着X1的设置(或值)而发生变化。对于一个输入设置(或值)X2而言生产参数2是可调的，并且针对Y2的输出或设置(或值)将随着X2的设置(或值)而发生变化。在某些实施方案中，Y1与Y2的组合的数目等同于Y1的可能性的数目与Y2的可能性的数目的乘积。例如，在存在10个X1的输入值或设定、10个Y1的输出值或设定、10个X2的输入值或设定、以及10个Y2的输入值或设定的情况下，总共有100种可以使用的(X1X2或Y1Y2的)组合。在其他实施方案中，X1和X2的值或设定的一些组合、或Y1和Y2的值或设定的一些组合并不是相容的；任一情况导致了一种解答空间、或者针对Y1和Y2的这些可以使用的组合的可能性的总数小于Y1的可能性的数目与Y2的可能性的数目的乘积(或者X1X2的类似情况)。这种约束可由在X1和X2的组合(例如，它们可以是添加剂或添加剂的组合的浓度，以及由于一个原因或另一个原因不能被结合的细胞)上的不相容性进行强加。这种约束还可被强加是因为Y1和Y2的组合在合成或结构上是不可能的、或导致了针对该细胞培养株、或在一种糖蛋白中的一种不需要的特性的毒性。可以对在解答空间上一种限制(例如，一种物理约束或生物约束)进行确定或阐明，例如通过经验性的实验。这种解答空间的限制(针对X1X2或Y1Y2)可以通过多种方法在一个数据库或系统中达到。例如，可以对这种相关函数进行设计以产生一种无效的输出或对应于一种无法得到的组合的信号。这不需要是绝对的，但是可以用不希望的程度来进行表达。可对一种系统配置一个过滤器，该过滤器认定被禁止或无法得到的组合，并对它们进行标记或从将它们从输出项中去除。这种过滤器可以具备特定的不可接受的组合或一种给予规则的算法用于除外不能接受的组合。可在此处说明的这些方法、系统、以及数据库中使用非线性的、受约束的、以及多效的相关性。通常，一种相关函数是一种现象或随机变量(例如，生产参数、糖蛋白功能、等等)与另一个相联系或可以从另一个中预测出的程度。在统计学中，相关性通常是指在多个随机变量之间存在一种线性的预见性的关系的程度，如通过一种相关系数进行测量。相关性可以是正性的(但是从不大于l)，即两个变量共同增加或降低；负性的或可逆的(但是从不小于-l)，即在一个变量下降时另一个变量增加；或者零，即一种变量中的变化并不影响另一个变量。连同多种相关函数一起(例如自关联、交叉关联、等等)，一种或多种随机过程、随机变量理论或技术、或概率理论可用于认定并选择糖蛋白特征、生产参数、或其他现象或随机变量、以及它们的关系。例如，可以执行协方差函数、广义化函数、分布函数、概率密度函数、以及其他类型的数学表达式。主要糖蛋白产品在此说明的这些方法包括认定一种主要糖蛋白产品(如，一种自然发生的或合成制造的产品)、并且生产具有一种或多种预先选择的聚糖特性的一种糖蛋白产品。如在此所使用的一种主要糖蛋白产品涉及一种糖蛋白。这种糖蛋白可充当一种模式，用于设计一种糖蛋白产品的开始或中间点。它能够提供或显示出一种所希望的糖蛋白特性。因此，在某些实施方案中，这种预先选择的聚糖特性可以与这种主要糖蛋白产品的预先选择的聚糖特性相同或与其类似(例如，以制造一种属类的形式的一种主要糖蛋白产品)，或可以是与这种主要糖蛋白产品的相对应的聚糖特性不相同的一种或多种聚糖特性(例如，以制造一个第二代的糖蛋白产品)。示例性的主要糖蛋白产品被提供在以下表I中。表I<table>tableseeoriginaldocumentpage39</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table>在此说明的这些方法可以包括生产一种靶糖蛋白产品，该糖蛋白产品具有与这种主要糖蛋白产品相同的氨基酸序列。在其他的实施方案中，这种目标的糖蛋白产品的氨基酸序列可以与这种主要氨基酸残基相差(例如)高达l、2、3、4、5、10、或20个氨基酸。以上所列的这些主要糖蛋白产品的氨基酸序列是已知的。测定聚糖特性和特征的方法在某些实施方案中，这些方法包括选择一个或多个生产参数以产生一种或多种预先选择的聚糖特性。这种聚糖的特性可以是一种功能特性或一种聚糖特征。用于确定聚糖特征的方法是己知的。例如，一个化学单元的存在、缺失、或量值，或一个化学单元的一种组分的存在、缺失、或量值可以如通过GeyerandGeyer(2006)BiochimBiophys.Acta1764(12):1853-1869所说明，或通过LC、MS、LC/MS、NMR、外切糖苷酶处理、GC、或这些方法的组合进行确定。可以对在一个潜在的糖基化位点上或贯穿整个蛋白的异质性或微异质性进行确定，例如使用由Larsenetal.(2005)Mol.Cell.Proteomics(2005)4(2):107-119，或Forno等人.(2004Eur.J.Biochem.(2004)271(5):907-919所说明的方法，或LC、MS、LC/MS、GC、PAGE、酶处理、或这些方法的组合。在一些实施方案中，对一种分支或未分支的聚糖的核心结构是在完整的糖蛋白、糖肽、或释放的聚糖上确定的，其方法是，例如，如由GeyerandGeyer(2006)以上所说明的、LC、MS、LC/MS、凝集素染色、GC、PAGE、酶的裂解或加入、ELISA、NMR、单糖分析、或这些方法的组合。可以用于确定一种聚糖结构以及在一种聚糖之内的一个化学单元的相对位置的存在、缺失、或量值的示例性的方法是在该糖蛋白、糖肽、或释出的聚糖上由GeyerandGeyer(2006)以上进行说明的，或可以包括LC、MS、LC/MS、凝集素染色、色谱方法、酶的裂解、ELISA定量、单糖分析、NMR、或其中的方法的组合。多个化学单位之间的关系(例如，多个化学单位、多种异构体、以及多个分支点之间的连接)是在该糖蛋白、糖肽、或释出的聚糖上确定的，其方法，例如，如由Geyer和Geyer在BiochimBiophys.Acta(2006)以上所说明，或由LC、MS、LC/MS、凝集素染色、单糖分析、色谱方法、外切糖苷酶处理、NMR、或其中的方法的组合所说明。在一些实施方案中，可以对有关一种或多种聚糖结构的信息(例如通过在此说明的一种方法而获得)进行整合以说明一种复合的糖蛋白产品的聚糖特征。例如，所获得的信息(例如，通过在此说明的不同方法)可以按照逐步的方式进行使用以降低在一种主要聚糖产品和/或一种目标的聚糖产品的聚糖特征的初始可能性。在一个实施方案中，所获得的有关不同聚糖特征的数据可以使用在美国专利公开号20050065738中所说明的方法进行整合。生产参数在此说明的这些方法包括测定和/或选择针对一种糖蛋白制备品的一个或多个生产参数，这样可以在生产一种糖蛋白制备品时获得一种或多种预先选择的聚糖特性。通过使用有关不同的生产参数对糖基化作用的作用的信息，可以在生产与所希望的聚糖特性呈正性相关的一种糖蛋白制备品之前对生产参数进行选择。如在此所使用的一个生产参数是在一种生产过程中的一个参数或要素。可以进行选择的生产参数包括(例如)用于产生这种糖蛋白制备品的细胞或细胞系、培养基、培养过程或生物反应器变量(例如，分批、补料-分批、或灌注)、纯化过程以及配置一种糖蛋白制品。主要生产参数包括1)宿主的类型；2)宿主的遗传学；3)培养基类型；4)发酵平台；5)纯化步骤；以及6)配置。如在此所使用的次要生产参数是一个生产参数，它在这些主要生产参数的每一个之内是可调节的或可变化的。实例包括基于所希望的聚糖特性对宿主的亚克隆进行选择；调节组成型或可诱导的宿主基因的水平；导入新颖的基因或启动子元件；培养基的添加剂(例如，部分列于表IV上)；生理化学的生长特性(例如，部分列于表V上)；生长容器的类型(例如，生物反应器类型、T烧瓶)；细胞密度；细胞周期；具有一种所希望的聚糖类型的产品的富集(例如，通过凝集素或抗体介导的富集、离子交换色谱、CE、或类似的方法)；或类似的次要生产参数，这对本领域的技术人员而言是清楚的。细胞和细胞系在此说明的这些方法可以包括确定一种细胞或细胞系来提供择一种聚糖特性，这种聚糖特性与一种主要糖蛋白制备品的一种聚糖特性相同或基本上相同，或者与一种主要糖蛋白产品的一种聚糖特性不同。所选择的细胞可以是真核的或原核的，只要这种细胞提供了这些酶或已经将这些酶加入其中，从而激活并附连至存在于这种细胞中的糖类上、或存在于这种细胞培养基中、或饲喂给这些细胞的糖类上。真核细胞的实例包括酵母、昆虫、真菌、植物以及动物细胞，尤其是哺乳动物细胞。适宜的哺乳动物细胞包括任何一种正常的有寿命的、或者正常或不正常的永生的动物或人类细胞，包括由SV40(COS-7，ATCCCRL1651)所转化的猴肾CV1系；人胚肾系(293)(Grahametal.，J.Gen.Virol.36:59(1977));幼仓鼠肾细胞(babyhamsterkidneycell)(BHK，ATCCCCL10);中国仓鼠卵巢(CHO)，例如DG44、DUKX-Vll、GS-CHO(ATCCCCL61，CRL9096,CRL1793和CRL9618);小鼠塞托利细胞(TM4，Mather,Biol.Reprod.23:243251(1980));猴肾细胞(CV1ATCCCCL70);非洲绿猴肾细胞(VERO-76，ATCCCRL1587);人宫颈癌细胞(HeLa，ATCCCCL2);大鼠肝实质细胞(buffaloratlivercell)(BRL3A,ATCCCRL1442);人肺细胞(W138,ATCCCCL75);人肝细胞(HepG2，HB8065);小鼠黑色素瘤细胞(NSO);小鼠乳腺肿瘤(MMT060562，ATCCCCL51)、TRI细胞(Mather,etal.,AnnalsN.Y.Acad.Sci.383:4446(1982));犬肾细胞(MDCK)(ATCCCCL34和CRL6253)、HEK293(ATCCCRL1573)、WI陽38细胞(ATCCCCL75)(ATCC:AmericanTypeCultureCollection,Rockville,Md.)、MCF-7细胞、MDA-MB438细胞、U87细胞、A127细胞、HL60细胞、A549细胞、SP10细胞、DOX细胞、SHSY5Y细胞、Jurkat细胞、BCP-1细胞、GH3细胞、9L细胞、MC3T3细胞、C3H-10Tl/2细胞、NIH-3T3细胞和C6/36细胞。使用哺乳动物组织细胞培养来表达多肽概括地在Winnacker,FROMGENESTOCLONES(VCHPublishers,N.Y.,N.Y.,1987)中进行了讨论。示例性的植物细胞包括，例如拟南芥、油菜籽、玉米、小麦、稻、烟草等等)(Staub，etal.2000NatureBiotechnology1(3):333-338和McGarvey，P.B.,etal,1995Bio-Technology13(13):1484-1487;Bardor,M.，etal.1999TrendsinPlantScience4(9):376-380)。示例性的昆虫细胞，例如草地贪夜蛾(Spodopterafrugiperda)Sf9、Sf21、粉纹夜蛾(trichoplusiani)等等。示例性的细菌细胞包括大肠杆菌。也可以选择不同的酵母和真菌，如巴斯德毕赤酵母(pichiapastoris)、甲醇毕赤酵母(Pichiamethanolica)、多形汉逊酵母、以及酿酒酵母。选择一种细胞用于生产一种糖蛋白，例如基于该细胞其本身的属性，该细胞产生或显示出对生产所希望的一种或多种聚糖特征的偏爱。该细胞的这些可以影响糖基化作用的属性包括细胞的类型、细胞状态、细胞周期、传代数目、以及细胞的代谢应激水平。在其他的实施方案中，可以在一种在遗传方面经过工程化处理的细胞(例如，一种在遗传方面经过工程化处理的动物、酵母、真菌、植物、或其他真核细胞表达系统)中产生一种糖蛋白。例如，一种细胞可以是一种在遗传方面经过工程化处理的细胞，该细胞表达或过量表达了一个组分(例如，一种蛋白和/或糖或糖的前体)，它产生一种或多种所希望的聚糖特征。一种细胞还可以是在遗传方面经过工程化处理，这样一种组分(例如，一种蛋白和/或糖或糖前体，它产生一种或多种所希望的聚糖特征)的活性得到增加。可以对这种细胞在遗传方面进行工程化处理以减小或降低不同的化学单位、化学单位的组分、或聚糖结构的产生。例如，可以对这种细胞在遗传方面进行工程化处理以产生一种核酸的拮抗物(如，反义或RNAi)，它导致了参与一种特定的聚糖特征(例如，参与一种或多种聚糖特征的产生的一种酶和/或糖或糖前体)的合成的组分的表达降低。还可以对这种细胞在遗传方面进行工程化处理以敲除参与了一种特定的聚糖特征的合成的一种或多种组分(例如，一种酶和/或糖或糖前体)，或以产生参与了一种特定的聚糖的一种或多种特征的合成的一种组分(例如，一种酶和/或糖或糖前体，它)的一个活性较小或无活性的突变体。拷贝数、整合的位点、以及转录变量可以影响由这种细胞所产生的一种糖蛋白的聚糖特征。导致了一种所希望的聚糖特征或特征的一种细胞的组分可以包括参与了加入或去除一个化学单元、一个化学单元的一个组分、或一个所希望的聚糖结构的酶类。在一些实施方案中，可以对这些细胞在遗传方面进行工程化处理以表达、过量表达、或以其他方式增加参与糖基化作用的一种或多种酶的活性其他实施方案包括在遗传方面对一种细胞进行工程化处理以降低、消除、或以其他方式改变参与糖基化作用的一种或多种酶的活性。示例性的酶包括剪切多糖的酶(如降解酶)、将单糖加至一种聚糖结构上的酶、将一种单糖的一个组分去除的酶、将一个组分加至一种单糖上的酶、以及将一个化学单元转化至一个不同的化学单元(例如，将半乳糖转化成葡萄糖、等等)的酶。降解酶的实例包括一种半乳糖苷酶(例如，a-半乳糖苷酶和(3-半乳糖苷酶)、一种唾液酸酶(例如，一种a2—3唾液酸酶和一种ct2—6唾液酸酶)、一种岩藻糖苷酶(例如，一种al—2岩藻糖苷酶、一种(xl—3岩藻糖苷酶、一种al—4岩藻糖苷酶、以及一种otl—6岩藻糖苷酶。来自刀豆的j3-N-乙酰氨基己糖苷酶从寡糖中剪切了非还原性末端的卩1—2，3，4，6连接的N-乙酰葡糖胺和N-乙酰半乳糖胺，其中(x-N-乙酰基半乳糖胺酶(鸡肝)从糖蛋白中剪切了末端的a1—3连接的N-乙酰半乳糖胺。其他的酶(如天冬氨酰-N-乙酰基葡糖胺糖苷酶)在一种N-连接的寡糖的核心序列中的GlcNAc之后在(3连接上进行剪切。将一种单糖加至一种聚糖结构的酶的实例包括糖基转移酶(如，一种唾液酸转移酶(例如，a2—3唾液酸转移酶或a2—6唾液酸转移酶)、一种岩藻糖基转移酶(例如，a1—2岩藻糖基转移酶、cc1—3岩藻糖基转移酶、a1—4岩藻糖基转移酶、或a1—6岩藻糖基转移酶)、一种半乳糖基转移酶(例如，a1—3半乳糖基转移酶、卩1~>4半乳糖基转移酶或者卩1—3半乳糖基转移酶)、一种N-乙酰葡糖胺基转移酶(例如，N-乙酰葡糖胺基转移酶I、II、或III)、以及一种甘露糖基转移酶。将一种单糖的一种组分进行添加、转运、或去除的酶的实例包括葡糖胺N-乙酰转移酶、N-乙酰基神经胺酸7-0(或9-0)乙酰转移酶、半乳糖-l-磷酸尿苷酰转移酶、N-乙酰基神经胺酸9-磷酸磷酸酶、N-乙酰葡糖胺(acetylglucoasamine)脱乙酰基酶、L-岩藻糖激酶、半乳糖激酶1、半乳糖-l-磷酸尿苷基转移酶、葡糖激酶l、GDP-甘露糖4,6脱水酶、GDP甘露糖焦磷酸化酶、N-乙酰葡糖胺磺基转移酶、半乳糖磺基转移酶、葡糖胺-磷酸N-乙酰转移酶、己糖激酶、N-乙酰葡糖胺激酶、葡糖磷酸变位酶、N-乙酰神经氨酸磷酸合成酶、UDP-N-GlcNAc-焦磷酸化酶、UDP-葡糖醛酸脱氢酶、以及UDP-葡萄糖焦磷酸化酶。在遗传方面经受工程化处理的一种细胞中可受到影响的其他示例性的酶包括N-乙酰葡糖胺-6-磷酸2-差向异构酶、CMP-Neu5Ac羟化酶、CMP-Neu5Ac合成酶、环唾液酸水解酶、岩藻糖-l-磷酸鸟苷基转移酶、UDP-半乳糖-4-差向异构酶、半乳糖变旋酶(mutaratose)、甘露糖基转移酶(mannosyltransferase)、UDP-N-乙酰葡糖胺2-差向异构酶、葡糖磷酸异构酶、GDP-甘露糖基转移酶、甘露糖磷酸异构酶、N-乙酰基神经胺酸丙酮酸裂合酶、唾液酸环化酶、UDP-葡糖醛酸脱羧酶、CMP-唾液酸转运体、GDP-岩藻糖基转运体以及UDP半乳糖基转运体。编码此类酶的序列是已知的。用于生产一种糖蛋白的一种选择的细胞可以是一种在遗传方面经受工程化处理的细胞，它已经减少了参与糖基化作用的一种或多种蛋白的表达和/或活性。例如，可以对这种细胞在遗传方面进行工程化处理以敲除参与了一种特定的聚糖特征的合成的一种或多种蛋白、或者产生一种蛋白的一种活性较少或无活性的突变体。还可以对一种细胞在遗传方面进行工程化处理以产生一种核酸拮抗物以降低参与了一种特定的聚糖特征的合成的一种或多种蛋白的表达。在遗传方面进行工程化处理敲除细胞在某些实施方案中，可以选择一种细胞，该细胞在遗传方面已进行工程化处理用于使一种基因永久性或调节性失活，该基因编码了参与一种特定的聚糖的合成的一种蛋白。例如，可以使编码了一种酶(如，在此描述的酶)的基因失活。基因表达的永久性或调节性失活可通过将已转染的质粒DNA构建体或合成的寡核苷酸靶向至一个基因座而达到。可将这种质粒构建体或寡核苷酸设计成几种形式。这些形式包括下列1)在已失活的基因的一种外显子之内插入的选择性标记物基因或其他序列；2)在非编码序列的调整性区域中插入的外源性序列；3)调节性和/或编码序列的删除或置换；以及4)通过位点特异的诱变作用而改变的一个蛋白的编码序列。在将一个选择性标记物基因插入编码序列的情况下，有可能创造出一种内源性外显子的一个框内融合，这种框内融合具有经工程化处理以包含(例如)一个选择性标记物基因的外显子的基因。按照这种方法，在成功地进行靶向之后，这种内源性基因表达了一个融合mRNA(核酸序列加上可选择的标记物序列)。此外，这种融合mRNA不可能产生一个功能性的翻译产物。在将DNA序列插入调节性区域的情况下，通过在需要进行翻译的5'非翻译区域(5'UTR)中干扰这种内源性启动子区域或任何其他区域可使基因的转录发生沉默。此类区域包括，例如转录控制区域和内含子的剪接供体。第二，可将新的调节序列插入该基因的上游，这会使该基因经受细胞外因子的控制。因此，有可能的是如所希望将基因表达下调或消除用于糖蛋白生产。此外，可将包括一个可选择的标记物和一个启动子的序列用于破坏这种内源性序列的表达。最后，这种内源性基因的全部或一部分可被通过对靶向底物进行适当的设计而被删八核酸拮抗物在某些实现方式中，将核酸拮抗物用于降低一个靶蛋白(例如，参与了一种聚糖特征的合成的一个蛋白，例如，一种酶，如一项所讨论的那些酶)的表达。在一个实施方案中，这种核酸拮抗物是一种靶向至编码了这种靶蛋白的mRNA的siRNA。也可使用其他类型的拮抗性核酸，例如，核酸适体、dsRNA、核酶、三股螺旋成形物(triple-helixformer)、或反义核酸。siRNA是小的双股RNA(dsRNA)，它们可任选地包括突出端。例如，siRNA的双链体区域长度大约为18至25个核苷酸，例如，长度大约为19、20、21、22、23、或24个核苷酸。典型地，这种siRNA序列与这种耙mRNA精确互补。特别是可将dsRNA和siRNAs用于在哺乳动物细胞(例如，人类细胞)中使基因表达发生沉默。参见例如，Clemens,J.C.etal.(2000)Proc.Natl,Sci.USA97，6499-6503;Billy,E.etal.(2001)Proc.Natl.Sci.USA98,14428-14433;Elbashiretal.(2001)Nature.411(6836):494-8;Yang,D.etal.(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.USA99，9942-9947,US2003-0166282，2003-0143204，2004-0038278,and2003-0224432。反义试剂可以包括，例如从大约8至大约80个核碱基(即，从大约8至大约80个核苷酸)、例如大约8至大约50个核碱基、或大约12至大约30个核碱基。反义化合物包括核酶、外部指导序列(EGS)寡核苷酸(oligozymes)、以及其他短的催化性RNA或催化性寡核苷酸，它们与这种耙核酸进行杂交并调整其表达。反义化合物可以包括至少八个连续的核碱基(它们与这种靶基因中的一个序列互补)的一段。寡核苷酸不需要与它的靶核酸序列100%互补以便可以进行特异性杂交。当一种寡核苷酸与该靶相结合干扰了这种靶分子的正常功能而造成效用的损失时，这种寡核苷酸是可进行特异性杂交的，并且存在足够程度的互补性以便在特异性结合是所希望的情况下避免将这种寡核苷酸与非靶序列进行非特异的结合。反义寡核苷酸与mRNA进行杂交可干扰mRNA的一种或多种正常的功能。将要受到干扰的mRNA的功能包括全部至关重要的功能，例如将这种RNA易位至蛋白质翻译的位点上、从这种RNA对蛋白质进行翻译、将这种RNA进行剪接得到一种或多种mRNA的种类、以及可由这种RNA进行的催化活性。一种或多种特异性蛋白与这种RNA相结合还可能受到反义寡核苷酸与这种RNA的杂交作用的千扰。示例性的反义化合物包括特异性地与这种靶核酸进行杂交的DNA或RNA序列。这种互补区域可延伸至大约8至大约80个核碱基之间。这些化合物可包括一种或多种经修饰的核碱基。经修饰的核碱基可包括，例如5-取代的嘧啶(如，5-碘尿嘧啶、5-碘胞嘧啶)、以及C5-丙炔基嘧啶(如，C5-丙炔基胞嘧啶和C5-丙炔基尿嘧啶。其他适宜的经修饰的核碱基包括N4—(C1-C12)垸氨基胞嘧啶以及N4,N4—(C1-C12)二烷基氨基胞嘧啶。经修饰的核碱基还可能包括7-取代的-8-氮杂-7-脱氮嘌呤以及7-取代的-7-脱氮嘌呤，例如7-碘代-7-脱氮嘌呤、7-氰基-7-脱氮嘌呤、7-氨羰基-7-脱氮嘌呤。这些的实例包括6-氨基-7-碘代-7脱氮嘌呤、6-氨基-7-氰基-7-脱氮嘌呤、6-氨基-7-氨羰基-7-脱氮嘌呤、2-氨基-6-羟基-7-碘代_7_脱氮嘌呤、2-氨基-6-羟基-7-氰基-7-脱氮嘌呤、以及2-氨基-6-羟基-7-氨羰基-7-脱氮嘌呤。此外，N6—(Cl-C12)烷基氨基嘌呤以及N6,N6-(C1-C12)二垸基氨基嘌呤(包括N6-甲基氨基腺嘌呤以及N6,N6-二烷基氮基腺嘌呤)也是适宜的经修饰的核碱基。类似地，其他6-取代的嘌呤(包括例如，6-硫鸟嘌呤)可组成适当的经修饰的核碱基。其他适宜的核碱基包括2-硫尿嘧啶、8-溴腺嘌吟、8-溴鸟嘌呤、2-氟腺嘌呤、以及2-氟鸟嘌呤。以上所述的经修饰的核碱基中的任何一种的衍生物也是适当的。前面的这些混合物中的任何一种的取代基可包括C1-C30烷基、C2-C30链烯基、C2-C30炔基、芳基、芳烷基、杂芳基、卤基、氨基、酰氨基、硝基、硫代、磺酰基、羧基、烷氧基、烷基羰基、烷氧基羰基、以及类似的取代基。其他类型的核酸试剂的说明也是可以使用的。参见例如，US4，987,071;US5,116,742;US5，093,246;Woolfetal.(1992)ProcNatlAcadSciUSA;AntisenseRNAandDNA，D,A.Melton,Ed.，ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarbor,N.Y.(1988);89:7305-9;HaselhoffandGerlach(1988)Nature334:585-59;Helene,C.(1991)AnticancerDrugDes.6:569-84;Helene(1992)Ann.N.Y.Acad.Sci.660:27-36;andMaher，L丄(1992)Bioassays14:807-15。在遗传方面对细胞进行工程化处理以表达参与了聚糖合成的一个组分当出于表达或过表达一个组分的目的而将在遗传方面对细胞进行修饰时，可以通过常规的基因工程处理的方法或通过基因激活对这些细胞进行修饰。根据常规的方法，包含编码了所希望的蛋白质的cDNA或基因组DNA序列的一个DNA分子可以被包含在一种表达构建体之内，并通过标准的方法转染至原代、第二代、或无限增殖化的细胞中，这些标准的方法包括但不限于脂质体介导、聚凝胺(polybrene)介导、或DEAE葡聚糖介导的转染、电穿孔、磷酸钙沉淀、微注射、或速度驱动的微弹(参见例如，美国专利号6,048,729)。可替代地，可以使用由病毒载体递送遗传信息的系统。己知可用于基因转移的病毒包括腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒、腮腺炎病毒、脊髓灰质炎病毒(pollovims)、逆转录病毒、辛德毕斯病毒、以及牛痘病毒(如金丝雀痘病毒)。可替代地，可以使用一种基因激活的方法对这些细胞进行修饰，这种方法(例如)如在美国专利号5,641，670;美国专利号5，733,761;美国专利号5，968，502;美国专利号6,200,778;美国专利号6，214,622;美国专利号6，063，630;美国专利号6,187，305;美国专利号6，270，989;以及美国专利号6，242,218中所说明。因此，如在此所使用的有关细胞的术语"在遗传方面进行工程化处理的"是指涵盖了一些细胞，这些细胞在引入编码了这种基因产品的DNA分子和/或包括了控制针对这种基因产品的编码序列的表达的调控性元件之后表达了一种特定的基因产品。这种DNA分子可以通过基因靶向或同源重组而被引入，即在一个特定的基因组位点上引入这种DNA分子。能够用于重组表达的转染细胞的方法和试剂(如，启动子、标记物、信号序列)是己知的。在一些实施方案中，可将这种启动子和/或表达系统选为，例如一种次要生产参数。例如，可对这种启动子进行选择，例如基于被使用的宿主细胞。培养基和处理在此所说明的这些方法可以包括确定和/或选择导致一种或多种所希望的聚糖特性的产生的培养基组分或培养条件。可进行确定的培养参数包括培养基组分、pH、补料条件、摩尔渗透压浓度、二氧化碳水平、搅拌速率、温度、细胞密度、接种密度、计时、以及鼓泡速率。生产参数中的变化，像搅拌细胞培养株的速度、细胞培养所处的温度、培养基中的组分、培养开始和停止时的计时、营养物供给的计时方面的变化，能够导致所产生的糖蛋白产品的一种聚糖特性的变化。因此，在此说明的方法可以包括以下各项中的一种或多种增加或降低搅拌细胞的速度、增加或降低细胞培养所处的温度、加入或去除培养基组分、以及改变培养开始和/或停止时的时间。如在此所使用，对一种生产参数或其一种组合进行顺序选择是指选择了一个第一参数(或组合)，并接着选择了一个第二参数次参数(或组合)，例如基于通过选择这个第一生产参数所施加的一种约束。培养基在此所说明的这些方法可以包括确定和/或选择一种培养基组分和/或一种培养基组分的浓度，它与一种或多种所希望的聚糖特性呈正性相关。在整个糖蛋白产生的过程中或当在培养基中存有变化时，根据培养条件可以加入或给予一种培养基组分。培养基组分包括直接加至培养株的组分连同作为细胞培养株的一种副产品的组分。培养基组分包括，例如缓冲剂、氨基酸含量、维生素含量、盐含量、矿物质含量、血清含量、碳源含量、脂类含量、核酸含量、激素含量、痕量元素含量、氨含量、辅因子含量、指示剂含量、小分子含量、水解产品含量、以及酶调节剂的含量。表IV提供了可以进行选择的不同培养基组分的实例。表IV氮基酸糖体类维生素指示剂碳源(自然和非自然的)核苷或核苷酸盐类丁酸酯或有机物糖类DMSO血清由动物衍生的产品由植物衍生的水解产品基因诱导物丙酮酸钠非自然的糖类表面活性剂细胞内pH的调节子氨甜菜碱或渗透保护剂(osmoprotectant)脂类微量元素激素或生长因子矿物质缓冲液非自然的氨基酸非自然的氨基酸非自然的维生素示例性的缓冲剂包括Tris、Tricine、HEPES、MOPS、PIPES、TAPS、N-二羟乙基甘氨酸、BES、TES、二甲次胂酸盐、MES、醋酸盐、MKP、ADA、ACES、甘氨酰胺、以及乙酰氨基甘氨酸。这些培养基可以是无血清的或可以包括由动物衍生的产品，例如胎牛血清(FBS)、胎牛犊血清(FCS)、马血清(HS)、人血清、动物来源的血清的替代物(例如，UltroserG、SF、以及HY;脱脂奶粉；牛EX-CYTE)、胎球蛋白、牛血清白蛋白(BSA)、血清白蛋白、以及转铁蛋白。当选择无血清的培养基时，可以将脂类(例如棕榈酸和/或硬脂酸(stericacid))包含在内。脂类组分包括油类、饱和的脂肪酸、不饱和的脂肪酸、甘油酯、类固醇、磷脂、鞘脂、以及脂蛋白。可包括在内的或从这些培养基中消除的示例性的氨基酸包括丙氨酸、精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、甘氨酸、组氨酸、脯氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨酸、苏氨酸、色氨酸、酪氨酸、以及缬氨酸。可以存在于这些培养基中或从这些培养基中消除的示例性的维生素包括维生素A(类视黄醇)、维生素B1(硫胺素)、维生素B2(核黄素)、维生素B3(烟酸)、维生素B5(泛酸)、维生素B6(pyroxidone)、维生素B7(生物素)、维生素B9(叶酸)、维生素B12(氰钴胺素)、维生素C(抗坏血酸)、维生素D、维生素E、以及维生素K。可以存在于这些培养基中或从这些培养基中消除的示例性的矿物质包括铋、硼、钙、氯、铬、钴、铜、氟、碘、铁、镁、锰、钼、镍、磷、钾、铷、硒、硅、钠、锶、硫、碲、钛、钨、钒、以及锌。示例性的盐类和矿物质包括CaCb(无水)、CuS045H20、Fe(N03)，9H20、KC1、KN03、KH2P04、MgS04(无水)、NaCl、NaH2P04H20、NaHC03、Na2SE3(无水)、ZnS04*7H20;亚油酸、硫辛酸、D-葡萄糖、次黄嘌呤2Na、酚红、腐胺2HC1、丙酮酸钠、胸腺嘧啶核苷、丙酮酸、琥珀酸钠、琥珀酸、琥珀酸，Na，六水合物、谷胱甘肽(还原性)、对氨基苯甲酸(PABA)、亚油酸甲酯、bacto蛋白胨G、腺苷、胞苷、鸟嘌呤核苷、2'-脱氧腺苷HC1、2'脱氧胞苷HC1、2'脱氧鸟嘌呤核苷、以及尿嘧啶核苷。当所希望的聚糖特征是降低的岩藻糖基化作用时，这些生产参数可以包括培养一种细胞(例如，CHO细胞(例如，在锰存在的条件下(例如，锰以大约O.lpM至50iiM的浓度存在下)dhfr不足的CHO细胞)。还可以通过在大约350至500mOsm的重量克分子渗透压浓度下培养一种细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞)来获得降低的岩藻糖基化作用。在生产过程中，可以通过将盐加入培养基中或使所产生的盐像副产品一样被蒸发来调整重量克分子渗透压浓度。激素包括，例如生长抑素、生长激素释放因子(GRF)、胰岛素、催乳素、人生长激素(hGH)、生长激素、雌二醇、以及黄体酮。生长因子包括，例如骨形成素蛋白(BMP)、表皮生长因子(EGF)、碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)、神经生长因子(NGF)、由骨骼衍生的生长因子(BDGF)、转化生长因子-卩l(TGF-卩1)、[来自US6，838,284B2的生长因子]、氯高铁血红素、以及NAD。可以存在的或从这些培养基中消除的表面活性剂的实例包括Tween-80和泊洛沙姆。小分子可以包括，例如丁酸酯、氨、非自然的糖类、非自然的氨基酸、氯奎、以及甜菜碱。在一些实施方案中，可以将氨含量选为一个生产参数来产生一种或多种所希望的聚糖特征。例如，在这些培养基中氨可以在从0.001至50mM的范围内存在。可以将氨直接加至该培养株中和/或作为谷氨酰胺或葡糖胺的副产品来生产。当所希望的聚糖特征是高甘露糖结构的数目增加、岩藻糖基化作用降低以及半乳糖苷化作用降低中的一个或多个时，所选择的这些生产参数可以包括在氨的存在下(例如，氨以大约0.01至50mM的浓度存在)培养一种细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))。例如，如果所希望的聚糖特征包括半乳糖苷化作用降低，则所选择的生产参数可以包括在包含血清的培养基中并且在氨的存在下(例如，氨以大约0.01至50mM的浓度存在)培养一种细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))。另一个生产参数是丁酸酯的含量。在培养基中丁酸酯的存在可以导致在得到的糖蛋白制备品中半乳糖水平的增加。在糖蛋白制备品中，丁酸酯提供了增加的唾液酸含量。因此，当增加的半乳糖苷化作用和/或唾液酸化作用是所希望的时，可以在丁酸酯的存在对用于产生这种的细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))进行培养。在一些实施方案中，丁酸酯能够以大约0，001至10mM(例如，大约2mM至10mM)的浓度而存在。例如，如果所希望的聚糖特征包括增加的唾液酸化作用，则所选择的生产参数可以包括在包含血清的55培养基中并且在丁酸酯的存在下(例如，丁酸酯以大约2.0至10mM的浓度存在)培养一种细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))。此类方法可以进一步包括选择粘附培养条件中的一种或多种以及在T烧瓶中进行培养。在一些实施方案中，可以将一种组分(如，一种酶、糖和/或糖前体)加至培养基中或分批补料至细胞中以影响糖合成(glycosynthesis)。例如，可以将酶类和底物(如糖前体)加至培养基中或分批补料至细胞中以产生一种或多种所希望的聚糖特征。这些方法可以使用一些单糖底物，这些单糖底物由细胞吸收，在体内被转换成"已激活"的单糖底物、并由该细胞结合至所表达的蛋白中。这些方法适用于可以被操作以产生一种所希望的糖蛋白的任何一种细胞。这种细胞可以使用(例如)内源性的生物化学处理途径或可以在遗传方面经受工程化处理来进行转换或处理，将单糖外源性地加至一种己激活的形式中，这种形式充当用于在体内或活体外结合至一种靶糖蛋白上的底物。添加至一种多糖链中的单糖能够以被激活的形式进行结合。能够被添加的已激活的单糖包括UDP-半乳糖、UDP-葡萄糖、UDP-N-乙酰葡糖胺、UDP-N-乙酰半乳糖胺、UDP-木糖、GDP-甘露糖、GDP-岩藻糖、CMP-N-乙酰神经氨酸以及CMP-N-乙酰羟乙酰神经氨酸。可以被添加至培养基或分批补料至细胞的其他的单糖前体包括N-乙酰葡糖胺、葡糖胺、葡萄糖、半乳糖、N-乙酰半乳糖胺、果糖、岩藻糖、葡萄糖-6-磷酸、甘露糖-6-磷酸、甘露糖-l-磷酸、果糖-6-磷酸、葡糖胺-6-磷酸、N-乙酰葡糖胺-6-磷酸、N-乙酰甘露糖胺、N-乙酰神经氨酸-6-磷酸、岩藻糖-l-磷酸、ATP、GTP、GDP、GMP、CTP、CDP、CMP、UTP、UDP、UMP、尿嘧啶核苷、腺苷、鸟嘌呤核苷，鸟苷、胞嘧啶(cytodine)、乳糖、麦芽糖、蔗糖、果糖1,6二磷酸、2磷酸烯醇丙酮酸、2-丁酮二酸酯、以及丙酮酸盐。单糖的激活形式可以由在本领域中已知的方法来生成。例如，通过以下几种方式可将半乳糖激活成UDP-半乳糖在l-位直接进行磷酸化作用以给出Gal-l-P，它可与UTP进行反应以给出UDP-半乳糖；经由尿苷酰基转移酶与UDP-葡萄糖进行交换反应(该反应替换了Glc-l-P)，Gal-l-P被转换成UDP-半乳糖。通过用己糖激酶将葡萄糖转换成Glc-6-P，使UDP-葡萄糖从葡萄糖中衍生出来，并接着或者通过磷酸葡糖异构酶转换为Fru-6-P、或者通过葡糖磷酸变位酶转换为Glc-l-P。Gal-l-P与UTP进行反应形成UDP-葡萄糖。通过在甘露糖的C-6位将CH20H还原成CH3使GDP-岩藻糖从GDP-Man中衍生。这可以通过两种酶的顺序作用来完成。首先，GDP-Man的C-4甘露糖被GDP-Man4，6-脱水酶氧化成一种酮，GDP-4-脱氢-6-脱氧-甘露糖，同时将NADP还原成NADPH。GDP-4-酮基-6-脱氧甘露糖是在C-3和C-5上被差向异构化，形成GDP-4-酮基-6-脱氧葡萄糖，并接着在C-4上用NADPH进行还原反应，形成GDP-岩藻糖。获得其他激活的单糖形式的方法可发现于如Varki,Aetal.,eds.,EssentialsofGlycobiology,ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,NY(1999)中。可以使用合适的糖基转移酶将一种激活的单糖结合至一个多糖链中。例如，为了将一种唾液酸、CMP-唾液酸结合至一个多糖链上，可以使用一种唾液酸转移酶，例如oc2—3唾液酸转移酶或oc2—6唾液酸转移酶。为了结合一种岩藻糖，可以使用一种岩藻糖基转移酶(例如，oc1—2岩藻糖基转移酶、a1—3岩藻糖基转移酶、a1—4岩藻糖基转移酶或者a1—6岩藻糖基转移酶。用于结合半乳糖以及GlcNAc的半乳糖基转移酶分别包括一种半乳糖基转移酶(例如，a1—3半乳糖基转移酶、(31—4半乳糖基转移酶或者(31—3半乳糖基转移酶)以及一种N-乙酰葡糖胺转移酶(例如，N-乙酰葡糖胺转移酶I、II、或ni)。用于结合其他甘露糖的糖基转移酶类是己知的。可将这种糖基转移酶加至培养基中或分批补料至细胞中，或者这种细胞可以使用内源性的处理途径或在遗传方面经受工程化处理以便转这种外源性加入的单糖或对其进行处理。可被加至培养基中或分批补料至细胞中的酶类的其他实例在此进行了说明。一些方面包括具有存在于培养基中的葡糖胺。可以将葡糖胺加至培养基中或分批补料至细胞中，或者可将这些合适的酶和/或底物类加至培养基中或分批补料至细胞中，这样就产生了葡糖胺。例如，可以将N-乙酰葡糖胺、N-乙酰葡糖胺6-磷酸、N-乙酰甘露糖胺、或果糖中的一种或多种加至培养基中或分批补料至细胞中用于葡糖胺的产生。在葡糖胺的存在下所培养的细胞可以提供降低水平的岩藻糖基化作用和/或半乳糖基化作用。因此，在一些实施方案中，当降低的岩藻糖基化作用和/或半乳糖基化作用是所希望的时，可以将一种细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞)在葡糖胺的存在下培养于例如含有血清的培养基中。在细胞培养株中存在葡糖胺还可增加糖蛋白制备品中的高甘露糖结构以及杂合结构的量。因此，在一些实施方案中，当增加水平的高甘露糖或杂聚糖的结构是所希望的时，可以在葡糖胺的存在下对一种细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))进行培养。葡糖胺能够以(例如)大约O.OOl至40mM的浓度而存在。这些方法可以进一步包括将尿嘧啶核苷加至培养基中或分批补料至细胞中，(例如)以便降低与由这种细胞所产生的一种蛋白质有关的高甘露糖结构的水平。将胞苷、UTP、OMP、和/或天冬氨酸加至培养基中或分批补料至细胞中还可以在培养的过程中导致尿嘧啶核苷的产生。优选地，尿嘧啶核苷以大约0.001至10mM的浓度而存在。其他方面包括选择不显著性影响一种或多种糖基化作用特征的一种或多种培养基组分。例如，在培养株中存在葡糖胺和尿嘧啶核苷由在这种组合的存在下所培养的细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))所产生的糖蛋白的半乳糖基化作用、岩藻糖基化作用、高甘露糖的产生、杂合物的产生或唾液酸化作用。另外，在培养株中存在甘露糖不显著性地改变由在甘露糖的存在下所培养的细胞(例如，一种CHO细胞(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))所产生的糖蛋白的半乳糖基化作用、岩藻糖基化作用、高甘露糖的产生、杂合物的产生、或唾液酸化作用。因此，在此说明的这些方法可以包括选择一种培养基组分(如甘露糖和/或葡糖胺与尿嘧啶核苷的组合)，这样一种或多种聚糖特征不会被这种培养基的这种或这些组分显著性地改变。当甘露糖的存在是一种选择的生产参数时，可以将甘露糖加至培养基中、分批补料至细胞中或能够由暴露于适当的底物(如，果糖或甘露聚糖)的细胞产生。优选地，甘露糖以大约0.001mM至50mM的浓度而存在。不同的生产参数(包括培养基组分以及培养条件(A歹lj)以及对聚糖特征的作用(A行))说明于以下的表II中。表II:<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>生理化学参数在此说明的这些方法可以包括选择培养条件，这些培养条件与一种或多种所希望的聚糖特性相关。此类条件可以包括温度、pH、重量克分子渗透压浓度、剪切力或搅动速率、氧化作用、起泡率、生长容器、切向流动、DO、C02、氮、补料分批、氧化还原作用、细胞密度、以及补料策略。可进行选择的生理化学参数的实例提供于表V中。<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>例如，这种生产参数可以是在酸性、中性或碱性的pH条件下培养细胞。温度可以选自从10。C至42。C。例如，大约28。C至36。C的温度不显著性地改变由在这些温度下所培养的细胞(例如，一种CHO细胞，(例如，一种dhfr不足的CHO细胞))所产生的糖蛋白的半乳糖基化作用、岩藻糖基化作用、高甘露糖的产生、杂合物的产生、或唾液酸化作用。另外，使细胞的生长速率减慢的任何方法也可能具有这种作用。因此，当所希望的是不具有这种改变糖合成的生产参数时，可以对在这个范围内的温度使生长速率减慢的方法进行选择。在其他的实施方案中，可以对二氧化碳水平进行选择，这导致了一种或多种所希望的聚糖特征。C02水平可以是，例如大约5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、13%、15%、17%、20%、23%、以及25%(以及在此之间的范围内)。在一个实施方案中，当减少的岩藻糖基化是所希望的时，可以将这种细胞培养在大约11%至25%的(302水平上，例如大约15%。可以对C02水平进行手动调整或者C02水平可以是一种细胞的副产物。一系列的烧瓶、瓶子、反应器、以及控制器允许细胞培养体系进行生产并将其成比例扩大。可以至少部分地基于这种系统与一种或多种所希望的聚糖特性的相关性而对该体系进行选择。例如，细胞可以作为分批的、补料分批的、灌注的、或连续的培养物来生长。可以进行选择的生产参数包括，例如添加或去除培养基(包括何时(在培养过程中的早期、中期、或晚期)对培养基进行收集，以及收集培养基的频率如何)；增大或减小搅拌细胞培养株的速度；增大或减小培养细胞的温度；添加或去除培养基，这样就对培养密度进行了调整；选择细胞培养株开始或停止的时间；并选择改变细胞培养参数的时间。可以对此类参数进行选择用于分批、补料分批、灌注、以及连续培养条件中的任何一种，例如以下进行说明。分批培养通过将有待培养的细胞置于固定体积的培养基中并允许细胞生长来进行分批培养。细胞的数目增加(通常以指数性增加)直到达到最大值，在此之后生长变得延滞并且细胞死亡。这可能是由于一种养分的耗尽或由于一种生长抑制剂的积累。为了收回产物，当细胞已经死亡或处于较早的预先确定的点时，将细胞从培养基中移出。分批培养的特征为它在固定的体积中(因为在这些细胞置于培养基之60后没有加入任何东西)进行一段固定的时间(取决于这种细胞存活的时间的长度)，其中进行单次收集并且在处理的末期对细胞进行染色或者将细胞丢弃。补料分批培养这是分批培养的一个变体，并且涉及将一种补料加至该分批培养物。将细胞培养于固定体积的培养基中。在达到最大细胞浓度之前，将特定的补充营养物加至这种培养株中。与这种培养的体积相比，补料的体积是最小的。补料-分批培养包括在生长期的过程中周期性或持续地将处于固体或浓縮的液态形式的底物加至分批的细胞培养株中。补料分批培养的特征还在于它通常在基本上固定的体积中进行一段固定的时间，并且在这些细胞已经死亡或者在较早的预先确定的时间点进行单一的收集。补料分批培养说明于(例如)美国专利号5，672,502中。灌注培养在灌注培养中，培养基通过这种反应器以高速率进行灌注，同时保留细胞或通过沉积、离心或过滤将这些细胞回收至该反应器内。在一天之中，高达十个反应器体积的培养基通过这种生物反应器进行灌流。灌注这种大量的培养基的主要功能主要是从培养液中去除这些代谢产品、大部分的乳酸盐。灌注培养说明于(例如)美国专利号6，544,788中。连续培养在连续培养中，这些细胞最初生长在固定体积的培养基中。为了避免衰退期的起始，在达到最大细胞浓度之前，启动新鲜培养基的一种泵式补给。将包含一部分细胞的培养株连续地从容器中移出以维持恒定的体积。这种方法移出一种产物(可以对这种产品连续地进行收集)，并且提供一种连续的营养物的供给，这允许将这些细胞维持在指数性生长的状况中。连续培养的特征为在培养物的体积方面产物的连续增加、以及培养物指数性生长的维持。存在少量死亡或衰退期或者没有死亡或衰退期。在连续培养中，连续地向细胞补给新鲜的营养物培养基，同时消耗的培养基、细胞、以及分泌的细胞产物被连续地排除。连续培养以及生物反应器说明于(例如)美国专利号4,764,471;5,135,853;6,156,570中。生物反应器生物反应器是一个装置或系统，它支持一种生物学上具有活性的环境，例如一个装置或系统是指在细胞培养株(例如，哺乳动物、植物、酵母、细菌细胞)的背景中使细胞或组织生长。这种方法可以是好氧的或厌氧的。生物反应器常见地是圆柱形的，大小在从几升至几立方米的范围内，并且经常由不锈钢制成。基于运行方式，可以将生物反应器分为分批、分批补料或连续(例如，连续搅拌罐反应器模式)。可以将生物反应器用于大的培养体积中(在100至10,000升的范围内)。悬浮细胞系可以被保存在悬浮液中，例如经由该室容器的基托中的推进物(例如，搅拌罐或搅拌烧瓶生物反应器)或通过将空气鼓泡穿过培养容器。这两种搅拌的方法都可以引起机械性的应激。膜、多孔基质(例如，陶瓷基质)、以及多糖凝胶可用于使细胞免受剪切和/或用于在生物反应器中获得高细胞密度，这些生物反应器可生产持续数周或数月的时间。与滚瓶相似，旋转式生物反应器使用了滚动作用以维持细胞的良好灌注。为了创造出高密度的环境，可以用半透膜将培养室与补料室分离。这允许将培养基改变，而不干扰细胞。使用这种原理，Synthecon'sRotaryCellCultureSystem(RCCS)中的旋转作用创造出一种微重力环境，几乎消除了剪切力。这允许使细胞将来自损害控制的资源转移至与其他细胞建立关系，对在体内发现的复合的三维(3-D)基质进行模拟。反应器容器的尺寸在从10ml至500ml的范围内。生物反应器的非限制性实例显示如下。这种HeraeusminiPERM生物反应器结合了一个可高压灭菌的外部营养物容器以及一个一次性的内部生物反应器室。可以选择针对所希望的产品(例如，在此说明的产品)的截断适当分子量的膜。其小的尺寸允许将它固定在标准物培养箱的内部。在四周内密度大于每毫升10"个细胞并且产品产量为160mg，这些是可能的。NewBrunswickScientific'sCdliGenPLUS⑧是一个高度灵活的系统，用于培养基本上所有的真核细胞系。特征包括一个双层筛叶轮用于提高02饱和度、相互作用的四个气体控制、内部的环状鼓泡器、五个可编程的泵、用于系统控制以及数据记录的计算机界面、以及四通道的记录器输出。这个单元可以作为一个搅拌罐或作为一种纤维性床系统而进行使用。62WaveBioreactorTM(来自WaveBiotech,LLC)采用了一种可调整速度的摇动平台以及电空气泵以便在维持低剪切力的同时轻轻地对培养株充气。较小的培养株和摇动平台将固定在标准的培养箱中。培养基和细胞仅接触一个预先消毒的、一次性的、被称为细胞袋(cellbag)的室，该室被置于一个专门的摇动平台上。这种平台的摇摆运动在培养液中激起了波纹。这些波提供了混合以及氧转运，得到针对细胞生长的完美环境，该环境可以容易地支持超过20x106个细胞/ml。这种生物反应器不需要清洁或灭菌，在运转和防止交叉污染方面提供了根本性的便捷。QuarkEnterprises提供了全套的生物反应器，包括其用于高密度培养的Spingro⑧烧瓶。这些硼硅搅拌烧瓶在从100ml至36升的范围内，并且特征是Tefkm⑧自旋桨叶、针对探头以及方便取样的侧面透气孔、以及与循环水浴一起使用的夹套模式。所有模式都是可彻底进行高压灭菌的。ProCultureDynaLiftsystem(Coming)促进了灌注并且减少了由于使用一种延长的桨叶、侧挡板、以及底层曲面的剪切作用。可使用尺寸在从125ml至36升的范围内。另一个实例是BraunBiotech'sBiostatBioreactor。最大的细胞培养株经常是在发酵罐型的系统中获得的。在这种系统中，对悬浮细胞进行成比例扩大是最直接进行的。一旦对用于达到最大产品的参数已经了描绘，则细胞生长和收获经常是直截了当的。对大多数的供应者而言，对pH、气体饱和度、以及代谢物进行在线监测是可行的。贴壁细胞提出了更多的挑战。一些可以是"适应悬浮的"。可以釆用微载体珠作为一种支持物以便对培养进行改进(参见下文)。搅拌罐生物反应器搅拌罐(以及烧瓶)可以提供具有增加密度的细胞培养株。实例包括如下。一次性StirredTankBioreactor(Xcellerex):—种可度量的、一次性的搅拌罐生物反应器(XDRTM)，它可以作为一种单独树立的滑板系统(stand-aloneskidmountedsystem)来运〗亍或者被整合至FlexFactoryTM中。XDR结合了过程感受器，这些过程感受器监视这些培养条件并将63其控制达l，000升或2,000升工作体积刻度。FlexFactoryTM是一个完全的、钥匙式、模块生产链，用于生物治疗药物和疫苗。这种单次使用、一次性的组分(对于FlexFactoryTM它是核心)为它提供了极大的灵活性以便适应新的处理变化(包括多种产品在单一位点上进行生产)，并且在与传统的固定罐、硬管设备进行比较时，以显著更低的成本快速地建立制造能力。Applikon提供一整套系列的搅拌罐，从2.3升工作台系统至10,000升生产单位。对于所有单位而言，泵、探头、控制器和软件也是可以使用的。可供使用的硼硅玻璃容器达到20升，并且可以采用唇封或磁性耦合的搅拌器进行固定。不锈钢的BioClaveTM容器被设计成适于进行大规模的生产，并且特征为一个平齐安装的纵向观察孔连同选择唇封或磁力搅拌器。气升式生物反应器可以替代这种搅拌罐的是气升式生物反应器。这种反应器没有移动的叶片来产生剪切力，一些哺乳动物和杂交瘤细胞对此是尤为敏感。在氧气穿过底部进入时培养基从顶部灌注，创造出一种近乎理想的混合环境。Kimble-Kontes制造了CYTOLIFT⑧玻璃的气升式生物反应器，其中有效体积为580ml。它易于进行清洗并且是完全能进行高压灭菌的，以便性能一致并经久耐用。玻璃夹套是全部模式上的标准物。其他的特点包括一个单向阀以便在压力下降的情况下防止回流、通气、输注以及排放的端口、外加针对pH、泡沫水平、以及d02探头的三个端口。CYTOSTIR(也来自Kimble-Kontes)是一系列九种尺寸(从IOOml至36升)的双侧臂生物反应器。大型高度可调整的搅拌叶片由TEFLON⑧进行构建以便使细胞粘附最小化并且便于清洗。这些组分是可进行蒸汽高压灭菌的。分批式生物反应器在分批式生物反应器中，一开始就装填了这种培养基和接种物，并且允许细胞进行生长。不存在培养基的添加/置换，并且在孵育期的末期将整个细胞团进行收集。此类生物反应器系统的特征如下(i)连续消耗培养基、(ii)积累细胞的废物、(iii)生长速率发生改变以及(iv)在细胞的组成中连续发生变化。通过将针对培养基的入口以及针对培养基/培养基外加细胞的出口关闭，自旋过滤生物反应器可作为一种分批式生物反应器来使用。分批式生物反应器可获自，例如RockkndImmunochemicals,Inc。补料分批式生物反应器-在补料-分批式(半分批)生物反应器中，添加补料，但是并不将排放液(以及细胞)去除。因此，可使用补料-分批式生物反应器以便将细胞维持在低底物或营养物的条件下而没有发生清除。因为在培养的过程中没有将细胞去除，补料分批式生物反应器很适于在非常缓慢或零增长的过程中所生产的产品的产生。不同于连续式生物反应器，这种补料不需要包含维持生长所需的全部营养物。这种补料可能仅仅包含一个氮源或一个代谢物的前体。连续式生物反应器在连续式生物反应器中，在整个孵育期的过程中存在着新鲜培养基的连续流入以及使用过的培养基的流出(有或者没有细胞)。因此，这些细胞在进入该反应器的新鲜培养基上进行连续增殖，并且同时产品、代谢的废物产品、以及细胞在这种排放液中被去除。自旋过滤式生物反应器是连续流动式生物反应器的一种实例。它可以具备以下特色(1)生物反应器的中心轴容纳了一个自旋过滤器，它能够去除使用过的不含细胞的培养基；(2)磁性耦连至中心轴上的搅拌盘提供了连续性搅拌；这种自旋过滤器也搅拌了这种培养株；(3)通过鼓泡器对培养株充气，这允许宽范围的充气速率；(4)提供用于加入新鲜培养基的一个端口，同时(5)如每个所需，另一个端口能够去除这种培养物(使用过的培养基+细胞)。这种生物反应器提供了一个高度多样性的系统，用于对培养基的变化速率以及细胞密度进行控制；由于这两种针对培养基去除的途径，这变成有可能的，同时它们中仅有一种允许去除细胞。连续流动式生物反应器可用于在一个具有活力的生长期中以明确的细胞密度来生长细胞；此类培养可以提供接种物用于进一步培养、或者可以充当一个连续的生物质产量的来源。固定化细胞的生物反应器这些生物反应器是基于嵌于凝胶(如琼脂糖、琼脂、壳聚糖、明胶、胞外多糖、聚丙烯酰胺、以及藻酸钙)中的细胞以产生珠子，或者嵌于一个膜或金属(不锈钢)筛选室或圆筒内。作为这种生物反应器的运转的一个实例这种含有细胞的膜筛选筒保存在一个室中，通过该室，培养基从一个再循环室中进行循环。这种培养基与这种筛选筒平行流动并且穿过此筛扩散至细胞团中。类似地，产品从细胞扩散至培养基中并从筛筒中流出。容纳这些细胞的膜/筛室可以是圆柱形的或扁平的，并且将培养基的移动进行调整以便在整个筛室流动而不与它平行。有规律地添加新鲜的培养基，并且等量体积的使用过的培养基从再循环室中排出以便维持其养分状态。与处于悬浮中的细胞相比，细胞的固定改变了细胞的生理学。这项技术是有用的，在所感兴趣的生物化学物质由这些细胞分泌至培养基中之内。产物分泌还可以通过将其自身固定而引起，或者通过某些处理，像改变pH、将DMSO(二甲亚砜)作为一种渗透剂进行使用、改变培养基的离子强度、一种诱导子、等等。固定化细胞的反应器可以具备以下优势(i)没有细胞被冲洗掉的风险，(ii)低污染风险，(iii)使细胞免受液体的切割，(iv)对细胞团块的大小进行良好的控制，(v)将生长期(在一批/连续式生物反应器中)与生产阶段(在一种固定化细胞的生物反应器中)分离，(vi)将细胞的废物有规律地从该系统中去除，以及(vii)以高细胞密度进行培养。多阶段的生物反应器此类培养系统按照明确的顺序使用了两个或更多生物反应器，其中各个生物反应器进行总体生产过程中的一个特定步骤。最简单的情况将涉及两个生物反应器。例如，为了生产一种生物化学物质，这两个生物反应器都可以是分批型的第一个生物反应器提供了用于快速细胞增殖的条件并且有利于生物质的生产，而第二个生物反应器具备可进行生物化学的生物合成以及累积的条件。从第一阶段的生物反应器对这种细胞的生物质进行收集，并且将这种细胞生物质用作第二阶段反应器的接种体。作为另一个实例，该第一个反应器可以处于连续模式中，而该第二个反应器可以是分批类型的。来自这种生物反应器的细胞团充当接种体的一种连续来源，用于第二阶段分批类型的生物反应器，该生物反应器具有胚胎发育以及成熟所必需的条件(而不针对细胞增殖)。使用连续性第一阶段生物反应器可以提供一种或多种优势，例如(i)在两次运行之间避免对一批反应器进行清洗等等所需要的时间、人力、以及成本，(ii)消除分批培养的停滞期，以及(iii)提供一种更均匀的并且活力增加的细胞群体。灌注生物反应器用于灌注培养的生物反应器是可以使用的。实例如下来自CorningLifeSciences的TheCellCubeSystem提供了一种快速简单并且简洁的方法，用于在连续灌注式生物反应器中附着依赖性细胞的团块培养。这种系统是一个容易膨胀的系统，用于在生物质、病毒、以及可溶解的生物分子的生产中的所有水平之中生长贴壁细胞。这个基本系统使用了一次性的CellCube⑧Modules，它具有从8，500cm2至85，000cn^的细胞生长面(使用相同的控制组件)。CellCube⑧Modules具有聚苯乙烯生长面，该生长面可使用立式组织培养表面或先进的ComingCelffiINDSurface,用于改进细胞的附着。这些一次性的聚苯乙烯模块容纳了3.5升的培养基，并且包含25块平行板用于每立方米总共21,000cn^的生长面积，可膨胀高达340,000cm2(4/100的堆叠)。这种可内部进行连接的立方体位于一个拐角处，其中培养基从底部进入并从顶部溢出。CellCubeSystem由四个主要的设备组成系统控制器、充氧器(oxygenator)、循环泵、以及培养基泵。这种数字型控制器的特点为对灌注、pH、d02、以及温度进行在线监测。离心式生物反应器另一个类型的生物反应器是一种离心式生物反应器，例如KineticBiosystems'CBR2000离心式生物反应器。针对工业生产进行设计，与搅拌罐生物反应器相比它可以获得高达10,000倍的密度。培养基通过这个轴输入，然后通过旋转作用被排出，其中它们进入了反应室。通过采用灌注来对抗离心力使细胞保存在悬浮物中。通过这个轴去除废物产品，并且每小时取样10次。生长和生产参数的实时分析是指可以对任何干扰进行快速调整。最后的结果可以是提高产品产率和品质。每说明书第63/83页个室能够产生lxlO"个细胞，其中每个转子支持三个室。微载体对于贴壁的细胞系(例如，针对生物反应器细胞培养)而言，可以通过加入微载体珠子来增加所获得的细胞密度。这些小珠子的直径为301im至1005pm，并且可以由葡聚糖、纤维素、明胶、玻璃或硅石制成，并且能够增加可供细胞附着的表面积。可供使用的微载体的范围是指在这个系统中生长大多数的细胞类型，这是可能的。颗粒以两种形式进入固体形式和多孔形式。固体珠子是最能够进行控制用于生物质的收集，而多孔珠子更适于分泌的或溶解产物。其他的基质维持着珠粒的稳定，产生固体床，通过该固体床灌注培养基。使用悬浮大孔珠子的微载体培养易于进行成比例扩大。这些系统与常规的表面微载体培养的不同之处在于这些细胞是在这些基质孔的内部以高密度进行固定并且免受流体剪切力。大孔珠子的另一个优点是它们可以按照与常规的微载体相同的方式从大量培养基中直接进行接种。悬浮珠粒的固定系统可被用在多个不同的反应器构型(包括悬浮床或搅拌罐生物反应器)中。这些系统可以通过增加这种生物反应器的体积以及珠粒的数目而进行成比例扩增。悬浮大孔珠子的技术也是可以使用的。在哺乳动物中试图模拟细胞培养的环境中，这些大孔珠子是以胶原为基础的(例如，胶原、明胶、或胶原-葡糖胺多糖)。例如，为了易于适应具体的培养容器，由AshbyScientific生产的PorousImmobaSil微珠子可以使用不同的形状和大小。它们是气体可渗透的，允许使培养密度达到3x10Vml对于得到最大化的产品产量。AmershamPharmacia(AP)Biotech提供了微载体和流化床反应器。针对CHO-型细胞，对CytoporeI珠子进行了优化，而CytoporeII珠子用于要求较高的表面电荷密度的贴壁细胞。CytolineI珠子适于要求高循环速率的具有弹性的细胞。针对剪切力敏感的细胞(如，需要较为缓慢地进行循环的杂交瘤)对这种低密度的CytolineII载体进行优化。APBiotech已经设计了Cytopilot流化床系统灌注反应器用于与它的Cytoline珠子一起使用。用于细胞培养株生长的玻璃表面微载体说明于美国专利号4,448，884中。而且，已经对用于微载体细胞培养株的双侧臂搅拌的生物反应器的CYTOSTIR⑧管线(来自Kontes)彻底地进行了重新设计以便改进性能并提高互换性。CYTOSTIR⑧生物反应器在从100mL至36升的九种尺寸的范围内是可以使用的。这些硼硅玻璃烧瓶具有两个带有螺帽闭合的大的侧臂，它们允许容易地进行取样。在该烧瓶底的中心的圆顶防止微载体直接积累在这些搅拌叶片之下。对这种大的、高度可调整的TEFLON⑧搅拌叶片进行设计以提供最大程度的搅拌效率以便按照组织培养所要求的缓慢的搅拌速度将微载体保持在悬浮液中。在搅拌过程中，培养株仅仅接触了硼硅玻璃和TEFLON⑧。所有一升以及尺寸更大的烧瓶具有防滴落的倾倒口以及带有密封环的聚丙烯帽。所有CYTOSTIR⑧生物反应器和组件是可彻底进行蒸汽高压灭菌的。旋转器培养这是一种常见的培养方法，用于悬浮细胞系(包括杂交瘤以及贴壁的细胞系，这些细胞系已经适应于在悬浮液中生长)。旋转烧瓶是塑料瓶或玻璃瓶，它们带有一个中央磁力搅拌轴以及用于将细胞和培养基加入并去除的侧臂，并且用富含C02的气体进行通气。接种旋转器烧瓶被置于搅拌器上，并且在适合于该细胞系的培养条件下进行孵育。可以对培养株进行搅拌，例如以100至250转/分钟。进行设计以处理l至12升的培养株体积的旋转器烧瓶系统可获自Techne、Sigma、以及Bellco，例如(生产号Z380482-3升容量以及Z380474-1升容量)。旋转器培养系统的另一个实例是MantaRay单次使用的旋转器烧瓶。WheatonScienceProducts提供了成比例扩大的系统用于所有水平的生产。它的Magna-Flex⑧SpinnerFlask具有球茎形的弯曲型的玻璃推进器用于和微珠子一起使用。可移动的不锈钢别针将这种推进器固定以便在处理过程中防止细胞受损。尺寸在从125毫升至8升的范围内是可以使用的，它们完全是可高压灭菌的。还可以使用的是CellOptimizerTMSystem,用于在按比例扩大之前确定最适宜的培养条件，以及OverdriveTM，用于高达45升的经济的工业水平的生产。来自B.BraunBiotech的SuperSpinner是一种入门水平的搅拌烧瓶，它适于500毫升以及1000毫升的培养，并且特征为一个鼓泡-释放充气/搅拌系统。Biostat⑧系列的搅拌容器处理了尺寸从50毫升至10升的培养物，并且包括彻底的立等可用的系统以及对先前存在的组分进行整合的系统。TechneUK提供了体积高达5升的一个完整系列的搅拌烧瓶。设计为带用一个搅拌棒而非叶片，通过消除旋转轴承它们简化了清洗和高压灭菌。这种独特的搅拌作用在整个培养株中在温和的旋转中产生了垂直和水平的流动。它的可编程的搅拌平台的系列的特征为SOFTSTARTTM加速/减速控制以便减少来自过度搅拌的细胞损坏。WheatonScienceProducts提供了按比例扩大的系统，用于所有水平的生产水平。它的Magna-Flex⑧SpinnerFlasks具有球茎形的、弯曲型的玻璃推进器用于和微珠子一起使用。可移动的不锈钢别针将推进器固定以便在操作过程中防止细胞受损。尺寸在从125毫升至8升的范围内是可以使用的，它们完全是可高压灭菌的。还可以使用的是CellOptimizerTM，用于在按比例放大之前确定最适宜的培养条件，以及OverdriveTM，用于高达45升的经济的工业水平的生产。T烧瓶培养贴壁或悬浮培养可以生长在T烧瓶，如T-25、T-76、T-225烧瓶。这些帽可以用塞子进行密封或通气。这些烧瓶可以是塑料的或玻璃的。这些烧瓶的表面可以涂覆有(例如)包含多种带负电荷的官能团的亲水部分(moiety)和/或支持细胞附着、扩散、以及分化的包含氮的官能团。T烧瓶可获自，例如Nunc、Nalgene、Corning、Greiner、Schott、Pyrex、或Costar。细胞培养皿细胞可以生长在培养皿中。这些皿的表面可以涂覆有(例如)包含多种带负电荷的官能团的亲水的部分和/或支持细胞附着、扩散、以及分化的包含氮的官能团。培养皿可获自，例如BD、Biosciences、Corning、Greiner、Nunc、Nunclon、Pyrex。悬浮细胞培养悬浮细胞可以生长在(例如)生物反应器中、培养皿、烧瓶、或转瓶中，(例如)如在此进行说明。静止的悬浮培养系统静止的悬浮系统的一个实例是CELLine1000。这种CELLineTM1000(IntegraBioscience,Chur，Switzerland)装置是一种基于膜的一次性的细胞培养系统。它是由两个室组成的，一个培养室(20毫升)以及由一个半透性的透析膜(截断10kD的分子量)所分离的一个营养物供给室(1000毫升)，该透析膜允许小的营养物以及生长因子扩散至生产室中。这些细胞的氧气供给以及C02扩散观察一层气体可通透的有机硅膜而发生。抗体浓缩在这种生产培养基中。这种培养系统要求一个C02孵育箱。例如，为了达到最佳的生产水平，这种装置可以用50x106个细胞进行接种，并且将80%的生产培养基以及整个营养物培养基每周更换两次。旋转悬浮培养系统此类系统包括转瓶(已在此进行讨论)。旋转悬浮体系统的一个实例是miniPERM(Vivascience,Hannover,Germany),它是一种经修饰的转瓶两室生物反应器，其中一种半透性的透析膜将生产模块(35毫升)与营养物模块(450毫升)分离。营养物和代谢产品通过该膜进行扩散，并且分泌出的抗体浓縮在该生产模块中。充氧作用和C02供给贯穿在该生产模块的外侧的一个气体可通透的有机硅膜发生并且通过一个第二有机硅膜延伸至该营养模块中。这种miniPERM必须被置于C02孵育箱内部的一个滚动基托上。有可能的是将两个滚动基托共同置在一个180升的C02孵育箱中，各个最多支持四个生物反应器(即，相同量的空间被1至4个孵育箱占据)。转瓶这是用来将贴壁细胞(也被称为锚定依赖性细胞系)开始按比例扩大的最为常见的方法。转瓶是圆筒状的容器，它们缓慢地进行旋转(在5与60转/小时之间)，使附着在该培养基内表面的细胞浸泡在培养基中。典型地具有1050cr^表面积的转瓶是可以使用的(生产号Z352969)。转瓶中有一些尺寸存在问题，这是因为它们难以在微生物学的安全柜的有限空间中进行操作。最近，具有扩张内表面的转瓶已经变成可以使用的，它使得对表面积大的培养瓶进行操作更可以进行控制，但是如果有可能，应该避免重复性的操作以及用转瓶进行传代培养。使用转瓶的另一个问题是与细胞的附着有关，因为一些细胞系贴壁并不均匀。对于上皮细胞而言这是个具体的问题。在细胞以低附着效率进行附着的过程中，通过将旋转速度优化，通常是通过减小速度速，可以部分克服一些问题。转瓶被用于每种可以得到的应用中。作为需要周期性的按比例扩大的小型实验室的一个良好的起始点，它们也正在被用于大型工业生产。因为这些培养物按照类似于烧瓶的方式进行接种并维持在其中，典型地其他额外的处理不是必需的。将小齿条固定在标准的孵育箱内部，省去了对额外的资金开支的需要。转瓶具有多种构型塑料、玻璃、褶状物、平面、有孔的、或固态。可以将玻璃消毒并且再次进行使用，其中不同的塑料和涂层对一种分类的细胞类型的生长进行优化。褶状物增加了有效生长面，由此增加了产品产率而无需额外的空间要求。有孔的帽被用于在C02环境下进行培养，而固体的帽对于在温室或不受调节的孵育箱中是最佳的。转瓶可获自，例如Corning。贴壁细胞培养贴壁细胞可以生长在(例如)生物反应器、培养皿、烧瓶、或转瓶中，(例如)如在此进行说明。可以对这些细胞所贴附的表面进行处理或包被以便促进或支持细胞附着、扩散、和/或分化。包被物包括赖氨酸(例如，聚-D-赖氨酸)、聚乙烯亚胺、胶原、糖蛋白(例如，纤连蛋白)、明胶、等等。摇床烧瓶摇床烧瓶可用于为细胞培养物提供更大的搅拌以便改进氧气或气体的转移，(例如)如与静止的培养物进行比较。摇床烧瓶可获自，例如Pyrex禾口Nalgene。灌注灌注系统允许从外部的培养基瓶对细胞室进行连续补料，如在此所说明。细胞被保留在细胞室中(例如，生物反应器、床灌注生物反应器、填充床灌注生物反应器)。灌注系统的供应商包括DayMoonIndustries,Inc.以及NewBrunswickScientific。空心纤维细胞培养空心纤维是具有一种预先确定所截断的分子量的小管-样过滤器。可以将这些大的纤维束装入圆柱状的模块中，这些模块在确保液体的灌注时对细胞和抗体提供一种绝对的屏障。空心纤维模块可以在小体积中提供一种大的表面积。这些空心纤维的壁充当半透性的超滤膜。细胞生长在围绕着这些纤维的毛细管外的空间中，并且在这些纤维的内部连续地灌注培养基。代谢物和小的营养物根据浓度梯度在毛细管内外空间之间自由地进行散布。培养监测可以通过测量乳酸盐来进行。此类系统的实例包括CellexBiosciences'AcuSyst空心纤维反应器°另一个实例是Cell-Pharmsystem100(CP100，BioVest，Minneapolis,,),它是一个完全整合的空心纤维细胞培养系统。这种细胞培养物单位由两个柱子构成一个充当细胞室，而另一个充当充氧作用单位。这个系统是一个独立式的台顶式(benchtop)系统，具有一个一次性的流路(flowpath)，产量高达400mg/月。TheCell-Pharmsystem2500(CP2500,BioVest)是一种空心纤维细胞培养生产系统，该系统可以生产大规模数量的由细胞产生的产品，例如单克隆抗体。与CP100不同，它由针对这些细胞的两个纤维柱子构成，并且由此提供了一个大的细胞生长面(3.25m2)。一个第三柱子用于培养基的充氧作用(oxygenationsFiberCell(FibercellSystemsInc.,Frederick,MD)空心纤维细胞培养系统由一个培养基库(250毫升)以及一个60毫升的纤维柱子(1.2m2)所组成，二者均连接至一个单一的微处理器控制的泵上。有可能的是通过用一个5升的烧瓶替换这种初始培养基库来延长培养基的供给周期。与这种Cell-Pharm⑧系统相比，FiberCellTM生物反应器在C02孵育箱的内部进行使用。充氧作用通过一种气体可通透的管子而发生。CellexBiosciences制造了空心纤维反应器，用于所有水平的生产。将这种AcuSyst-XCELL⑧设计成用于大规模生产分泌出的蛋白质，每月生产60克至200克的蛋白质。它的AcuSystminiMaxTM是一个灵活的研究规模的台顶式(bencht叩)生物反应器，每月能够生产高达10g的蛋白质。对于单次使用或在数周期间进行试验性研究而言，经济的ResCu-PrimerTM带有一种选择的空心纤维以及陶瓷基质，每月生产高达200mg。UnisynCell-PharmMicroMouseTM是一个一次性的系统，具有1.5ft2的足迹，装配在一个标准的实验室孵育箱的内部。它每月能够生产高达250mg的单克隆抗体，持续三个月。IntegraBiosciences的TECNOMOUSE⑧是一种模块式托架系统，具有五个分离的盒室。对高达五种不同的细胞系进行培养高达30周，每月各自均产生200mg抗体。这种经整合的气体供应以及在线监测能力帮助对培养条件进行控制。细胞工厂细胞工厂被用于大规模(例如，工业规模)的细胞培养以及生物材料的产品，如疫苗、单克隆抗体或药物。这些工厂可用于贴壁细胞或悬浮培养。这种生长动力学与实验室规模的培养相类似。细胞工厂在具有容易操作以及低污染风险的一个小面积中提供了大量的生长面。细胞工厂是一堆密封的室，具有常见的气孔以及填充端口。40个室的工厂可以替换30个转瓶。为了生长条件一致，打开这些室的连接造成培养基装填非常均匀。气孔可以被加帽或装配有细菌的空气通气口。细胞工厂可以从(例如)聚苯乙烯进行塑形。细胞工厂的供应商包括Nunc。可以对这些工厂的表面进行处理以改进生长或细胞的附着条件，例如用Nunclon⑧A进行处理。NunclonCellFactoriesTM是低矮的、一次性的、聚苯乙烯、可通气的室，它们一个、两个、10个、以及40个堆叠在一起。由于相连接的盘子的创新性设计，接种、补料、以及收集是直截了当的。细胞培养袋细胞培养袋(例如，单次使用的细胞培养袋)，可用于生长哺乳动物、昆虫、以及植物的细胞。对于悬浮、灌注、以及微载体培养而言，这些袋便利并且柔性。细胞培养袋的供应商包括DayMoonIndustries,Inc.以及DunnLabortechnikGmbH。通过对这些袋子进行搅拌激起的轻微波动，产生了针对细胞生长的一种优越的混合和充氧作用环境。装备有内部的浸管以及筛滤器，培养基交换和用微载体进行灌注培养得到简化。内装的螺旋帽端口可以为微载体珠子、细胞附着的基质、以及组织培养的非限制性进入提供方便。74这种袋状系统还在袋子的顶部空间与环境之间的气体输送中提供了一个更大的灵活性，并且它能够进行气体扩散以及持续地将气体排出。通过这种内装在螺旋帽上的微孔膜气体扩散提供针对大多数细胞培养所需要的足够的气体交换。如果要求，可以通过这些锁紧端口(luerport)中的一个添加压縮化的空气或在1.5PSI以下的气体，并且通过这个膜帽将它们排出。作为一个实例，OptimaTM是一个单次使用的细胞培养袋，它针对生长昆虫、植物、以及哺乳动物的细胞提供了方便、容量、以及灵活性。对OptimaTM进行设计用于在常规的实验室摇床或摇动平台上进行使用。可以在具有工作容量高达4升的两个标准袋中进行使用，这种OptimaTM可用于高体积的悬浮培养，为搅拌生物反应器提供了一个具有成本效益的替代物。将Optima-miniTM袋设计成固定在大多数的实验室摇床以及摇动平台，不要求明确的设备。选择生产参数的步骤涉及对选择以下各项的一种补给条件进行选择聚糖和糖蛋白的纯化可将包括纯化和配置的生产参数用于产生具有一种或多种所希望的聚糖特性的一种糖蛋白制备品。可将不同的纯化方法用于损害这种经纯化的糖蛋白制备品的聚糖特征。例如，可以对基于亲和力的方法、基于电荷的方法、基于极性的方法、以及基于尺寸和/或聚集来进行区别的方法进行选择以便提供具有一种或多种所希望的聚糖特性的一个糖蛋白制备品。例如，可将通常的液相色谱法用于基于极性来分离聚糖和/或糖蛋白。反向色谱法可使用，例如衍生化的糖类。可将阴离子交换柱用于纯化唾液酸化的、磷酸化的、以及硫酸化的糖类。其他方法包括高pH阴离子交换色谱法，并且可使用尺寸排阻色谱法并且是基于尺寸进行分离的。对基于亲和力的方法进行选择，它们优选地结合某些化学单位以及聚糖结构。一些基质(如间-氨基苯基硼酸、固定化的凝集素以及抗体)可以结合特定的聚糖结构。间-氨基苯基硼酸基质可以与包含1,2-顺式-二醇基团的任何一种分子(如，一种碳水化合物)形成一种暂时的共价键。随后，可以将这种共价键破坏以便对所感兴趣的蛋白进行洗脱。凝集素是识别碳水化合物的蛋白质的一个家族，它们对不同的单糖显示出亲和力。凝集素特异性地并且可逆地与碳水化合物结合。由凝集素识别的主要的单糖包括甘露糖/葡萄糖、半乳糖/N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰葡糖胺、岩藻糖、以及唾液酸(QProteomeGlycoarrayHandbook，Qiagen，September2005，获自http:〃wolfson.huji.ac.il/purification/PDF/Lectins/QIAGEN_GlycoArrayHandbook.pdf)或类似的参考文献。凝集素基质(例如，柱子或阵列)可以由多种凝集素组成，这些凝集素类具有变化的和/或重叠的特异性以便与具有特异的聚糖组分的糖蛋白相结合。一些凝集素通常用于对糖蛋白进行纯化，这些糖蛋白包括刀豆蛋白A(concavalinA)(经常偶联至Sepharose或琼脂糖上)以及WheatGerm。抗聚糖抗体也可以通过在本领域中巳知的方法进行产生并且用于亲和柱中以便结合并且纯化糖蛋白。凝集素或抗体与配体(如，一种糖蛋白)的相互作用允许形成交联的复合物，这种交联的复合物经常是不可溶的，并且可以作为沉淀进行鉴定(Varkietal.，ed.,"Protein-GlycanInteractions"inEssentialsofGlycobiology，获自万维网http:〃www.ncbLnlm.nih.g;ov/books/bv.fcgirid=g:lyco.section.269)或相似的参考文献。在这项技术中，用一种糖蛋白或一种聚糖对固定量的凝集素或抗体(受体)进行滴定，并且配体与受体处于精确的比率，形成了一种沉淀(Varki等)。这种沉淀对该配体与受体的亲合常数是高度特异的(Varki等)。另一个沉淀方法利用这一事实，即在一种凝集素与一种聚糖之间的一种复合物可以被"盐化"出来或通过硫酸铰进行沉淀(Varki等)。目标的糖蛋白产品在此说明的这些方法可用于提供具有一种或多种所希望的聚糖特性的一种靶糖蛋白产品。如在此所说明，这种目标的糖蛋白产品的一种或多种聚糖特性可以与一种主要糖蛋白产品相同或与其基本上类似，或者这种目标的糖蛋白产品的一种或多种聚糖特性可以不同于这种主要糖蛋白产品的那些聚糖特性。例如，这种目标的糖蛋白产品的聚糖特性可以是一种聚糖特征，该聚糖特征不同于一种主要糖蛋白产品的聚糖特征，如附着于一个预先选择的部位的聚糖结构的非均质程度。在某些实施方案中，这种聚糖的特性可以是，例如不同于这种主要的目标的糖蛋白产品的一个功能特性。这些功能特性包括但是不限于，血清半衰期、清除率、体外稳定性(保质期)或体内稳定性、结合亲和性、组织分布和耙向性、毒性、免疫原性、吸收速率、消除速率、以及生物利用率。可以确定和/或选择一种或多个生产参数来生产一种糖蛋白产品，该糖蛋白产品具有一种或多种不同的聚糖特征，例如，与这种主要糖蛋白产品相比己经与一种不同的功能特性相关联。该特征可以影响的不同的聚糖特征与功能特性之间的相关性在此说明了说明。表m提供了此类关性的实例。表m表III<table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>受体亲和性在一些实施方案中，硫酸化的聚糖的存在可以用于通过基于电荷斥力来调节该蛋白对其靶受体的亲和性N-羟乙酰基神经氨酸免疫原性在一些实施方案中，高水平的N-羟乙酰基神经氨酸可以具有免疫原性GlcNAc末端生物利用率在一些实施方案中，增加的末端GlcNAc残基降低了生物利用率(例如，结合至甘露糖受体)GlcNAc二等分受体亲和性在一些实施方案中，增加GlcNAc二等分的水平增加了ADCC活性位点占据受体亲和性/功能在一些实施方案中，位点占据可以控制受体亲和性。在一些实施方案中，位点占据的程度可以控制补体介导的抗体细胞毒性这些目标的糖蛋白产品的氨基酸序列可以与这种主要糖蛋白产品的氨基酸序列相同，或者与来自该主要糖蛋白产品的氨基酸序列相比，这种氨基酸序列可以有(例如)高达l、2、3、4、5、10、或20个氨基酸残基不同。它们的蛋白和片段在精氨酸的残基上可以被糖基化(被称为N连接的糖基化作用)，并且在丝氨酸或苏氨酸的残基上可以被糖基化(被称为O-连接的糖基化作用)。在某些实施方案中，可以对目标的糖蛋白产品的氨基酸序列进行修饰以便添加一个部位用于附着一个糖部分。例如，对这种目标的糖蛋白产品的氨基酸序列可以进行修饰，从而将不充当糖基化作用部位的一种氨基酸置换为充当糖基化作用部位的一种氨基酸。对这种目标的糖蛋白产品的氨基酸序列还可以进行修饰，这是通过将对于一种糖基化作用(例如，O-连接的糖基化作用)充当糖基化作用部位的一种氨基酸置换为对于一种不同的糖基化作用(例如，N-连接的糖基化作用)充当糖基化作用部位的一种氨基酸。此外，一种氨基酸残基可以被添加至针对一个靶糖蛋白产品的一种氨基酸序列上以提供用于附着一个糖基的一个部位。这种氨基酸序列的修饰还可以位于与一个潜在的糖基化位点不相关的一种或多种氨基酸残基上。一种糖蛋白产品的一种氨基酸序列或对其进行编码的核苷酸序列可以通过本领域中巳知的方法进行修饰。79示例性的计算机实现方式在此说明的这些方法和文章(例如，系统或数据库)不必在计算机或电子形式中实施。例如，在此说明的一个数据库可以作为印刷品来实施[其它的？]。在一个示例性的计算机实现方式中，图1是计算装置以及系统400、450的框图。计算装置400旨在表示不同形式的数字计算机，如笔记本、桌台式、工作站、个人数字助理器、服务器、叶片服务器、主机、及其他适当的计算机。计算设备450旨在表示不同形式的移动装置，如个人数字助理器、蜂窝式电话、智能电话、及其他类似的计算装置。这里所显示的组件，它们的连接以及关系、以及它们的功能仅指是示例性的，并且不旨在限制本发明所说明的和/或在本文件中所要求中的实现方式。计算装置400包括一个处理器402、存贮器404、一个存储装置406、连接至存贮器404的一个高速的界面408以及高速的扩充端口410、以及接于低速总线414的一个低速界面412以及存储装置406。部件402、404、406、408、410、以及412中的每一个均为使用不同的总线进行相互连接的，并且可以被安装在一个普通的主板上或以其他适当的方式进行安装。处理器402可以操作多项指令用于在计算装置400内运行，包括保存在存贮器404上的或在存储装置406上的多项指令以便展示在一项外部输入/输出装置上针对GUI的图解信息，如展示偶联在高速界面408的416。在其他实现方式中，可以使用多个处理器和/或多条总线、适当地与多个存贮器以及存贮类型一起。而且，还可以将多个计算装置400与每个提供必要的操作的部分的装置(例如，作为一种服务器区块、一组叶片服务器、或一个多重处理机系统)进行连接。存贮器404在计算装置400内存储信息。在一个实现方式中，存贮器404是一个电脑可读的介质。在一个实现方式中，存贮器404是一个或多个非永久性存储器单位。在另一个实现方式中，存贮器404是一个或多个永久性存器单位。存储装置406能够为计算装置400提供大容量的存储器。在一个实现方式中，存储装置406是一个电脑可读的介质。在不同的实现方式中，存储装置406可以是一个软盘装置、一个硬盘装置、一个光盘装置、或一个磁带装置、一个闪速存储器或其他类似的固体存储器装置、或一排装置，包括在一个存储区网络或其他构型中的装置。在一个实现方式中，一个计算机程序产品在一种信息载体中得到实质性体现。这种计算机程序产品包含多项指令，这些指令在执行时执行一种或方法，如以上所说明的方法。这种信息载体是一个电脑或机器可读的介质，如存贮器404、存储装置406、在处理器402上的存贮器、或一个传送的信号。高速控制器408控制着针对计算装置400的频带宽度-加强器操作，而低速控制器412控制着较低的频带宽度-加强器操作。这样的责任分配仅仅是示例性的。在一个实现方式中，高速控制器408被耦连在存贮器404、显示器416上(例如，通过一个图形处理器或加速器)，以及高速的扩充端口410上，它可以接受不同的扩展卡(未显示)。在该实现方式中，低速控制器412被耦连在存储装置406以及低速扩充端口414上。低速扩充端口(它可以包括不同的通信端口(例如，USB、蓝牙、以太网、无线的以太网))可以被耦连在一种或多种输入/输出装置，如一个键盘、一个指示设备、一个扫描器、或一个网络装置(如一个开关或路由器)，例如通过一个网络接口卡(adapter)。计算装置400可以按照多种不同的形式进行实施，如图中所示。例如，它可以作为一个标准的服务器420、或在一组此类服务器中多次进行实施。它还可以作为一个齿条服务器系统424的部分进行实施。另外，它可以在个人电脑(如笔记本计算机422)中进行实施。可替代地，来自计算装置400的多个组件可以与一个移动装置(未显示)中的其他的组件(如装置450)相结合。此类装置中的每一个可以包括一种或多种计算装置400、450，并且一个全部系统可以由多个计算装置400、450互相通信来得到。除其他组件之外，计算装置450包括一个信息处理机452、存贮器464、一种输入/输出装置(如一个显示器454)、一个通信界面466、以及一个收发器468。装置450还可以提供一个存储装置(如一个微型驱动或其他装置)，以便提供额外的存储器。组件450、452、464、454、466、以及468中每一个是使用不同的总线互联的，并且这些组件中有几个可以被安装在一个普通的主板上或以适当的其他的方式进行安装。处理器452可以处理对于在计算装置450内的运行的多项指令，包括保存在存贮器464的多项指令。该处理器还可以包括分隔类似物以及多个数字处理器。例如，该处理器可以提供用于对装置450的其他组件进行协调，如用户界面进行控制、通过装置450运行进行应用、以及通过装置450进行无线通信。处理器452可以通过控制接口458以及耦连在一个显示器454的显示器接口456与一个用户进行通讯。例如，显示器454可以是一个TFTLCD显示器或一个OLED显示器、或其他的适当的显示技术。显示器接口456可以包括适当的电路用于驱动显示器454以便向一个用户呈现图形及其他信息。控制接口458可以接受来自一个用户的命令并且将它们进行转换用于提交给处理器452。此外，可以提供与处理器452通信的一个外部接口462，使得可启动装置450与其他的装置的附近区域通信。例如，外部接口462可以提供有线通信(例如，经由一个对接程序)或无线通信(例如，经由蓝牙或其他此类的技术)。存贮器464在计算装置450内存储信息。在一个实现方式中，存贮器464是一个电脑可读的介质。在一个实现方式中，存贮器464是一个或多个非永久性存储器单位。在另一个实现方式中，存贮器464是一个或多个永久性存器单位。还可以提供扩充存贮器474并且通过扩充接口472将其连接到装置450，扩充接口472可以包括例如一个SIMM卡片接口。这种扩充存贮器474可以提供针对装置450的附加的存储空间、或还可以存储针对装置450的应用或其他信息。具体而言，扩充存贮器474可包括多项指令以执行或补充以上说明的操作，并且还可以包括安全信息。因此，例如可以将扩充存贮器474提供为针对装置450的一种安全模块，并且可以用允许装置450的安全使用的多项指令进行编程。此外，可以经由这些SIMM卡连同附加信息提供多种安全的应用，如在SIMM卡上以一种不可篡改的方式放置识别信息。存忙器可以包括，例如闪速存储器和/或MRAM存贮器，如以下所说明。在一个实现方式中，一个计算机程序产品在一种信息载体中得到实质性体现。这种计算机程序产品包括多项指令，这些指令在执行时执行的一种或方法，如以上所说明的那些方法。这种信息载体是一个电脑或机器可读的介质，如存贮器464、扩充存贮器474、在处理器452上的存贮器、或一个传送的信号。装置450可以通过通信接口466进行无线通信，通信接口466可以在必要处包括数字信号处理电路。除此之外，通信接口466可以在不同的模式或方案下提供通信，如GSM语音电话、SMS、EMS、或MMS信息发送、CDMA、TDMA、PDC、WCDMA、CDMA2000、或GPRS。例如，这种通信可以通过无线电频率收发器468而发生。此外，近距离通信可以如使用一个蓝牙、WiFi、或其他这样的收发器(未显示)而发牛。此外，GPS接收机组件470可以提供针对装置450的额外的无线数据，它可以通过在装置450上运行的应用软件进行适当使用。装置450还可以使用音频解码器460进行可听的通信，音频解码器460可以接收来自一个用户的语音信息并且将其转换成可使用的数字化信息。音频解码器460同样地可以产生针对一个用户的可听的声音，如通过一个喇叭，例如在装置450的一个电话听筒中。这样的声音可以包括来自语音电话呼叫的声音、可以包括录音(例如，声音信息、音乐文件、等等)并且还可以包括通过在装置450上运行的应用软件产生的声音。计算装置450可以是按照多种不同的形式而实施，如图中所示。例如，它可以作为一种蜂窝式电话480来实施。它还可以是作为一个智能电话482的、个人数字助理器的、或其他类似的移动装置的部分来实施。其中适当地，在本说明书中说明的这些系统和功能操作可以在数字化电子线路中、或在计算机软件、固件、或硬件中实施，包括在本说明书中披露的这些结构方法以及它们的结构等效物、或它们的组合。这些技术可以作为一种或多种计算机程序产品来被实施，即在一种信息载体中实质性体现的一种或多种计算机程序，例如在一个机器可读的存储装置中或在一个传送的信号中，通过或控制数据处理仪器(例如，一个可编程处理器、一台计算机、或多台计算机)的操作来用于实施。一个计算机程序(也称为一个程序、软件、软件应用、或密码)可以用任何形式的程序设计语言(包括编译或解释的语言)来记录，并且它可以按照任何形式来配置，包括作为一种单独的程序或作为一种模块、组件、子程序、或适宜于在一个计算环境中的其他单位。一个计算机程序不必相应于一个文件夹。一个程序可以被保存在文件夹的一部份中，该文件夹存放有其他的程序或资料，在致力于所査询的程序的一个单一文件夹中，或在多个协调的文件夹中(例如，存储一种或多种模块、子程序、或密码的多个部分的那些文件夹)。一个计算机程序可以被配置成在一台或多台计算机上(在一个部位或交叉分配在多个部位上并且通过一个通信网络互联)来执行。在本说明书中说明的这些操作以及逻辑流可以通过一种或多种可编程处理器而执行，这些可编程处理器执行一种或多种计算机程序以便通过对输入数据进行操作并且产生输出来运行这些说明的功能。这些操作以及逻辑流还可以得到执行，并且多种仪器作为专用的逻辑电路图来得以实施，例如一种FPGA(字段可编程门阵列，fieldprogrammablegatearray)或一禾中ASIC(专用集成电路，applicationspecificintegratedcircuit)。适合于实施一个计算机程序的处理器包括(作为举例)一般的和专用的微处理器、以及任何类型的数字计算机的任何一个或多个处理器。总体上，该处理器将会接受多项指令以及来自一个只读存储器、或一个随机存取存储器、或二者的数据。一个电脑的关键元件是用于执行指令的一个处理器、以及用于存储多项指令以及资料的一个或多个储存装置。总体上，一个电脑还将会包括或是可操作地耦连在来自、或传输资料、或二者的接收数据的一个或多个大量储存装置用于储存数据，如磁性的、磁光盘类、或光盘类。多种信息载体适合于实施计算机程序多项指令和资料，包括所有形式的永久存储器，包括(作为举例)半导体存储器装置类、如EPROM、EEPROM、以及闪速存储器装置类；磁盘，如内部的硬盘或可移动盘；磁光盘；以及CDROM以及DVD-ROM盘类。该处理器以及该存贮器可以通过专用的逻辑电路图进行增补、或与其结合。为了提供与一个用户的相互作用，这些说明的技术的多个方面可以在一台计算机上实施，该计算机具有一个显示器装置(例如，一个CRT(阴极射线管)或LCD(液晶显示器)的监察器，用于显示该用户显示信息)、以及一个键盘、以及一个指示器，例如一个鼠标或一个轨迹球，通过它该用户可以对该计算机提供输入。其他类型的装置也84可用于提供与一个用户的相互作用；例如，对该用户提供的反馈可以是任何形式的传感反馈，例如视觉反馈、听觉反馈、或触觉反馈；并且来自该用户的输入可以用包括声学的、语言的、或触觉的输入的任何形式来接受。这些技术可以在一个计算系统中得以实施，该计算系统包括一个后端组件(例如，作为一种数据服务器)、或包括一个中间件组件(例如，一种应用服务器)、或包括一个前端组件(例如，具有一个图形用户界面或一个Web浏览器的一个客户电脑，通过该浏览器一个用户可以与一种实现方式相互作用)、或此类后端、中间件、或前端组件的任何组合。该系统的这些组件可以通过数字数据通信的任何形式或介质互相联系，例如一个通信网络。通信网络的实例包括一个局域网("LAN")以及广域网("WAN"),如国际互联网络。该计算系统可以包括客户机和服务器。一个客户机和服务器总体上是彼此远离的并且通过一个通信网络典型地进行互相作用。客户机和服务器的关系借助于在所对应的计算机上运行的多种计算机程序来提升，并且对于彼此具有一种客户-服务器关系。已经对多个实施方式进行了说明。尽管如此，应理解的是在不背离本说明的多个实施方式的精神和范围可以做出不同的改变。例如，在这些权利要求中叙述的这些作用可以用一种不同的次序来完成并且仍然获得想要的结果。相应地，其他实施方式是在以下权利要求书的范围内。其他的翻译后修饰方法、数据库、以及产品在此主要是参考糖基化作用进行说明，但是还包括类似的方法，其中其他的翻译后修饰，例如以与糖基化作用相同的方式得到解决。翻译后修饰的实例可以包括蛋白水解作用、外消旋作用、N-O酰基替换、多聚化、聚集、糖类修饰、生物素化作用、类泛酸化作用(neddylation)、酰化作用、甲酰化作用、豆蔻酰化作用、焦谷氨酸形成、甲基化作用、糖化作用、氨甲酰基化作用、酰胺化作用、糖基磷脂酰肌醇添加作用、O-甲基化作用、糖基磷脂酰肌醇化作用、泛素化作用、SUMO化作用、甲基化作用、乙酰化作用、乙酰化85作用、羟基化作用、泛素化作用、SUMO化作用、锁链素形成作用、对于醛的脱氨基作用以及氧化作用、O-糖基化作用、亚胺形成作用、糖化作用、氨甲酰化作用、二硫键形成作用、异戊二烯化作用、棕榈酰化作用、磷酸化作用、脱磷酸作用、糖基化作用、硫酸化作用、口卜啉环连接、黄素连接、GFP辅基(苏氨酸-酪氨酸-甘氨酸序列)形成作用、赖氨酸酪氨酸醌(LTQ)形成作用、topaquinone(TPQ)形成作用、琥珀酰亚胺形成作用、转谷氨酰胺作用(transglutamination)、羧化作用、聚谷氨酰基化作用、聚甘氨酰化作用(polyglycylation)、瓜氨酸化作用(citrullination)、甲基化作用、以及羟基化作用。其他实施方案本发明通过以下实例进一步进行说明，这些实施例不应解释为是限制性的。在本申请全文中引用的所有参考文献的内容、专利、以及已公开的专利申请都通过引用结合在此。实例实例I:在不同的生产参数与针对在CHO细胞中产生的聚糖特性之间的相关性研究了不同的培养基生产参数来确定那些培养基产生参数的调整对在一些dhfr不足的CHO细胞中所产生的一种抗IL-8抗体的聚糖的特征的作用(如果存在的话)。这些细胞被培养在T烧瓶中。在以下表VI中提供这些结果。表VI指示所评估的各个产生参数(A列)以及聚糖特征(A行)。整个评价中将其余的多个生产参数维持成常数。一种产生参数对一种聚糖的特征的某些作用得以指示。表VI<table>tableseeoriginaldocumentpage86</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table>有的存在下所产生的抗体上的聚糖的模式展示在图3中。在尿嘧啶核苷以及葡糖胺二者皆有的存在下所产生的IgG上观察到的聚糖的特征图模式不是从在尿嘧啶核苷或葡糖胺单独存在下所产生的一种抗体上所观察到的特征图推算得到的。例如，在这些生产参数与聚糖特征(由峰A、B、D、M、T、以及V代表)之间的关系是非线性的。等效物本领域的普通技术人员将会认识到、或使用不超出常规实验即能够确定与在此说明的本发明的特定的实施方案的很多等效物。这样的等效物也旨在涵盖于以下的权利要求书中。权利要求1.制造一种糖蛋白产品的一种方法，该方法包括i)提供一个数据库，该数据库将聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数进行关联；ii)提供一种目标的聚糖特性；iii)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合；并且iv)将所选择的生产参数或生产参数的组合应用在一个制造该糖蛋白产品的过程中，由此制造糖蛋白产品。2.制造一种糖蛋白产品的一种方法，该方法包括i)提供一个数据库，该数据库将聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数进行关联；ii)提供一种目标的聚糖特性；iii)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合，其中至少一种所选择的生产参数或生产参数的组合在所述数据库中由一种非线性的或受约束的相关性来代表；并且iv)将所选择的生产参数或生产参数的组合应用在一个制造该糖蛋白产品的过程中，由此制造糖蛋白产品。3.用于制造一种糖蛋白产品的一种方法，该方法包括a)可任选地提供一个选择的生产参数b)提供一种产生系统，它结合了一个选择的生产参数；并且c)将所述系统维持在允许产生该糖蛋白产品的条件之下，由此制造出该糖蛋白产品，其中该选择的生产参数是通过以下步骤认定的i)提供一个数据库，该数据库将聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数进行关联；ii)提供一个目标的聚糖特性；并且iii)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合，其中至少一种所选择的生产参数或生产参数的组合在所述数据库中由一种非线性的或受约束的相关性来代表。4.一种方法，该方法用于设计生产一种糖蛋白产品的过程、或用于选择制造一种糖蛋白产品的过程中的一个要素，该方法包括a)提供一个数据库，该数据库将聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数进行关联；b)提供一种目标的聚糖特性；c)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合，其中至少一种所选择的生产参数或生产参数的组合在所述数据库中由一种非线性的或受约束的相关性来代表；并且d)做出所述选择的过程的一种实体性记忆；由此设计生产糖蛋白产品的一个过程。5.—种监测和/或控制糖蛋白生产的方法，该方法包括a)提供来自用一种预先确定的产生过程制造的一种糖蛋白的一种观察到的聚糖特征；b)提供该观察到的聚糖特征与一个参考值的一种比较；c)如果该观察到的值与该参考值相差超过一个阈水平，通过在此描述的一种方法来选择用于一个生产参数的一个值；并且d)可任选地改变在所述预先确定的产生过程中的生产参数X的值以提供一种被改变的产生过程，其中生产参数X在所述数据库中是由一种非线性的或受约束的相关性来代表由此监测和/或控制糖蛋白的生产。6.—个放置在实体性媒体上的数据库，该数据库包括至少10个记录，其中一个记录包括对于一个生产参数或多个生产参数的一种组合的一个识别符对于一种聚糖特性的一个识别符，以及在该生产参数(或组合)与该聚糖特性之间的一种相关函数，该相关函数使二者相关联，其中该数据库包括至少一种可调的一个一种非线性的相关函数。7.—种系统，包括用于输入一项査询的一个用户界面；用于产生一个查询结果的一个处理器；一个选择器，以便基于一个输入糖蛋白特性选择一个生产参数；以及如权利要求6所述的数据库，其中该系统允许输入一个查询、从该数据库中选择一个生产参数、以及作为一个查询结果输出所选择的参数。8.—种制造糖蛋白产品的方法，该方法包括i)提供一个数据库，该数据库将聚糖的多种特性的每一个作为一个或多个生产参数或生产参数的组合的一种相关函数进行关联；ii)提供一种目标的聚糖特性；iii)从该数据库选择与该目标的聚糖特性相关联的一个或多个生产参数或生产参数的组合；并且iv)将所选择的生产参数或生产参数的组合应用在一个制造该糖蛋白产品的过程中，v)对于在步骤i)至iv)中或其细胞培养株中制出的糖蛋白，针对内毒素含量、无菌状态、支原体含量、渗滤液、宿主(例如CHO)细胞的DNA、或蛋白污染物中的任何一项进行评估；并且Vi)记录该糖蛋白或其细胞培养株的这些处理污染物;由此制造糖蛋白产品。全文摘要本发明提供用于制造具有确定的多种特性的糖蛋白产品的方法、数据库、以及系统。文档编号G06F19/00GK101681396SQ200880016853公开日2010年3月24日申请日期2008年4月15日优先权日2007年4月16日发明者B·E·柯林斯,C·J·鲍斯克斯,D·A·布里克,G·文卡塔拉曼,I·C·帕森斯,L·蒂鲁尼拉坎塔皮拉伊,R·奇拉库鲁,Z·施赖弗申请人:动量制药公司