专利名称：利用增强噬菌体扩增来检测微生物的方法
技术领域：
本发明一般地涉及鉴定微观活生物的领域，并且更特别地涉及使用噬菌体鉴定微 生物。
背景技术：
已建议噬菌体扩增可作为加速微生物鉴定的方法。参见，例如1999年11月16日 授权的美国专利No. 5，985，596以及10月8日授权的No. 6，461，833B1 (二者皆授予Stuart Mark Wilson) ；1989 年 8 月 29 日授予 Ulitzur 等的美国专利 No. 4，861，709 ；1998 年 10 月 20日授予Scherer等的美国专利No. 5，824，468 ； 1997年8月12日授予Jurgensen等的美 国专利 No. 5,656,424 ；2001 年 10 月 9 日授予 Jacobs，Jr.等的美国专利 No. 6，300，061B1 ； 2003 年 4 月 29 日授予 Hiroshi Nakayama 的美国专利 No. 6，555，312B1 ；2003 年 4 月 8 日授 予 Sayler 等的美国专利 No. 6，544，729B2 ；1999 年 3 月 30 日授予 Michael F. Sanders 的美 国专禾Ij No. 5，888，725 ；2002 年 8 月 20 日授予 Adams 等的美国专利 No. 6，436，661B1 ； 1996 年 3 月 12 日授予 Rees 等的美国专利 No. 5，498，525 ；Angelo J. Madonna, Sheila VanCuyk 禾口Kent J. Voorhees,"Detection Of Esherichia Coli Using ImmunomagneticSeparation And Bacteriophage Amplification Coupled WithMatrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time-Of-Flight MassSpectrometry", Wiley InterScience, DOI 10.1002/ rem. 900，2002年12月24日；以及2004年11月11日公开的美国专利申请公开 No. 2004/0224359。噬菌体是自然界中进化的使用细菌作为复制自身之手段的病毒。噬菌 体通过自身附着于细菌并将其遗传物质注入细菌来实现复制自身，这使得其复制出数十至 数千倍的噬菌体。一些称为“裂解性噬菌体”的噬菌体使宿主细菌破裂并将子代噬菌体释放 进入环境以搜寻其它细菌。取决于噬菌体、细菌以及环境条件，亲代噬菌体感染细菌、噬菌 体在细菌中扩增以产生子代噬菌体以及裂解后释放子代噬菌体的总孵育时间可花费少至1 小时。因此，已提出，与传统的基于底物的鉴定相比，使用噬菌体扩增联合噬菌体或噬菌体 标志物测试也许能显著地缩短测定时间。一个被感染细菌可产生IO1 IO4个子代噬菌体， 并且每个噬菌体颗粒可包含IO1 IO3拷贝的衣壳或其它结构蛋白质。因此，如果检测子 代噬菌体、噬菌体核酸或噬菌体蛋白质的方法合适的话，那么从每个被感染细菌得到IO2 IO7倍的信号放大是有可能的。本领域中已知多种方法适于检测，其包括但不限于PCR、质 谱法、基于抗体或适配体的结合测定以及空斑测定。在上述每一种噬菌体扩增方法中，将可能含有靶标细菌的样品与特异性针对该细菌的噬菌体一起孵育。当存在所述细菌时，噬菌体感染并在细菌中复制，导致产生可测量的 表明靶标细菌存在的信号。一些方法通过检测从被感染靶标细菌释放出的子代噬菌体来进 行检测和鉴定。在这种情形中，如果亲代噬菌体没有成功地感染靶标细菌的话，则不会产生 子代噬菌体。还有另一些方法依赖于检测噬菌体复制产物，而非整个子代噬菌体。例如当 萤光素酶报告基因噬菌体成功地感染靶标细菌时会产生萤光素酶。继而，萤光素酶产生光， 如被检测到则表明样品中存在靶标细菌。另一些方法依赖于检测细菌碎片，其在特异性噬菌体成功对靶标细菌进行裂解性感染后释放。还有一些方法依赖于噬菌体附着于细菌的能 力而不利用扩增。为了精确地鉴定靶标细菌，上述每一种基于噬菌体的诊断方法要求噬菌 体兼具针对靶标细菌的高灵敏度和高特异性以避免在非靶标菌株或菌种中复制。发现或开 发具有上述特质的噬菌体是极具挑战性的。因此，尽管已考虑将噬菌体扩增作为检测微生 物的有前景的方法，但是尚未开发出可与常规市售微生物检测方法相竞争的使用噬菌体的 商业可用诊断方法。具有可接受之灵敏度的噬菌体常常缺乏足够的特异性，也就是说它们 与众多非靶标细菌发生交叉反应。这种缺乏可接受之灵敏度和足够之特异性的问题成为使 噬菌体诊断方法商业化中的关键问题。众所周知，在给定的细菌物种内，个体菌株在其对噬菌体毒株的灵敏度方面具有差异；事实上，这种差异化易感性形成了用于鉴定细菌菌株之噬菌体分型方案的基础。尽 管对这种差异化易感性的生化基础还知之甚少，但是已鉴定出一些因子。这包括毒力因子， 其常被发现于细菌染色体内的可移动遗传元件上。熟知的实例有针对中毒性休克综合征的 金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)因子，其由致病个生岛(pathogenicity island) SaPll所编码，在约20%的金黄色葡萄球菌临床分离物中发现。这些致病性岛通过噬菌体 感染宿主细菌而移动，并被包壳(encapsidate)在感染性颗粒中。这种移动和包壳作用的 发生以牺牲感染噬菌体为代价，所述噬菌体的复制可减少100倍(Lindsay等，Molecular Microbiology, 1998，29 2527)。这种减少为任何依赖于噬菌体扩增的测定或方法制造了问 题，因为它使得大部分细菌宿主不能产生大量的噬菌体。因此，仍需要检测微生物的更快更有效的方法，使其同时实现特异性和灵敏性同 时保持高度扩增。发明概述本发明提供了本领域的改进技术，并通过向暴露于噬菌体的样品添加一种或多种 物质来克服上述问题，所述物质增强噬菌体扩增而不会降低特异性或灵敏度。例如，已发现 中毒性休克蛋白以及多种其它金黄色葡萄球菌外蛋白(exoprotein)的表达被培养基中存 在的亚致死浓度的脂肪酸和有关化合物所抑制。我们发现，向培养基添加脂肪酸、经缀合脂 肪酸、脂肪酸酯或脂肪酰胺显著地增强基于噬菌体之测试用于诊断和研究目的的检测、鉴 定和表征细菌宿主的表现和功用。举例来说，我们已表明添加这样的脂肪酸和有关化合物 大大提高噬菌体在差的金黄色葡萄球菌细菌宿主中和好的金黄色葡萄球菌细菌宿主中的 扩增，并且还大大提高存在β-内酰胺抗生素(如头孢西丁(cefoxitin))下培养的甲氧西 林(methicillin)抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株中的噬菌体扩增。另一种已发现可增强噬菌体扩增而不会降低特异性或灵敏度的物质是各种形式 的丙酮酸类，例如丙酮酸和丙酮酸钠。例如，发现向多种金黄色葡萄球菌菌株添加IOmmol/ L(毫摩尔每升)至50mmol/L的丙酮酸钠显著增强噬菌体灵敏度。发现添加12mmol/L至 37mmol/L的丙酮酸钠将这些菌株中的噬菌体灵敏度从约78%提高到87 % 92 %。在 15mmol/L 31mmol/L的浓度范围内，灵敏度增加至90%以上。最优选的浓度为27mmol/L， 在该浓度下的灵敏度与未添加丙酮酸钠时的灵敏度相比提高约15%。类似地，在lOmmol/L 至60mmol/L丙酮酸钠的范围内，噬菌体的平均扩增显著提高。例如平均扩增从未添加丙 酮酸钠时的约92提高至添加约30mmol/L丙酮酸钠时的150。本发明提供了测定待测试样品中靶标微生物存在与否的方法，该方法包括将样品与能够附着于所述靶标微生物的一定量噬菌体相组合以得到暴露于噬菌体的样品；向所 述暴露于噬菌体的样品提供足以允许所述噬菌体感染所述微生物的条件；以及测定该暴露 于噬菌体的样品以检测噬菌体标志物存在与否，从而确定所述靶标微生物存在与否；该方 法的特征在于组合，包括将噬菌体和靶标微生物与增强靶标生物中噬菌体扩增或噬菌体对 靶标微生物之灵敏度的物质相组合。本发明还提供了用于测定待测试样品中靶标微生物存在与否的培养基，该培养基包含噬菌体并且特征在于该培养基包含增强噬菌体在靶标微生物中复制或者增强噬菌体 对靶标生物之灵敏度的物质。优选地，所述微生物是细菌，所述测定包括检测作为样品中存在靶标细菌之指示 的噬菌体标志物。优选地，所述物质抑制细菌毒力因子。优选地，所述毒力因子为中毒性休 克蛋白。优选地，所述物质为脂肪酸化合物。优选地，所述脂肪酸化合物是月桂酸。优选地， 所述物质选自脂肪酸、经缀合脂肪酸、脂肪酸酯和脂肪酰胺。优选地，所述物质包括丙酮酸 类。优选地，所述物质包括丙酮酸钠。优选地，所述方法还包括抑制噬菌体在可能发生交叉 反应的非靶标微生物中复制。优选地，所述抑制包括使用附着于支持物的选择性结合试剂 从样品中选择性地除去可能发生交叉反应的细菌，或者选择性地破坏可能发生交叉反应的 细菌。本发明解决了如下问题增强噬菌体扩增方法的灵敏度，同时维持或增强噬菌体 的选择性。当结合附图阅读以下说明书时，本发明的多种其它的特征、目的和优点将显现出来。
图1表明添加月桂酸提高在差的或限制性的金黄色葡萄球菌宿主上的扩增；图2表明月桂酸提高在许可性金黄色葡萄球菌宿主上的噬菌体扩增；图3表明月桂酸减轻了由头孢西丁在MRSA菌株中引起的噬菌体扩增抑制；图4显示噬菌体灵敏度，表示为百分比对比丙酮酸钠浓度(mmol/L)；以及图5显示噬菌体平均扩增对比丙酮酸钠浓度(mmol/L)。
具体实施例方式本发明涉及使用噬菌体来检测微生物。噬菌体是自然界中进化的使用细菌作为复 制自身之手段的病毒。噬菌体通过自身附着于细菌并将其DNA(或RNA)注入细菌来实现复 制自身，这使得其复制出成百上千倍的噬菌体。这称为“噬菌体扩增”。如本发明背景技术 中所概述地，有许多文献基于如下想法噬菌体扩增可提供指示细菌的标志物，与检测细菌 相比，检测噬菌体扩增可更加容易和快速。允许通过噬菌体标志物测定噬菌体扩增来检测 特定细菌的基本原理是，特定噬菌体仅感染特定细菌。也就是说，噬菌体对细菌来说是特异 性的。因此，如果将特异性针对特定细菌的特定噬菌体引入样品中，并且后来发现所述噬菌 体得以扩增，则对于该噬菌体具有特异性的细菌一定存在于该样品中。以这种方式，现有技 术教导噬菌体扩增可用于鉴定样品中存在的特定细菌。然而，自然界中不存在100%特异性 针对期望检测之单一菌种的噬菌体。此外，自然界中发现的噬菌体也不是对期望检测之细 菌具有100%灵敏度。由于自然界中发现的噬菌体在这些期望特质方面并不完美，因此商业上可用的细菌检测方法比最初希望的要困难得多。本申请公开了增强噬菌体扩增和噬菌体 灵敏度并因此首次使商业可用方法成为可能的系统和方法。如上所概述地，本发明提供了 增强噬菌体扩增而不会降低特异性或灵敏度的物质和方法。事实上，如以下所显示地，本发 明的物质和方法不仅增强扩增还提高灵敏度。在本公开内容中，术语“噬菌体”包括噬菌体、分枝杆菌噬菌体(例如针对结核杆菌(TB)和副结核杆菌(paraTB))、真菌噬菌体(例如针对真菌)、支原体噬菌体，以及任何 其它指可侵入活的细菌、真菌、支原体、原生动物、酵母和其它微观活生物并利用它们复制 自身的病毒的术语。本文中，“微观”是指最大尺寸为一毫米以下。在本公开内容中，噬菌体标志物是可与噬菌体之存在有关的任何生物学元件或有 机元件。不受限制地，其可以是噬菌体本身、掺入噬菌体结构中的脂质、与噬菌体有关的蛋 白质、与噬菌体有关的RNA或DNA或者上述任何物质的任何部分。在本公开内容中，细菌标 志物是当细菌被噬菌体裂解时所释放的任何生物学元件或有机元件，包括细胞壁组分、细 菌核酸、蛋白质、酶、小分子或上述物质的任何部分。在图1和图2中，每个符号(例如12)代表金黄色葡萄球菌的独立临床分离物。将 金黄色葡萄球菌临床分离物在35°下、添加有20%血液的BacTec需氧F/10培养液中培养 至密度为约108cfu/ml。然后，将这些培养物的等分试样以1 250稀释成测试混合物—— 含有噬菌体菌株MP112和MP115(每种107pfu/ml)的胰酶大豆培养液(Tryptic Soy Broth) 以及不同浓度的月桂酸。将所述培养物在35°下培养4小时，然后进行稀释并使用顶部琼 脂法(top agar method)铺板在菌苔上。过夜孵育后，计算板上每种培养物的pfu/ml，并除 以输入pfu/ml以获得图1中所示的扩增值。这些分离物不使用月桂酸的结果显示为15 ；月 桂酸浓度为5μ g/ml的结果显示为19 ；月桂酸浓度为10μ g/ml的结果显示为22 ；月桂酸浓 度为15 μ g/ml的结果显示为26 ；月桂酸浓度为20 μ g/ml的结果显示为29 ；月桂酸浓度为 30 μ g/ml的结果显示为34。在这些浓度中，扩增的平均水平从不含月桂酸的3倍提高到月 桂酸为30 μ g/ml的45倍。扩增的平均水平用每列中的实线表示(例如14)。从先前的实验已知，图1中使用的分离物组合是对噬菌体感染具有抗性的或者在 感染后扩增噬菌体较差。该研究中的28个菌株选自202种作为噬菌体扩增之最差宿主的 临床分离物集合。由于这些菌株代表了集合的 14%，因此有理由相信大多数和全部菌株 为TSS阳性的；月桂酸通过抑制TSS基因表达来增强噬菌体扩增。然而，我们发现月桂酸 (并延伸至其它脂肪酸)通常在几乎所有的测试宿主中促进噬菌体扩增。这一新的结果表 明TSS抑制并未充分解释脂肪酸对噬菌体扩增的作用。月桂酸对好的噬菌体宿主的作用显示在图2中。没有月桂酸时这些分离物的结果 显示为42 ；月桂酸浓度为5 μ g/ml的结果显示为45 ；月桂酸浓度为10 μ g/ml的结果显示为 48 ；月桂酸浓度为15 μ g/ml的结果显示为52 ；月桂酸浓度为20 μ g/ml的结果显示为56 ； 月桂酸浓度为30μ g/ml的结果显示为59。该组中的平均扩增从69倍提高到添加了月桂酸 的高于100倍。扩增的平均水平用每列中的实线表示(例如49)。迄今，超过80%的测试 金黄色葡萄球菌菌株响应于月桂酸刺激而显示噬菌体扩增。如图3所示，月桂酸、其它脂肪酸及其衍生物改善了 β -内酰胺抗生素对甲氧西林 抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)宿主中噬菌体扩增的作用。这一性质增强了基于噬菌体的测 试在检测、分类以及将MRSA与甲氧西林易感的金黄色葡萄球菌(MSSA)进行区分中的表现和功用。在图3中，每个符号代表能够在β -内酰胺抗生素(例如头孢西丁 )存在下生长 的临床MRSA(甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌)分离物。第一列62 (圆圈)表示没有头孢西 丁和月桂酸时利用MRSA菌株的扩增。第二列64(方形)表示添加了头孢西丁的扩增。注 意噬菌体扩增的抑制。第三列66 (菱形)表示添加了月桂酸的扩增。第四列70 (X形)表 示添加了月桂酸和头孢西丁的扩增。这显示月桂酸减轻了头孢西丁对MRSA菌株中噬菌体 扩增的抑制。 正向刺激噬菌体扩增的另一些脂肪酸化合物包括饱和脂肪酸己酸、辛酸、癸酸和 肉豆蔻酸；经缀合脂肪酸甘油单月桂酸酯；以及不饱和脂肪酸油酸和亚油酸。为了本发 明的目的，术语“脂肪酸”应当指所有这类化合物和相关化合物。丙酮酸是联系需氧和厌氧代谢与碳水化合物、脂肪酸和氨基酸合成的代谢化合 物。通过图1-3显示的结果发现，噬菌体扩增对宿主有较高的代谢要求，因此我们推断向噬 菌体宿主生长培养基补充该化合物可刺激噬菌体扩增，导致更好的测定效果。图4和图5 显示培养基中添加丙酮酸钠的效果。图4显示所测量的噬菌体灵敏度曲线80(百分比)对 比丙酮酸钠的浓度(mmol/L)。将一组32个金黄色葡萄球菌菌株培养在经添加的BacTecSA 血液培养基中至对数中期，然后稀释成包含噬菌体和所示浓度丙酮酸钠(mmol/L)的生长 培养基。在35°孵育4小时后，利用标准微生物学方法测试培养物中的噬菌体扩增。若菌 株显示显著扩增(定义为超过输入噬菌体>8倍)，则评定为阳性。灵敏度被定义为阳性菌 株数占所有测试菌株的百分比。从图中可以看出，添加12mmol/L 37mmol/L的丙酮酸钠 使在这些菌株中的噬菌体灵敏度从约78%提高至87% 92%。15mmol/L 31mmol/L的 浓度范围导致灵敏度超过90%。在27mmol/L浓度下的灵敏度与未添加丙酮酸钠时的灵敏 度相比增加了约15%。这些数据表明，向生长培养基补充丙酮酸钠可以显著增强能够扩增 噬菌体之菌株分数。图5显示所测量的平均噬菌体扩增对比丙酮酸钠浓度(mmol/L)的曲线90。当使 用Student's配对t检验进行测试时，丙酮酸类为0mM(毫摩尔)和15或30mM之间的扩增 差异是显著的(P分别为0. 002,0. 005)。从约10mmol/L至60mmol/L的范围内，平均噬菌体 扩增显著增加。例如，平均扩增从未添加丙酮酸钠的约92提高至添加约30mmOl/L丙酮酸 钠的150。这些数据显示向生长培养基添加丙酮酸钠导致噬菌体扩增提高并因而提高基于 噬菌体扩增之测试和测定的表现。增强噬菌体扩增的方法和物质优选地与抑制在可能发生交叉反应的非靶标细菌 中复制的物质和方法联用，并使用此种抑制来提高基于噬菌体之诊断方法的选择性。我们 将在本文中描述三种抑制方法的实施方案1)抑制可能发生可交叉反应之细菌的生长，同 时允许靶标细菌的生长；2)使用附着于某一支持物(例如微粒)的选择性结合剂从样品中 选择性地除去可能发生交叉反应的细菌；以及3)选择性地破坏可能发生交叉反应的细菌。 这些实施方案旨在举例说明，而本发明不限于这些实施方案。本领域技术人员可将具有相 同结果的其它方法纳入考虑之中。可使用常用于微生物学检测的方法来实现对可能发生交叉反应之细菌的抑制。例 如，物质例如氯化钠(高浓度)、多粘菌素B、多粘菌素E、其它多粘菌素以及金属化合物(如 亚碲酸钾)抑制某些凝固酶阴性的葡萄球菌(coagulase negative Staphylococcus,CNS) 的生长，而允许金黄色葡萄球菌的生长。这些化合物还可以显著地抑制或延迟CNS中的噬菌体复制，而最低限度地影响在金黄色葡萄球菌中的复制。使用选择性培养基来差异性地影响噬菌体复制的效率和时序是一种用于提高基于噬菌体之细菌诊断方法特异性的新方 法。除去非靶标细菌可通过使用抗体、选择性针对非靶标细菌的噬菌体或者选择性结合非靶标细菌的其它化合物来实现。对于金黄色葡萄球菌测试来说，除去CNS物种可以是 有利的。将这些化合物与非靶标细菌结合可足以阻断噬菌体与那些阻止成功感染及复制之 细菌的结合。或者，这些化合物可以附着于其它基质，例如微粒、磁珠或固体基质。当与样 品一起孵育时，潜在的非靶标细菌将选择性地结合所述基质。然后，可将基质以物理方式从 样品中移除。分离方法包括对微粒进行离心或者对磁珠应用磁场。选择性地破坏非靶标细菌可通过使用抗细菌化合物来实现，所述抗细菌化合物选 择性地破坏非靶标细菌从而使它们不对噬菌体感染易感，同时使靶标细菌最大程度地不遭 到破坏并且易感于噬菌体感染。这样的化合物包括a)选择性抗生素，和b)选择性地结合 和/或感染可能发生交叉反应之非靶标细菌的噬菌体。后者是用于选择性地感染样品中靶 标细菌之主要噬菌体之外的补充性噬菌体。补充性噬菌体可通过成功感染并裂解非靶标细 菌来破坏非靶标噬菌体，从而使主要噬菌体的噬菌体感染被消除或者显著降低。补充性噬 菌体还可用于通过称作“自外裂解作用(lysis fromwithout)”的过程来破坏非靶标细菌。 “自外裂解作用”是指当成百上千的噬菌体颗粒与细菌细胞壁结合时对细菌的破坏。在本发 明中，可通过向样品中添加高浓度的补充性噬菌体来利用该过程，从而使大量的补充性噬 菌体迅速且选择性地结合可能发生交叉反应的细菌。在大量噬菌体结合的压力下，交叉反 应细菌可发生破裂，被清除，以避免它们成为主要噬菌体进行噬菌体感染的位点。如2007年11月20日提交的国际专利申请No. PCT/US07/085268 (其通过引用并 入本文)中所述，可仅通过使用噬菌体附着于细菌的性质来将噬菌体用于检测细菌，也就 是说，没有扩增步骤。该申请还公开了噬菌体如何可用于测定微生物的抗生素易感性或抗 生素耐药性。本发明还涉及，本文所述的材料和方法还可用于助益于任何上述方法和系统。 本发明的方法和装置可增强用于鉴别微生物和/或测定抗生素耐药性测试或抗生素易感 性的基于噬菌体之许多其它方法和装置。应当理解，附图中所示以及本说明书中所述的特定实施方案是为了举例的目的， 而不应理解为对本发明(描述于以下权利要求中)的限制。例如，既然已发现月桂酸增强 噬菌体扩增，很明显其它相关的物质也可增强噬菌体扩增。举另一个例子，由于有关丙酮酸 类物质的推论已被证明是正确的，本领域技术人员将能够遵循该推论推及其它增强噬菌体 扩增和/或噬菌体灵敏度的物质。此外，很显然，本领域技术人员可以在不背离本发明构思 的前提下对所述特定实施方案进行多种应用和改动。本文中描述了若干个实施例。可使用 等同结构和方法来替代所述各结构和方法；在某些情形中，本发明方法的子方法可以采用 不同的顺序来进行；或者可使用多种不同的材料和元件。因此，本发明应理解为涵盖所述微 生物检测装置和方法中存在和/或具有的每个新特征和新特征组合。
权利要求
测定待测试样品中靶标微生物存在与否的方法，该方法包括将所述样品与能够附着于所述靶标微生物的一定量噬菌体相组合以得到暴露于噬菌体的样品；向所述暴露于噬菌体的样品提供足以允许所述噬菌体感染所述微生物的条件；以及测定所述暴露于噬菌体的样品以检测噬菌体标志物存在与否，从而确定所述靶标微生物存在与否；所述方法的特征在于所述组合包括将所述噬菌体和所述靶标微生物与增强所述靶标生物中噬菌体扩增或针对所述靶标微生物之噬菌体灵敏度的物质相组合。
2.权利要求1的方法，其中所述微生物是细菌，并且所述测定包括检测作为所述样品 中存在所述靶标细菌之指示的所述噬菌体标志物。
3.权利要求1的方法，其中所述物质抑制细菌毒力因子。
4.权利要求3的方法，其中所述毒力因子是中毒性休克蛋白。
5.权利要求1的方法，其中所述物质是脂肪酸化合物。
6.权利要求5的方法，其中所述脂肪酸化合物是月桂酸。
7.权利要求5的方法，其中所述物质选自脂肪酸、经缀合脂肪酸、脂肪酸酯和脂肪酰胺。
8.权利要求1的方法，其中所述物质包含丙酮酸类。
9.权利要求8的方法，其中所述物质包含丙酮酸钠。
10.权利要求1的方法，其还包括抑制噬菌体在可能发生交叉反应的非靶标微生物中复制。
11.权利要求10的方法，其中所述抑制包括使用附着于支持物的选择性结合剂从所述 样品中选择性地除去可能发生交叉反应的细菌。
12.权利要求10的方法，其中所述抑制包括选择性地破坏可能发生交叉反应的细菌。
13.用于测定待测试样品中靶标微生物存在与否的培养基，该培养基包含噬菌体并且 特征在于该培养基包含增强所述噬菌体在所述靶标微生物中复制或者增强噬菌体对所述 靶标生物之灵敏度的物质。
14.权利要求13的培养基，其中所述物质抑制细菌毒力因子。
15.权利要求14的培养基，其中所述毒力因子是中毒性休克蛋白。
16.权利要求13的培养基，其中所述物质是脂肪酸化合物。
17.权利要求16的培养基，其中所述脂肪酸化合物是月桂酸。
18.权利要求16的培养基，其中所述物质选自脂肪酸、经缀合脂肪酸、脂肪酸酯和脂肪 酰胺。
19.权利要求13的培养基，其中所述物质包含丙酮酸类。
20.权利要求19的培养基，其中所述物质包含丙酮酸钠。
全文摘要
测定待测试样品中靶标微生物存在与否的方法，该方法包括将样品与能够附着于所述靶标微生物以得到暴露于噬菌体之样品的一定量噬菌体以及增强噬菌体扩增或灵敏度的物质相组合；向所述暴露于噬菌体的样品提供足以允许所述噬菌体感染所述微生物的条件；以及测定该暴露于噬菌体的样品以检测噬菌体标志物存在与否，从而测定所述靶标微生物存在与否。向所述靶标微生物添加了增强噬菌体扩增(脂肪酸，例如月桂酸)或噬菌体灵敏度(例如丙酮酸类)的物质。
文档编号G01N33/569GK101802615SQ200880024912
公开日2010年8月11日 申请日期2008年6月13日 优先权日2007年6月15日
发明者乔恩·C·里斯, 乔纳森·D·史密斯, 布雷亚纳·C·史密斯, 布雷亚纳·L·德赖林, 杜安·布什, 理查德·普罗克特, 蒂法尼·斯泰因马克, 贝纳德·斯波特曼, 马里亚·伊佐 申请人:小噬菌体公司;布雷亚纳·L·德赖林