基因芯片差别基因识别方法
【专利说明】 基因芯片差别基因识别方法
[0001]
技术领域
[0002]本发明属于分子生物学技术领域以及信息技术领域，本发明涉及一种基因芯片差别基因识别方法，本方法适用于小样本的基因芯片实验设计。
[0003]
【背景技术】
[0004]基因芯片，是指将许多已知序列寡核苷酸或cDNA片段有规律地排列在基片上，将待测的样品与芯片互补配对原则进行杂交。通过荧光检测系统对芯片进行扫描，并配以计算机系统对每一探针上的荧光信号做出检测和比较，可以迅速得出实验结果。基因芯片可以对大量基因的表达水平进行快速、准确、高效地检测，且只需要少量样品。基因芯片技术有效且应用广泛。
[0005]差别基因的识别是基因芯片分析及其重要的步骤。但是实际中，由于基因芯片价格昂贵，样本数量少，这类芯片数据目前的分析方法基本上是经验算法，其敏感性与特异性难以估计，有较大误差。本发明我们提出一种新算法，来对小样本基因芯片产生的差别基因进行筛选。
[0006]
【发明内容】
[0007]本发明的目的在于公开一种基因芯片差别基因识别方法，对小样本基因芯片差别基因进行筛选。
[0008]为此，本发明给出的技术方案为:
步骤1，对芯片基因数据进行归一化处理，得到各芯片基因数据归一化数据D ;
步骤2，获取已知基因序列库L，以及各基因数据归一化表述DL ；
步骤3，设定差异阈值T;
步骤4，将基因芯片中基因和基因库中基因进行比较，获取二者差异DIFF=D-DL ；
步骤5，步骤4中，如果基因芯片中基因和基因库中所有基因的差异DIFF均大于阈值T，则定义为差别基因。
[0009]本方法适用于小样本的基因芯片实验设计，克服了常规方法难以对小样本基因芯片进行差别基因片段的缺陷。
[0010]
【具体实施方式】
[0011]以下结合实施例对本发明技术方案做进一步说明。
[0012]本实施例中采用的本领域的常规方法对芯片数据进行归一化处理，如使用芯片扫描图像处理软件(例如GenePix pro 4.0)获得基因水平的表达值数据。接着对芯片数据进行芯片间的归一化处理。
[0013]实施例1
步骤1，对芯片基因数据进行归一化处理，得到各芯片基因数据归一化数据D ;
本步骤主要用于提取芯片上的基因数据，并对其进行归一化处理，便于后续的对比。比如采用GenePix pro 4.0获得基因水平的表达值数据，接着对芯片数据进行芯片间的归一化处理。
[0014]步骤2,犾取已知基因序列库L ;
这里的基因序列库的获取可以来自于各种公开的方式。另外，这里的基因序列库可以局限在本芯片需要确认的基因中；也可以选取本芯片目的基因所属分类的基因库。原则为能够尽可能的完成基因对比覆盖。并得到库中各基因的归一化数据DL。
[0015]步骤3，设定差异阈值T ;此处的阈值采用设置统一阈值的方式，也可以考虑针对不同基因进行不同的阈值设置。进一步，还可以根据温度等进行调整，加入调整因子k。
[0016]步骤4，将基因芯片中基因和基因库中基因进行比较；将从步骤1中获取的某芯片基因数据和基因库中各基因数据进行对比，得到其差异数据DIFF=D-DL。注意:这里的D是某个芯片基因数据，而DL是某个基因库数据。
[0017]步骤5，如果此芯片基因数据和基因库中各基因的差异DIFF均大于各自阈值，则定义为差别基因。如果设置了不同的阈值和调整因子，则在进行比较时，需要根据不同的条件采用不同的阈值。一个芯片基因数据识别完成后，选取下一个芯片基因数据重复步骤4和5，直到整个芯片数据识别完成。
【主权项】
1.一种基因芯片差别基因识别方法，其特征在于，其特征在于，包括如下步骤: 步骤1，对芯片基因数据进行归一化处理，得到各芯片基因数据归一化数据D ; 步骤2，获取已知基因序列库L，以及各基因数据归一化表述DL ； 步骤3，设定差异阈值T; 步骤4，将基因芯片中基因和基因库中基因进行比较，获取二者差异DIFF=D-DL ； 步骤5，步骤4中，如果基因芯片中基因和基因库中所有基因的差异DIFF均大于阈值T，则定义为差别基因。
【专利摘要】本发明属于在分子生物学技术领域，一种基因芯片差别基因识别方法，其特征在于，包括：对芯片基因数据进行归一化处理，得到各芯片基因数据归一化数据D；获取已知基因序列库L,以及各基因数据归一化表述DL；设定差异阈值T；将基因芯片中基因和基因库中基因进行比较，获取二者差异DIFF=D-DL；步骤4中，如果基因芯片中基因和基因库中所有基因的差异DIFF均大于阈值T，则定义为差别基因。本方法适用于小样本的基因芯片实验设计,克服了常规方法难以对小样本基因芯片进行差别基因片段的缺陷。
【IPC分类】C12Q1/68
【公开号】CN105316400
【申请号】CN201410376287
【发明人】严冰冰, 易雪莲, 邹晓文, 孔祥生
【申请人】晶能生物技术（上海）有限公司
【公开日】2016年2月10日
【申请日】2014年8月3日