专利名称：用于肺癌的诊断、预后和治疗的基于微小rna的方法和组合物的利记博彩app
用于肺癌的诊断、预后和治疗的基于微小RNA的方法和组合物
发明人CarloM. Croce, Nozomu Yanaihara 和 Curtis C. Harris
本申请是申请日为2007年I月3日、申请号为200780006750. 8、发明名称为“用于肺癌的诊断、预后和治疗的基于微小RNA的方法和组合物”的申请的分案申请。
政府资助
本发明全部或部分由来自CCR/NCI/NIH的基金CA76259和校内基金资助，也依照合同号N01-C0-12400由来自NCI/NIH的联邦基金资助。政府具有本发明的某些权利。
发明背景
在世界范围内，肺癌造成比任何其它形式的癌症更多的死亡(Goodman，G. E.， Thorax 57 :994_999 (2 002))。在美国，肺癌是男性和女性癌症死亡的主要原因。在2002年， 肺癌死亡率估计是134，900例。肺癌也是所有欧洲国家癌症死亡的主要原因，肺癌_相关死亡的数目在发展中国家也快速增加。
无论在诊断时的疾病阶段，所有肺癌患者的五年生存率仅是约13%。这与在该疾病仍然在局部时检测出的病例的46%的五年生存率形成对比。但是，在该疾病已经扩散之前，仅16 %的肺癌被发现。早期检测是困难的，因为在该疾病已经达到晚期之前经常观察不到临床症状。目前，使用胸部X线、痰中含有的细胞类型的分析和支气管气道的纤维光学检查来辅助诊断。治疗方案由癌症的类型和阶段决定，包括手术、放疗和/或化疗。尽管对该癌症和其它癌症的治疗进行了大量研究，肺癌仍然难以有效地诊断和治疗。因此，非常需要改进的检测和治疗这些癌症的方法。
Carbone, J. Clin. Oncol. 23 :3219_3226 (2005) ；Granville 和 Dennis, Cell Mol. Biol. 32 :169-176 (2005))。例如，p53和RB/pl6途径中的缺陷是肺癌中常见的。几个其它的基因，例如K-ras，PTEN, ΠΠΤ和MY018B，在肺癌中发生遗传改变，尽管频率更低(Minna 等人，Cancer Cell 1:49-52(2002) ;Sekido 等人，Annu. Rev. Med. 54 :73_87 (2003) ；Yokota 和Kohno，Cancer Sci. 95 197-204(2004)) 尽管对已知的基因和蛋白的关注已经产生了有用的信息，以前未知的肺癌标记也可以导致对肺癌生物学的洞察。
微小RNA(miRNA)是通过与信使RNA(mRNA)靶杂交并引发对它的翻译抑制或较不常见地引起其降解来控制基因表达的一类小的非编码RNA。miRNA的发现和研究已揭示在生物发育和各种细胞过程例如细胞分化、细胞生长和细胞死亡中发挥重要作用的miRNA介导的基因调控机制(Cheng, A. Μ.，等人，Nucleic Acids Res. 33 :1290_1297 (2005))。近年来的研究表明，特定miRNA的异常表达可参与人的疾病,例如神经障碍(Ishizuka, A.，等人， Genes Dev. 16 =2497-2508(2002))和癌症。具体地，已在人慢性淋巴细胞性白血病中发现 miR-16-l 和 / 或 miR-15a 的不当表达(Calin, G. A.，等人,Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 99 15524-15529(2002))。
含有所有已知的人微小RNA的微阵列的开发和应用，已经允许同时分析样品中每种 miRNA 的表达(Liu, C. G.等人，Proc Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101 =9740-9744(2004)) 这些微小RNA微阵列不仅已经用于证实miR-16-l在人CLL细胞中失调，而且用于产生与明确定义的人CLL的临床病理学特征有关的miRNA表达特征(Calin，G. A.等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101 :1175-11760 (2004))。
对在肺癌细胞中差异表达的微小RNA的鉴定，会辅助诊断、预测和治疗肺癌。此外，对这些miRNA的推定靶的鉴定，会辅助解释它们的致病作用。本发明提供了用于肺癌的诊断、预后和治疗的新的方法和组合物。发明内容
本发明部分地基于与肺癌细胞中改变的表达水平有关的特定miRNA的鉴定。
因此，本发明包括诊断受试者是否患有肺癌或处于发生肺癌的风险中的方法。 根据本发明的方法，将受试者的测试样品中至少一种miR基因产物的水平与对照样品中的相应的m i R基因产物的水平相比较。与对照样品中相应的m i R基因产物的水平相比，测试样品中所述miR基因产物的水平的改变(例如增加，降低)，指示着受试者患有肺癌或处于发生肺癌的风险中。在某些实施方案中，所述至少一种miR基因产物选自miR_21， miR-191, miR-126*, miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p，miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-17_3p， miR-124a_l，miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219 -1, miR_106a， miR-197, miR-192, miR-125a_prec，miR-26a_l-prec，miR-146, miR-203, miR-199b_prec， let_7a_2-prec，miR_27b，miR-32, miR-29b_2，miR-220, miR-33, miR-181c_prec，miR-150, miR-101-l，miR-124a-3，miR-125a和let_7f_l。在一个特定的实施方案中，所述至少一种 miR 基因产物选自:miR-21，miR-191，miR-155，miR-210，miR-126* 和 miR-224。在另一个实施方案中，所述至少一种miR基因产物选自miR-21，miR-205和miR-216。在另一个实施方案中，所述肺癌是肺腺癌，且所述至少一种miR基因产物选自miR-21，miR-191, miR-155, miR-210, miR-126*， miR-126, miR-24-2, miR-219-1, miR-95, miR-192-prec, miR-220, miR-216-prec, miR-204-prec, miR-188，miR-198, miR-145 和 miR-224。
使用本领域技术人员众所周知的众多技术(例如，定量或半定量RT_PCR，RNA印迹分析，溶液杂交检测)，可以测量至少一种miR基因产物的水平。在一个具体的实施方案中， 如下测量至少一种miR基因产物的水平从获自受试者的测试样品逆转录RNA，以提供一组靶寡脱氧核苷酸，使所述靶寡脱氧核苷酸与一种或多种miRNA-特异性探针寡核苷酸(例如，包含miRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列)杂交，以提供测试样品的杂交谱，并对比测试样品杂交谱与从对照样品产生的杂交谱。测试样品中至少一种miRNA的信号相对于对照样品的变化指不着受试者患有肺癌或处于发生肺癌的风险中。在一个特定的实施方案中， 所述微阵列包含针对所有已知人miRNA的实质部分的miRNA-特异性探针寡核苷酸。在另一个实施方案中，所述微阵列包含针对选自下述的一种或多种miRNA的miRNA-特异性探针寡核苷酸:miR-21，miR-191，miR-126*，miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p，miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-17_3p， miR-124a_l，miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1, miR_106a， miR-197, miR-192, miR-125a_prec，miR-26a_l-prec，miR-146, miR-203, miR-199b_prec， let_7a_2-prec，miR_27b，miR-32, miR-29b_2，miR-220, miR-33, miR-181c_prec，miR-150, miR-101-1, miR-124a-3，miR_125a和 let_7f_l。
本发明也提供了确定患有肺癌的受试者的预后的方法，其包括测量在来自受试者的测试样品中与肺癌不良预后有关的至少一种miR基因产物的水平。根据这些方法，与对照样品中相应的miR基因产物的水平相比，测试样品中与不良预后有关的miR基因产物的水平的改变，指示着不良预后。在某些实施方案中，所述至少一种miR基因产物选自 miR-155,miR-17_3p, miR_106a, miR-93,let_7a_2，miR-145, let_7b,miR-20 和 miR-21。在一个特定的实施方案中，所述肺癌是肺腺癌，且所述至少一种miR基因产物选自miR-155 和 let_7a_2。
可以如本文所述(例如定量或半_定量RT-PCR，RNA印迹分析，溶液杂交检测，微阵列分析)，测量所述至少一种miR基因产物的水平。与对照样品相比，测试样品中至少一种miRNA的信号的改变，指示着受试者患有不良预后的肺癌或处于发生不良预后的肺癌的风险中。在一个特定的实施方案中，miR-125a、miR-125b-l、miR-224和/或miR-21的信号的改变，指示着受试者患有不良预后的肺癌或处于发生不良预后的肺癌的风险中。在另一个实施方案中，来自患有肺腺癌的受试者的样品中miR-155和/或let-7a-2信号的改变，指示着不良预后。在一个特定实施方案中，所述微阵列包含针对选自下述的一种或多种 miRNA 的 miRNA-特异性探针寡核苷酸miR-21, miR-191, miR-126*, miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p， miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-17_3p，miR-124a_l，miR-2 18-2，miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1, miR-106a, miR-197, miR-192,miR-125a_prec,miR-26a_l-prec, miR-146, miR-203,miR-199b-prec, let_7a_2-prec，miR_27b，miR-32，miR-29b_2，miR-220, miR-33, miR-181c-prec, miR-150, miR-101-1, miR-124a_3, miR_125a 和 let_7f-l。
本发明也包括治疗受试者的肺癌的方法，其中受试者的癌细胞中至少一种miR基因产物失调(例如，减量调节，增量调节)。当至少一种分离的miR基因产物在肺癌细胞中减量调节时，该方法包括，施用有效量的分离的mi R基因产物、或其分离的变体或生物活性片段，从而抑制受试者中癌细胞的增殖。当至少一种分离的miR基因产物在癌细胞中增量调节时，该方法包括，给受试者施用有效量的至少一种用于抑制所述至少一种miR基因产物的表达的化合物，从而抑制肺癌细胞的增殖。
在一个相关实施方案中，治疗受试者的肺癌的方法另外包括下述步骤首先测定受试者肺癌细胞中至少一种miR基因产物的量，并将所述miR基因产物的水平与对照细胞中相应的miR基因产物的水平相对比。如果肺癌细胞中miR基因产物的表达失调(例如， 减量调节，增量调节)，该方法另外包括，改变在肺癌细胞中表达的所述至少一种miR基因产物的量。在一个实施方案中，在癌细胞中表达的miR基因产物的量小于在对照细胞中表达的miR基因产物的量，并将有效量的所述miR基因产物、或其分离的变体或生物活性片段施用给受试者。在另一个实施方案中，在癌细胞中表达的miR基因产物的量大于在对照细胞中表达的miR基因产物的量，并将有效量的至少一种用于抑制所述至少一种miR基因的表达的化合物施用给受试者。
本发明另外提供了用于治疗肺癌的药物组合物。在一个实施方案中，所述药物组合物包含至少一种分离的miR基因产物、或其分离的变体或生物活性片段，和药学上可接受的载体。在一个特定的实施方案中，所述至少一种miR基因产物对应于相对于合适的对照细胞在肺癌细胞中具有降低的表达水平的miR基因产物。在某些实施方案中，所述8CN 102943108 A书明说4/54 页分离的 miR 基因产物选自:miR-126*，miR-143, miR-192, miR-224, miR-126, miR-30a_5p， miR-140, miR-9, miR-124a-l, miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR-125a,miR-26a_l，miR_199b，let_7a_2，miR_27b，miR-32，miR-29b_2，miR-220,miR-33, miR-181c, miR-101-1, miR-124a_3，let_7f_l 和其组合。
在另一个实施方案中，本发明的药物组合物包含至少一种抑制miR表达的化合物。在一个特定的实施方案中，所述至少一种抑制miR表达的化合物对在肺癌细胞中的表达大于对照细胞的mi R基因产物是特异性的。在某些实施方案中，所述抑制miR表达的化合物对一种或多种选自下述的miR基因产物是特异性的miR-21，miR-191, miR-210, miR-155, miR-205, miR-24-2, miR-212, miR-214, miR-17_3p，miR_106a，miR-197, miR-192, miR-146, miR-203, miR-150 和其组合。
本发明也包括鉴定抗肺癌剂的方法，其包括给细胞提供测试试剂，和测量细胞中至少一种miR基因产物的水平。在一个实施方案中，该方法包括，给细胞提供测试试剂，和测量与肺癌细胞中降低的表达水平有关的至少一种miR基因产物的水平。与合适的对照细胞相比，所述细胞中所述miR基因产物的水平的增加，指示着测试试剂是抗肺癌剂。在一个特定的实施方案中，与肺癌细胞中降低的表达水平有关的至少一种miR基因 产物选自 miR-126*，miR-143, miR-192, miR-224, miR-126，miR-30a_5p，miR-140，miR-9，miR-Ι 24a_l， miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR_125a， miR-26a_l， miR_199b，let_7a_2，miR_27b，miR-32，miR-29b_2，miR-220，miR-33，miR-18Ic，miR-101-1， miR-124a-3，let_7f_l 和其组合。
在其它实施方案中，该方法包括，给细胞提供测试试剂，和测量与肺癌细胞中增加的表达水平有关的至少一种miR基因产物的水平。与合适的对照细胞相比，与肺癌细胞中增加的表达水平有关的miR基因产物的水平的降低，指示着测试试剂是抗肺癌剂。在一个特定的实施方案中，与肺癌细胞中增加的表达水平有关的至少一种miR基因产物选自 miR-21, miR-191, miR-210, miR-155, miR-205, miR-24-2, miR-212, miR-214, miR-17_3p， miR-106a, miR-197, miR-192, miR-146, miR-203, miR-150 和其组合。
附图简述
本专利或申请文件含有至少一幅彩色附图。含有彩色附图的本专利或专利申请公开的拷贝将在提出请求并支付必要的费用后由官方提供。
图I显示的图描绘了通过实时RT-PCR分析测得的肺癌(Ca)和非癌(N)组织中人 miR-21 前体(hsa-mir-21 ;上图)、人 miR-126* 前体(hsa-mir-126* ;中图)和人 miR-205 前体(hsa-mir-205 ;下图)的相对表达水平。癌样品是腺癌或鳞状细胞癌(SCC)。进行配对t检验，以确定肺癌组织和非癌肺组织中的表达水平之间的统计学显著性。
图2描述了通过溶液杂交测得的肺癌样品(S卩，腺癌(Adeno)和鳞状细胞癌 (SCC))中 miR-21 (hsa-mir-21)、miR-126* (hsa-mir-126*)和 miR-205 (hsa-mir-205)的成熟miRNA的表达。Ca代表癌性的肺组织，N代表非癌肺组织。5S rRNA用作加样对照。
图3A的树状图描绘了基于代表小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌(NSCLC)的13 个肺癌细胞系的微小RNA表达谱的分级聚类。
图3B描述了与图3A所列出的那些相对应的13个肺癌细胞系(顶部)的miRNA 表达簇视图。根据颜色指示在图右侧列出的不同miRNA的表达水平。蓝色指示低于中值的9表达水平，黑色指示大约与中值相等的表达水平，橙色指示大于中值的表达水平。灰色指示缺少的数据点。
图4是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据hsa-mir_155表达,将其中杂交强度不同于背景的腺癌病例(参见实施例4)分类，并使用时序检验对比存活数据。将平均表达比定义为，平均表达比=肿瘤表达的平均值/非癌组织表达的平均值。将hsa-mir-155 高表达组(即，表达比>平均表达比(I. 42)的组；n = 27)与相应的非癌肺组织相对比。将 hsa-mir-155低表达组(即，表达比<平均表达比(I. 42)的组；n = 28)与相应的非癌肺组织相对比。所述比例代表相对于非癌对照的肺癌样品中的杂交信号强度。
图5是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据hsa-let-7a_2表达，将其中杂交强度不同于背景的腺癌病例(参见实施例4)分类，并使用时序检验对比存活数据。 将平均表达比定义为，平均表达比=肿瘤表达的平均值/非癌组织表达的平均值。将 hsa-let-7a-2高表达组(即，表达比彡平均表达比(O. 95)的组；n = 34)与相应的非癌肺组织相对比。将hsa-let-7a-2低表达组(即，表达比<平均表达比(0.95)的组；η = 18) 与相应的非癌肺组织相对比。
图6是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据前体hsaniR-155表达，将来自一个原始组群的32个腺癌病例分类，并使用时序检验对比存活数据。将平均表达比定义为，平均表达比=肿瘤表达的平均值/非癌组织表达的平均值。将前体hsa-miR-155高表达组(即，·表达比彡平均表达比(I. 19)的组；n = 13)与相应的非癌肺组织相对比。将前体hsa-miR-155低表达组(即，表达比〈平均表达比(I. 19)的组；n = 19)与相应的非癌肺组织相对比。
图7是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据前体hsa-let-7a_2表达，将来自一个原始组群的32个腺癌病例分类，并使用时序检验对比存活数据。将平均表达比定义为，平均表达比=肿瘤表达的平均值/非癌组织表达的平均值。将前体hsa-let-7a-2高表达组(即，表达比彡平均表达比(O. 92)的组；n = 18)与相应的非癌肺组织相对比。将前体hsa-let-7a-2低表达组(即，表达比<平均表达比(0.92)的组；n = 14)与相应的非癌肺组织相对比。
图8是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据前体hsa-let-7a_2表达，将来自一个独立的额外组群的32个腺癌病例分类，并使用时序检验对比存活数据。前体 hsa-mir-155 高表达组(η = 14);前体 hsa-mir-155 低表达组(η = 18)。
图9是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据前体hsa-let-7a_2表达，将来自一个独立的额外组群的32个腺癌病例分类，并使用时序检验对比存活数据。前体 hsa-let-7a-2 高表达组(η = 15);前体 hsa-let_7a_2 低表达组(η = 17)。
图10是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据如通过实时RT-PCR分析所估计的前体hsa-mir-155表达，将来自2个独立组群组合的64个腺癌病例分类。使用时序检验对比存活数据。将平均表达比定义为，平均表达比=肿瘤表达的平均值/非癌组织表达的平均值。将前体hsa-miR-155高表达组(S卩，表达比彡平均表达比(I. 19)的组；n = 27)与相应的非癌肺组织相对比。将前体hsa-miR-155低表达组(S卩，表达比<平均表达比 (I. 19)的组；n = 37)与相应的非癌肺组织相对比。
图11是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲线。根据如通过实时RT-PCR分析所估计的前体hsa-let-7a-2表达，将来自2个独立组群组合的64个腺癌病例分类。使用时序检验对比存活数据。将平均表达比定义为，平均表达比=肿瘤表达的平均值/非癌组织表达的平均值。将前体hsa-let_7a_2高表达组(即，表达比>平均表达比(O. 92)的组；n = 33)与相应的非癌肺组织相对比。将前体hsa-let-7a_2低表达组(即，表达比<平均表达比(O. 92)的组；n = 31)与相应的非癌肺组织相对比。
图12描述了在2个肺癌细胞系(H157，A549)中用5_氮杂_dC和/或TSA处理后 MY018BmRNA的表达，如通过RT-PCR分析所测得的。泳道1，无处理；泳道2，用I. O μ Μ5-氮杂-dC处理72小时；泳道3，用I. O μ MTSA处理24小时；泳道4，用I. O μ Μ5-氮杂_dC处理 72小时，随后用I. O μ M TSA处理24小时。GAPDH表达用作加样对照。
发明详述
本发明部分地基于，与正常的对照细胞相比，在肺癌细胞中具有改变的表达的特定miRNA的鉴定，也基于这些微小RNA与特定诊断、预后和治疗特征的关联。
如本文中互换使用的，"miR基因产物，""微小RNA，" " miR,"或"miRNA" 是指来自miR基因的未加工的或加工过的RNA转录物。由于miR基因产物不翻译成蛋白，术语"miR基因产物"不包括蛋白。未加工的miR基因转录物也称作"miR前体"，通常包 含长度为约70-100个核苷酸的RNA转录物。miR前体可以用RNA酶(例如，Dicer，Argonaut， 或RNA酶III (例如，大肠杆菌RNA酶III))消化加工成有活性的19-25个核苷酸的RNA分子。该有活性的19-25个核苷酸的RNA分子也称作"加工过的"miR基因转录物或"成熟的"miRNA。
所述有活性的19-25个核苷酸的RNA分子可以通过天然加工途径(例如，使用完整细胞或细胞裂解物)或通过合成加工途径(例如，使用分离的加工酶，例如分离的Dicer， Argonaut，或RNA酶III)从miR前体得到。应当理解，所述有活性的19-25个核苷酸的RNA 分子也可以通过生物或化学合成直接生成，不必从miR前体加工。当在本文中用名称提及微小RNA时，该名称对应着前体和成熟形式两者，除非另有说明。
本发明包括诊断受试者是否患有肺癌或处于发生肺癌的风险中的方法，其包括测量来自受试者的测试样品中至少一种miR基因产物的水平，并将测试样品中所述miR基因产物的水平与对照样品中相应的miR基因产物的水平相对比。如本文所用的，“受试者”可以是患有或被怀疑患有肺癌的任意哺乳动物。在一个优选的实施方案中，受试者是患有或被怀疑患有肺癌的人。
所述肺癌可以是任意形式的肺癌，例如，不同组织学的肺癌(例如腺癌，鳞状细胞癌)。此外，所述肺癌可以伴随特定预后(例如低生存率，快速进展)。
表Ia和Ib描述了特定的前体和成熟人微小RNA的核苷酸序列。
表Ia-人微小RNA前体序列。
权利要求
1.诊断受试者是否患有肺癌或处于发生肺癌的风险中的方法，其包括，测量来自所述受试者的测试样品中至少一种miR基因产物的水平，其中与对照样品中相应的miR基因产物的水平相比，测试样品中所述miR基因产物的水平的改变，指示着受试者患有肺癌或处于发生肺癌的风险中。
2.权利要求I的方法，其中所述至少一种miR基因产物选自miR-21，miR-191,miR-126*， miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126,miR-24-2, miR-30a_5p， miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-17_3p， miR-124a_l,miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1， miR-106a, miR-197,miR-192, miR-125a_prec, miR-26a_l-prec, miR-146, miR-203, miR-199b_prec,let-7a-2-prec, miR_27b，miR-32, miR-29b_2，miR-220, miR-33, miR-181c-prec, miR-150,miR-101-1, miR-124a-3, miR_125a 和 let_7f_l。
3.权利要求I的方法，其中所述至少一种miR基因产物选自miR-21，miR-205和miR-216o
4.权利要求I的方法，其中所述至少一种miR基因产物选自miR-21，miR-191,miR-155, miR-210, miR-126*和 miR-224。
5.权利要求I的方法，其中所述肺癌是肺腺癌，且所述至少一种miR基因产物选自miR-21, miR-191, miR-155, miR-210, miR-126*, miR-126, miR-24-2, miR-219-1, miR-95,miR-192-prec, miR-220, miR-216-prec, miR-204-prec, miR-188, miR-198, miR-145 和miR-224。
6.权利要求I的方法，其中所述肺癌是肺鳞状细胞癌，且所述至少一种miR基因产物选自miR-205, miR-224, miR-191, miR-126*, miR-140, miR-210, miR-17_3p，miR_29b，miR-143, miR-203, miR-155, miR-21, miR-214, miR-212, miR-30a_5p 和 miR-197。
7.权利要求I的方法，其中测试样品中所述至少一种miR基因产物的水平小于对照样品中相应的miR基因产物的水平。
8.权利要求I的方法，其中测试样品中所述至少一种miR基因产物的水平大于对照样品中相应的mi R基因产物的水平。
9.确定患有肺癌的受试者的预后的方法，其包括测量来自所述受试者的测试样品中至少一种miR基因产物的水平，其中 所述miR基因产物与肺癌不良预后有关；且 与对照样品中相应的miR基因产物的水平相比，肺测试样品中所述至少一种miR基因产物的水平的改变指示着不良预后。
10.权利要求9的方法，其中所述至少一种miR基因产物选自miR-155，miR-17-3p，miR-106a, miR-93, let_7a_2，miR-145, let_7b, miR-20 和 miR-21。
11.权利要求9的方法，其中所述肺癌是肺腺癌，且所述至少一种miR基因产物选自miR-155 和 let_7a_2。
12.诊断受试者是否患有肺癌或处于发生肺癌的风险中的方法，其包括 (1)从获自受试者的测试样品逆转录RNA，以提供一组靶寡脱氧核苷酸； (2)使所述靶寡脱氧核苷酸与包含miRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列杂交，以提供测试样品的杂交谱；和(3)对比测试样品杂交谱与从对照样品产生的杂交谱， 其中至少一种miRNA的信号的改变指示着受试者患有肺癌或处于发生肺癌的风险中。
13.权利要求13的方法,其中与从对照样品产生的信号相比,至少一种miRNA的信号被减量调节。
14.权利要求13的方法,其中与从对照样品产生的信号相比,至少一种miRNA的信号被增量调节。
15.权利要求13的方法，其中所述微阵列包含针对选自下述的一种或多种miRNA的miRNA-特异性探针寡核苷酸miR-21, miR-191, mi R-126*，miR-210, miR-155, miR-143,miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p， miR-212, miR-140,miR-9, miR-214, miR-17_3p， miR-124a_l， miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198,miR-216-prec，miR-219-1，miR_106a，miR-197，miR-192，miR-125a_prec，miR-26a_l-prec，miR-146，miR-203，miR-199b_prec，let_7a_2-prec，miR_27b，miR-32，miR-29b_2，miR-220，miR-33, miR-181c-prec，miR-150, miR-101-1，miR-124a_3，miR_125a，let_7f_l 和其组合。
16.诊断受试者是否患有不良预后的肺癌或处于发生不良预后的肺癌的风险中的方法，其包括 (1)从获自受试者的测试样品逆转录RNA，以提供一组靶寡脱氧核苷酸； (2)使所述靶寡脱氧核苷酸与包含miRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列杂交，以提供所述测试样品的杂交谱；和 (3)对比测试样品杂交谱与从对照样品产生的杂交谱， 其中信号的改变指示着受试者患有不良预后的肺癌或处于发生不良预后的肺癌的风险中。
17.权利要求16 的方法，其中选自 miR-155，miR-17-3p，miR-106a，miR-93，let_7a_2，miR-145, let-7b,miR-20和miR-21的至少一种miR基因产物的信号的改变，指示着受试者患有不良预后的肺癌或处于发生不良预后的肺癌的风险中。
18.权利要求16的方法，其中所述肺癌是肺腺癌，且选自miR-155和Iet_7a_2的至少一种miR基因产物的信号的改变，指示着受试者患有不良预后的肺癌或处于发生不良预后的肺癌的风险中。
19.权利要求16的方法，其中所述微阵列包含至少一种针对选自下述的miRNA的miRNA-特异性探针寡核苷酸miR-21, miR-191, miR-126*, miR-210, miR-155, miR-143,miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p， miR-212, miR-140,miR-9, miR-214, miR-17_3p， miR-124a_l， miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198,miR-216-prec，miR-219-1，miR_106a，miR-197，miR-192，miR-125a_prec，miR-26a_l-prec，miR-146，miR-203，miR-199b_prec，let_7a_2-prec，miR_27b，miR-32，miR-29b_2，miR-220，miR-33, miR-181c-prec，miR-150, miR-101-1，miR-124a_3，miR_125a，let_7f_l 和其组合。
20.治疗患有肺癌的受试者的肺癌的方法，其中与对照细胞相比，受试者癌细胞中的至少一种miR基因产物被减量调节或增量调节，该方法包括 (I)当癌细胞中的至少一种miR基因产物被减量调节时，给受试者施用有效量的至少一种分离的miR基因产物、或其分离的变体或生物活性片段，条件是，所述miR基因产物不是miR-15a或miR-16-l，从而抑制受试者中癌细胞的增殖；或(2)当癌细胞中的至少一种miR基因产物被增量调节时，给受试者施用有效量的至少一种用于抑制所述至少一种miR基因产物的表达的化合物，从而抑制受试者中癌细胞的增殖。
21.权利要求20的方法，其中步骤(I)中的至少一种分离的miR基因产物选自miR-126*，miR-143,miR-192,miR-224,miR-126,miR-30a_5p，miR-140,miR-9，miR-124a_l,miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR_125a, miR-26a_l,miR-199b, Iet-7a-2,miR-27b,miR-32,miR-29b-2,miR-220,miR-33,miR-181c,miR-101-1,miR-124a-3, let_7f_l 和其组合。
22.权利要求20的方法，其中步骤⑵中的至少一种miR基因产物选自miR_21，miR-191, miR-210, miR-155, miR-205, miR-24-2, miR-212, miR-214, miR-17_3p，miR_106a，miR-197, miR-192, miR-146, miR-203, miR-150 和其组合。
23.治疗受试者的肺癌的方法，其包括 (1)测定与对照细胞相比，肺癌细胞中至少一种miR基因产物的量；和 (2)通过下述方式，改变在肺癌细胞中表达的miR基因产物的量 (i)如果在癌细胞中表达的miR基因产物的量小于在对照细胞中表达的miR基因产物的量，给受试者施用有效量的至少一种分离的miR基因产物、或其分离的变体或生物活性片段，条件是，所述miR基因产物不是miR-15a或miR-16-l ;或 (ii)如果在癌细胞中表达的miR基因产物的量大于在对照细胞中表达的miR基因产物的量，给受试者施用有效量的至少一种用于抑制所述至少一种miR基因产物的表达的化合物。
24.权利要求23的方法，其中步骤(i)中的至少一种分离的miR基因产物选自miR-126*,miR-143,miR-192,miR-224,miR-126,miR-30a_5p，miR-140,miR-9，miR-124a_l,miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR_125a, miR-26a_l,miR-199b, Iet-7a-2, miR-27b, miR-32,miR-29b-2,miR-220,miR-33,miR-181c,miR-101-1,miR-124a-3, let_7f_l 和其组合。
25.权利要求23的方法，其中步骤(ii)中的至少一种miR基因产物选自miR_21，miR-191, miR-210, miR-155, miR-205, miR-24-2, miR-212, miR-214, miR-17_3p，miR_106a，miR-197, miR-192, miR-146, miR-203, miR-150 和其组合。
26.用于治疗肺癌的药物组合物，其包含至少一种分离的miR基因产物、或其分离的变体或生物活性片段，和药学上可接受的载体。
27.权利要求26的药物组合物，其中所述至少一种分离的miR基因产物对应于相对于对照细胞在肺癌细胞中减量调节的miR基因产物。
28.权利要求26的药物组合物，其中所述分离的miR基因产物选自miR_126*，miR-192,miR-224,miR-126,miR-30a-5p,miR-140,miR-9,miR-Ι24a-l,miR-218-2,miR-95,miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR_125a， miR-26a_l， miR_199b， let_7a_2，miR_27b， miR-32, miR-29b_2， miR-220, miR-33, miR_181c， miR-101-1, miR-124a_3，miR-125b-l，let_7f_l 和其组合。
29.用于治疗肺癌的药物组合物，其包含至少一种抑制miR表达的化合物和药学上可接受的载体。
30.权利要求29的药物组合物，其中所述至少一种抑制miR表达的化合物对相对于对照细胞在肺癌细胞中增量调节的miR基因产物是特异性的。
31.权利要求29的药物组合物，其中所述至少一种抑制miR表达的化合物对选自下述的 miR 基因产物是特异性的miR-21, miR-191, miR-210, miR-155, miR-205, miR-24-2， miR-212, miR-214, miR-17_3p，mi R_106a，mi R-197, miR-192, miR-146, miR-203, miR-150 和其组合。
32.鉴定抗肺癌剂的方法，其包括给细胞提供测试试剂，和测量与肺癌细胞中降低的表达水平有关的至少一种miR基因产物的水平，其中与对照细胞相比，所述细胞中所述miR基因产物的水平的增加，指示着测试试剂是抗肺癌剂。
33.权利要求32的方法，其中所述miR基因产物选自miR_126*，miR-143，miR-192， miR-224，miR-126，miR-30a_5p，miR-140，miR-9，miR-124a_l，miR-218-2，miR-95，miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR_125a, miR-26a_l, miR_199b, let_7a_2， miR_27b, miR-32, miR-29b-2, miR-220, miR-33, miR_181c，miR-101-1，miR-124a_3，let_7f_l 和其组八口 ο
34.鉴定抗肺癌剂的方法，其包括给细胞提供测试试剂，和测量与肺癌细胞中增加的表达水平有关的至少一种miR基因产物的水平，其中与对照细胞相比，所述细胞中所述miR基因产物的水平的降低，指示着测试试剂是抗肺癌剂。
35.权利要求34的方法，其中所述miR基因产物选自miR-21，miR-191,miR-210, miR-155, miR-205, miR-24-2, miR-212, miR-214, miR-17_3p，miR_106a，miR-197, miR-192, miR-146, miR-203, miR-150 和其组合。
全文摘要
本发明提供了用于肺癌的诊断、预后和治疗的新的方法和组合物。本发明还提供了鉴定抗肺癌剂的方法。
文档编号A61K48/00GK102943108SQ20121031250
公开日2013年2月27日 申请日期2007年1月3日 优先权日2006年1月5日
发明者C·M·克罗斯, 矢内原望, C·C·哈里斯 申请人:俄亥俄州立大学研究基金会