专利名称：Sparc微环境标签在癌症治疗中的应用的利记博彩app
SPARC微环境标签在癌症治疗中的应用
本申请根据35U. S. C. § 119(e)要求2010年6月3日提交的美国临时申请 No. 61/351，233的优先权效益，其全部内容通过引用并入本文。
发明背景
酸性的富含半胱氨酸的分泌蛋白(也被称作骨粘连蛋白(osteonectin)， BM40或SPARC，在下文中称作“SPARC”)，是一种基质相关的蛋白质，其引起细胞形状的变化，抑制细胞周期进展和影响细胞外基质的合成·(Bradshaw等人，Proc. Nat. Acad. Sc1. USA100:6045-6050 (2003))。鼠 SPARC 基因于 1986 年被克隆(Mason 等人，EMBO J. 5:1465-1472(1986))，全长人 SPARC cDNA 于 1987 年被克隆和测序(Swaroop 等人，Genomics2:37-47 (1988))。SPARC的表达在发育上受到调控，主要在正常发育或应答于损伤而发生重塑的组织中表达。例如，在发育中的骨和牙齿中高水平表达SPARC 蛋白(参见，例如，Lane 等人,FASEB J.，8，163173(1994) ；Yan&Sage, J. Histochem. Cytochem. 47:1495-1505(1999))。
SPARC在几种侵袭性癌症中被上调，但在相应的正常组织中不存在(Porter 等人，J. Histochem. Cytochem. , 43, 791 (1995))。SPARC 的表达在多种肿瘤(例如，膀胱、肝、卵巢、肾、肠和乳腺)中被诱导。例如，在膀胱癌中，SPARC的表达与晚期癌症相关。已显示T2或更晚期的侵袭性膀胱癌相对于Tl期的膀胱瘤(或不那么浅表性的肿瘤)表达更高水平的SPARC和具有更加不良的预后(参见，例如，Yamanaka等人，J. Urology, 166，24952499 (2001))。在脑膜瘤中，SPARC的表达仅与侵袭性肿瘤相关(参见， 例如，Rempel 等人，Clincal Cancer Res. , 5, 237241 (1999)) 也已在 74. 5% 的原位侵袭性乳腺癌损伤(参见，例如，Bellahcene，等人，Am. J. Pathol.，146，95100 (1995))和 54. 2% 的乳腺浸润性导管癌(参见，例如，Kim等人，J. Korean Med. Sc1.，13，652657(1998))中检测到SPARC的表达。SPARC的表达还与乳腺癌的频繁微钙化相关(参见，例如，Bellahcene等人，同上)，这表明SPARC表达可能负责乳腺转移灶对骨的亲和性。
令人惊讶地，还显示SPARC在某些系统中具有抗肿瘤活性。SPARC是一种有力的细胞周期抑制剂，将细胞阻止在G中期(Yan&Sage，J. Histochem. Cytochem. 47:1495-1505 (1999))，并且已显示SPARC的诱导型表达在体外模型系统中抑制乳腺癌细胞的增殖(Dhanesuan 等人，Breast Cancer Res. Treat. 75:73-85 (2002))。类似地，外源SPARC可以以浓度依赖性方式减少HOSE (人卵巢表面上皮)和卵巢癌细胞的增殖。 此外，SPARC诱导卵巢癌细胞的细胞凋亡。已经报道了存在于细胞例如卵巢上皮细胞上的 SPARC受体的另外的证据。已有人提出，SPARC对其受体的结合可能触发介导其肿瘤抑制功能的组织特异性信号转导途径(Yiu等人，Am. J. Pathol. 159:609-622 (2001))。也已报道纯化的SPARC在体内异种移植物模型系统中强烈抑制血管生成和显著减弱神经母细胞瘤的肿瘤生长(Chlenski 等人，Cancer Res. 62:7357-7363 (2002))。
癌症现主要利用三种类型的疗法手术、放射疗法和化学疗法之一或其组合来进行治疗。手术通常仅对于治疗早期的癌症是有效的。对于超过50%的患癌个体，在他们被诊断时，他们不再是有效手术治疗的候选者。放射疗法仅对于患有处于癌症的早期和中期的临床局限性疾病的患者有效，对于具有转移的晚期癌症是无效的。
化学疗法包括细胞复制或细胞代谢的破坏。化学疗法可以是有效的，但存在严重的副作用，例如呕吐、低白细胞(WBC)、脱发、体重减轻和其它毒效应。由于极端的毒副作用， 许多患有癌症的个体不能成功地完成完整的化学治疗方案。化学疗法诱导的副作用明显影响了个体的生活质量并且可显著地影响个体对治疗的顺从性。此外，与化学治疗剂相关的有害副作用通常是此类药物施用时的主要剂量限制性毒性(DLT)。例如，粘膜炎为几种抗癌剂(包括抗代谢物细胞毒性剂5-FU、甲氨蝶呤和抗肿瘤抗生素例如多柔比星)的主要剂量限制性毒性之一。当严重时，这类化学疗法诱导的副作用中的许多副作用可导致住院治疗， 或需要利用镇痛药的治疗以治疗疼痛。一些患癌个体由于差的耐受而死于化疗。抗癌药物的极端副作用是由此类药物的差的靶特异性引起的。药物在个体的大多数正常器官以及目标靶肿瘤中循环。引起副作用的差的靶特异性还降低了化学疗法的功效，因为只有一部分药物被正确靶向。化疗疗法的功效因抗癌药物在靶肿瘤中的差的保留而被进一步降低。
由于癌症的严重性和广泛性，存在对这些疾病和病症的克服手术、化学疗法和放射治疗的缺点的有效治疗的巨大需要。具体地，鉴于与化学疗法相关的严重副作用，需要鉴定将对化学治疗方案产生应答或不应答的肿瘤。
发明概述
本发明提供了“SPARC微环境标签”作为管理具有癌症的动物的工具。所述“SPARC 微环境标签”(SMS)是当以2种抗SPARC抗体染色组织学切片时观察到的免疫染色式样，第一种抗SPARC抗体优先染色肿瘤细胞中的SPARC，第二种抗SPARC抗体优先染色成纤维细胞中的SPARC。为了测定SMS，对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、 神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任意组合进行免疫染色并评分(作为阳性细胞百分率，在给定放大倍数下免疫染色的视野的百分率和/或从0-4的染色强度)。
在一个实施方式中，本发明提供了利用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法， 包括
(a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
(b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
(d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、 成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
(e)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则施用治疗有效量的所述化学治疗方案。在另一个实施方式中，本发明提供了预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括
(a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
(b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(C)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
(d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、 成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
(e)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。
在另一个实施方式中，本发明提供了预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险或死于该肿瘤的低风险的方法，包括
(a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
(b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
(d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、 成纤维细胞、炎性细 胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
(e)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测该肿瘤的进展的低风险或死于该肿瘤的低风险。
本发明还提供了用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的试剂盒，其包含
(a)具有第一抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，和
(b)具有第二抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色。
图1显示了临床试验设计的示意图。
图2显示了新辅助乳腺癌试验(N = 107)中的HER2-阴性患者的结果。图2A显示了无进展生存(progression free survival, PFS),图2B显示了总体生存(OS)(对于该患者群体未达到PFS和OS的中位数)。
图3图示了向其他预后因子中增添SMS风险簇(risk cluster)进一步将具有低风险(O风险因子)、中等风险(I风险因子)和高风险(2风险因子)的肿瘤区分开(就缩短的PFS而言)。
图4图示了向其他预后因子中增添SMS风险簇进一步将具有低风险(O风险因子)、中等风险(I风险因子)和高风险(2风险因子)的肿瘤区分开(就缩短的OS而言)。
发明详述
如本文中所使用的，术语“肿瘤”是指任何赘生性生长、增殖或细胞团，无论是良性还是恶性的(癌性的)，无论是原发部位损伤还是转移灶。
如本文中所使用的，术语“癌症”是指由对正常生长控制已失去易感性的细胞的增殖引起或表征的增殖性障碍。相同组织类型的癌症通常源于相同组织，并且可基于它们的生物学特征而被分成不同亚型。癌症的4个常见类型为癌(上皮组织衍生的)、肉瘤(结缔组织或中胚层衍生的)、白血病(造血组织衍生的)和淋巴瘤(淋巴组织衍生的)。已知 200多种不同类型的癌症，身体的每一个器官和组织可被影响。癌症的一些具体实例(不限制癌症的定义)可包括黑素瘤、白血病、星形细胞瘤、胶质母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、淋巴瘤、神经胶质瘤、何杰金氏淋巴瘤和慢性淋巴细胞性白血病。可被不同癌症影响的器官和组织的实例包括胰腺、乳腺、甲状腺、卵巢、子宫、睾丸、前列腺、甲状腺、垂体、肾上腺、肾、胃、 食道或直肠、头与颈、骨、神经系统、皮肤、血液、鼻咽组织、肺、泌尿道、宫颈、阴道、外分泌腺和内分泌腺。可选择地，癌症可以为多中心的或具有不明原发部位(CUPS)。
如本文中所使用的，“癌细胞”是指已经历转化事件并且其生长的调控不再达到与所述转化事件之前相同的程度的细胞。
如本文中所使用的，“药剂”为可被施用给患者或测试受试者、能够产生效应的组合物。所述效应可以是化学、生物或物理效应，所述患者或测试受试者可以是人或非人动物例如啮齿类动物或转基因小鼠。所述组合物可包括合成制造的、自然界中发现的或部分合成来源的具有不同分子组成的小的有机或无机分子。该组中包括核苷酸、核酸、氨基酸、肽、 多肽、蛋白质或包含这类实体中至少一种的复合物。药剂可由单独的或与药学上可接受的赋形剂组合的有效成分组成。
如本文中所使用的，“药学上可接受的赋形剂”包括生理上相容的任何和所有溶剂、分散介质、包衣、抗菌剂、抗微生物或抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。赋形剂可适合于静脉内、腹膜内、肌内、硬膜内或口服施用。赋形剂可包括无菌含水溶液或分散体，用于即时制备无菌注射液或分散体。这类介质用于制备药剂的用途在本领域是已知的。
如本文中所使用的，药剂的“药理有效量”是指使用以这样的浓度存在的药剂的量所述浓度引起在药物使用期间引起治疗水平的药物递送。这可取决于递送模式、剂量的时期、接受药剂的受试者的年龄、体重、一般健康状况、性别和饮食。确定何种剂量是“药理有效量”需要在本领域普通技术人员的能力之内的常规最优化。基于给定的治疗方案杀死癌细胞或缩小肿瘤大小、降低总癌症生长(即通过减少血管生成)和/或抑制转移的能力， 可将癌症或癌细胞描述为对该治疗方案或化学治疗剂“敏感”或“具有抗性”。对治疗方案有抗性的癌细胞可能对所述方案不应答并且可能继续增殖。对治疗方案敏感的癌细胞可对所述方案有应答，从而导致细胞死亡、肿瘤大小的减小、总体生长(肿瘤负荷)减少或转移的抑制。
如本文中所使用的，“治疗方案”或“疗法”是指施用对癌细胞有害的至少一种试剂。按照本发明使用的适当的治疗方案包括但不限于“化学治疗方案”、“放射治疗方案”、 “替代治疗方案”及其组合。
如本文中所使用的，“化学疗法”是指至少一种有害地破坏癌细胞的化学治疗剂的施用。存在许多临床医生可获得的这类化学治疗剂。可以以单次大剂量(single bolus dose)施用化学治疗剂给受试者，或可以在一段时间内以更小的剂量施用所述化学治疗剂。可使用单一化学治疗剂(单药疗法(single-agent therapy))或可组合使用超过一种试剂 (联合治疗(combination therapy)) 0可单独使用化学疗法来治疗一些类型的癌症。可选择地，可将化学疗法与其它类型的治疗例如本文中描述的放射疗法或替代疗法(例如免疫疗法)组合使用。此外，可将化学增敏剂与化学治疗剂以联合治疗的方式施用。
如本文中所使用的，“化学治疗剂”或“抗癌药”是指可用于治疗癌症并且通常具有直接杀死癌细胞的能力的药剂。化学治疗剂的实例包括烷化剂、抗代谢药、天然产物、激素和拮抗剂以及混杂剂(miscellaneous agents)。备选名称的实例示于括号内。烧化剂的实例包括氮芥例如二氯甲基二乙胺、环磷酰胺、异环磷酰胺、美法仑(L-沙可来新)和苯丁酸氮芥；乙烯亚胺类和甲基蜜胺类例如六甲嘧胺和噻替派；烷基磺酸盐例如白消安；亚硝基脲例如卡莫司汀(BCNU)、司莫司汀(甲基-CCNU)、洛莫司汀(CCNU)和链佐星(链脲霉素)；DNA合成拮抗剂例如磷酸雌莫司汀；和三嗪例如达卡巴嗪(DTIC，二甲基-三azeno咪唑羧酰胺)和替莫唑胺。抗代谢药的实例包括叶酸类似物例如甲氨蝶呤(氨甲蝶呤)；嘧啶类似物例如氟尿嘧啶(5-氟尿嘧啶，5-FU、5FU)、氟尿苷(氟脱氧尿苷，FUdR)、阿糖胞苷 (胞嘧啶阿糖核苷)和吉西他滨；嘌呤类似物例如巯基嘌呤(6-巯基嘌呤，6-MP)、硫鸟嘌呤 (6-硫鸟嘌呤，TG)和喷司他丁(2’_脱氧助间型霉素，脱氧助间型霉素)、克拉屈滨和氟达拉滨；以及拓扑异构酶抑制剂例如安吖啶。天然产物的实例包括长春花生物碱类例如长春碱 (VLB)和长春新碱；紫杉烷类例如紫杉醇和多西他赛(泰索帝)；表鬼白毒素例如依托泊苷和替尼泊苷；喜树碱例如托泊替坎和伊立替康；抗生素例如更生霉素(放线菌素D)、柔红霉素(道诺霉素，红比霉素)、多柔比星、博来霉素、丝裂霉素(丝裂霉素C)、伊达比星、表柔比星；酶例如L-天冬酰胺酶；和生物反应调节剂(biological response modifier)例如干扰素ct和白细胞介素2。激素和拮抗剂的实例包括促黄体释放激素(luteinising releasing hormone)激动剂例如布舍瑞林；肾上腺皮质类固醇例如泼尼松和相关制剂；孕激素例如己酸羟孕酮、醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；雌激素例如二乙基己烯雌酚和炔雌醇以及相关制剂；雌激素拮抗剂例如他莫昔芬和阿那曲唑；雄激素例如丙酸睾酮和氟甲睾酮以及相关制剂；雄激素拮抗剂例如氟他胺和比卡鲁胺；和促性腺激素-释放激素类似物例如亮丙瑞林。混杂剂的实例包括沙立度胺；钼配位络合物例如顺钼(顺-DDP)、奥沙利钼和卡钼；蒽二酮类例如米托蒽醌；取代的脲类例如羟基脲；甲基肼衍生物例如丙卡巴肼(N-甲基肼， MIH);肾上腺皮质抑制剂例如米托坦(O，p’ -DDD)和氨鲁米特；RXR激动剂例如贝沙罗汀； 和酪氨酸激酶抑制剂例如伊马替尼。此类药物的备选名称和商品名称以及化学治疗剂的其它实例和它们的使用方法(包括给药和施用方案)对于本领域普通技术人员来说是已知的。具体地，按照本发明使用的适当的化学治疗剂包括但不限于纳米颗粒白蛋白结合型紫杉醇。
Abraxane ,也称为AB1-007,是一种优选的化学治疗剂。Abraxane 为紫杉醇的白蛋白-纳米颗粒制剂。当利用盐水重建时，使用白蛋白纳米颗粒作为媒介物导致胶体形成。 基于临床研究，已知Abraxane 的使用具有与Taxol 相比较有所减少的超敏反应的特征。 因此，术前用药法(premedication)对于接受Abraxane 的患者不是必需的。
白蛋白-纳米颗粒制剂的其它有利方面是通过排除毒性乳化剂，有可能以比对于 Taxol 可能采用的间隔更频繁的间隔施用更高剂量的紫杉醇。由于(i)更高的可耐受剂量(300mg/m2)、(ii)更长的半衰期、(iii)延长的局部肿瘤可获得性和/或(iv)持续的体内释放Abraxane ,存在实体瘤中看到增强功效的潜能。
阳性应答被定义为包括但不限于病理应答(肿瘤大小或负荷的减小)、总体存活或无进展存活，如由度量方式至少5%，优选至少10%，更优选至少15%，更优选至少20%，最优选至少25%或更多的提高显示的。可选择地，该度量方式显示与无替代疗法或替代疗法之前相比较有统计上显著的量的提高。
阴性应答包括但不限于病理进展、总存活或无进展存活减小。
如本文中所使用的，术语“放射治疗方案”或“放射疗法”是指杀死癌细胞的辐射的施用。辐射与细胞内的各种分子相互作用，但导致细胞死亡的主要靶为脱氧核糖核酸 (DNA)。然而，放射疗法通常还导致对细胞膜和细胞核膜或其它细胞器的损伤。DNA损伤通常包括糖-磷酸主链的单链和双链断裂。此外，存在DNA与蛋白质的交联，这可破坏细胞功能。取决于辐射的类型，DNA损伤的机制可变化，相对生物有效性同样地也可变化。例如， 重粒子(即质子、中子)直接破坏DNA并且具有更大的相对生物有效性。电磁场辐射通过主要由细胞水的电离产生的短寿命羟基自由基导致间接电离作用。辐射的临床应用由外线束福射(来自外部来源)和距离放射疗法(brachytherapy)(使用植入或插入患者的福射源)组成。外线束辐射由X射线和/或Y射线组成，而距离放射疗法应用衰变并且发射α 粒子或β粒子以及Y射线的放射性核。
还可将放射疗法与化学疗法组合使用，其中化学治疗剂用作放射增敏剂。适合于个体患者的放射疗法的具体选择可由进行护理的本领域技术人员通过考虑癌症的组织和分期来确定。
如本文中所使用的，术语“替代治疗方案”或“替代疗法”可包括例如生物反应调节剂(包括多肽、碳水化合物和脂质生物应答调节剂)、毒素、凝集素、抗血管生成因子、受体酪氨酸激酶抑制剂(例如Iressa (吉非替尼)、Tarceva (埃罗替尼)、Erbitux (西妥昔单抗)、伊马替尼甲磺酸盐(Gleevec ))、蛋白体抑制剂(例如硼替佐米，(Velcade ))； VEGFR2抑制剂例如PTK787(ZK222584)、极光激酶抑制剂(例如ΖΜ447439);雷帕霉素的哺乳动物靶(mTOR)抑制剂、环加氧酶-2(C0X-2)抑制剂、雷帕霉素抑制剂(例如西罗莫司，(Rapamune ));法呢酰基转移酶抑制剂(例如替卩比法尼，(Zarnestra ));基质金属蛋白酶抑制剂(例如BAY12-9566 ;硫酸化多糖tecogalan);血管生成抑制剂(例如贝伐单抗(Avastin ));夫马洁林(fumagillin)的类似物例如TNP-4 ;羧胺三唑；BB-94和 BB-2516 ;沙立度胺；白细胞介素-12 ;利诺胺；肽片段；以及针对血管生长因子和血管生长因子受体的抗体)；血小板衍生生长因子受体抑制剂、蛋白激酶C抑制剂、丝裂原活化激酶 (mitogen-activated kinase)抑制剂、丝裂原活化蛋白激酶激酶抑制剂、劳斯肉瘤病毒转化癌基因(SRC)抑制剂、组蛋白脱乙酰基酶抑制剂、小低氧诱导因子抑制剂、hedgehog抑制剂和TGF-β信号转导抑制剂。此外，也可在替代治疗方案中考虑使用免疫治疗剂。实例包括趋化因子、化学趋向素(chemotaxin)、细胞因子、白细胞介素或组织因子。适当的免疫治疗剂还包括含血清或Y球蛋白的预先形成抗体；非特异性免疫刺激佐剂；活性特异性免疫疗法；和过继免疫疗法。此外，替代疗法可包括其它基于生物 学的化学实体，例如多核苷酸， 包括反义分子、多肽、抗体、基因疗法载体等。可将此类替代治疗剂单独或组合或与本文中描述的其它治疗方案组合施用。替代治疗方案中使用的此类试剂的备选名称和商品名称以及替代治疗方案中使用的其它实例和它们的使用方法(包括给药和施用方案)对于本领域医生来说是已知的。此外，在联合疗法的替代治疗方案中使用化学治疗剂和其它试剂的方法(包括给药和施用方案)对于本领域普通技术人员来说也是已知的。
具体地，适当的替代治疗方案包括但不限于针对癌细胞表面上的分子的抗体，例如针对Her2 (例如，曲妥珠单抗)、EGF或EGF受体、VEGF (例如，贝伐珠单抗)或VEGF受体 CD20等的抗体。治疗剂还包括介导补体激活、细胞介导的细胞毒性、诱导细胞凋亡、诱导细胞死亡和调理中的一个项或多项的任何抗体或抗体片段。例如，这样的抗体片段可以是完整或部分Fe结构域。
如本文中所使用的，术语“组织学切片”是指适合用于封固在显微镜载玻片上并且利用任何适当的方案染色的组织样品薄切片。如本文中所使用的，“对组织学切片进行免疫染色”是指因抗体与作为细胞内基质的细胞组分结合而产生的组织学切片的细胞和细胞内基质的染色。如本文中所使用的，为了“显著(predominantly)”或“优先 (preferentially) ”染色某一结构(例如，癌细胞优先于成纤维细胞)，组织学切片中被优先染色的结构的免疫染色应当具有通过病理学家利用任何适当的系统分级的强度，例如当由本领域普通技术人员利用显微镜观察时为3/3，同时所有其它结构染色只具有1/3的强度或显示0/3 (无染色)。
如本文中所使用的，术语“表位”是指被抗体结合的三维结构，特别地被抗体靶向的氨基酸序列。如本文中所使用的，术语“被MAB941单克隆抗体识别的表位”是指被MAB941单克隆抗体结合的SPARC的氨基酸序列。(SPARC单克隆抗体(R&D Systems, Minneapolis, MN),目录号 MAB941)。
如本文中所使用的，“免疫显性表位”是指被多克隆抗血清中的抗体以最大集合亲合力(collective avidity)结合的三维结构。具体地，表位在利用该多克隆抗血清的免疫染色方案中负责染色模式。如本文中所使用的，术语“被AF941多克隆抗体识别的 免疫显性 SPARC表位”是指发现AF941多克隆抗血清对其有最大亲合力的SPARC肽和氨基酸序列。因此，对这类SPARC肽和氨基酸序列的结合和染色导致大部分被观察到的免疫染色。(SPARC 多克隆抗体(R&D Systems, Minneapolis, MN),目录号 AF941)。
表位作图也可使用本领域已知的标准技术来进行。例如，来自"Epitope Mapping, "Chapter11，in Using Antibodies by Ed Harlow and David Lane. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 1999 的程序,其通过引用方式全文并入本文。通过表位作图，可以通过标准技术容易地产生表位特异性抗体。
“抗体”意指但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、二聚体、多聚体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)。抗体可以是鼠、人、人源化、嵌合抗体或来源于其它物种。抗体为由免疫系统产生的蛋白质，其能够识别并且结合特定抗原。靶抗原通常具有被多个抗体上的CDR 识别的多个结合位点，也称为表位。特异性结合不同表位的每一种抗体具有不同的结构。因此，一种抗原具有超过一种相应的抗体。
抗体包括全长免疫球蛋白分子或全长免疫球蛋白分子的免疫学活性部分，即包含免疫特异性结合目标靶的抗原或其部分的抗原结合部位的分子。靶包括癌细胞或产生与自身免疫疾病相关的自身免疫抗体的其它细胞。
本文中公开的免疫球蛋白可以是免疫球蛋白分子的任何类别(例如，IgG、IgE、 IgM、IgD和IgA)或亚类(例如，IgGU IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和IgA2)。免疫球蛋白可来源于任何物种。
“抗体片段”包括全长抗体的一部分，其保持期望的生物活性。“抗体片段”通常为抗原结合部分或其可变区。抗体片段的实例包括Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段；双体；线性抗体；由Fab表达文库产生的片段、抗独特型(抗-1d)抗体、CDR(互补决定区)和任何上述抗体的表位结合片段，其免疫特异性结合癌细胞抗原、病毒抗原或微生物抗原，单链抗体分子；和从抗体片段形成的多特异性抗体。
本文中提及的单克隆抗体明确地包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与源自特定物种的抗体或属于特定抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的其余部分与源自另一物种的抗体或属于另一抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们显示需要的生物活性(美国专利No. 4，816，567)。本文中的目标嵌合抗体包括“灵长类源化的(primatized)”抗体，其包含源自非人灵长类动物 (例如，旧大陆猴或猿猴)的可变结构域抗原结合序列和人恒定区序列。
“抗体依赖性的细胞介导的细胞毒性”和“ADCC”是指细胞介导的反应，其中表达 Fe受体(FcR)的非特异性细胞毒性细胞(例如，天然杀伤(NK)细胞、嗜中性白细胞和巨噬细胞)识别靶细胞上的结合抗体，随后引起靶细胞裂解。介导ADCC的主要细胞即NK细胞仅表达Fe. ￥.1 111，而单核细胞表达？(^1 1、？(^1 11和？(^1 111。为了测定目标分子的 ADCC活性，可以进行体外ADCC测定(美国专利No. 5，003，621 ;美国专利No. 5，821，337)。 用于此类测定的有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。
“诱导细胞死亡”的抗体为引起活细胞变成不存活的抗体。可以在补体和免疫效应细胞不存在的情况下测定体外细胞死亡，以区分由抗体依赖性的细胞介导的细胞毒性 (ADCC)或补体依赖细胞毒性(CDC)诱导的细胞死亡。因此，可以使用热灭活 的血清(即，在补体不存在的情况下)和在免疫效应细胞不存在的情况下进行细胞死亡的测定。为了测定抗体是否能够诱导细胞死亡，可以测定相对于未处理的细胞而言膜完整性的丧失，这可以通过碘化丙啶(PI)、台盼蓝或7AAD的摄取来评价。细胞死亡诱导性抗体是在PI摄取测定中诱导BT474细胞摄取PI的那些抗体。
“诱导细胞凋亡”的抗体是诱导程序性细胞死亡的抗体，如通过膜联蛋白V的结合、 DNA的片段化、细胞皱缩、内质网膨胀、细胞片段化和/或膜囊泡(称作凋亡小体)的形成来测定。
如本文中所使用的，“化学增敏剂”或“致敏物质”为可增强化学治疗剂、放射治疗或替代治疗方案的疗效，从而增强这样的治疗或试剂的功效的药剂。也可在动物例如人或啮齿类动物中通过例如在一段时间内测量肿瘤大小、肿瘤负荷或转移灶的发病率来测量肿瘤或癌细胞对治疗的敏感性或抗性。例如，对于人进行约2、约3、约4或约6个月，对于小鼠进行约2-4、约3-5或约4-6周。如果与在这样的组合物或方法不存在的情况下的治疗敏感性或抗性相比较，治疗敏感性增加或抗性减小达到约10%或更高，例如约30%、约40%、约 50%、约60%、约70%、约80%或更高或约为2倍、约为3倍、约为4倍、约为5倍、约为10倍、 约为15倍、约为20倍或更多，则所述组合物或治疗方法可增加肿瘤或癌细胞对治疗性治疗的反应敏感性。测定对治疗性治疗的敏感性或抗性在本领域是常规的，并且在本领域普通技术人员的能力范围之内。
术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”可互换使用，意指由通过肽键或经修饰的肽键例如肽等排物(peptide isostere)(经修饰的肽键)(其可为肽提供额外的期望的性质例如增加半衰期)共价连接的至少两个氨基酸残基组成的化合物。肽可包括至少两个氨基酸。本文中描述的包含氨基酸的肽或蛋白质还可通过天然过程例如翻译后加工或通过本领域公知的化学修饰技术进行进一步修饰。修饰可在肽中的任何地方发生，包括肽主链、氨基酸侧链和氨基或羧基末端。应理解，相同类型的修饰可以以相同或不同的程度存在于给定肽的若干位置上。
用于确定SPARC微环境标签(SMS)的方法包括利用第一抗SPARC抗体(其中所述第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色)和利用第二抗SPARC抗体(其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色)对肿瘤的组织学切片进行免疫染色。利用两种不同的抗体测定七个组分的SPARC表达肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质(间质)、血管、神经和肿瘤内的其它正常解剖组织。测定每一个视野内染色细胞的百分比、染色强度(0-4)和肿瘤的每个组分的总体评分(因变量)(每患者的总变量-J个组分x2种抗体x3个评分=42个被评分的变量)。
在本发明的所有方法中，可以使用本领域普通技术人员已知的任何适当的方法鉴定合适的抗-SPARC抗体，例如组织微阵列，以测定肿瘤和成纤维细胞SPARC染色的正确分布。可以使用通过本领域已知的标准技术制备的单克隆抗体和多克隆抗体。一种特别优选的抗SPARC抗体是识别被AF941多克隆抗体识别的免疫显性表位的抗体，其可用于优先免疫染色肿瘤细胞。
可使用Beecher Instruments Micro Tissue Array er来建立包含来自选定块的一式二份重复的O. 6-mm核心的组织微阵列。可从完成的阵列块切割4微米厚的切片，将其转移至硅烷化的载玻片上。随后可用苏木精和伊红对来自这些阵列的切片进行染色以估计适合性。微波抗原恢复将载玻片在高压锅(Nordic Ware)中置于IOmM朽1檬酸盐缓冲液 (pH6. O)中，以大功率进行微波加热直至缓冲液在压力下沸腾4分钟。此时，终止微波加热， 将载玻片在高压锅内再温育20分钟，之后将它们取出并漂洗。蛋白酶抗原恢复按照提供商推荐的方案在蛋白酶-1溶液(Ventana)中温育4分钟。
在一个实施方式中，本发明提供了利用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法， 包括
(a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
(b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
(d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、 成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
Ce)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则施用治疗有效量的所述化学治疗方案。
本发明提供了用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的几个示例性的预先确定的SMS。一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的另一个示例性的预先确定的 SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性， 并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的另一个示例性的预先确定的 SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性， 并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的另一个示例性的预先确定的 SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的优选实施方式中，肿瘤是乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个优选实施方式中，肿瘤是乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。在特别优选的实施方式中，肿瘤是Her2阴性乳腺癌，并且化学治疗方案包括术前治疗和术后治疗， 所述术前治疗包 括6个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(nab-Paclitaxel) (175mg/m2)、吉西他滨(2000mg/m2)和表柔比星(50mg/m2)治疗14天，所述术后治疗包括4个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(220mg/m2)+吉西他滨(2000mg/m2)治疗14天。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个特别优选实施方式中，肿瘤是Her2乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性， 并且所述化学治疗方案包括6个周期的(a)在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/ m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；(b)在每一个“28天周期”的第I天，卡钼AUC6 ;(c) 4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗jP(d)5mg/kg/周的贝伐单抗。在这6个周期之后，通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个优选实施方式中，肿瘤是胰腺癌，化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个优选实施方式中，肿瘤是黑素瘤，并且所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
在另一个实施方式中，本发明提供了预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括
(a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
(b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
(d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、 成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
(e)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。
本发明还提供了预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括使用识别AF941多克隆抗体所识别的免疫显性表位的抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，如果所述抗SPARC抗体对组织学切片中的肿瘤细胞有染色，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。具体地，本发明提供了预测肿瘤对化学治疗方案的应答的方法，其中所述化学治疗方案包括施用白蛋白结合型纳米颗粒紫杉醇和吉西他滨。
本发明还提供了预测动物内的肿瘤对化学治疗方案的应答的方法，其中“应答”定义为但不限于病理应答、总体存活或无进展存活。所述方法包括用抗SPARC抗体对所述肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述抗SPARC抗体识别被MAB941单克隆抗体识别的表位，以及如果该抗SPARC抗体对组织学切片中的肿瘤细胞存在染色，则预测对所述化学治疗方案的不良应答。具体地，本发明提供了预测胰腺癌对化学治疗方案的应答的方法，其中所述化学治疗方案包括施用白蛋白结合型纳米颗粒紫杉醇和吉西他滨。
本发明提供了用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的几个示例性的预先确定的SMS。一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的另一个示例性的预先确定的 SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性， 并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
在另一实施方式中，本发明提供了预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法，包括
(a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
(b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(C)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
(d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、 成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
(e)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测进展的低风险。
本发明提供了用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的几个示例性的预先确定的SMS。一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少70% 的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50% 的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。在优选实施方式中，具有该预先确定的SMS的肿瘤是乳腺癌肿瘤。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。在优选实施方式中，具有该预先确定的SMS 的肿瘤是胰腺癌肿瘤。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。在优选实施方式中，具有该预先确定的SMS的肿瘤是黑素瘤。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法的优选实施方式，其中肿瘤是乳腺癌，包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法还可以包括向该动物使用化学治疗方案。在优选实施方式中，所述化学治疗方案包括紫杉醇。
在另一实施方式中，本发明提供了预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的方法，包括
(a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微·环境标签，
(b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(C)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
(d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、 成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
(e)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测该动物具有死于该肿瘤的低风险。
本发明提供了用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的几个示例性的预先确定的SMS。用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的方法的优选实施方式，其中肿瘤是乳腺癌，包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色至少70% 的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50% 的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤(其中所述肿瘤是乳腺癌)的低风险的另一个优选实施方式包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤(其中所述肿瘤是胰腺癌)的低风险的另一个优选实施方式包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤(其中所述肿瘤是黑素瘤)的低风险的另一个优选实施方式包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、 炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、 间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的方法还可以包括向该动物使用化学治疗方案。在优选实施方式中，所述化学治疗方案包括紫杉醇。
本发明还提供了用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的试剂盒，其包含
(a)具有第一抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
(b)具有第二抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色。
本发明的方法包括但不限于这样的实施方式，其中所述肿瘤是下列类型的肿瘤， 例如口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
在本发明的优选实施方式中，所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。在特别优选的实施方式中，肿瘤是乳腺癌。
本发明的任何方法包括，其中所述动物是哺乳动物。更优选地，所述动物是人。
用于本发明的化学治疗方案可以是本领 域技术人员已知的任何合适的方案。优选的化学治疗方案将包括使用紫杉醇治疗。更优选的化学治疗方案将包括使用纳米颗粒白蛋白结合型紫杉醇治疗。另外，本领域技术人员将知道，化学治疗方案可以包括组合治疗。优选的组合包括但不限于，白蛋白结合型紫杉醇、吉西他滨和表柔比星；白蛋白结合型紫杉醇和卡钼；白蛋白结合型紫杉醇和曲妥珠单抗；白蛋白结合型紫杉醇和贝伐单抗。
特别优选的化学治疗方案包括下列任一项
(a)每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他滨， 50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后治疗 14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨,持续4个周期；
(b)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2),每4周内持续3周；或
(C)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡钼(AUC2)，每4周内持续3周。
另一个优选化学治疗方案包括6个周期的(a)在每一个“28天周期”的第1、8、 15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；(b)在每一个“28天周期”的第I天， 卡钼AUC6 ; (c)4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和(d)5mg/kg/周的贝伐单抗。 在这6个周期之后，通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
以下实施例进一步例示了本发明，但是当然不应该被解释为以任何方式限制其范围。
实施例1
本研究的目的是评估肿瘤微环境中哪一种SPARC同种型和功能负责患者的结果， 以及特别地确定SPARC免疫染色的模式与利用纳米颗粒白蛋白结合型(nab)紫杉醇(即， Abraxane )治疗的患者结果之间是否存在相关性。
SPARC是多种肿瘤类型、包括乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肺癌、黑素瘤和头颈癌中的差的预后因子，已经表明其与增加的肿瘤血管生成、侵袭和转移相关。nab-紫杉醇可利用白蛋白运输的内源途径来进入肿瘤细胞，包括内源细胞gp60-白蛋白受体运输和结合由肿瘤分泌的SPARC。头颈癌的初始临床前研究和小型回顾性临床研究表明肿瘤组织内增加的内源SPARC可预测对nab-紫杉醇治疗的有利应答(Desai等人，2009，Trans One. 2，59-64)。
进行了 4个前瞻性研究，以确定SPARC肿瘤免疫染色模式即“SPARC微环境标签”(SMS)是否可区分在利用nab-紫杉醇方案治疗时具有低和高复发风险的患者。
评估了来自这4个临床试验的患者结果(表I)。
表1.提供样品和结果数据的临床试验
权利要求
1.利用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法，包括 Ca)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色， Cd)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色， Ce)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则施用治疗有效量的所述化学治疗方案。
2.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管、和间质对于第二抗体的染色为阳性。
3.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
4.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
5.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
6.权利要求1-5任一项的方法，其中所述肿瘤选自口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
7.权利要求6的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
8.权利要求7的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌。
9.权利要求1-5任一项的方法，其中所述哺乳动物是人。
10.权利要求1-5任一项的方法，其中所述化学治疗方案包括紫杉醇。
11.权利要求10的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
12.权利要求11的方法，其中所述化学治疗方案包括下列任意(a)每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他滨,50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期； (b)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2),每4周内持续3周；或 (c)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡钼(AUC2)，每4周内持续3周。
13.权利要求11的方法，其中所述化学治疗方案包括6个周期的 Ca)在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇； (b)在每一个“28天周期”的第I天，卡钼AUC6； (c)4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和 (d)5mg/kg/周的贝伐单抗； 然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
14.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
15.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
16.权利要求15的方法，其中所述肿瘤是Her2阳性乳腺癌，并且其中所述化学治疗方案包括6个周期的 (a)在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇； (b)在每一个“28天周期”的第I天，卡钼AUC6； (c)4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和 (d)5mg/kg/周的贝伐单抗； 然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
17.权利要求15的方法，其中所述肿瘤是Her2阴性乳腺癌，并且其中所述化学治疗方案包括术前治疗和术后治疗，所述术前治疗包括6个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(175mg/m2)、吉西他滨(2000mg/m2)和表柔比星(50mg/m2)治疗14天,所述术后治疗包括4个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(220mg/m2)+吉西他滨(2000mg/m2)治疗14天。
18.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是胰腺癌，所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
19.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是黑素瘤，并且所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过大约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
20.预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括 Ca)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色， Cd)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤血管和肿瘤间质的染色， Ce)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。
21.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
22.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
23.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
24.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
25.权利要求20-24任一项的方法，其中所述肿瘤选自口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
26.权利要求25的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌或黑素瘤。
27.权利要求20-24任一项的方法，其中所述哺乳动物是人。
28.权利要求27的方法，其中所述化学治疗方案包括紫杉醇。
29.权利要求28的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
30.权利要求29的方法，其中所述化学治疗方案包括下列任意 (a)每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他滨,50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期； (b)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2),每4周内持续3周；或 (c)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡钼(AUC2)，每4周内持续3周。
31.权利要求29的方法，其中所述治疗方案包括6个周期的 (a)在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇； (b)在每一个“28天周期”的第I天，卡钼AUC6； (c)4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和 (d)5mg/kg/周的贝伐单抗； 然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
32.用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的试剂盒，其包含 (a)具有第一抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，和 (b)具有第二抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色。
33.预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法，包括 (a)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色， (d)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和 Ce)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测进展的低风险。
34.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少约70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
35.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性
36.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是胰腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
37.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是黑素瘤并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
38.权利要求33的方法，其中所述肿瘤选自口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
39.权利要求38的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
40.权利要求39的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌。
41.权利要求38的方法，其中所述哺乳动物是人。
42.权利要求38的方法，其中使用包括紫杉醇的化学治疗方案治疗所述哺乳动物。
43.权利要求42的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
44.权利要求43的方法，其中所述化学治疗方案包括下列任意 (a)每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他滨,50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期； (b)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2),每4周内持续3周；或 (c)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡钼(AUC2)，每4周内持续3周。
45.权利要求43的方法，其中所述化学治疗方案包括6个周期的 Ca)在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇； (b)在每一个“28天周期”的第I天，卡钼AUC6； (c)4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和 (d)5mg/kg/周的贝伐单抗； 然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
46.预测具有肿瘤的动物是否具有死于肿瘤的低风险的方法，包括 Ca)制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色， Cd)测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色， Ce)如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测具有死于该肿瘤的低风险。
47.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于约70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
48.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
49.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是胰腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
50.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是黑素瘤并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
51.权利要求46的方法，其中所述肿瘤选自口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
52.权利要求51的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
53.权利要求46-51任一项的方法，其中所述哺乳动物是人。
54.权利要求46的方法，其中使用包括紫杉醇的化学治疗方案治疗所述哺乳动物。
55.权利要求54的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
56.权利要求54的方法,其中所述化学治疗方案包括下列任意 (a)每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他滨,50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期； (b)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2),每4周内持续3周；或 (c)每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡钼(AUC2)，每4周内持续3周。
57.权利要求54的方法，其中所述治疗方案包括6个周期的 Ca)在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇； (b)在每一个“28天周期”的第I天，卡钼AUC6； (c)4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和 (d)5mg/kg/周的贝伐单抗； 然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
全文摘要
本发明提供了用于预测对化学疗法的应答的多参数的基于抗SPARC抗体的技术。
文档编号A61P35/00GK103002905SQ201180034954
公开日2013年3月27日 申请日期2011年6月3日 优先权日2010年6月3日
发明者V·德留, 刘西平, N·德赛 申请人:阿布拉西斯生物科学有限责任公司