专利名称：用于治疗癌症的dna损伤修复抑制剂的利记博彩app
技术领域：
本发明涉及在癌细胞、特别是同源重组(HR)依赖的DNA双链断裂(DSB)修复缺陷 的癌细胞中诱导细胞致死现象。
背景技术：
细胞中DNA损伤的有效修复依赖于感应损伤然后向下游效应子传导损伤信号的 机制，该机制在细胞周期关卡停滞并修复DNA损伤。细胞含有许多不同的信号和效应子途 径，介导不同类型的DNA损伤修复。这些途径包括碱基切除修复(BER)、同源重组(HR)依赖 的DNA双链断裂(DSB)修复、非同源末端连接(NHEJ)、核苷酸切除修复(NER)、碱基切除修 复(BER)和错配修复(MMR)。关于多种DNA修复途径之间的相互作用和相互依赖仍然知之 甚少。发明_既述本发明人发现，例如通过抑制聚ADP核糖聚合酶(PARP)的BER途径的抑制对HR 依赖的DNA DSB修复途径缺陷的那些癌细胞是选择性致死的。这在癌症疾病治疗中具有重
要意义。本发明的一方面提供碱基切除修复途径抑制剂在制造用于治疗个体癌症的药物 中的用途，其中所述癌症是HR依赖的DNA DSB修复活性缺陷的。治疗个体中癌症的方法可以包括给所述个体施用碱基切除修复途径抑制剂，其 中所述癌症是HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷的。癌症可以包含一种或多种癌细胞，相对于正常细胞，所述癌细胞由所述第二个修 复途径修复DNA的能力降低或丧失。HR依赖的DNA DSB修复途径通过同源机制重新形成连续的DNA螺旋而修复DNA 中的双链断裂(DSB) (K. K. Khanna 和 S. P. Jackson, Nat. Genet. 27 (3) :247_254 (2001))。 HR 依赖的 DNA DSB 修复途径组分包括 ATM(NM_000051)、RAD51 (NM_002875)、 RAD51L1 (NM_002877)、RAD51C (NM_002876)、RAD51L3 (NM_002878)、DMCl (NM_007068)、 XRCC2(NM_005431)、 XRCC3(NM_005432)、 RAD52(NM_002879)、 RAD54L(NM_003579)、 RAD54B(NM_012415)、BRCAl (NM_007295)、BRCA2 (NM_000059)、RAD50 (NM_005732)、MRE 11A(NM_005590)和NBSl (NM_002485)。涉及HR依赖的DNA DSB修复途径的其它蛋白质包 括调节因子，例如 EMSY(Hughes-Davies 等，Cell，第 115 卷，第 523-535 页)。碱基切除修复(BER)途径修复DNA单链断裂和缺口，并去除特定的损伤碱基。 聚ADP核糖聚合酶(PARP)和连接酶的相继作用填充DNA螺旋中的缺口。(K. K. Khanna 禾口 S.P.Jackson，Nat. Genet. ,27(3) :247_254 (2001) ；F. Dantzer 等，Biochemistry 39， 7559-692000 J. H. Hoeijmakers, Nature 411 366-74 (2001))。碱基切除修复抑制剂可以抑制碱基切除修复途径的任一个组分。BER途径组分包括UNG (NM_003362)、 SMUGl (NM_014311)、MBD4(NM_003925)、TDG(NM_003211)、OGGl(NM_002542)、 MYH(NM_012222)、NTHLl(NM_002528)、MPG(NM_002434)、NEILl (NM_024608)、 NEIL2 (NM_145043)、NEIL3 (NM_018248)、APEl (NM_001641)、APE2 (NM_014481)、 LIG3 (NM_013975)、XRCCl (NM_006297)、ADPRT (PARPl) (NM_0016718)禾口 ADPRTL2 (PARP2) (NP_005475)。BER抑制剂与DNA损伤剂组合可以用于治疗HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症。 优选以不存在BER抑制剂时对细胞不致死的剂量或制剂使用DNA损伤剂。下文描述了合适 的损伤DNA的化学治疗剂。在一些优选的实施方案中，可以采用哺乳动物酶聚ADP核糖聚合酶(PARP)抑制剂 (D' Amours 等，(1999) Biochem. J. 342 :249_268)。PARP 抑制剂因此可用于治疗 HR 依赖的 DNA DSB修复缺陷的癌症。治疗个体中HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症的方法可以包括给所述个体施用 PARP抑制剂。PARP抑制剂可用于制造治疗个体中癌症的药物，其中所述癌症是HR依赖的DNA DSB修复缺陷的。PARP抑制剂在下文有更加详细的说明。HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症可以包括一种或多种癌细胞或由一种或多种 癌细胞组成，相对于正常细胞，所述癌细胞通过该途径修复DNA DSB的能力降低或丧失，即 所述一种或多种癌细胞中HR依赖的DNADSB修复途径的活性可能降低或丧失。HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症个体的一种或多种癌细胞中，HR依赖的DNA DSB修复途径中一个或多个组分的活性可能丧失。HR依赖的DNA DSB修复途径组分在本领 域已充分表征(见例如Wood等，(2001) Science 291 1284-1289)，并包括上文所列组分。在一些优选的实施方案中，癌细胞可能具有BRCAl和/或BRCA2缺陷表型，即癌 细胞中BRCAl和/或BRCA2活性降低或丧失。具有该表型的癌细胞可能是BRCAl和/或 BRCA2缺陷的，即通过例如编码核酸中的突变或多态性，或通过编码调节因子的基因(例如 编码BRCA2调节因子的EMSY基因)的突变或多态性，可以降低或丧失癌细胞中BRCAl和/ 或BRCA2的表达和/或活性(Hughes-Davies等，Cell，第115卷，第523-535页)。BRCAl和BRCA2是已知的肿瘤抑制因子，其野生型等位基因在杂合体携带者中 常常丢失(Jasin M. Oncogene. 2002Dec 16 ；21 (58) =898I-93 ;Tutt 等，Trends Mol Med. (2002) 8 (12) 571-6)。本领域充分表征了 BRCAl和/或BRCA2突变与乳腺癌的关系(Radice P J Exp Clin Cancer Res. 2002S印；21 (3Suppl) :9_12)。也已知编码 BRCA2 结合因子的 EMSY基因的扩增与乳腺癌和卵巢癌有关。BRCAl和/或BRCA2突变携带者也具有升高的卵巢、前列腺和乙酰癌症危险。在一些实施方案中，个体中的癌症疾病可能先前已经被鉴定为HR依赖的DNA DSB 修复缺陷的癌症。在另一些实施方案中，在此所述的方法可以包括鉴定个体中的癌症疾病为HR依 赖的DNA DSB修复缺陷的步骤。例如，可以通过在从个体获得的样品中的一种或多种癌细胞中测定HR依赖的DNADSB修复途径活性、或通过测定该途径中一个或多个组分的活性，将癌症鉴定为HR依赖的 DNA DSB修复缺陷的癌症。可以相对于正常(例如非癌症)细胞(优选来自相同组织)测 定活性。可以通过测量应答DNA损伤剂或PARP抑制剂而形成核中含有Rad51的聚集点/灶 (foci)而测定HR依赖的DNA DSB修复途径的活性。HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷的细 胞缺乏产生这种聚集点的能力。可以使用标准免疫荧光技术测定Rad51聚集点的存在。测 定HR依赖的DNA DSB修复途径活性的其它方法可以包括对IR、化疗药物例如链内交联剂、 DSB诱导剂(拓扑异构酶I和II)的敏感性，以及使用蛋白质印迹分析、免疫组织学、染色体 异常、酶或DNA结合测定法和基于质粒的测定法。在一些实施方案中，可以通过在来自个体的癌细胞中确定核酸中存在一个或多个 变异(例如多态性或突变)，将癌症鉴定为HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷，所述核酸编码 的多肽是HR依赖的DNA DSB修复途径组分。序列变异(例如突变和多态性)可以包括相对于野生型核苷酸序列的一个或多 个核苷酸的缺失、插入或替代。在一些实施方案中，变异可以是基因扩增，例如EMSY基因 (CAD22881 ；基因符号C110RF30)的扩增。一个或多个变异可以存在于核酸序列的编码或非 编码区内，并可能降低或废除HR依赖的DNA DSB修复途径组分多肽的表达或功能。换言之， 变异核酸可以编码活性降低或丧失的变异多肽，或可以通过例如调节元件活性改变而编码 在细胞内表达很少或不表达的野生型多肽。相对于野生型序列，变异核酸可以具有一个、两 个、三个、四个或更多突变或多态性。可以在测试样品的一种或多种细胞中通过检测包含一个或多个突变或多态性的 编码核酸序列的存在、或通过检测由该核酸序列编码的变异组分多肽的存在，确定编码HR 依赖的DNA DSB修复途径组分的核酸中存在一个或多个变异。可以使用多种方法检测从个体获得的样品中是否存在特定的核酸序列，例如具有 突变或多态性的核酸序列，所述突变或多态性降低或消除了 HR依赖的DNA DSB修复途径组 分的表达或活性。另外，对个体或样品的核酸测序后，可以保留序列信息并随后检索，而无 需借助于原始的核酸本身。因此，例如使用序列分析软件扫描序列信息数据库可以鉴定序 列改变或突变。根据本发明某些方面的方法可以包括测定寡核苷酸探针与从样品获得的核酸 (例如基因组DNA、RNA或cDNA)的结合。探针可以包含与含有一个或多个突变或多态性的 核酸序列特异性结合并且不与不含有一个或多个突变或多态性的核酸序列特异性结合的 核酸序列，或反之。寡核苷酸探针可以包含标记，且可以通过检测标记的存在确定探针的结合。方法可以包括一个或多个(例如两个)寡核苷酸探针或引物与靶核苷酸的杂交。 当核酸是双链DNA时，杂交之前一般将通过变性以产生单链DNA。杂交可以作为PCR程序的 一部分，或作为不涉及PCR的探查程序的一部分。示范程序可以是PCR与低严格性杂交的组合。可以随本领域技术人员之便使用许多技术中的任一技术测量探针与靶核酸(例 如DNA)的结合。例如，探针可以是放射性、荧光或酶标记的。其它不采用探针标记的方法 包括检查限制性片段长度多态性、使用PCR扩增、RNA酶切割和等位基因特异的寡核苷酸探查。探查可以采用标准DNA印迹技术。例如，可以从细胞提取DNA，并以不同的限制酶消化。 然后可以在变性并向硝化纤维素滤膜转移之前，通过琼脂糖凝胶电泳分离限制性片段。可 以使标记的探针与滤膜上的DNA片段杂交并测定结合。本领域技术人员也能为选择性杂交很好地采用适于所需严格性的条件，考虑例如 寡核苷酸长度和碱基组成、温度等因素。对于17至30个碱基的寡核苷酸，合适的选择性杂交条件包括在6 X SSC中于42°C 杂交过夜，并在6X SSC中于42°C至65°C—系列逐渐增加的温度中洗涤。在《Molecular Cloning :a Laboratory Manual》， 第 3 版，Sambrook 禾口 Russell(2001)Cold Spring Harbor Laboratory Press NY 禾口《CurrentProtocols in Molecular Biology》，Ausubel 等编，John Wiley & Sons(1992)中描述了其它合适的条件 和方案。可以对核酸(可以是基因组DNA、RNA或cDNA)或其扩增区域测序以鉴定或确定多 态性或突变的存在。如上所述，可以通过将获得的序列与该组分的数据库序列比较而鉴定 多态性或突变。具体而言，可以确定一个或多个多态性或突变的存在，所述多态性或突变引 起多肽组分功能并因此使HR依赖的DNA DSB修复途径总体上废除或丧失功能。可以使用一系列标准技术中的任一种进行测序。扩增产物的测序可以包括例 如以异丙醇沉淀、重悬并使用TaqFS+染料终止子测序试剂盒(TaqFS+Dye terminator sequencing kit)测序。可以将延伸产物在ABI 377DNA测序仪上电泳，并使用Sequence Navigator软件分析数据。可以方便地采用特定的扩增反应(例如使用一对或多对引物的PCR)扩增核酸序 列内的目的区域，例如怀疑含有突变或多态性的序列部分。然后可以如上对扩增的核酸测 序，和/或以任何其它方法测试以确定是否存在降低或消除HR依赖的DNA DSB修复途径组 分表达或活性的突变或多态性。合适的扩增反应包括聚合酶链反应(PCR)(综述见例如《PCRprotocols =A Guide to Methods and Applications》，Innis等编，1990, Academic Press,New York,Mullis等， Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. ,51 :263, (1987),Ehrlich编，《PCR technology》， Stockton Press, NY, 1989，以及 Ehrlich 等，Science, 252 :1643_1650，(1991))。在一些实施方案中，可以通过评估HR依赖的DNA DSB修复途径组分的正或负调节 因子(例如EMSY)的表达水平或活性，将癌症鉴定为HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷。可 以通过例如蛋白质印迹分析、ELISA、RT-PCR、核酸杂交或染色体组型分析测定表达水平。在一些优选的实施方案中，个体杂合了 BRCAl和/或BRCA2或其调节因子中的 一个或多个变异，例如突变和多态性。检测BRCAl和BRCA2中的变异在本领域广为人知， 并且在例如 EP699754、EP705903、NeuhausenS. L.和 Ostrander E. A. Genet. Test (1992) 1， 75-83 ；Chappnis, P. 0.禾口 Foulkes，W. D. (Cancer Treat Res (2002) 107，29—59) Janatova M等(Neoplasma. 2003 50(4) :246_50 Jancarkova N Ceska Gyneko1. 200368(1) :11_6)中 有所描述。在Hughes-Davies等(Cell，115523-535)中描述了 BRCA2结合因子EMSY扩增 的测定。通过检测变异(例如突变或等位基因变体)多肽的存在，也在蛋白质水平检测了 与癌症有关的突变和多态性。
鉴定个体样品中的癌细胞为HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌细胞的方法可以包 括将样品与针对该途径的变异(例如突变)多肽组分的特异性结合成分接触，并测定特异 性结合成分与样品的结合。该特异性结合成分与样品的结合可能指示样品中细胞内存在HR 依赖的DNA DSB修复途径的变异多肽组分。用于本发明此方面的优选特异性结合分子包括抗体及其片段或衍生物(“抗体分 子”)。可以通过任何适当的方法测定结合成分(例如抗体)对正常和测试样品的反应 性。用加单独的报告分子作为标签是一种可能。报告分子可以直接或间接产生可检测(并 优选可测量的)信号。报告分子的连接可以是直接的或间接的、共价的(例如通过肽键) 或非共价的。通过肽键连接可以是编码结合分子(例如抗体)与报告分子基因融合的重组 表达的结果。测定结合的方式不是本发明的特征，本领域技术人员能够根据其偏好和一般知识 选择合适的方式。癌细胞一般以相对于正常细胞的异常增殖以及在患有癌症疾病的个体中形成簇 或肿瘤为特性。在此所述HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷的癌症疾病可以包括任何类型的实体 癌或恶性淋巴瘤，尤其是白血病、肉瘤、皮肤癌、胆囊癌、乳腺癌、子宫癌、卵巢癌、前列腺癌、 肺癌、结肠直肠癌、子宫颈癌、肝癌、头颈癌、食管癌、胰腺癌、肾癌、胃癌和脑癌。在一些优选 实施方案中，癌症疾病可以是乳腺、卵巢、胰腺或前列腺癌。癌症可以是家族性的或散发性 的。从个体获得的样品可以是包含一种或多种细胞的组织样品，例如上述癌组织、或 例如用作对照的非癌组织活检样品。本发明的方法可用于评估患有癌症疾病的个体，从而例如确定作用的治疗时程。 评估患有癌症疾病的个体的方法可以包括鉴定从个体获得的癌细胞相对于正常细胞为 HR依赖的DNA DSB修复缺陷的，并且提供适于施用于该个体的BER途径抑制剂。 在一些优选实施方案中，BER途径抑制剂是PARP抑制剂。PARP抑制剂在下文有更 详细的描述。评估癌症疾病的方法可以包括鉴定从个体获得的癌细胞相对于正常细胞为 HR依赖的DNA DSB修复缺陷的，并且提供适于施用于该个体的PARP抑制剂。在一些优选实施方案中，鉴定为HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌细胞可以具有 BRCAl或BRCA2缺陷表型。个体可能具有HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症易感体质。本发明的方法和手 段尤其可用于这类个体。个体可以是例如编码HR依赖的DNA DSB修复途径组分的核酸(例如编码上述组 分的核酸)中突变或多态性的杂合体。治疗个体中癌症的方法可以包括给个体施用BER途径抑制剂，其中，所述个体是 编码HR依赖的DNA DSB修复途径组分的基因中突变或多态性的杂合体。BER抑制剂可用于制造治疗个体中癌症的药物，其中所述个体是HR依赖的DNA DSB修复途径的基因中突变的杂合体，而且，在个体癌症治疗中可以使用碱基切除修复抑制 剂，所述个体是编码HR依赖的DNA DSB修复途径组分的基因中突变的杂合体。
在一些优选实施方案中，编码HR依赖的DNA DSB修复途径组分的基因中突变或多 态性的杂合体个体可以是BRCAl和/或BRCA2中突变或多态性的杂合体。适用于在此所述方法的BER抑制剂可以是抑制、降低或消除BER途径一个或多个 组分活性的任何化合物或实体，例如小的有机分子、肽或核酸。在一些优选的实施方案中，BER抑制剂可以降低或消除酶聚ADP核糖聚合酶 (PARP)的活性。除非文中另外指出，此处所用的术语PARP指PARPl (EC 2. 4. 2. 30，Genbank No :M32721)和 / 或 PARP2 (Ame 等，J. Biol. Chem. (1999)27415504-15511 ；Genbank No AJ236912)。已知为PARP抑制剂并可根据本发明使用的化合物的实例包括1.尼克酰胺类(例如5-甲基尼克酰胺和邻-(2-羟基-3-哌啶基-丙基)-3-甲 酸偕胺肟(amidoxime))及其类似物和衍生物。2.苯甲酰胺类，包括3-取代的苯甲酰胺类(例如3-氨基苯甲酰胺、3-羟基苯甲 酰胺、3-亚硝基苯甲酰胺、3-甲氧基苯甲酰胺和3-氯普鲁卡因胺)和4-氨基苯甲酰胺、1， 5_ 二 [(3-氨甲酰基苯基)氨基羰基氧基]戊烷，及其类似物和衍生物。3.异喹啉酮类和二氢异喹啉酮类，包括2H-异喹啉-1-酮类、3H-喹唑啉_4_酮 类、5-取代的二氢异喹啉酮类，例如5-羟基二氢异喹啉酮、5-甲基二氢异喹啉酮、及5-羟 基异喹啉酮、5-氨基异喹啉-1-酮、5- 二羟基异喹啉酮、3，4- 二氢异喹啉-1 (2H)-酮类(例 如3，4- 二氢-5-甲氧基异喹啉-1 (2H)-酮和3，4- 二氢-5-甲基-1 (2H)异喹啉酮)、异喹 啉-1(2H)_酮类、4，5-二氢-咪唑并[4，5，l-ij]喹啉_6_酮、1，6-萘啶_5(6H)_酮类、1， 8-萘二甲酰亚胺类(l，8-naphthalimides)(例如4-氨基_1，8_萘二甲酰亚胺)、异喹啉 酮、3，4_ 二氢-5-[4-l(l-哌啶基)丁氧基]-1(2H)_异喹啉酮、2，3_ 二氢苯并[de]异喹 啉-1-酮、I-Ilb-二氢-[2H]苯并吡喃并[4，3，2-de]异喹啉_3_酮、和四环内酰胺类，包括 苯并吡喃并异喹啉酮类，例如苯并吡喃并[4，3，2-de]异喹啉酮，及其类似物和衍生物。4.苯并咪唑类和吲哚类，包括苯并唑-4-羧酰胺类、苯并咪唑-4-羧酰胺类， 例如2-取代的苯并唑4-羧酰胺类和2-取代的苯并咪唑4-羧酰胺类，例如2-芳基苯 并咪唑4-羧酰胺类和2-环烷基苯并咪唑-4-羧酰胺类，包括2-(4_羟苯基)苯并咪唑 4_羧酰胺、喹喔啉羧酰胺类、咪唑并吡啶羧酰胺类、2-苯基吲哚类、2-取代的苯并^恶唑类， 例如2-苯基苯并唑和2-(3_甲氧基苯基)苯并唑、2-取代的苯并咪唑类，例如2-苯 基苯并咪唑和2-(3_甲氧基苯基)苯并咪唑、1，3，4，5-四氢-氮杂革并[5，4，3-cd]吲 哚-6-酮、氮杂革并吲哚类和氮杂萆并吲哚酮类，例如1，5_ 二氢-氮杂萆.并[4，5，6-cd] 二氢吲哚-6-酮和二氢二氮杂革并吲哚满酮、3-取代的二氢二氮杂革并吲哚满酮类，例如 3-(4-三氟甲基苯基)-二氢二氮杂萆并吲哚满酮、四氢二氮杂萆并吲哚满酮和5，6-二氢 咪唑并[4，5，l-j，k] [1,4]]苯并二氮杂革-7 (4H)-酮、2-苯基-5，6-二氢-咪唑并[4,5, 1-jk] [1,4]苯并二氮杂革-7 (4H)-酮和2，3- 二氢-异吲哚-1-酮，及其类似物和衍生物。5.2,3- 二氮杂萘-1 (2H)-酮类和喹唑啉酮类，例如4_羟基喹唑啉、2，3_ 二氮杂萘 酮、5-甲氧基-4-甲基-l(2)-2，3-二氮杂萘酮类、4-取代的2，3_二氮杂萘酮类、4-(1_哌嗪 基)-1 (2H) -2，3- 二氮杂萘酮、四环苯并吡喃并[4，3，2-de] 2，3- 二氮杂萘酮类和四环茚并[1,2, 3-de]2, 3-二氮杂萘酮类和2-取代的喹唑啉类，例如8-羟基-2-甲基喹唑啉-4-(3H) 酮、三环2，3- 二氮杂萘酮类和2-氨基邻苯二甲酰胼，及其类似物和衍生物。6.异吲哚啉酮类及其类似物和衍生物。7.菲啶类和菲啶酮类，例如5 [H]菲啶-6-酮、取代的5 [H]菲啶_6_酮类、特别是 2-，3_取代的5[H]菲啶-6-酮类和6(5H)菲啶_6_酮类的磺酰胺/羧酰胺衍生物、噻吩并 [2,3-c]异喹诺酮类，例如9-氨基噻吩并[2，3-c]异喹诺酮和9-羟基噻吩并[2，3_c]异 喹诺酮、9-甲氧基噻吩并[2，3-c]异喹诺酮、及N-[6-氧代-5，6- 二氢菲啶-2-基]_2_[N， N-二甲基氨基]乙酰胺、取代的4，9-二氢环戊烷[lmn]菲啶_5_酮类，及其类似物和衍生 物。8.苯并吡喃酮类，例如1，2-苯并吡喃酮、6-亚硝基基苯并吡喃酮、6-亚硝基1， 2-苯并吡喃酮、及5-碘代-6-氨基苯并吡喃酮，及其类似物和衍生物。9.不饱和羟肟酸衍生物，例如邻-(3-哌啶基-2-羟基-1-丙基)烟碱偕胺肟 (nicotinic amidoxime)，及其类似物和衍生物。10.哒嗪类，包括稠合的哒嗪类、及其类似物和衍生物。11.其它化合物，例如咖啡因、茶碱和胸苷、及其类似物和衍生物。在例如US6, 635，642、US5, 587，384、W02003080581、W02003070707、W02003055865、 W02003057145, W02003051879, US6514983, W02003007959, US6426415, W02003007959, W02002094790、W02002068407、US6476048、W02001090077, W02001085687、W02001085686、 W02001079184、W02001057038、W02001023390、W02001021615、W02001016136、 W02001012199.W09524379, Banasik 等，J. Biol. Chem.，267 :3，1569-75 (1992) ,Banasik 等， Molec. Cell. Biochem. 138 185-97(1994)> Cosi (2002)Expert Opin. Ther. Patents 12(7)、 及 Southan 和 Szabo (2003) Curr Med Chem 10321-340 及其中参考文献中描述了其它 PARP 抑制剂。一类优选的适合的PARP抑制剂包括2，3_ 二氮杂萘酮(例如1 (2H) -2，3_ 二氮杂 萘酮)及其衍生物，如W002/36576中所述。具体而言，可使用具有通式
权利要求
1.聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂在制备在治疗个体癌症的方法中使用的药物 中的用途，其中所述癌症是HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷的，其中所述PARP抑制剂选自 尼克酰胺类化合物、非3-氨基苯甲酰胺的苯甲酰胺类化合物、异喹啉酮类化合物、二氢异喹啉酮类化合物、非苯并咪唑_羧酰胺类的苯并咪唑类化合物、非三环内酰胺吲哚类的吲哚类化合物、2，3-二氮杂萘酮类化合物、非喹唑啉-4-[3H]-酮类的喹唑啉酮类化合物、异吲哚啉酮类化合物、菲啶类化合物、非6(5H)菲啶酮的菲啶酮类化合物、 苯并吡喃酮类化合物、 不饱和羟肟酸衍生物、 哒嗪类化合物、 咖啡因、茶碱和胸苷。
2.聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂在制备在治疗个体癌症的方法中使用的药物 中的用途，其中所述癌症是HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷的，其中所述PARP抑制剂选自 尼克酰胺类化合物；苯甲酰胺类化合物，选自3_羟基苯甲酰胺、3-亚硝基苯甲酰胺、3-甲氧基苯甲酰胺和 3-氯普鲁卡因胺、4-氨基苯甲酰胺、1，5_ 二 [(3-氨甲酰基苯基)氨基羰基氧基]戊烷、及 其类似物和衍生物； 异喹啉酮类化合物； 二氢异喹啉酮类化合物；苯并咪唑类化合物和吲哚类化合物，选自苯并^恶唑-4-羧酰胺类、2-环烷基苯并咪 唑-4-羧酰胺类、喹喔啉羧酰胺类、咪唑并吡啶羧酰胺类、2-苯基吲哚类、2-取代的苯并if、 唑类、2-取代的苯并咪唑类、1，3，4，5-四氢-氮杂革并[5，4，3-cd]吲哚_6_酮、氮杂萆并 吲哚类、氮杂萆并吲哚酮类、3-取代的二氢二氮杂萆并吲哚满酮类、四氢二氮杂萆并吲哚 满酮、5，6-二氢咪唑并[4，5，l-j，k] [1,4]]苯并二氮杂萆_7 (4H)-酮、2-苯基-5，6-二氢 咪唑并[4，5，l-jk][l，4]苯并二氮杂革_7 (4H)_酮和2，3-二氢异吲哚-1-酮，及其类似物 和衍生物；2，3-二氮杂萘酮类化合物；喹唑啉酮类化合物，选自4_羟基喹唑啉和2-取代的喹唑啉类、及其类似物和衍生物；异吲哚啉酮类化合物；菲啶类化合物；菲啶酮类化合物，选自取代的5[H]菲啶-6-酮类、噻吩并[2，3-c]异喹诺酮类、 N-[6-氧代-5，6-二氢菲啶-2-基]-2-[N，N-二甲基氨基]乙酰胺、取代的4，9-二氢环戊 烷并[lmn]菲啶-5-酮类；苯并吡喃酮类化合物；不饱和羟肟酸衍生物；哒嗪类化合物；咖啡因；茶碱和胸苷。
3.根据权利要求1或权利要求2的用途，其中所述癌症包含一种或多种癌细胞，所述癌 细胞通过HR修复DNA DSB的能力相对于正常细胞降低或丧失。
4.权利要求1至3之任一项的用途，其中所述方法包括步骤将个体的癌症疾病鉴定 为HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症。
5.权利要求4的用途，其中，通过相对于正常细胞而确定来自个体的癌细胞的HR依赖 的DNA DSB修复活性，将所述癌症鉴定为HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症。
6.根据权利要求5的用途，其中通过测量应答DNA损伤剂或PARP抑制剂在细胞核中含 Rad51灶的形成，确定癌细胞中HR依赖的DNA DSB修复途径的活性。
7.根据权利要求4或权利要求5的用途，其中通过相对于正常细胞而确定来自个体的 癌细胞中HR依赖的DNA DSB修复途径的一种或多种组分的活性，将所述癌症鉴定为HR依 赖的DNA DSB修复缺陷的癌症。
8.根据权利要求4的用途，其中通过确定在来自个体的癌细胞中编码HR依赖的DNA DSB修复途径组分的核酸序列中一个或多个突变或多态性的存在，将所述癌症鉴定为HR依 赖的DSB修复缺陷的癌症。
9.根据权利要求8的用途，其中所述一个或多个突变或多态性导致该HR依赖的DNA DSB修复途径的组分的功能降低或丧失。
10.根据权利要求8的用途，其中所述一个或多个突变或多态性导致该HR依赖的DNA DSB修复途径的组分的表达降低或丧失。
11.根据权利要求1-10之任一项的用途，其中所述癌细胞具有BRCAl或BRCA2缺陷表型。
12.根据权利要求11的用途，其中所述癌细胞是BRCAl或BRCA2缺陷的。
13.根据权利要求12的用途，其中所述癌细胞是BRCAl或BRCA2突变纯合的。
14.根据权利要求1至12中任一项的用途，其中所述个体是编码HR依赖的DNADSB修 复途径组分的基因的突变杂合体。
15.根据权利要求14的用途，其中所述个体是BRCAl和/或BRCA2中的突变的杂合体。
16.根据前述权利要求之任一项的用途，其中所述癌症是乳腺、卵巢、胰腺或前列腺癌。
17.根据前述权利要求之任一项的用途，其中所述PARP抑制剂是2，3_二氮杂 萘-1 (2H)-酮或其类似物或衍生物。
18.根据权利要求1-17之任一项的用途，其中所述药物还包含损伤DNA的化学治疗剂。
19.根据权利要求1-17之任一项的用途，其中所述治疗还包括施用损伤DNA的化学治 疗剂。
20.评估患有癌症疾病的个体的方法，包括鉴定从该个体获得的癌细胞相对于正常细胞是HR依赖的DNA DSB修复途径缺陷的，和 提供适于给该个体施用的PARP抑制剂， 其中，所述PARP抑制剂选自 尼克酰胺类化合物、非3-氨基苯甲酰胺的苯甲酰胺类化合物、异喹啉酮类化合物、二氢异喹啉酮类化合物、非苯并咪唑_羧酰胺类的苯并咪唑类化合物、非三环内酰胺吲哚类的吲哚类化合物、2，3-二氮杂萘酮类化合物、非喹唑啉-4-[3H]-酮类的喹唑啉酮类化合物、异吲哚啉酮类化合物、菲啶类化合物、非6(5H)菲啶酮的菲啶酮类化合物、 苯并吡喃酮类化合物、 不饱和羟肟酸衍生物、 哒嗪类化合物、 咖啡因、茶碱和胸苷。
21.根据权利要求20的方法，其中通过如下方式将癌细胞鉴定为HR依赖的DNADSB修 复缺陷的将PARP抑制剂与从患有该癌症疾病的个体获得的癌细胞样品接触；和 测定该样品中的细胞死亡数量。
22.预测个体中癌症疾病对治疗的反应的方法，其包括将PARP抑制剂与从患有该癌症疾病的个体获得的癌细胞样品接触；和 测定该样品中的细胞死亡数量，其中，所述治疗靶向HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症。
23.权利要求22的方法，其中PARP抑制剂是PARP的肽片段。
24.权利要求22的方法，其中PARP抑制剂是编码PARP的全部或部分氨基酸序列的核 酸，或该核酸的互补物。
25.权利要求22的方法，其中PARP抑制剂选自尼克酰胺类化合物、苯甲酰胺类化合 物、异喹啉酮类化合物、二氢异喹啉酮类化合物、苯并咪唑类化合物、吲哚类化合物、2，3-二 氮杂萘酮类化合物、喹唑啉酮类化合物、异吲哚啉酮类化合物、菲啶类化合物、菲啶酮类化 合物、苯并吡喃酮类化合物、不饱和羟肟酸衍生物、哒嗪类化合物、咖啡因、茶碱和胸苷。
26.权利要求22的方法，其中所述PARP抑制剂是2，3-二氮杂萘_1 (2H)-酮。
27.权利要求22的方法，其包括鉴定所述癌症为HR依赖的DNADSB修复缺陷的癌症。
28.权利要求27的方法，其中所述癌症被鉴定为具有BRCAl或BRCA2缺陷表型。
全文摘要
本发明涉及认同在HR依赖的DNA DSB修复缺陷细胞中碱基切除修复途径的抑制是选择性致死的。在此提供涉及使用靶向碱基切除修复组分(如PARP)的抑制剂来治疗HR依赖的DNA DSB修复缺陷的癌症的方法和手段。
文档编号A61K31/00GK102107008SQ20111003239
公开日2011年6月29日 申请日期2004年11月30日 优先权日2003年12月1日
发明者A·阿什沃斯, G·史密斯, N·马丁, S·杰克逊 申请人:库多斯药物有限公司, 癌症研究所