专利名称：猪甘丙肽样肽基因galp作为猪产仔数性状的遗传标记的利记博彩app
技术领域：
本发明涉及猪遗传标记制备技术领域，具体涉及一种猪甘丙肽样肽基因GALP作为猪产仔数性状的遗标记及应用，它包括甘丙肽样肽基因(galanin-like peptide, GALP)基因突变位点的检测方法与应用。
背景技术：
繁殖是养猪生产过程中的关键一环，该环节成功与否直接影响整个养猪业的经济效益。传统的数量遗传学在指导家畜育种中起到了重要的作用，但是繁殖性状遗传力低、性状表现晚、而且是限性遗传，通过常规选择难以有所进展。因此，繁殖性状改良一般仅依赖于杂交，然而其遗传改良不能固定，还会引入其它品种的劣势。随着现代分子生物学理论和实验技术的发展，大量与繁殖性状有关的分子标记的发现、鉴别和应用，为繁殖性状的遗传改良提供了新的机遇。在明确了太湖猪高产仔数的生理机制后，将与下丘脑-垂体-性腺轴有关的激素及其受体基因、激活素和抑制素等基因作为产仔数性状的候选基因。最初一个候选基因是雌激素受体(ESR)基因(Rothschild et al.A major gene for litter size in pigs.Proc 5th World Congr Genet Appl Livest Prod, Guelph, Canada,1994,21:225-228),后又将目光集中到视黄酸受体Y基因、视黄酸结合蛋白4基因、褪黑激素受体IAOnelatoninreceptor IA,MTNRIA)基因及促乳素受:体(prolactin receptor,PRLR)基因上来。我国李宁等通过候选基因法，在促卵泡素β亚基(FSH-β)基因上发现有益等位基因可控制2.0头/窝的总产仔数和1.5头/窝的产活仔数(Li et al.Candidate gene analysis foridentification of genetic loci controlling litter size in swine.Proc 6th WorldCongr Genet Appl Livest Prod, Armidale, Australia, 1998, 26:183-186) 这表明控制猪产仔数性状的主效 基因或许不止一个。猪甘丙素样肽(galanin-like peptide,简称GALP)是一种从猪下丘脑分离得到的由60个氨基酸组成的新型神经多肽，其第9-21个氨基酸顺序与甘丙素前13个氨基酸序列完全一致(Ohtaki T et al.1solation and cDNA cloning of a novel galanin-likepeptide (GALP)from porcine hypothalamus.J Biol Chem，1999，274:37041-37045)。Cunningham 等(2002.Galanin-like peptide (GALP)as a potential regulator ofpituitary hormone secretion.Soc Neurosci, 27:1370)研究指出，GALP 能直接作用于GnRH的分泌从而实现对LH(促黄体素)的调节。Fraley等(2004.Stimulation of sexualbehavior in the male rat by galanilike peptide(GALP).Hormones and Behavior,2004,46:551-557)报道称，注射GALP能增加无论是性腺完整还是去势的雄大鼠的性行为，表明GALP对繁殖的调节也包括对性行为的调节。Kauffman等(2005.Effects ofgalanin-like peptide(GALP)on locomotion,reproduction,and body weight in femaleand male mice.Horm Behav, 48:141-151)也指出 GALP 能激活 GnRH-1 能神经兀而增加小鼠脊椎前凸行为(一种表现接受交配的性行为表现)。此外，在我们前期研究中GALP基因在大白猪和中国二花脸猪排卵前卵泡中差异表达(Sun et al.Microarray profilingfor differential gene expression in PMSG—hCG stimulated preovulatory ovarianfollicles of Chinese Taihu and Large White sows.BMC Genomics,2011,12(I):111)。因此我们将GALP基因作为猪产仔数性状候选基因，研究该基因多态性，并与产仔数性状进行关联分析，为产仔数性状改良提供新的标记。
发明内容
本发明的目的在于获得一种猪产仔数性状的遗传标记，克隆猪GALP基因序列，寻找突变位点以及基因多态性的检测方法，为猪产仔数性状的标记辅助提供一种选择方法。本发明的技术方案如下:本发明获得了一种猪产仔数性状的遗传标记，它是大白猪、太湖猪GALP基因序列，其核苷酸序列如序列表 SEQ ID N0.USEQ ID N0.2,SEQ ID N0.3,SEQ ID N0.4、SEQ IDN0.5和SEQ ID N0.6 ;通过上述序列进行ClustalW比对提供了位于该扩增片段1157碱基处存在I个C/G突变(如图1所示)，导致PCR-Hha1-RFLP多态性。申请人:设计了一种扩增猪GALP基因序列的引物对，其核苷酸序列如SEQ ID N0.7和 SEQ ID N0.8 所示。申请人:提供了一种筛选猪产仔数性状的遗传标记的方法，按照以下步骤:从猪血液中提取基因组DNA。登录Ensembl上猪GALP基因序列，并以此作为靶序列，设计特异引物(该引物的序列如序列表SEQ ID N0.7和SEQ ID N0.8所示)。以大白猪和太湖猪的基因组DNA为模板进行扩增，对PCR产物回收和克隆测序，得到如序列表SEQID N0.1-6所示的基因片段(即图4所示的6个基因片段，但图4显示在1157位突变后的等位基因有差异:在有些品种个体上该突变是“C”，在有些品种个体上该突变是“G”)；进而进行序列Clustalw比对，筛查S NP(如图1所示)，在该序列的1157碱基处(即该基因第3外显子116bp处)发现C/G等位基因突变，引起了 HhaI酶切位点(GCG丨C)多态性。该突变位于3’非翻译区，因此不会导致氨基酸改变。以猪GALP基因1368bp的DNA片段SEQ ID N0.1-SEQ ID N0.6序列为靶序列，设计引物，该引物的序列如序列表SEQ ID N0.9和SEQ ID N0.10所示。扩增区域包括猪GALP基因第2外显子的396bp的基因组核苷酸序列(如图2所示)，然后进行HhaI酶切，SNP位点检测如图3所示。本发明提供了鉴定上述序列C/G变异的HhaI_RFLP(限制性内切酶酶切片段长度多态性)基因型分型方法。其引物序列分别如序列表SEQ ID N0.9和SEQ ID N0.10所示，在猪基因组DNA中进行PCR扩增，PCR扩增片段HhaI酶切分型及检测。进一步，本发明提供了利用Hha1-RFLP方法确定猪不同基因型个体与产仔数性状间的关联分析的应用。更详细的发明方案见《具体实施方式
》所述。
序列表SEQ ID N0.1:是扩增的中国血缘猪种“梅山猪个体I”的核苷酸序列。序列表SEQ ID N0.2:是扩增的中国血缘猪种“梅山猪个体2”的核苷酸序列。
序列表SEQ ID N0.3:是扩增的中国血缘猪种“梅山猪个体3”的核苷酸序列。序列表SEQ ID N0.4:是扩增的国外血缘猪种“大白猪个体I”的核苷酸序列。序列表SEQ ID N0.5:是扩增的国外血缘猪种“大白猪个体2”的核苷酸序列。序列表SEQ ID N0.6:是扩增的国外血缘猪种“大白猪个体3”的核苷酸序列。序列表SEQ ID N0.7:是制备SEQ ID N0.1-SEQ ID N0.6特异基因片段所用的正向引物。序列表SEQ ID N0.8:是制备SEQ ID N0.1-SEQ ID N0.6特异基因片段所用的反向引物。 序列表SEQ ID N0.9:是实施猪GALP基因第3外显子C/G变异Hha1-RFLP (限制性内切酶酶切片段长度多态性)基因型分型方法的正向引物。序列表SEQ ID N0.10:是实施猪GALP基因第3外显子C/G变异Hha1-RFLP (限制性内切酶酶切片段长度多态性)基因型分型方法的反向引物。图1:是大白猪和太湖猪GALP基因序列片段比对结果和SNP位点。图中:*代表该列的碱基是相同的。图2:是包括猪GALP基因序列片段琼脂糖凝胶电泳图谱。琼脂糖凝胶浓度为1.0%;图中:M泳道为DNA Marker DL2, 000 ;泳道 为序列表SEQ ID N0.9和 SEQ ID N0.10所示引物在不同猪种中的扩增片段，片段大小为402bp。图3:是猪GALP基因片段Hha1-RFLP检测结果。琼脂糖胶浓度为1.5%;图中:泳道M为DL 2000Markers ;CC基因型:片段大小为402bp ;CG基因型:片段大小为402bp，204bp，198bp ;基因型:GG片段大小为204bp，198bp。图4:是本发明提供的6个原始序列片段(显示了在1157位出现的等位突变的碱基，以英文字母R表不，括弧内的喊基为突变后的喊基)。
具体实施例方式实施例1:猪GALP基因片段的获得及多态性检测方法的建立下载Ensembl上猪GALP基因序列，并以此作为靶序列，利用Primer2软件在线设计引物。引物序列如序列表SEQ ID N0.7和SEQ ID N0.8所示，如下:正向引物GALP-F:GTATTGAACCTGCGTCCTC ；GALP-R:ACCAGATGCCAGCCTCCCT PCR 扩增包含 GALP 基因第 2 外显子片段。PCR反应体系为25 μ 1，其中模板DNA为50ng，dNTPs浓度为200 μ mol/L,每条引物浓度为 0.4 μ mol/L, 3U 的 Taq DNA 聚合酶(Biostar International, Canada),加去离子水至总体积25 μ I ;PCR反应程序:94°C预变性4min ;然后94°C变性50s、60°C退火50s、72°C延伸lmin，共35个循环；最后72°C延伸lOmin。PCR产物经纯化(UNI Q-10柱式DNA胶回收试剂盒购自上海生工生物工程技术有限公司)，克隆后，进行序列测定，序列测定由上海生工生物工程技术有限公司完成。不同猪种的PCR产物序列经ClustalW软件进行序列比对，序列间比对结果见图1。上述扩增片段大小为1368bp，位于该片段1157碱基处(即位于该基因第3外显子的第116个碱基)C/G突变(见图1)，引起了 HhaI酶切位点(G CG丨C)多态性。由于该位点位于3’非翻译区，不会造成氨基酸改变。以获得猪GALP基因1368bp的DNA片段SEQ ID N0.1-SEQ ID N0.6序列为靶序列，设计引物，该引物的序列如序列表SEQ ID N0.9和SEQ ID N0.10所示，序列如下:正向引物GALP-SNP-F:ATGCCAGCCTCCCTTCTAG，GALP-SNP-R:CTGGGCTGCTGGTTCTGTG 扩增区域包括猪GALP基因第3外显子的402bp的基因组核苷酸序列，如图2所示。PCR扩增，取8.5μ I PCR产物加入 0.5μ 1(10υ/μ I)限制性内切酶和 1μ I 10 X buffer (含 10 X BSA)，37 °C HhaI 酶切4h，取5 μ I酶切产物用2%琼脂糖凝胶电泳检测，在紫外灯下观察并记录酶切结果，如图3所示:此扩增片段大小为402bp，在198bp处有HhaI酶切位点，若该处碱基为C，则不存在HhaI酶切位点，用HhaI酶切检测结果有402bp —条片段(C等位基因)，当该位点为G时，结果导致一个HhaI酶切位点的产生，酶切得到两个片段，长度均为204bp，198bp (G等位基因)。实施例2:本发明制备的遗传标记在不同猪群中的多态性分布猪基因组DNA的提取(样本见表I所示)方法参照熊远著《猪生化及分子遗传实验导论》中国农业出版社，1999介绍的方法进行。在11个群体猪，其中6个国外血缘猪群和4个中国地方血缘猪群、I个合成系(中国瘦肉猪新品系DIV系(华中农业大学和湖北省农业科学院畜牧兽医研究所共同培育，在中国大规模推广应用的瘦肉型新品种猪)中检测猪GALP基因PCR-Hha1-RFLP多态性，检测结果如表I所示。结果表明:只有在中国瘦肉猪新品系DIV(合成系)、杜洛克、皮特兰和长白猪(国外血缘猪群)中存在少量的GG基因型，而在通城猪(中国地方血缘猪)等7个群体中没有检测GG型，可能G等位基因纯合个体会在胚胎发育早期死亡。在所有检测的11群体中，C等位基因频率为0.55-1.00，为优势等位基因(见表I)。表I猪GALP基因PCR-Hha1-RFLP在不同猪种中的分布结果
权利要求
1. 一种猪产仔数性状的遗传标记，它是猪甘丙肽样肽基因GALP第3外显子的特异基因片段，它们的核苷酸序列如下所述SEQ ID NO. I梅山猪个体IGTATTGAACCTGCGTCCTCATGGATGCTAGGCATGTTCTTTTCCACTGAGCCACAGTGGGAACTCCAAAGCAGTGGGGCTTTTTAAAAAAGCTTTCTGCCTTTAGAGGTCTTCAGTTTCCTCACTGGTGACGTTCAGATTAAGCAAAGCTGCTTCACAGACCAGCAGTTAAGTGGCATGCGGACCACGTCATCTCAGACCTGGGGGATGACCGCTAGCCTTTCTGTCTCTCTGAGCCTTGGTCTTTCCTTCTCTGTCCAGGGGCGAGGAGGCTGGACCCTCAACAGTGCTGGTTACCTCCTGGGTCCCGGTAAGTGAGCCTGTTCCGAGCACTTCCACCCTGGCTCCTACCTGCTTGGAGCCTGTGGGCAGTGAGTTTGCGACCCTGCAAAGACCCTCGAGCACATTCGCTGACGTCCACAGGTTTCACCAGGGTTAGGCTGGTGGAGTGACTGGCGCATGGATCCAGCAGCCAGAGCGTTGGGTTGAAGTCCCACTCTGACCCCCCGCTGGATATTCAACCTTTACGTCTCCACGCCTCCATTGCCTCGTCTGTGGCAATGGGTGTAGCGATGTCCACCCCCACCCCCACCCCGCCCCGCACAAGGTTGTTATGAGGATTAGATGACTTAGAGCAATTCTGGCATGTTCCTCCATCCATCTCTCTCCGTTCACTGCGTACTTGTGTCCGTAGTAGGGCGCTCTTTCCCTGCAGTTAAGGTTACGTGCCAGGACCCCTGCAATGCTACGGTTCGGAAGAGCTGGAGGGACGTGGGAATTGGATCTAGACAGTGGTGGCCTCGAACCCCAGTTCTGCTACTTAGCAGTGGGGTAACCTTGAGCCAAGGGCTCTACTTCTCGGAGCCTTGGGGTCCTCTCTGGGACATCAGGATGGTCGGTGTGCACCCCGCCCCTCCGCATTTGTTGGAGGTGCGCCACCAGGCGGATAGCGCCCTGGGGCTCTGGGCTGCTGGTTCTGTGTGTTCTCACTGCCTTTAATGACCAACTGGTCTTGCTCCCTCTCCTCACCCCTGCCCCCCAGTACTCCATCCGCCCTCCAGGGCTGAAGGAGGCGGGAAGGGGAAGACAGCCCTCGGGATCCTGGACCTGTGGAAGGCCATTGGTGAGTGAATCAGGAGTCTGACGGCCCTGTCCCTRCGCCGCAACGCTCCCCTCCACCTGCCCCTCGCTGGTGTTGGAAACTGGTGGGTGTGGGTTCCCACCCTTGTTCTGCACGTCCCAGATGGCGGAGCTTGAGCAACTTACTTCACATGCCTCCATGGGTAACACAGTCTCCTGAAAACCACCGCACAACGCGTGCAGTGAAAGCAGGTATGTACAATTCCTAGAAGGGAGGCTGGCATCTGGT上述序列中的R是C或G，导致HhaI-RFLP多态性；SEQ ID NO. 2梅山猪个体2GTATTGAACCTGCGTCCTCATGGATGCTAGGCATGTTCTTTTCCACTGAGCCACAGTGGGAACTCCAAAGCAGTGGGGCTTTTTAAAAAAGCTTTCTGCCTTTAGAGGTCTTCAGTTTCCTCACTGGTGACGTTCAGATTAAGCAAAGCTGCTTCACAGACCAGCAGTTAAGTGGCATGCGGACCACGTCATCTCAGACCTGGGGGATGACCGCTAGCCTTTCTGTCTCTCTGAGCCTTGGTCTTTCCTTCTCTGTCCAGGGGCGAGGAGGCTGGACCCTCAACAGTGCTGGTTACCTCCTGGGTCCCGGTAAGTGAGCCTGTTCCGAGCACTTCCACCCTGGCTCCTACCTGCTTGGAGCCTGTGGGCAGTGAGTTTGCGACCCTGCAAAGACCCTCGAGCACATTCGCTGACGTCCACAGGTTTCACCAGGGTTAGGCTGGTGGAGTGACTGGCGCATGGATCCAGCAGCCAGAGCGTTGGGTTGAAGTCCCACTCTGACCCCCCGCTGGATATTCAACCTTTACGTCTCCACGCCTCCATTGCCTCGTCTGTGGCAATGGGTGTAGCGATGTCCACCCCCACCCCCACCCCGCCCCGCACAAGGTTGTTATGAGGATTAGATGACTTAGAGCAATTCTGGCATGTTCCTCCATCCATCTCTCTCCGTTCACTGCGTACTTGTGTCCGTAGTAGGGCGCTCTTTCCCTGCAGTTAAGGTTACGTGCCAGGACCCCTGCAATGCTACGGTTCGGAAGAGCTGGAGGGACGTGGGAATTGGATCTAGACAGTGGTGGCCTCGAACCCCAGTTCTGCTACTTAGCAGTGGGGTAACCTTGAGCCAAGGGCTCTACTTCTCGGAGCCTTGGGGTCCTCTCTGGGACATCAGGATGGTCGGTGTGCACCCCGCCCCTCCGCATTTGTTGGAGGTGCGCCACCAGGCGGATAGCGCCCTGGGGCTCTGGGCTGCTGGTTCTGTGTGTTCTCACTGCCTTTAATGACCAACTGGTCTTGCTCCCTCTCCTCACCCCTGCCCCCCAGTACTCCATCCGCCCTCCAGGGCTGAAGGAGGCGGGAAGGGGAAGACAGCCCTCGGGATCCTGGACCTGTGGAAGGCCATTGGTGAGTGAATCAGGAGTCTGACGGCCCTGTCCCTRCGCCGCAACGCTCCCCTCCACCTGCCCCTCGCTGGTGTTGGAAACTGGTGGGTGTGGGTTCCCACCCTTGTTCTGCACGTCCCAGATGGCGGAGCTTGAGCAACTTACTTCACATGCCTCCATGGGTAACACAGTCTCCTGAAAACCACCGCACAACGCGTGCAGTGAAAGCAGGTATGTACAATTCCTAGAAGGGAGGCTGGCATCTGGT上述序列中的R是C或G，导致HhaI-RFLP多态性；SEQ ID NO. 3梅山猪个体3GTATTGAACCTGCGTCCTCATGGATGCTAGGCATGTTCTTTTCCACTGAGCCACAGTGGGAACTCCAAAGCAGTGGGGCTTTTTAAAAAAGCTTTCTGCCTTTAGAGGTCTTCAGTTTCCTCACTGGTGACGTTCAGATTAAGCAAAGCTGCTTCACAGACCAGCAGTTAAGTGGCATGCGGACCACGTCATCTCAGACCTGGGGGATGACCGCTAGCCTTTCTGTCTCTCTGAGCCTTGGTCTTTCCTTCTCTGTCCAGGGGCGAGGAGGCTGGACCCTCAACAGTGCTGGTTACCTCCTGGGTCCCGGTAAGTGAGCCTGTTCCGAGCACTTCCACCCTGGCTCCTACCTGCTTGGAGCCTGTGGGCAGTGAGTTTGCGACCCTGCAAAGACCCTCGAGCACATTCGCTGACGTCCACAGGTTTCACCAGGGTTAGGCTGGTGGAGTGACTGGCGCATGAATCCAGCAGCCAGAGCGTTGGGTTGAAGTCCCACTCTGACCCCCCGCTGGATATTCAACCTTTACGTCTCCACGCCTCCATTGCCTCGTCTGTGGCAATGGGTGTAGCGATGTCCACCCCCACCCCCACCCCGCCCCGCACAAGGTTGTTATGAGGATTAGATGACTTAGAGC AATTCTGGCATGTTCCTCCATCCATCCCTCTCCGTTCACTGCGTACTTGTGTCCGTAGTAGGGCGCTCTTTCCCTGCAGTTAAGGTTACGTGCCAGGACCCCTGCAATGCTACCGTTCGGAAGAGCTGGAGGGACGTGGGAATTGGATCTAGACAGTGGTGGCCTCGAACCCCAGTTCTGCTACTTAGCAGTGGGGTAACCTTGAGCCAAGGGCTCTACTTCTCGGAGCCTTGGGGTCCTCTCTGGGACATCAGGATGGTCGGTGTGCACCCCGCCCCTCCGCATTTGTTGGAGGTGCGCCACCAGGCGGATAGCGCCCTGGGGCTCTGGGCTGCTGGTTCTGTGTGTTCTCACTGCCTTTAATGACCAACTGGTCTTGCTCCCTCTCCTCACCCCTGCCCCCCAGTACTCCATCCGCCCTCCAGGGCTGAAGGAGGCGGGAAGGGGAAGACAGCCCTCGGGATCCTGGACCTGTGGAAGGCCATTGGTGAGTGAATCAGGAGTCTGACGGCCCTGTCCCTRCGCCGCAACGCTCCCCTCCACCTGCCCCTCGCTGGTGTTGGAAACTGGTGGGTGTGGGTTCCCACCCTTGTTCTGCACGTCCCAGATGGCGGAGCTTGAGCAACTTACTTCACATGCCTCCATGGCTAACACAGTCTCCTGAAAACCACCGCACAACGCGTGCAGTGAAAGCAGGTATGTACAATTCCTAGAAGGGAGGCTGGCATCTGGT上述序列中的R是C或G，导致HhaI-RFLP多态性；SEQ ID NO. 4大白猪个体IGTATTGAACCTGCGTCCTCATGGATGCTAGGCATGTTCTTTTCCACTGAGCCACAGTGGGAACTCCAAAGCAGTGGGGCTTTTTAAAAAAGCTTTCTGCCTTTAGAGGTCTTCAGTTTCCTCACTGGTGACGTTCAGATTAAGCAAAGCTGCTTCACAGACCAGCAGTTAAGTGGCATGCGGACCACGTCATCTCAGACCTGGGGGATGACCGCTAGCCTTTCTGTCTCTCTGAGCCTTGGTCTTTCCTTCTCTGTCCAGGGGCGAGGAGGCTGGACCCTCAACAGTGCTGGTTACCTCCTGGGTCCCGGTAAGTGAGCCTGTTCCGAGCACTTCCACCCTGGCTCCTACCTGCTTGGAGCCTGTGGGCAGTGAGTTTGCGACCCTGCAAAGACCCTCGAGCACATTCGCTGACGTCCACAGGTTTCACCAGGGTTAGGCTGGTGGAGTGACTGGCGCATGGATCCAGCAGCCAGAGCGTTGGGTTGAAGTCCCACTCTGACCCCCCGCTGGATATTCAACCTTTACGTCTCCACGCCTCCATTGCCTCGTCTGTGGCAATGGGTGTAGCGATGTCCACCCCCACCCCCACCCCGCCCCGCACAAGGTTGTTATGAGGATTAGATGACTTAGAGCAATTCTGGCATGTTCCTCCATCCATCTCTCTCCGTTCACTGCGTACTTGTGTCCGTAGTAGGGCGCTCTTTCCCTGCAGTTAAGGTTACGTGCCAGGACCCCTGCAATGCTACGGTTCGGAAGAGCTGGAGGGACGTGGGAATTGGATCTAGACAGTGGTGGCCTCGAACCCCAGTTCTGCTACTTAGCAGTGGGGTAACCTTGAGCCAAGGGCTCTACTTCTCGGAGCCTTGGGGTCCTCTCTGGGACATCAGGATGGTCGGTGTGCACCCCGCCCCTCCGCATTTGTTGGAGGTGCGCCACCAGGCGGATAGCGCCCTGGGGCTCTGGGCTGCTGGTTCTGTGTGTTCTCACTGCCTTTAATGACCAACTGGTCTTGCTCCCTCTCCTCACCCCTGCCCCCCAGTACTCCATCCGCCCTCCAGGGCTGAAGGAGGCGGGAAGGGGAAGACAGCCCTCGGGATCCTGGACCTGTGGAAGGCCATTGGTGAGTGAATCAGGAGTCTGACGGCCCTGTCCCTRCGCCGCAACGCTCCCCTCCACCTGCCCCTCGCTGGTGTTGGAAACTGGTGGGTGTGGGTTCCCACCCTTGTTCTGCACGTCCCAGATGGCGGAGCTTGAGCAACTTACTTCACATGCCTCCATGGGTAACACAGTCTCCTGAAAACCACCGCACAACGCGTGCAGTGAAAGCAGGTATGTACAATTCCTAGAAGGGAGGCTGGCATCTGGT上述序列中的R是C或G，导致HhaI-RFLP多态性；SEQ ID NO. 5大白猪个体2GTATTGAACCTGCGTCCTCATGGATGCTAGGCATGTTCTTTTCCACTGAGCCACAGTGGGAACTCCAAAGCAGTGGGGCTTTTTAAAAAAGCTTTCTGCCTTTAGAGGTCTTCAGTTTCCTCACTGGTGACGTTCAGATTAAGCAAAGCTGCTTCACAGACCAGCAGTTAAGTGGCATGCGGACCACGTCATCTCAGACCTGGGGGATGACCGCTAGCCTTTCTGTCTCTCTGAGCCTTGGTCTTTCCTTCTCTGTCCAGGGGCGAGGAGGCTGGACCCTCAACAGTGCTGGTTACCTCCTGGGTCCCGGTAAGTGAGCCTGTTCCGAGCACTTCCACCCTGGCTCCTACCTGCTTGGAGCCTGTGGGCAGTGAGTTTGCGACCCTGCAAAGACCCTCGAGCACATTCGCTGACGTCCACAGGTTTCACCAGGGTTAGGCTGGTGGAGTGACTGGCGCATGGATCCAGCAGCCAGAGCGTTGGGTTGAAGTCCCACTCTGACCCCCCGCTGGATATTCAACCTTTACGTCTCCACGCCTCCATTGCCTCGTCTGTGGCAACGGGTGTAGCGATGTCCACCCCCACCCCCACCCCGCCCCGCACAAGGTTGTTATGAGGATTAGATGACTTAGAGCAATTCTGGCATGTTCCTCCATCCATCTCTCTCCGTTCACTGCGTACTTGTGTCCGTAGTAGGGCGCTCTTTCCCTGCAGTTAAGGTTACGTGCCAGGACCCCTGCAATGCTACGGTTCGGAAGAGCTGGAGGGACGTGGGAATTGGATCTAGACAGTGGTGGCCTCGAACCCCAGTTCTGCTACTTAGCAGTGGGGTAACCTTGAGCCAAGGGCTCTACTTCTCGGAGCCTTGGGGTCCTCTCTGGGACATCAGGATGGTCGGTGTGCACCCCGCCCCTCCGCATTTGTTGGAGGTGCGCCACCAGGCGGATAGCGCCCTGGGGCTCTGGGCTGCTGGTTCTGTGTGTTCTCACTGCCTTTAATGACCAACTGGTCTTGCTCCCTCTCCTCACCCCTGCCCCCCAGTACTCCATCCGCCCTCCAGGGCTGAAGGAGGCGGGAAGGGGAAGACAGCCCTCGGGATCCTGGACCTGTGGAAGGCCATTGGTGAGTGAATCAGGAGTCTGACGGCCCTGTCCCTRCGCCGCAACGCTCCCCTCCACCTGCCCCTCGCTGGTGTTGGAAACTGGTGGGTGTGGGTTCCCACCCTTGTTCTGCACGTCCCAGATGGCGGAGCTTGAGCAACTTACTTCACATGCCTCCATGGGTAACACAGTCTCCTGAAAACCACCGCACAACGCGTGCAGTGAAAGCAGGTATGTACAATTCCTAGAAGGGAGGCTGGCATCTGGT上述序列中的R是C或G，导致HhaI-RFLP多态性；SEQ ID NO. 6大白猪 个体3GTATTGAACCTGCGTCCTCATGGATGCTAGGCATGTTCTTTTCCACTGAGCCACAGTGGGAACTCCAAAGCAGTGGGGCTTTTTAAAAAAGCTTTCTGCCTTTAGAGGTCTTCAGTTTCCTCACTGGTGACGTTCAGATTAAGCAAAGCTGCTTCACAGACCAGCAGTTAAGTGGCATGCGGACCACGTCATCTCAGACCTGGGGGATGACCGCTAGCCTTTCTGTCTCTCTGAGCCTTGGTCTTTCCTTCTCTGTCCAGGGGCGAGGAGGCTGGACCCTCAACAGTGCTGGTTACCTCCTGGGTCCCGGTAAGTGAGCCTGTTCCGAGCACTTCCACCCTGGCTCCTACCTGCTTGGAGCCTGTGGGCAGTGAGTTTGCGACCCTGCAAAGACCCTCGAGCACATTCGCTGACGTCCACAGGTTTCACCAGGGTTAGGCTGGTGGAGTGACTGGCGCATGGATCCAGCAGCCAGAGCGTTGGGTTGAAGTCCCACTCTGACCCCCCGCTGGATATTCAACCTTTACGTCTCCACGCCTCCATTGCCTCGTCTGTGGCAATGGGTGTAGCGATGTCCACCCCCACCCCCACCCCGCCCCGCACAAGGTTGT
2.扩增如权利要求I所述的遗传标记的特异引物，其核苷酸序列如序列表SEQIDNO. 7 和 SEQ ID NO. 8 所示。
3.一种筛选猪产仔数性状的遗传标记的方法，其特征在于按照以下步骤 从猪血液中提取基因组DNA，根据猪GALP基因序列和权利要求I中所述序列表SEQ IDNO. I至SEQ ID NO. 6所示的序列设计引物，该引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 10所示，用该引物在猪基因组DNA中进行PCR扩增，PCR扩增片段HhaI酶切分型及检测。
4.权利要求I所述遗传标记在猪产仔数性状标记辅助选择中的应用。
5.权利要求2所述的引物在猪产仔数性状标记辅助选择中的应用。
全文摘要
本发明属于猪遗传标记制备与应用技术领域。具体涉及猪甘丙肽样肽GALP编码基因第2外显子的单核苷酸多态性(SNP)检测领域。其步骤包括从猪血液中提取基因组DNA，设计引物，PCR扩增，PCR产物克隆、测序，序列比较分析，单核苷酸多态性检测，标记与产仔数性状间相关性分析。公开了猪GALP基因第3外显子的DNA序列和SNP分型的检测技术。本发明的遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示，在上述序列的1157位bp处有一个碱基突变(C/G)，并导致HhaI-RFLP多态性。本发明还公开了该遗传标记的制备方法及在猪产仔数标记辅助选择中的应用。
文档编号C12Q1/68GK103255144SQ20121003932
公开日2013年8月21日 申请日期2012年2月21日 优先权日2012年2月21日
发明者李凤娥, 苏丽娜, 梅书棋, 陶虎, 李严, 彭先文, 蒋思文, 邓昌彦, 熊远著 申请人:华中农业大学